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基于胚胎干细胞的同源重组技术
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
基因改造（包括敲除和敲进）小鼠已经成为现代生命科学基础研究和药物研发领域不可或缺的实验动物模型，在生命科学、人类医药和健康研究领域中发挥着重要的作用。今天呢，就给大家介绍最传统最稳定的基因改造技术：基于胚胎干细胞的同源重组技术。 Capecchi和Smithies早在在1989年根据同源重组（homologous recombination）的原理，首次实现了ES的外源基因的定点整合（targeted integration），即基因打靶（gene targeting），如果用外源抗性基因将基因上的一段重要序列替换掉，就成功将目的基因实现了基因敲除（gene knockout），利用这种ES的显微注射就可以制作出基因敲出小鼠（KO Mice: knockout mice）;由于这一工作，Capecchi和Smithies于2007年与Evans分享了诺贝尔医学奖。 图片来源[1] 是不是感觉很高级？那么，问题来了：到底什么是同源重组呢？ 首先，我们先了解一下什么是同源重组技术： 同源重组（homologous recombination）：是指发生在姐妹染色单体（sister chromatin) 之间或同一染色体上含有同源序列的DNA分子之间或分子之内的重新组合。在基因改造小鼠制作过程中，需要针对目的基因两端特异性片段设计带有相同片段的重组载体，将重组载体导入到胚胎干细胞后外源的重组载体与胚胎干细胞中相同的片段会发生同源重组，简言之，就是把想改造的部分各制备一段一模一样的DNA序列（同源臂），然后同源臂之内的部分就会被替换掉了，如图1所示： 图1. 基因敲除鼠制作同源重组原理示意图[2] 了解同源重组技术的原理，那基于该原理，如何制备出基因改造小鼠呢？接下来我们以基因敲除为例，为大家详细介绍一下基因敲除小鼠的制备流程： 图2. 基因敲除小鼠制备过程示意图[3] 01 打靶载体设计与构建 首先，第一步，要进行打靶载体的设计及构建。
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真空干燥箱先抽真空再加热的原因
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
真空干燥箱通常会与真空泵联接使用（见下图），为样品提供加热和真空环境。 WIGGENS系列真空干燥箱安全性能优异，含有易燃性溶剂情况下可以安全进行干燥。真空干燥箱和真空泵，是有严格先后启动顺序。 真空干燥箱为什么必须先抽真空再升温加热，而不是先升温加热再抽真空呢? 1.产品放入真空干燥箱里抽真空是为了去除样品中可以抽去的气体成分。如果先加热产品，气体遇热就会膨胀。对样品将是潜在威胁。真空干燥箱的箱体是密封的，箱体内的气体膨胀，会对箱体产生潜在威胁。 2.如果真空干燥箱按先升温加热再抽真空的程序操作，加热的空气被真空泵抽出去的时候，热量必然会被带到真空泵上去，从而导致真空泵温升过高，使真空泵效率下降。 3.加热后的气体导向真空压力表，真空压力表就会产生温升。如果温升超过了真空压力表规定的使用温度范围，就可能使真空压力表产生示值误差。 真空干燥箱正确的使用方法应该先抽真空再升温加热。待真空干燥箱达到了额定温度后如发现真空度有所下降时再适当加抽一下，这样做对于延长真空干燥箱的使用寿命是有利的。 WIGGENS真空控制器 通过配置真空控制器，用于精确控制真空干燥箱恒定的真空度。真空控制器可以在真空干燥箱到达设定真空度后，关闭真空泵。当真空度降低，需要再次启动真空泵时，真空控制器会再次启动真空泵。 真空控制器不仅可以精确的控制真空干燥箱的真空度。通过控制真空泵的间歇启动，可以有效延长真空泵的使用寿命。
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湿法分离钽铌工艺流程
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
萃取分离工艺过程是分离钽铌有效的方法之一,在整个工艺流程中是非常关键的。通过分离过程能够有效的将其他的金属杂质和钽铌分离开，同时实现钽与铌的萃取分离。因此,这一工艺过程控制运行的好坏,直接关系到zui终的效果。 钽铌湿法萃取分离工艺流程: 整个萃取分离工艺过程分为四段: 1、酸洗段：也叫钨铌分离段,有机相进料,采用分馏萃取过程,用酸洗液将杂质钨从负载有机相中洗掉,贫有机相萃取,以保证钽铌有较高收率。 2、反铌提钽段：就是钽铌分离段,有机相进料,仍采用分馏萃取过程,一般采用试剂硫酸配反铌剂,用精制有机萃取,大程度地保证钽、铌的分离效果。 3、反钽段,采用逆流反萃取过程,用纯水反萃钽。 4、有机再生段：精洗有机段,还是采用逆流反萃取过程,洗液的成分各厂家不一,目的是洗干净贫有机中杂质,避免在铌钽分离段中,有机相带进杂质影响铌产品的质量。 钽铌分离设备萃取槽： 萃取槽也叫混合澄清槽，是发展比较久且技术成熟的一种设备。在萃取分离工业生产过程中的应用也是十分广泛的。近年来，天一萃取技术人员不断研发新技术，在原有成熟技术基础上又做了改进，新的设备技术更加成熟。而且新的萃取槽设备级效率、产能、分离效果等方面都有了大幅度的提高。
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IRES 与 2A peptide在同时表达多个目标基因中的应用比较
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
IRES & 2A peptide大比拼 导读 Hello! 大家好！有一个问题不知道大家考虑过没有：为了研究单个基因的功能机制或实现多基因协同表达, 那这种同时表达多个目标基因该如何实现呢？ 实际上，目前广泛采用多顺反子表达方案,即利用内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site,IRES)或自剪切多肽2A(self-cleaving 2A peptide,2A)等元件来连接多个基因,实现在单个载体上表达多个多顺反子的目的。 那么，IRES和2A peptide各有何特点呢？今天我们就来总结一下，让我慢慢道来~ IRES 首先，人们发现，虽然一般真核mRNA的翻译都需要5’帽子来介导核糖体结合，但真核生物和病毒中还存在一些例外情况，例如一些基因5端具有一段较短的RNA序列（约150-250bp），这类RNA序列能折叠成类似于起始tRNA的结构，从而介导核糖体RNA结合，起始蛋白质翻译，这段非翻译RNA被称为内部核糖体进入位点序列（Internal ribosome entry site, IRES）。 IRES元件具有不依赖帽子结构而独立募集核糖体的功能,进而可以启动下游基因的翻译。眼前一亮有没有？ 人们可以利用这个元件进行多顺反子的共表达。 Figure 1.A diagram of the Dicistroviridae RNA genome. Dicistroviruses are naturally dicistronic with two open reading frames that are translated by independent IRESs. The non-structural proteins are translated by the 5＇IRES whereas the structural proteins are translated by the IGR IRES. A genome-linked viral protein (Vpg) and the poly(A) tail (An ) are indicated[1]. 内部核糖体进入位点（IRES）是天然存在于一系列mRNA中的翻译增强子，当存在于目的基因之间时介导翻译的内部起始（图2）。因此，IRES可以通过设计类似于细菌操纵子的多顺反子表达盒，驱动由相同mRNA编码的几个基因的翻译。 处在IRES元件前后的两个基因相对独立,可以表达得到完整的目的
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转座子 Tol2 的转座机制与转座优势详述
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
转基因，岂能不知Tol2 ? Tol2转座子 提及转基因，大家首先映入脑海的是什么呢？转基因大豆？玉米？食用油？（对于那些一个都想不到的孩纸们，小编我只想哭晕在厕所）名词很熟悉，各大超市随处可见，可何为转基因，如何得到转基因产品？今天小编简单来跟大家聊一聊。 所谓转基因，顾名思义，就是外源基因整合进入宿主基因组，目前哺乳动物系统最常用的转基因技术主要包括Sleeping beauty(SB)，PiggyBac(PB)以及Tol2转座子系列，然而，其中的“明星转座子”当属Tol2！ 1、Tol2转座机制 Tol2转座子是Koga等人在日本青鳉鱼中发现，属于hAT转座子家族，全长4682bp，末端分别为17bp和19bp的反向重复序列，包含4个外显子（图1），编码蛋白含有649个氨基酸残基。 Tol2作为一个自主的转座元件，自身可以编码转座酶，且迄今为止，是在脊椎动物中发现的唯一具有自主转座活性的转座子[1]。将转座酶编码区序列部分缺失， 但保留转座酶识别和结合区域序列，Tol2便无法发生自主转座（图1）。 图1 Tol2转座子序列[1] 利用这一特性，可以以外源基因替代转座酶编码序列，构建Tol2转座载体，与转座酶cDNA载体质粒共转入宿主细胞，外源基因便会以“剪切-粘贴”的方式整合入基因组中且不会引起任何靶位点的重排和修饰[2], 如图2. 图2 Tol2转座机制[2] 2、Tol2应用 Tol2转座子具有不定向性，即在基因组中是随机插入，并无序列特异性，那既然Tol2都如此任性了，留之何用呢？ 起初，科学家们利用这一特性，将其作为基因捕获和增强子捕获的工具以进行突变体筛选，从而确定机体发育过程中重要功能基因的突变体。但随着科学技术的不断进步，自动化的基因高通量筛选鉴定早已不在话下，以为tol2会就此淘汰？不存在的！如今的tol2转座子依旧在建立稳定基因表达细胞系和转基因大、小鼠的制备等方面发挥着其独特的技术优势。 当然，实践是检验真理的唯一标准，2009年，Zoltán Ivics等[3]就为大
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百奥赛图带您解读B-hCTLA4/hOX40双免疫检查点人源化小鼠
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
双剑合璧的肿瘤药效检测利器——B-hCTLA4/hOX40双免疫检查点人源化小鼠 导读 随着肿瘤免疫疗法应用如火如荼地展开，不同抗体药物之间的联合用药开始被大家关注。而抗体药物联用的药效究竟如何？探究的过程中难免要用到双免疫检查点的人源化小鼠。今天就为大家介绍一种双免疫检查点人源化小鼠——B-hCTLA4/hOX40小鼠。 基因背景 细胞毒T淋巴细胞相关抗原4（CTLA4, cytotoxic T-lymphocyte-associated protein 4），又称CD152， 在T细胞的激活中起重要调节作用。CTLA4是第一个临床关注的免疫靶点，在免疫应答的负性调控方面发挥着重要作用。CTLA4抗体也是首个FDA批准用于**晚期黑色素瘤的抗体药物。 图1. CTLA4及其抗体在肿瘤免疫**过程中的作用[1] OX40，又名Tnfrsf4（Tumor necrosis factor receptor superfamily, member 4），主要在表达于激活的CD4+和CD8+T细胞表面，和OX40配体结合可以刺激CD8+T细胞的活化。通过OX40/OX40L信号的共激活效应，T细胞的功能，包括细胞因子的产生、增殖和T细胞的存活等作用被进一步加强。OX40抗体激活剂（Agonist）可降低肿瘤内Tregs，提高抗肿瘤活性。 图2. OX40促进T细胞增殖过程[2] 百奥赛图利用自主开发的B-hCTLA4/hOX40双人源化小鼠，为研究该靶点抗体药物的体内药效验证提供了有效的模型和有力的工具！ 基本信息 蛋白表达分析 图3. B-hCTLA4/hOX40人源化小鼠脾细胞活化及流式检测 结果显示：在C57BL/6小鼠中可检测到mCTLA4细胞。在B-hCTLA4/hOX40纯合鼠中，可检测到hCTLA4细胞。 图4. B-hCTLA4/hOX40人源化小鼠脾细胞活化及流式检测 结果显示：在C57BL/6小鼠中可检测到mOX40+细胞。在B-hCTLA4/hOX40纯合鼠中，可检测到hOX40+细胞。 参考资料： 1. https://gss3.bdstatic.com/7Po3dSag_xI4khGkpoWK1HF6hhy/baike/c0%3Dbaike150%2C5%2C5%2C150%2C50/sign=3cf5552b865494ee932f074b4c9c8b9b/241f95cad1c8a7860
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肿瘤移植模型——人源肿瘤细胞系异种移植CDX与人源肿瘤组织来源移植瘤PDX
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
问：什么是肿瘤移植模型？ 答：人的肿瘤移植到小鼠体内构建的人源化肿瘤模型 问：这种模型意义在哪？ 答：筛药，为人民服务。（请为伟大的小鼠致敬！） 问：为啥要构建肿瘤模型，不能跳过直接上临床？不也可以筛药吗？ 答：嗯，好主意，要不你先来好不好？ ....... 问：什么是CDX , PDX? 答：急什么，认真听小编讲就是了。 CDX 人源肿瘤细胞系异种移植（cell derived xenograft, CDX），即将体外传代培养的肿瘤细胞接种至免疫缺陷小鼠，接种部位常为皮下，静脉或原位。 话说早在20世纪90年代早期，美国国立癌症研究所（National Cancer Institute, NCI)就 依据来源于9种不同类型肿瘤（脑，结肠癌，白血病，肺，黑素瘤、卵巢癌、肾癌、乳腺癌和前列腺癌) 的60位癌症患者肿瘤细胞系，引入了一种"disease-oriented"的药物筛选策略，简单来说，就是先用人肿瘤细胞系进行高通量体外药物筛选，再用CDX模型进行体内验证，【Cancer Cell Lines for Drug Discovery and Development 】 由于CDX模型细胞系容易获得，有大量已发表的文献关于其基因组学、细胞功能学及药效反应的数据可供参考，建模成本低等优势，【PDX模型与肿瘤个体化用药指导】在当时可以说是风靡各大实验室。 但是2016年，NCI却决定从其药筛系统中让已经使用了25年的NCI60细胞系“退休！ 为什么会发生这种转变？！ 原来，研究者逐渐发现人源肿瘤细胞系经长期体外培养后， 其肿瘤细胞生物学行为及基因谱表达水平、 肿瘤异质性都与原始肿瘤组织存在较大的差异， 从而在预测临床药效方面不甚理想。有研究表明， 经此模型鉴定筛选的药物仅约 1/3在二期临床试验中验证有效【Relationships between drug activity in NCI preclinical in vitro and in vivo models and early clinical trials.】，【PDX 模型在肿瘤转化医学中的应用与发展】 不过嘛，长江后浪推前浪，退休了CDX，就会有更优秀的肿瘤
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单细胞分离策略的优缺点
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
据美国能源部微生物基因组学计划的主管Tanja Woyke介绍，研究人员使用几种方法分离单细胞，它们各有优缺点。 Quake曾使用微流体方法来分离一种称为TM7的无法培养微生物1。TM7是杆状的，于是Quake及其团队专门捕获口腔微生物群落中的杆状细菌。随后他们通过核糖体RNA来追踪所要的细胞。在35个分离的杆状细菌中，4个都证明是TM7，他们对其中一个进行测序。 Woyke认为，微流体方法有两个主要优势。第一，用户能够观察他们正在分离的细胞，这让他们能够选择特定的形态或表型，并将此信息与基因型相关联。第二是扩增效率。单拷贝的细菌基因组显然不够用来测序，因此需要全基因组扩增。但并非所有片段都能同等扩增，一些可能会丢失。“一些研究表明，如果反应体积越小，那么单细胞基因组的回收就越好，覆盖也更加均一，”Woyke说。 尽管如此，微流体策略通常是低通量的，且只有少数实验室能够接触到这种设备。一个商业化的选择是Fluidigm的C1™单细胞自动制备系统，这个微流体系统能够自动化分离和制备96个单细胞的测序文库。不过，它只适用于哺乳动物细胞，目前不支持细菌分离。 另一种单细胞分离方法是显微操作，其中研究人员使用操纵杆驱动的玻璃毛细管来挑选单个细胞，并依次转移到目的容器中。 Woyke表示，她偶尔会使用这种方法，主要是在处理低复杂度的样品时，在2010年发表的一篇文章中，她和她的同事对一种昆虫的细菌共生体进行测序，根据它独特的形态将其与另一种共生体分离2。“这就是主要优势，”Woyke说。“你可以看到细胞。”不过，显微操作的通量也非常低。若细胞能游动或有粘性，则很棘手。
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为什么采用剥夺杆式睡眠剥夺
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
为什么基于饲养笼式采用剥夺杆式睡眠剥夺 一．为什么要研究睡眠 睡眠是维持身体，心理和情绪健康的重要生理过程。因此，睡眠剥夺(SD)与不良后果相关并增加焦虑，免疫和认知障碍的风险。SD的特征在于增加的能量消耗响应和恢复后的睡眠反弹，其受到稳态过程的调节，而稳态过程又受到压力的影响。 二．对睡眠稳态进行评估的策略 睡眠剥夺(SD)是一种常用的方法策略，可以对睡眠稳态进行差异评佑，从而导致“睡眠债务”。 三．为什么采用剥夺杆式睡眠剥夺 睡眠剥夺的方法有很多种，包括慢速旋转轮睡眠剥夺、水平台睡眠剥夺、跑步机式睡眠剥夺等。大多数这些技术都是压力诱导，即使长期适应这种方法后压力水平可能会缓解。当长期睡眠剥夺后，动物表现出明确的生理性睡眠剥夺综合症，显著干扰自发行为。基于以上原因，我们实施了一种新型睡眠剥夺仪器，在标准实验室笼中采用间隙性的剥夺杆扫描进行触觉刺激来干扰自由行为的小鼠。该方法防止了人类接触和干预对睡眠剥夺的影响，并且在整个睡眠剥夺过程期间最小化身体活动。此外，该程序准确且可预测。 此外，用于记录脑电图(EEG)和肌电图(EMG)的束缚电缆可能导致持续的压力。实际上，最近的一项研究表明，电缆重量和柔韧性可能会影响小鼠的睡眠量和模式。遥测系统的发展不仅提供了无压力环境，而且提供了研究社交互动对小鼠睡眠影响的机会。 四．为什么基于标准实验室饲养笼 实验室动物从小都是在饲养笼中长大，基于实验室饲养笼使得动物能够保持在正常的社会环境中实施了一种相对无压力的方法来诱导动物睡眠剥夺模型，从而避免了外界环境及其他因素对睡眠剥夺的影响。 此外，基于饲养笼式的睡眠剥夺仪易于组装和清洗，设计更加地人性化。
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蛋白质检测和定量方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
蛋白质检测和定量方法 蛋白质定量方法最早出现在20世纪50年代早期，当时物理学家和化学家进入生物学领域，并将他们的技术应用于蛋白质的分析和测量。 Lowry蛋白质分析是第一个确定溶液中蛋白质总水平的生化分析。不久之后，该测定通过其他测量方法引入，包括紫外（UV）系统和氨基酸分析。所有这些方法都能够表征水中的蛋白质或非常温和的缓冲溶液。 随着蛋白质研究变得更加复杂，定量方法开始发展。 1976年，布拉德福德分析是在天然溶液中研究更多蛋白质并使用清洁剂或其他还原剂来保持蛋白质可溶性的垫脚石。然后将Lowry试验再培养至二辛可宁酸（BCA）测定（也称为Smith测定），这使其更适合用于蛋白质研究的溶剂中。 然而，蛋白质定量的最新创新已存在超过25年。小编将概述当前的蛋白质检测和定量方法，并讨论一种新的基于红外的技术，用于快速准确地测量痕量蛋白质。 当前现状 用于蛋白质和/或肽测定的一些最常用的方法包括氨基酸分析，紫外（UV）光谱，比色测定，十二烷基硫酸钠 -聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）和光密度测定，基于免疫学的方法和质谱法。 氨基酸分析 氨基酸分析测量蛋白质中每种氨基酸的量，并被认为是蛋白质定量的黄金标准方法。该方法可以检测大多数氨基酸，检测范围为1 mg苯基硫代氨基甲酰基（PTC）和5 mg至10 mg茚三酮。该方法不像其他测定那样广泛使用，因为它昂贵，缓慢且需要技术专业知识。因此，氨基酸分析实验室经常被用作核心设施。 紫外光谱法 紫外光谱法测量样品中芳香族氨基酸的吸光度，是用于蛋白质检测和定量的最常用方法。可以测量任何类型的蛋白质，范围从205nm处的1mg至100mg和280nm处的20mg至1,000mg。紫外分光光度计相对便宜且易于使用。 比色分析法 通过显色试剂测定蛋白质浓度的比色测定。最常见的比色测定是染料结合和荧光方法。荧光方法包括NanoOrange试剂盒（在570nm处10ng至10mg）和CBQCA（在550nm处10ng至150mg），其通常比染料结合方法更敏感，包
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水质质量的检测方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
水质质量的检测方法 国家标准物质资源平台：在水资源紧缺的环境下，我们更要珍惜水资源，同时检测部门做好检测工作，为民众的身体健康提供保障。水检测是关乎民生的大事，不可小觑，这就是它的重要意义。 水质检测在一般情况下，细菌学指标和感官性状指标列为必检项目，其他指标可根据当地水质情况和需要选定。对水源水、出厂水和部分有代表性的管网末梢水，每月进行一次全分析。自备给水和农村集中式给水水质检验的采样点数、采样次数和检验项目，可根据具体情况参照上述要求确定。 一、简单的水质测试法： ⒈看：用透明度较高的玻璃被接满一杯水，对着光线看有无悬浮在水中的细微物质？静置三小时，然后观察杯底是否有沉淀物？如果有,说明水中悬浮杂质严重超标； ⒉闻：用玻璃杯距离水龙头尽量远一点接一杯水，然后用鼻子闻一闻，是否有漂白粉（氯气）的味道？如果能闻到漂白粉（氯气）的味道，说明自来水中余氯超标； ⒊尝：热喝白开水,有无有漂白粉（氯气）的味道，如果能闻到漂白粉（氯气）的味道,说明自来水中余氯超标！也必须使用净水器进行终端处理； ⒋观：用自来水泡茶，隔夜后观察茶水是否变黑？如果茶水变黑，说明自来水中含铁、锰严重超标，应选用装有除铁、锰滤芯的净水器进行终端处理； ⒌品：品尝白开水，口感有无涩涩的感觉？如有,说明水的硬度过高； ⒍查：检查家里的热水器、开水壶,内壁有无结一层黄垢？如果有，也说明水的硬度过高，（钙、镁盐含量过高），应尽早使用软化处理！注意:硬度过高的水很容易造成热水器管道结垢，因热交换不良而爆管；长期饮用硬度过高的水容易使人得各种结石。 二、水质检测方法： (一)水中氯离子的测定 ⒈原理方法 本方法以铬酸钾为指示剂，在pH为5~9.5的范围内用硝酸银标准溶液滴定。硝酸银与氯化物作用生成白色氯化银沉淀，当有过量硝酸银存在时，则与铬酸钾指示剂反应，生成砖红色铬酸银，表示反应达到终点。 反应式为： Ag++ Cl-→ AgCl↓(白色) 2Ag++ CrO42- → Ag2CrO4↓(砖
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云序生物为你解密ATAC-seq研究方案
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那ATAC-seq技术到底什么呢？ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割，进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。这项技术仅需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息，广泛应用于转录因子结合分析、核小体定位、活性调控元件分布等研究，在表观遗传机制研究领域有广阔的应用前景。 那么对ATAC-seq研究到底火爆到什么程度呢？我们通过ATAC-seq技术相关的文章来看看。根据最新统计发现：利用ATAC-seq技术发表的文章的数量呈现出指数性增长；其中Cell以及旗下杂志302篇、Nature以及旗下杂志215篇、Science及其旗下杂志82篇。可想而知，ATAC-seq技术到底有多火。在这一大的研究背景下，我们云序生物作为一家专业的测序服务公司，又提供什么样的ATAC-seq服务呢？ ATAC-seq相关文章发表数量 云序生物 - ATAC-seq一站式服务 1. 一站式服务流程 2.技术优势 快速：实验流程精简，耗时短 微量：细胞量少，适用于临床样本 准确：重复性好，与同类技术及同类测序平台一致性高 全面：获取信息量大（全基因组调控活性图谱、全转录因子结合图谱） 3. ATAC-seq信息分析 标准分析：Peak检测、Peak长度检测、Peak深度分布、Peak相关基因、样本间差异peak检测、样品间差异peak相关基因、样品间差异peak相关基因的GO和KEGG富集分析 高级信息分析：核小体定位分析、转录因子结合分析（需客户提供感兴趣的TF名称）、全基因组活性图谱 联合分析：ATAC-Seq与RNA-Seq关联分析、ATAC-Seq与ChIP-Seq关联分析 云序生物-ATAC-seq相关文章思路总结 1. ATAC-Seq与RNA-Seq关联分析 ATAC-seq结果，研究了该时空条件下发生转录的基因以及顺势调控元件的一些序列，那么我们就可以对这些基因进行分析。联合RNA-se
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KinExA分子与完整细胞相互作用系统的原理与应用
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
KinExA®分子与细胞相互作用系统介绍 一、KinExA的技术背景： Sapidyne Instruments Inc.于1995年在美国创立，产品基于独特的Kinetic Exclusion Assay（KinExA）专利技术。在公司成立早期，Xavier大学、美国陆军和环境保护局等研究单位采用KinExA技术开展了大量工作；经过数十年在生物制药领域、科研领域及环境监测领域的广泛应用，KinExA技术已成为顶级制药公司和生物技术公司以及许多大学、独立研究实验室和环境监测机构研究相互作用和生物活性物质检测的必备工具，并且已得到FDA和EMA认可。 二、KinExA的技术原理： 在反应溶液中当受体和配体达到平衡状态时，这时溶液中存在三种物质：受体、配体以及受体-配体复合物。KinExA技术通过包被受体或配体的珠子在极短时间内（
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单细胞分离和转移的最新用法——单个细胞级别的分离和转移
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
2014年10月30日发表于Lab on a Chip杂志。 单细胞分离和转移的最新用法——单个细胞级别的分离和转移 在当代生物学与医学的研究中，对单个细胞的分离一直有着很高的需求。然而传统手段往往需要将大量细胞悬浮后进行分选接种。这类方法不仅费时费力，而且细胞活力也会受到影响。本篇报道中Guillaume使用FluidFM BOT建立了一种非常简易、快速的新手段。 单细胞分离有哪些优势？ 由于蛋白和基因的随机表达性，即使同一基因源的细胞也可能会有所不同。因此单细胞分离对于克服细胞异质性有着十分重要的意义。能够让研究者从一群混合细胞群中挑选特定感兴趣的细胞，之后既可以用于单细胞分析，也可以用于单克隆扩增。这种检测手段能够检测到常规细胞检测手段所不能发现的细胞群中的多样性。 另外对于细胞转染、感染、注射的实验来说，选取单个细胞对于建立特定基因或表达特定蛋白的克隆来说更是十分必要的。因为只有单一基因的细胞群才能最大限度的保持种群稳定。 单细胞分离的手段 在目前的研究中，分离单细胞的手段主要是通过将细胞悬浮后做高通量筛选。其中主要使用的是流式细胞荧光分选技术（FACS）或者免疫磁性细胞分选法（MACS）。这两种方法在临床上目前均广泛应于细胞筛选。然而这两种方法均需要使用相当大量数量的细胞，一般在105-106数量级上。然而很多研究中，培养出的细胞不太容易达到这个数量级。而在少量细胞分选中，这两种方法均面临着极大地挑战。 微流控芯片技术的出现让少量细胞分选有了新的选择，该方法主要通过荧光、磁力、流体动力流、声光电泳、介电泳粘附等性质进行分离。这种方法往往需要较低的细胞浓度来实现单细胞分离，因此在分离过程中需要严格控制进入微流控芯片中的细胞量。 上述的分离方法有着广泛的应用，但是其应用却也受到其本身性质的应用。因为无论是哪种方法都仅限于操纵悬浮溶液中的细胞。而对于本身还处在贴壁状态的细胞却需要将其完全解离后才
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活细胞提取及应用——单个细胞级别的活细胞提取
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
2016年7月14日发表于Cell杂志。 活细胞提取及应用——单个细胞级别的活细胞提取 由于细胞异质性的存在，单细胞层面的分析就变得十分重要。目前对于单细胞分析的方法主要还是通过化学、生物学的方法进行裂解后，提取内容物进行分析，然而这种方法往往会对样本造成一些损伤。直接提取活细胞具有诸多优点，但是操作苦难。如今一种全新使用FluidFM科技的技术新报道有望提供一种活细胞提取新型的简易方法。 1.为什么要进行活体单细胞提取 随着技术的发展，对于细胞的研究开始向单细胞领域的分析靠拢。随着细胞异质性的发现以来，人们开始更多地认识到即使基因型完全相同，但由于基因表达的不同，也会导致细胞的表型出现差异，从而使得每个细胞的功能、组成等各方面也不完全相同。而这种差异是在生物界广泛存在的，即使同源细胞群中也是存在的。因此对于单细胞层面的分子分析，成为了揭示病理特征，细胞应激等方面的重要手段。 在目前的单细胞分析手段中也面临着诸多挑战。目前主要的方法是使用流式细胞仪或者微流控芯片对细胞进行分选并隔离单细胞，然后通过裂解的方式对细胞进行分析。这种高通量分选的方式虽然快速，但是本身需要将细胞从原始的培养环境中取出，这样始终会导致细胞内部一些生物信息的丢失或损伤。而且由于细胞破坏方式使用的是化学或者生物手段裂解，所使用的裂解液也会对细胞之中的一些组分产生破坏。因此单细胞分析始终面临着重大的挑战。 因此，学者开始尝试从活细胞中直接提取其成分。目前已经有诸多不同的活细胞提取技术得到了建立，并且通过这类的方法所提取分析内容的方法所获得的结果往往要好于裂解的方式。因此活细胞提取技术是一种更加无损的获得细胞内组分的方式。 2.使用FluidFM设备提取细胞并不会影响细胞活力 在本文中，作者对首先建立了一种使用FluidFM提取细胞的方法。他们尝试了各种提取量以确定使用FluidFM能够对细胞提取的最大量。在实验中他们发现
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