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科学家利用转座子找到抑制癌症发育的新基因PTEN
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
英国桑格研究院的研究人员和他们的合作者们最近发现了帮助阻止前列腺癌、皮肤癌和乳腺癌发育的新基因。这些基因能够与众所周知的肿瘤抑制基因PTEN配合发挥作用，该研究还发现这些基因与人类前列腺肿瘤存在相关性。 抑制癌症发育的新基因 该研究揭示了一些参与癌症发育的新途径，这些基因有望成为**PTEN突变癌症的新药物靶点。这项研究开发的一些方法也可以用于发现其他协同抑制癌症生长的基因。相关研究结果发表在国际学术期刊Nature Genetics上。 前列腺癌是英国男性中第二常见的癌症，每年大约有47000名男性被诊断为前列腺癌。超过一半的前列腺癌存在PTEN基因的改变或缺失，还有许多其他癌症也存在类似情况，包括脑瘤和子宫内膜癌。 类似PTEN这样的肿瘤抑制基因能够帮助阻止健康人体内癌症的发育。PTEN调节一个与生长和分裂有关的重要细胞途径，但是还有哪些基因和途径能够协同PTEN阻止癌症还不是特别清楚。 在这项研究中，研究人员设计了一种新方法，将Pten基因的一部分转变成一种可移动的DNA元件——转座子。当这一部分离开Pten基因就会出现基因的失活。重要的是携带了一部分Pten基因的转座子会随机落在整个基因组内，损伤插入的基因，当转座子损伤了一个协同Pten发挥作用的肿瘤抑制基因就会出现癌症的生长。 文章第一作者Dr. Jorge de la Rosa博士表示：“我们设计了这种新方法，将转座子直接插入到Pten基因中，这样无论何时转座子跳跃出去插入到基因组的另一个部位，都会同时造成Pten基因的失活。通过分析癌细胞内被破坏的基因，我们就可以找到与Pten协同抑制肿瘤生长的抑制基因。” 研究人员共分析了278个来自小鼠的前列腺、乳腺和皮肤肿瘤，发现了成百上千个可能协同PTEN共同发挥作用的肿瘤抑制基因。研究人员利用人类细胞系和来自人类前列腺肿瘤的数据研究了其中的5个基因。 这项研究首次在多种癌症类型中研究了与PTEN协同发挥作用的肿瘤抑制基因，并且发现通过基因手段使PTEN失活以后，5个候选基因中
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转录因子Tbx6或能促进干细胞分化形成心血管系统和肌肉骨骼
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
一种关键的转录因子或能促进干细胞分化形成心血管系统和肌肉骨骼系统 在很多研究中，研究人员都想发现一种单一的转录因子来诱导中胚层的形成，中胚层是胚胎发育的早期阶段，如果没有来自其它细胞蛋白的帮助，研究人员或许就无法诱导中胚层的形成。近日，一项刊登在国际杂志Cell Stem Cell上的研究报告中，来自日本筑波大学的科学家们发表了一篇题为“Tbx6 Induces Nascent Mesoderm from Pluripotent Stem Cells and Temporally Controls Cardiac versus Somite Lineage Diversification”的研究报告，文章中，他们对50多种转录因子进行了筛选，最终发现名为Tbx6的转录因子或能在人工培养的干细胞中单独刺激中胚胎的形成，同时其还能促进干细胞转变成为心血管细胞或肌肉骨骼细胞。 图片来源：University of Tsukuba 多能干细胞（pluripotent stem cells）能为研究人员阐明细胞分化的机制提供一种新的视角，而细胞分化时人类和其它动物机体组织发育和维护的关键过程，其对于再生医学的框架形成至关重要，尽管近些年来科学家们在理解并指导干细胞分化领域的研究上取得了一定的成绩，但诱导中胚层形成及随后特异性分化为组织特异性的细胞类型其中涉及的总体分子机制，目前研究人员并不清楚，因为这一过程是动态变化的，此前研究人员进行的研究规模较小，而且并没有提供一些决定性的数据。 研究者Masaki Ieda表示，我们都知道，在肌肉骨骼组织形成过程中Tbx6因子处于活性状态，Tbx6突变的小鼠能以肌肉骨骼组织为代价来生产异位神经管组织，但我们并不清楚在早期/新生中胚层和中胚层衍生物（包括心血管系统等）中Tbx6的表达和功能；随后研究人员通过研究很惊讶地发现，Tbx6在由诱导多能干细胞衍生的中胚层的形成过程中扮演着非常广泛的角色。 这项研究中，研究者发现，短暂产生的Tbx6能够促进产生心血管细胞的中胚层的形成，而且Tbx6的持续性表达会抑制形成心血管的中胚层，反而会促进产生肌肉骨骼细胞的中胚层组
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食品中检出这些微生物—有什么危害（一）？
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
一、大肠菌群 大肠菌群不是细菌学上分类命名，而是一组与粪便污染有关的细菌。这群细菌既有致病菌，也有非致病菌。大肠菌群包括：大肠埃希氏菌、柠檬酸杆菌、产气克雷伯氏菌、和阴沟肠杆菌等。 大肠菌群都是直接或间接地来自人和温血动物的粪便。因此大肠菌群作为粪便污染的指标菌评价样品中是否受到粪便的污染，表示了对人体健康是否具有潜在的危险性。大部分食品对大肠菌群均有限量规定，如糕点、面包（≤）10cfu/g；熟肉制品（≤）10cfu/g。食用了大肠菌群超标的食物轻则可能导致急性腹泻，重则引起食物中毒或肠道外感染。 二、霉菌 霉菌，是丝状真菌的俗称，意即"发霉的真菌"，它们往往能形成分枝繁茂的菌丝体，但又不像蘑菇那样产生大型的子实体。在潮湿温暖的地方，很多物品上长出一些肉眼可见的绒毛状、絮状或蛛网状的菌落，那就是霉菌。霉菌有的使食品转变为有毒物质，有的可能在食品中产生毒素，即霉菌毒素。霉菌毒素对人主要毒性表现在神经和内分泌紊乱、免疫抑制、致癌致畸、肝肾损伤、繁殖障碍等。比如我们比较熟悉的黄曲霉素，当人摄入量大时，可发生急性中毒，出现急性肝炎、出血性坏死、肝细胞脂肪变性和胆管增生。当微量持续摄入，可造成慢性中毒，生长障碍，引起纤维性病变，致使纤维组织增生。AFT的致癌力也居首位，是目前已知最强致癌物之一。 如GB 7099-2003 糕点、面包卫生标准规定，霉菌限量热加≤100cfu/g；冷加工≤150cfu/g；GB 7110-2003 饼干卫生标准霉菌限量夹心饼干和非夹心饼干都≤50cfu/g。 三、酵母 酵母，一般泛指能发酵糖类的各种单细胞真菌，可用于酿造生产，也可为致病菌，更是遗传工程和细胞周期研究的模式生物。酵母菌是人类文明史中被应用得最早的微生物。啤酒酵母、面包酵母被人类用于制作食品及饮料。有些酵母菌对生物或用具是有害的，例如红酵母（Rhodotorula）会生长在浴帘等潮湿的家具上；白色假丝酵母（或称白色念珠菌）
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震惊反射实验方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
第一步：输入输出测试(input/output test)参数设置 适应时间2 min，此阶段设置为14个trails。背景噪音white noise, 65 dB，全程打开。每个trail之间的间隔在10-30 s之间随机变化。无前脉冲刺激，震惊刺激设置为white noise, 65-130 dB渐变，渐变阶梯5 dB;刺激持续时间20 ms。 第二步：短期习惯性测试(short-term habituation test)参数设置 背景噪音white noise, 65 dB，全程打开。适应时间2 min。此阶段设置为30个trails。每个trail之间的间隔在10-30 s之间随机变化。无前脉冲刺激，震惊刺激设置为white noise, 105 dB;刺激持续时间20 ms。 第三步：前脉冲抑制测试((PPI test)实验程序设置: 在实验阶段背景噪音(white noise, 65 dB)全程打开，分为适应期、Block I和BlockII三个阶段。适应期持续时间2 min。Block I设置为20个trails，每个trail无前脉冲刺激; 震惊刺激设置为white noise, 105 dB:刺激持续时间20 ms:Trail之间的间隔在10-30 s之间随机变化。Block II设置为70个trails;每个trail之间的间隔在10-30 s之间随机变化。Block II中的刺激类型分为7种，具体组合方式见表1。每种刺激类型在70次trail中出现10次，出现顺序随机。前脉冲刺激设置为0,68(+3), 71(+6）, 74(+9), 77(+12), 80(+15) dB, white noise,持续时间10 ms。Prepulse/startle stimulus delay设置为60 ms。震惊设置为white noise, 105 dB，刺激持续时间20 ms。
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超纯水机使用规范和日常保养方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
超纯水机是广泛应用于凝胶分析培养基制备，毛细管电泳，生命科学，动物细胞及植物细胞、组织培养，IVF，氨基酸分析，分子生物学，有机物分析，离子色谱分析毛细管电泳，环保实验分析，精密仪器分析以及分析试剂及药品配置、稀释等领域的基础实验室仪器。 超纯水机是一种将自来水转化成达到实验室要求纯度纯水的机器。超纯水机为了达到实验室标准，会将自来水通过一系列净化措施将水中的有机物、热源、颗粒物、离子、微生物以及细菌等杂质去除。 每种仪器都有自己的使用规范，超纯水机也不例外。 （1）每种超纯水机都有着自己适用的水质范围，进水水质不符合机器标准会导致膜元件不可恢复性伤害，降低超纯水机的性能，减少超纯水机的使用寿命。 （2）进水水温不可以太低，需要防止冰冻损伤机器。 （3）设备安装应尽量在干燥并且通风的地点，潮湿环境会损坏电器设备以及元件。 （4）安装地点应保证夏夏季环境不高于40度，冬季高于4度。否则会对设备造成不可恢复的损坏。 超纯水机使用过后的保养也有助于延长仪器的使用寿命。 （1）环境温度应保持在5-45℃之间。 （2）设备不要长时间停运，每天至少运行2个小时以上，如停机时间超过72个小时，应该先停高压泵，关闭相应的剂量加药系统，预处理系统，以及相关阀门，当反渗透系统停运后，立即使用冲洗系统将反渗透系统的浓水冲出。 （3）设备每次停机和启动都应让设备在进水压力小0.4MPa的条件下冲洗10分钟。 对于科研仪器来说避免故障的**方法就是正确的操作以及适当的调节；不要盲目操作减少系统误差；以及时常进行仪器维护。 保持超纯水机的最佳工作状态，这个分析仪器才能在科学研究和分析中发挥出他应有的作用。 武汉集思仪器设备有限公司致力于打造世界先进水平又适合国内的实验室设备，致力于为您度身定制系统的实验室整体解决方案，是华中地区规模型实验室服务一站式供应商，已为超过5000个国内知名企事业单位提供专业实验室仪器设备，咨
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不同品牌试剂盒提取土壤DNA的结果对比
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
1.引言 提取高浓度、大片段、多样性程度高、具有代表性的土壤微生物总DNA对土壤微生物多样性研究至关重要。然而，土壤是一个非常复杂的异质体系，其中含有的腐植酸及腐植酸类似物、酚类化合物、重金属离子等，在DNA提取过程中如不能有效去除，将直接影响后续的PCR扩增、核酸杂交、内切酶消化等分子操作。 用传统微生物学方法对复杂微生物生态系统进行研究必须首先进行微生物的分离培养。由于土壤微生物生态系统极为复杂及培养条件的限制，可在实验室培养的微生物还不到土壤微生物总数的1％，相当多的微生物因无法人工培养而未被认识[1]。 土壤微生物DNA的提取纯化是一个耗时、繁琐的过程，许多学者一直在探索更加快速、高效、低成本的土壤DNA提取方法。20世纪80年代中期以来，微生物学家开始采用免培养分子微生物生态学法直接对土壤微生物进行研究[2]，其方法必须提取土壤微生物群落的DNA。Volossiouk[3]等使用液氮研磨及SDS(十二烷基磺酸钠)破解微生物细胞提取土壤DNA，Tsai[4]等则采用溶菌酶和SDS法提取土壤DNA，而这些方法所提取的DNA杂质较多，严重影响后续研究结果[5-6]。后来，Bourrain等[7]从活性污泥中以及LaMontagne等[8]从堆肥中提取了微生物群落的DNA。但是，目前仍然没有一种快速、高效、低成本且高质量的土壤DNA提取方法。本文购买了市面上常用的土壤DNA试剂盒，就提取效果进行了对比。 2.材料与方法 2.1材料 用于DNA提取的土壤样品采自无锡市惠山区惠山中央公园草坪的贫瘠土(1～10 cm表土；样品编号1)、池塘边的活性污泥（样品编号2），以及小树林的腐殖土(1～10 cm表土；样品编号3)。 2.2方法 2.2.1 分组 设置三个实验组： （A）O公司 （Lot. M****-02）； （B）M公司 （Lot.***545）； （C）Bioteke （货号：AU46212）。 2.2.2 DNA提取 严格按照试剂盒步骤提取土壤DNA，比较不同试剂盒处理的DNA提取效率，并通过凝胶电泳和PCR扩增分别确定不同试剂盒提取后DNA的提取量及扩增16S rRN
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不同品牌游离核酸保存管的比较
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
1.前言 循环游离核酸(circulating cell-free nucleic acids)是指存在于人体循环系统中，游离于细胞外的微量内源性或外源性核酸片段，包括核DNA、线粒体DNA(mitochondrial DNA，mitDNA)、病毒DNA、信使RNA(messenger RNA， mRNA)及微小RNA(microRNA， miRNA)等。 1948年， Mandel等［1］ 首次发现了血液循环中游离DNA的存在。随后，循环游离核酸在病理状态下的特异性变化引起了广泛关注。虽然这一发现十分重大，但当时并未引起人们的广泛关注，并且在此后的很长一段时间里，人们也仅局限于研究游离 DNA 与人类自身免疫病之间的关系。 1975 年， Steinman 在健康人的血浆中也发现有游离形式的核酸存在，这提示我们这种核酸的出现属于病理学事件，而非病因学事件，但健康人血浆中游离 DNA 的量要显著低于患有一定疾病的人。 1977年， Leon等［2］ 发现肿瘤患者血清中的游离DNA水平较健康人群明显升高，并与肿瘤的进展与预后相关。 1997年，人们发现在孕妇血浆中含有游离形式的胎儿源的 DNA，这使得血浆游离核酸的研究在胎儿出生前诊断方面的应用也有了快速的发展。 1989年， Stroun等［3］ 发现肿瘤患者血液中的游离核酸含有与肿瘤细胞相同的基因突变。现如今，游离核酸与肿瘤、妊娠相关性疾病、自身免疫病、移植排斥反应、创伤、急救医学等有着密切关系，其检测对疾病的早期诊断、分期、监测、预后判断等有重要意义。 鉴于游离核酸的重要检测意义，游离核酸的保存条件则直接决定了检测结果的可靠性。为确保游离核酸标本检测的准确性， 本文采用了市面上常用的不同品牌游离核酸保存管，就保存效果进行了比较。 2 材料与方法 2. 1 材料 2.1.1 保存管及分组 （1） E 组：普通抗凝采血管（主要成分 EDTA·2Na）； （2） S 组： Cell-Free DNA BCT（品牌： S 公司， REF.2***52）； （3） B 组： Cell-Free DNA Storage Tube 10mL(品牌：百泰克， REF. ST2001)； （4） K 组： Cell-Free DNA Storage Tube 10mL（品牌： K 公
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游离核酸DNA样本保存管产品说明和相关研究数据
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
游离DNA样本保存管 产品编号 产品名称 包装 价格 ST2001 游离DNA样本保存管 6支/包 330元 ST2002 游离DNA样本保存管 100支/包 5000元 英文名称： Cell-Free DNA Storage Tube 采血量： 9.75ml 加剂：专有保护剂 材质： 硅化玻璃 储存：室温保存1年 保存时间：4-37°C下稳定保存cf-DNA大于 14天 产品简介及原理 游离核酸作为新型的医疗诊断标志物，与肿瘤学、产前遗传学诊断的发展有着非常密切的联系，研究发现，健康血浆样本中只有极少量的cfDNA（约5-30ng/ml），外周血cfDNA水平的增加与许多临床疾病发生有关。在遗传诊断领域，通过采集孕妇外周血，并提取血液中游离脱氧核糖核酸（cfDNA）并进一步分离出游离的胎儿脱氧核糖核酸（cffDNA），结合下一代测序技术（NGS），结合相关生物信息分析，对胎儿的遗传信息进行分析达到无创产前诊断的目的。常规条件下，通常采用含有抗凝剂的新鲜血液采集、储存和运输过程中，血液中有核细胞容易破碎并释放出细胞基因组DNA及其他成分，导致血浆中游离DNA成分受到污染，或者受到核酸酶介导的降解等影响。 百泰克游离核酸（cf-DNA）保存管中特有的保护剂，能够有效稳定血液中具核血细胞，抑制核酸酶介导的降解，维持cf-DNA的稳定，避免体细胞基因组的污染。 产品作用： 用于收集、运输和储存血液样本，有效稳定血液中具核血细胞，抑制核酸酶介导的降解，维持cf-DNA的稳定，避免体细胞基因组的污染。 产品应用：NIPT无创产前检测：孕妇外周血的胎儿游离DNA保存 肿瘤液体活检：循环肿瘤细胞（CTCs）和ctDNA（循环肿瘤DNA）保存 其他：血浆基因组DNA和游离DNA保存 保存管核酸保存性能： 样本类型 游离DNA 胞内基因组DNA 样本保存时间 14天 14天 样本保存温度 4-37℃ 4-37℃ 产品特点： 保存时间长 ：样本稳定保存时间大于14天。 稳定性好：样本管，保存样本后，可适应严苛的高温、震动运输条件。 相关研究数据：
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如何提取土壤中的高通量核酸？
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
土壤是指地球表面的一层疏松的物质，由各种颗粒状矿物质、有机物质、水分、空气、微生物等组成，能生长植物。土壤微生物的数量很大，1克土壤中就含有4000～7000种近10亿个细菌。1亩地耕层土壤中，微生物的重量能达到300-3000公斤。而其中90%以上的微生物都是无法直接培养的。 因此，提取土壤中的微生物基因组能够直接在分子生物学的基础上研究环境生态、环境保护与修复以及菌种筛选。 但是土壤中含有大量的腐殖酸（Humic Acid，简写HA）是动植物遗骸，主要是植物的遗骸，经过微生物的分解和转化，以及一系列的化学过程积累起来的一类有机物质。因为其性质与DNA十分相似，所以在提取时会与基因组一同被提取出来，而微量的腐殖酸就会对下游PCR实验以及酶切反应产生抑制作用。 目前从土壤样品中提取微生物DNA的方法主要有Bead beating法、Bourrain法、Martin-Laurent法，而这些方法都统分为直接法和间接法。 直接法是指将土壤样品放在裂解液中，经过有效的破壁方法使微生物的DNA全部释放到裂解液中，然后再进行分离提取的方法。 间接法是指将土壤放在一种缓冲液中，把微生物从土壤中分离出来，然后再进行DNA的提取。 目前市面上土壤提取试剂盒有很多种，一些进口公司的土壤DNA提取试剂盒能够很好的提取土壤中基因组DNA，很多土壤相关工作人员都选用该试剂盒。不过这些试剂盒在价格上同样也是走在行业前列，让很多从事土壤研究的科研工作者因为价格望而却步。 百泰克生物科技有限公司本着“科技领先，优质高效，顾客至上，遵信守约”的理念，开发了一种新型高效的土壤/淤泥基因组DNA提取试剂盒，突破性的开发出一种新型腐殖酸去除剂，最大限度的去除土壤样本中的腐殖酸，保留目标DNA，结合磁珠法核酸纯化的技术，匹配百泰克32/96通量自动核酸提取仪可以完成提取，大大节省科研人员操作的同时，得到高纯度的土壤微生物DNA。 百泰克实验室研究人员为了进一步对比产品效果，还将行业领先的A
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食品中检出这些微生物—有什么危害（二）？
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
五、金黄色葡萄球菌 金黄色葡萄球菌是人类的一种重要病原菌，隶属于葡萄球菌属，有“嗜肉菌"的别称，是革兰氏阳性菌的代表，可引起许多严重感染。金黄色葡萄球菌在自然界中无处不在，空气、水、灰尘及人和动物的排泄物中都可找到。因此，食品受到污染的机会很多。 美国疾病控制中心报告，由金黄色葡萄球菌引起的感染占第二位，仅次于大肠杆菌。金黄色葡萄球菌是人类化脓感染中最常见的病原菌，可引起局部化脓感染，也可引起肺炎、伪膜性肠炎、心包炎等，甚至败血症、脓毒症等全身感染。而其中耐甲氧西林金黄色葡萄球毒性较强，其对β-内酰胺类和头孢类抗生素均耐药，是院内和社区感染的重要病原菌之一。此外金黄色葡萄球菌能产生数种引起急性胃肠炎的蛋白质性肠毒素。肠毒素可耐受100℃煮沸30分钟而不被破坏。 血平板 金黄色葡萄糖球 六、沙门氏菌 沙门氏菌是一种常见的食源性致病菌。沙门氏菌属有的专对人类致病，有的只对动物致病，也有对人和动物都致病。沙门氏菌病是指由各种类型沙门氏菌所引起的对人类、家畜以及野生禽兽不同形式的总称。沙门氏菌主要污染肉类食品，鱼、禽、奶、蛋类食品也可受此菌污染。沙门氏菌食物中毒全年都可发生，吃了未煮透的病、死牲畜肉或在屠宰后其他环节污染的牲畜肉是引起沙门氏菌食物中毒的最主要原因。 XLD平板 沙门氏菌 沙门氏菌中毒的症状主要由急性肠胃炎为主，潜伏期一般为四至四十八小时，短期是数小时，长期是两天至三天，前期症状有恶心、头疼，全身乏力和发冷等，主要症状有呕吐、腹泻、腹疼，粪便以黄绿色水样便，有时带脓血和黏液，一般发热的温度在三十八摄氏度至四十摄氏度，重病人出现打寒战、惊厥、抽搐和昏迷的症状。病程为三天至七天，一般预后良好，但是老人、儿童和体弱者如不及时进行急救处理也可导致死亡，多数沙门氏菌病患者不需服药即可自愈。 八、溶血性链球菌 溶血性链球菌又称沙培林,对热和化学清毒剂均敏感，常引起扁桃体、咽部、中耳
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数字PCR应用及前景
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
剖析|你想要知道的数字PCR应用及前景 一． PCR的发展历史 PCR技术自问世以来，在遗传病、病原体、癌基因等分子诊断领域和法医鉴定等方面发挥了巨大作用。第一代 PCR在进行扩增后通过凝胶电泳进行定性分析。 随着生物分子荧光技术的发展，1992年实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR, qPCR) 应运而生。qPCR是一种在DNA扩增反应中，以荧光化学物质荧光强度来测定每次聚合酶链式反应（PCR）循环后产物总量的方法。由于在PCR扩增的指数时期，模板的Ct值和该模板的起始拷贝数存在线性关系，所以Ct值也就成为定量的依据。基于荧光探针或染料的第二代 PCR 技术随后逐渐发展为检测核酸目标片段的主流分子诊断学技术。 在实时定量 PCR（qPCR） 过程中，荧光信号随着扩增产物的积累而增强。qPCR 能够实时获得模板扩增的荧光值，然后根据DNA 模板在指数增长时期的 Ct 值与标准 DNA 的Ct值比较来计算初始模板的浓度。但是这种方法由于是大体积反应系统，非特异性的扩增增加了假阳性结果和背景信号，因此，最终无法获得绝对定量的结果。 随着MEMS工艺的不断成熟和微流控技术的不断发展，新一代PCR技术，数字PCR(digital PCR, dPCR) 也随之出现。digital PCR是一种新的绝对定量PCR，主要是对PCR反应物进行有限稀释，随后在不同的反应腔室里进行PCR扩增，最后根据泊松分布原理及阳性微滴的个数与比例得出靶分子的起始拷贝数或浓度的技术。 图1. PCR技术的发展历程 二． 数字微流控（dPCR）的原理 20 世纪末，Vogelstein 等提出数字PCR( digitalPCR，dPCR) 的概念，通过将一个样本分成几十到几万份，分配到不同的反应单元，每个单元包含一个或多个拷贝的目标分子( DNA 模板) ，在每个反应单元中分别对目标分子进行PCR 扩增，扩增结束后对各个反应单元的荧光信号进行统计学分析。 dPCR是一种核酸分子绝对定量技术。 dPCR一般包括两部分内容，即PCR扩增和荧光定量分析。 在PCR
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随着测序技术的不断快速发展，PCR测序方法你知道几种？
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
自从 Sanger等(1975)引人双脱氧核苷三磷酸( ddNTP)作为链终止剂,DNA序列测定技术得到迅速发展。 ddNTP在DNA聚合酶作用下,通过其5三磷酸基团可以掺入到正在延伸的DNA链中,但由于其脱氧核糖3位置缺少一个羟基,因此不能同后续的dNTP形成磷酸二酯键,使得DNA链的延伸被终止。根据此原理,在DNA合成反应混合物的4种dNTP中加入一定比例的一种 ddNTP,dNTP参与的链延伸将与ddTP参与的链终止发生随机竞争,最终反应产物是一系列的寡核苷酸链,其长度取决于从用以起始DNA合成的引物末端到出现过早链终止的位置之间的距离。在4组独立的酶反应中分别采用4种不同的dNTP,结果将产生4组寡核苷酸链,它们将分别终止于模板链的每个A、C、G或T的位置上,通过电泳分离和放射自显影,就可以进行序列判读。 PCR测序根据标记的方式不同和循环的次数不同可分为直接测序法和循环测序法。 直接测序法 一、原理 PCR扩增获得双链DNA产物经变性形成单链,测序引物与其中一条模板链上的互补序列退火。退火的引物在低进行性反应条件下(如低温和低dNTP浓度),通过DNA聚合酶催化作用延伸20~80个核苷酸;由于此反应体系中掺入放射性标记的dNTP,能使新合成的DNA链中含有多个放射性标记,便于产生高放射显影度。标记的DNA链在高进行性反应条件下,通过DNA聚合酶催化进行延伸,通过在反应体系中掺入 ddNTP,使链延伸反应终止。反应产物经过电泳分离和放射自显影,就可以进行序列判读。 二、材料 (1)DNA模板PCR产物离子交换色谱纯化,作为DNA模板,浓度为:0.01~0.1mmol/L。 (2)引物20个核苷酸的DNA引物可以不经过纯化,直接用作测序引物,引物浓度 l mmol/L (3)DNA聚合酶要求该酶在低温条件下仍具有活性,以便有效地在新合成的DNA链中掺入放射性标记。比如USB/ Amersham公司生产的测序酶2.0。 (4)测序反应缓冲液根据测序酶具体而定,如测序酶2.0的反应缓冲液可用40mmol/LTris-HCl(pH7. 5), 20mmol/L MgCI, Fl 50mmol/L NaCl. (5)放射性
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锂矿中锂量分析解决方案—锂量的测定 火焰光度法
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
锂的存在形式和全球分布 锂为稀碱元素之一，在自然界分布比较广泛，是一种重要的能源金属，它在高能锂电池、受控热核反应中的应用使锂成为解决人类长期能源供给的重要原料。不仅仅如此，锂系列产品广泛应用于冶炼、制冷、原子能、航天和陶瓷、玻璃、润滑脂、橡胶、焊接、医药、电池等行业。 锂提取的矿物原料主要是锂辉石(含Li2O5.8%～8.1%)、锂云母(含Li2O3.2%～6.45%)、磷锂铝石(含Li2O7.1%～10.1%)等，产物主要是碳酸锂、氢氧化锂、磷酸铁锂、铬酸锂、氯化锂、氟化锂、钴酸锂、锰酸锂、镍钴锰酸锂等等。 全球对锂系列产品需求不断增大，中国作为全球产量最大的三个国家之一，也是亚洲唯一有锂矿资源的国家，锂储量占全球的25.7%。为了充分利用可开采的资源，提高产出效率，国家相关部门制定了一些相关标准。 解读YS/T1028.2-2015 磷酸铁锂主要用于各种锂电池的正极材料，我们以YS/T1028.2-2015《磷酸铁锂化学分析方法 第二部分：锂量的测定 火焰光度法》为例，来解读锂含量的测定方法和注意事项。 该标准中明确锂的测试范围为3%-5%，相当于30000ppm-50000ppm,针对如此高的锂含量标准中对样品进行了逐级的稀释，以达到合适的上机浓度。根据标准中锂质量分数的计算公式得出磷酸铁锂中锂含量为5%时上机浓度为10μg/ml(10ppm),相当于对样品稀释了5000倍，巨大的稀释倍数决定了上机读数一定要很准确，否则测量结果偏差会很大。所以标准中也规定：“独立地进行两次测定，取其平均值。” 在样品高浓度下，而大部分火焰光度计有效的测量范围又很小，只能通过对样品进行高倍的稀释才能测得锂的浓度。这些都是为了能够并且尽可能准确的测得锂的含量。 锂矿中锂含量测定解决方案 利用火焰光度计进行锂矿中锂的测定时，用户常常面临数据准确性不高、重现性不好的困惑。由于锂系列产品中锂的测定的结果对于锂矿行业研发和质量控制意义重大，故我们推荐如下解决方案： 英国BWB设计制造的BWB-LI四通道锂火焰光度计具
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人脐静脉内皮细胞的形态学观察和鉴定方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
人脐静脉内皮细胞爬片准备：细胞换液后直接在倒置显微镜下观察细胞的形态及生长特征，并作相差摄影，同时进行常规HE染色观察并摄片。鉴定采用DAB免疫组织化学法，在6孔培养板中放置载玻片，在玻片上植入2ml含有1×106的细胞悬液，待细胞贴壁后，取出载玻片，放入-20℃的冷丙酮中固定30min,用PBS冲洗3次，每次2min,滴加3%H2O2室温孵育10min，PBS冲洗3次，每次2min,以消除内源性过氧化物酶的活性。滴加兔抗人Ⅷ因子相关抗原多抗工作液，放入湿盒内4℃过夜，同时另一盖玻片不加一抗作阴性对照。次日，用PBS冲洗3次，每次2min,滴加辣根酶标记的羊抗兔IgG, 37℃孵育30min, 用PBS冲洗3次，每次2min,用DAB底物混合工作液显色，显微镜下观察，待出现特异性染色后，终止显色，进行复染，脱水，透明，封片，相差显微镜下观察摄影。 人脐静脉内皮细胞（Sciencell #8000）的形态学观察：相差倒置显微镜下观察，人脐静脉内皮细胞贴壁单层生长，呈短梭状或铺路石样镶嵌排列，细胞为扁平多角形，边界清楚，胞浆丰富。胞核清晰可见，为圆形或椭圆形。原代培养细胞，于接种后2h开始贴壁生长，传代细胞约半小时后即开始贴壁生长。原代细胞一周左右可长满，传代细胞生长旺盛，有时可见多核细胞。 Ⅷ因子相关抗原免疫组化鉴定：人脐静脉内皮细胞（Sciencell #8000）Ⅷ因子相关抗原免疫组化染色可见细胞呈圆形、梭形或多边形，胞浆内可见棕黄色颗粒，核周密集，而对照组内未见着色。证实培养的细胞为内皮细胞。 北京裕恒丰科技有限公司作为第一家引进美国ScienCell 原代细胞等细胞产品的领头人，为国内各大院校、科研机构提供了高质量的、价格公道的进口原代细胞，并为每一种原代细胞搭配适合自己的培养基，并且培养基中包括生长因子、高质量胎牛血清、双抗，试验中当时混匀即可，操作简单快速，促进了原代细胞的生长能力，大大提高了细胞的传代次数。电话13683626447
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康成tRF测序应用于Biomarker研究
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
【康成客户首篇tRF文章】tRF的Biomarker研究 南京医科大学第一附属医院肿瘤科副主任医师殷咏梅教授长期从事消化道肿瘤和乳腺肿瘤的内科**，近来，其实验室利用tRF&tiRNA测序，发现在曲妥单抗敏感和耐受的乳腺癌细胞中，tRNA来源的小非编码RNA分子tRF&tiRNA表达差异显著。其中tRF-30-JZOYJE22RR33和tRF-27-ZDXPHO53KSN在Trastuzumab（曲妥单抗，一种抗乳腺癌药物）耐受的临床病人中明显上调。结合临床信息分析显示，这两个tRF表达上调的曲妥单抗耐药乳腺癌病人与更差的无进展生存期具有明显的相关性，预示着这两个tRF可作为潜在的不良预后的生物标志物。该研究成果发表在2018年8月的Cellular Physiology and Biochemistry（IF：5.104）。（tRF&tiRNA测序由康成生物提供技术服务） 什么是tRF&tiRNA? tRF（15-30nt）和tiRNA(30-35nt)是由Dicer酶或ANG酶在多种条件下，精确地、特异性的切割tRNA后产生的小非编码RNA。已有多项研究表明，tRFs和tiRNAs作为sncRNA执行多种生物学功能。它们能够作为miRNA行使RNA干扰；替换与mRNA结合的翻译起始因子eIF4G，直接抑制蛋白的翻译过程；结合某些蛋白因子，例如YBX1，影响mRNA的稳定性 ；与细胞色素C相互作用，调控细胞凋亡；在应激条件下促进应激颗粒 (Stress Granules, SGs) 的组装；敏化细胞氧化应激诱导的p53激活以及p53依赖的细胞死亡；作为父代表观遗传因子，改变子代基因转录级联过程等。 >>详细内容请见：tRF&tiRNA：为什么以及如何研究它们？ 研究背景 约20%-25%的乳腺癌病人中人上皮生长因子受体-2（HER-2）表达上调，且HER-2与不良预后相关。曲妥单抗是一个HER-2的单克隆抗体，可明显提高乳腺癌病人的生存期。但大多数病人在接受曲妥单抗**后，会产生抗性，因此寻找HER-2阳性的乳腺癌患者产生曲妥单抗耐药性的分子机制已成为迫切需
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