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知识分享：质粒提取实验步骤
作者：德尔塔 日期：2022-04-20
实验原理 现在较常用的质粒提取方法有三种:碱裂解法、煮沸法和去污剂裂解法，前两种方法较为剧烈，适用于较小的质粒（＜15Kb），而去污剂裂解法则比较温合，一般用于分子量较大的质粒（＞15Kb）。 碱裂解法是一种最广泛使用的制备质粒DNA的方法。其原理为：染色体DNA远大于质粒DNA，且染色体DNA为线状分子，而质粒为共价闭合环状分子。当pH值为 12.0-12.6，碱性环境中，线性的大分子的染色体DNA完全变性且无法复性，而共价闭环质粒DNA在将PH调至中性后即可恢复其天然构象；在高盐浓度存在的条件下，染色体DNA和蛋白质在去污剂SDS的作用下形成沉淀，而质粒DNA为可溶状态，通过离心可除去大部分细胞碎片、染色体DNA、RNA及蛋白质，质粒DNA仍在上清中。残留的杂质可以通过酚氯仿处理掉。 实验过程 1、实验试剂 （1）溶液Ⅰ 50mMl 葡萄糖 / 10mMl EDTA / 25mMl Tris-HCl,pH=8.0； （2）溶液Ⅱ 0.2Ml NaOH / 1% SDS； （3）溶液Ⅲ 3Ml 醋酸钾 / 2Ml 醋酸； （4）异丙醇，无水乙醇，75%乙醇应放-20℃冰箱预冷备用； 酚氯仿放4℃冰箱预存； （5）摇菌，2-3ml相应抗性的LB培养液，在37℃温度下过夜培养。 2、质粒提取 （1）菌液12000rcf离心5min，弃掉上清，加入0.2ml溶液I（已加入RNase），充分混匀后，加入0.25ml溶液II，颠倒混匀，室温放置5min，加入0.4ml 溶液III，颠倒混匀后，13000rcf 离心30min。 （2）上清转入新的1.5mlEP管中，加入等体积的酚氯仿混合液，充分混匀。10000rcf 离心10min。 （3）取上清，转入新的EP管，加入等体积、预冷的异丙醇，充分混匀后，13000rcf 离心 6min。 （4）倒掉上清液，用1ml预冷的75%乙醇，颠倒后，13000rcf 离心 1min。 （5）倒掉上清液，沿壁加入1ml预冷的75%乙醇，直接倒掉。 （6）沿壁加入1ml预冷的乙醇，直接倒掉。倒扣5min后，室温下放置10min。 待管内液体会发干净后，向管内加入100ul水，55℃孵育5min。 （7）所得质粒溶液可以放入-20℃中长期保存。 注意事项 若菌
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知识分享：肿瘤相关基因
作者：德尔塔 日期：2022-04-20
癌基因（英语：Oncogene，亦称为致癌基因）是细胞遗传物质的一部分, 它们参与细胞从正常生长状态到肿瘤的过程。它们通过诱导或突变被激活。 致癌基因 原癌基因是参与细胞生长、细胞分裂和细胞分化的正常基因。但当其发生突变后，就会变成致癌基因。它们会在诸如放射性物质，化学物质和病毒的作用影响下过渡成引发癌症的形式。 原癌基因根据其编码的蛋白质被分类： · 生长因子 · 生长因子受体蛋白 · G蛋白,例如由Ras原致癌基因编码的 · 非受体-蛋白激酶,例如胰蛋白酶激酶 · 核酸转录因子 · 致癌的染色体畸变 · 病毒来源的致癌基因 肿瘤抑制基因 肿瘤抑制基因（英语：tumor suppressor gene）也称为“抑瘤基因”“抗癌基因”或“隐性癌基因”。是一类抑制细胞过度生长、增殖从而遏制肿瘤形成的基因。抑癌基因是从1980年代发现的一组基因，它们的发现是癌症和细胞生命研究过程中的重要里程碑。正常细胞的癌变是个复杂的、受到多种因素控制的多阶段演变过程。肿瘤抑制基因能够在多个环节上保护正常细胞，使其免于最终癌变。受到内外界因素的影响，可产生损伤，使得此基因发生突变或丢失时，细胞分裂等过程的正常抑制就被解除，若细胞DNA修复和备用机制未能发挥作用，就可能导致正常的细胞转变成为癌细胞。此外，遗传变异和非遗传性的改变（如DNA甲基化），导致基因的正常表达和功能丢失，并产生生理信号转导系统异常。 人类第一个被发现的抑癌基因是Rb1基因 (1984年），其为正常细胞增殖过程中的重要调控因子，它编码的蛋白在细胞周期的调控点上起控制周期进程的作用。随后，原被认为是癌基因的p53基因野生型被证实为抑癌基因，它参与细胞癌变的多个环节，和人类大部分癌症的发生有密切关系。此后，科学界证实了抑癌基因的一个等位基因位点的变异也可产生类似癌基因的致病作用，这是对经典的抑癌基因“两次突变学说”的补充。后来发现非遗传性的改变（如甲基化）也是抑癌基因失常导致癌变的主要环节，研
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知识分享：细胞自噬研究详解
作者：德尔塔 日期：2022-04-20
一、自噬简介 1、大自噬（macroautophagy），也就是通常说的自噬（autophagy），是真核细胞蛋白降解的途径之一。自噬可以被描述为细胞质内的成分（细胞器、蛋白等）被双层膜的囊泡包裹，形成自噬体（autophagosome），进而传递到溶酶体进行降解的过程。 详细来说，自噬过程与内涵体途径（endolysosomal pathway）密不可分（见图1）。一方面，自噬体能够与晚期内体（late endosome）融合形成中间囊泡（amphisome）最终形成自噬溶酶体（autolysosome）；另一方面，自噬体能够直接与溶酶体（lysosome）融合形成自噬溶酶体。无论通过哪条途径，自噬溶酶体最终通过酸性水解酶将细胞器、蛋白等消化分解。 细胞本底水平的自噬发生在营养充足的条件下，可保护细胞免受错误折叠蛋白或受损细胞器的影响，从而防止某些疾病的发生（如神经退行性疾病和癌症）。饥饿等也可诱导自噬的发生，通过降解大分子物质和细胞器为细胞活动提供营养和能量。 图1 自噬过程及其与内涵体途径的关系 (Tom Egil Hansen and Terje Johansen，BMC Biology，2011) 2、自噬的调控 雷帕霉素靶蛋白（mTOR）激酶在自噬反应中起着重要的调节作用。mTOR（Akt and MAPK signaling）在被mTOR激酶激活后，自噬反应被抑制；而在mTOR（AMPK and p53 signaling）未被抑制后，自噬反应机制被启动。作为酵母中Atg1的同系物，三个相关的丝氨酸/苏氨酸激酶 UNC-51样酶-1，-2，-3（ULK1, ULK2, UKL3），通过与mTOR复合物之间的相互作用来实现自噬反应。ULK1、ULK2、mAtg13和骨架蛋白FIP200（酵母Atg17的同系物）一起形成一个复杂的复合物。Class III PI3K复合物由hVps34, Beclin-1 (酵母 Atg6的同系物), p150 (酵母Vps15同系物), 和类Atg14蛋白 (Atg14L or Barkor) 或者紫外线放射抗性相关蛋白UVRAG (ultraviolet irradiation resistance-associated gene )蛋白组成，其在诱导自噬反应中起关键作用。Atg基因通过形成Atg1
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知识分享：维真稳转株构建流程
作者：德尔塔 日期：2022-04-20
稳转株即稳定表达细胞株，指的是基于某一细胞系构建的持续过表达或干扰某特定基因的细胞系。慢病毒感染-药物筛选法是目前广泛应用的稳转株构建方法，具有高效整合、目标细胞广泛等特点。 一．准备及预实验 确定细胞系相关信息，需包括如下内容 目标细胞系培养条件 目标细胞增殖速度 支原体污染情况 注：为避免慢病毒感染后细胞死亡，务必保证细胞无支原体污染！ 预实验确定MOI值 查阅文献确定慢病毒在目标细胞系中的MOI； 参考查阅得到的数据，设计梯度实验，摸索最适MOI。 预实验确定筛选药物用量： 查阅Puromycin/Blastincidin等在目标细胞系中稳转株筛选的致死用量信息； 参考查阅得到的数据，确定3个药物浓度梯度（如没有相关信息，则需将药物浓度梯度范围增大，数量增多至6个）； Day0将细胞铺于6孔板中，使Day1细胞融合度约90%； Day1按（2）中设置的药物梯度，加入药物； Day4换液，并重新加入药物； Day7观察，找到致死率100%的孔，该孔使用的药物浓度，即为药物筛选浓度。 附1：经验筛选药物用量 二．稳转株筛选及构建 注：以下实验参数，按1株稳转株为例描述，实验需考虑有无对照稳转株！ 细胞铺板： 将细胞接种于6孔板中（4个孔），使次日细胞融合度约70% 病毒感染： 根据预实验确定的MOI值，计算慢病毒体积，添加慢病毒（每孔添加ADV-HR 2μL）； 换液： 慢病毒感染次日，将细胞进行换液处理； 观察感染效率： 感染后72小时，观察感染效率，效率最低不应低于40%。 筛选： 多克隆稳转株：从感染72小时后开始于6孔板中加筛选药物，每隔2天，重新换液加入药物。药物筛选需至少持续14天，直至显微镜下观察荧光细胞比例为100%。 注：第一次加入药物时在上午进行，4-6小时后观察细胞状态，如细胞死亡过多，需更换新鲜不含药物的培养基。 附2：多克隆稳转株 多克隆稳转株的荧光通
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冷水机压缩机的几种故障和制冰机不制冰的原因分析及解决方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-20
一、产冰量减少 1、毛细管或膨胀阀堵。 2、系统中水份过高有轻微冰堵。 3、制冰机冷凝系统有堵。 4、制冷剂不足或是泄露。 5、蒸发器过脏。 二、机器运转但不出冰 1、水盘水量不够或是无水。 2、减速器故障或是减速电机。 3、系统故障冰堵。脏堵等。 4、制冰机漏雪种，压力不够 5、冰块厚度不够 三、压缩机间断工作： 1、电压过低。检查供电。 2、交接触点烧接触不好。 3、系统压力保护。 4、压缩机启动器故障。 5、冷凝器太脏，高压保护。 四、制冰机漏水 1、进水阀供给水盘水量过大。 2、连接水管有破损的地方。 3、管箍故障。 4、水位浮阀故障。 五、湿冰冰片不硬 1、环境温度过高特别是夏天会有着种情况。 2、维修过的机器制冷剂加多。 3、制冰机分水盘供水量过大。 4、压机功率不足。 六、开机报系统故障 1、相序问题。 2、供电系统故障。 3、控制板故障 七、噪音过大 1、制冰机风扇故障。 2、减速器故障。 3、压缩机噪音大。 八、缺水报警 1、供水接头过滤网堵。 2、供水管堵。 3、进水阀堵。 4、排水阀漏水。 5、水泵故障。 一、压缩机故障： 1.首先检查压缩机是否能正常启动，测一测压缩机电压是否正常。 2.如果电压正常，检测静电阻。静电阻电压是否平衡，稳定。如果电阻不平衡，则看看电机组是否短路。绕线是否有问题。电阻稳定的话，看看压缩机的温度是否也稳定。如果温度过高，则要冷却一段时间。2-3个小时再试。 3.如果都正常，看看轴承是否健康。 二、压缩机噪音大。 1.检查压缩机的螺丝是否牢固，有没有滑脱，塌陷的情况。 2.测试电流是否稳定。是否过高。 3.如果压缩机注量过大，看看压缩机的冷却效果，是否过热。 4.查看压缩机是否有反转的情况。是否压缩机已经老化损坏。 三、吸排气压力不足。 1.如果发现吸排气压力偏低或偏高，一般是冷水机组系统的问题。 2.排气压力低时，除霜系统是否正常，如果正在除霜会有噪音，属于正常情况。 四、电流
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生物素-亲和素系统介绍
作者：德尔塔 日期：2022-04-20
生物素－亲和素系统（Biotin-Avidin—System，BAS）是70年代末发展起来的一种新型生物反应放大系统。生物素与亲和素之间高亲合力的牢固结合以及多级放大效应，使BAS免疫标记和有关示踪分析更加灵敏。BAS目前已广泛用于抗原、抗体的定性、定量检测及定位观察研究。 生物素（biotin，B）广泛分布于动、植物组织中，常从含量较高的卵黄和肝组织中提取，分子量244.31Da．生物素分子有两个环状结构（如图1），其中Ⅰ环为咪唑酮环，是与亲和素结合的主要部位；II环为噻吩环，C2上有一戊酸侧链，其末端羧基是结合抗体和其他生物大分子的惟一结构，经化学修饰后，生物素可成为带有多种活性基团的衍生物——活化生物素（如图2）。 亲和素（avidin，AV）亦称抗生物素蛋白、卵白素，是从卵白蛋白中提取的一种由4个相同亚基组成的碱性糖蛋白，分子量为68kD。4个相同的亚基使每个亲和素能最多可结合4个分子的生物素。生物素与亲和素之间具有极强的亲和力，比抗原与抗体间的亲和力高得多。并且，二者的结合稳定性好、专一性强。 灵敏度 生物素易与蛋白质、核酸类及其他生物大分子结合，形成的生物素衍生物，不仅保持了大分子物质的原有生物活性，而且具有多价性。此外，每个亲和素分子有四个生物素结合部位，可同时以多价形式结合生物素化的大分子衍生物和标记物。因此，BAS具有多级放大作用，使其在应用时可极大地提高检测方法的灵敏度。 特异性 亲和素与生物素间的结合呈高度特异性。因此，BAS的多层次放大作用在提高灵敏度的同时，并不增加非特异性干扰。而且，BAS结合特性不会因反应试剂的高度稀释而受影响。因此，在实际应用中可最大限度地降低反应试剂的非特异作用。 稳定性 亲和素结合生物素的亲和常数可为抗原-抗体反应的百万倍，二者结合形成复合物的解离常数很小，呈不可逆反应性；而且酸、碱、变性剂、蛋白水解酶以及有机溶剂均不影响其结合。因此，BAS在实际应用中，产物的稳定
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你系统的了解过生物亲和素 ELISA 吗？
作者：德尔塔 日期：2022-04-20
生物素亲和素 (又称抗生物素) 系统 (biotinavidinsystem,BAS) 标记抗体的技术是 20 世纪 70 年代后期发展起来的一种新的免疫检测方法。由于亲和素与生物素间的亲和力极强，结合迅速，且极其稳定，生物素标记抗体和酶的标记率高，又不影响蛋白的活性，使 BAS 标记技术比常规酶联免疫、放射免疫及荧光免疫技术有着更高的灵敏度，为微量抗原、抗体的检测开辟了新的途径。 目前生物素和亲和素 (近年来，在 BAS 检测中多用链霉亲和素「streptavidin,SA」，它是链霉菌培养过程中的分泌物，完整的链霉亲和素和从卵白中提取的亲和素一样，也由 4 条相同的肽链组成。因链霉亲和素在检测应用中发生的非特异性结合远较亲和素低，因此日渐受重视，已有取代亲和素之势。各种抗体或酶的标记物在国内已有商品供应，使用方便。 BAS ELISA 具有的特点： ①对于所有的抗原抗体系统，包括免疫细胞化学、ELISA、免疫印迹法等都适用，应用范围极广； ②BAS 在温和条件下可与各类生物大分子如蛋白质、脂多糖等结合，并且这种结合对原生物大分子的生物活性无影响； ③每个亲和素分子可与 4 个生物素分子结合，所以可以偶合更多连接生物素的酶分子，从而大大提高了灵敏度； ④生物素和亲和素间亲和力强，故二者一旦结合，就极为稳定，不受在 ELISA 方法中的保温及多次洗涤影响，而且这种结合反应时间比抗原抗体反应所需时间短； ⑤结果专一性强，非特异性显色或染色背景极低； ⑥第一抗体稀释度高，可节约抗体。 原理： 生物素或亲和素与抗体分子或标记物结合后，既不影响前者的亲和力，也不改变后者的特性。亲和素分子的 4 个活性部位并非都和连接在抗体分子上的生物素残基结合，剩下的游离部位尚可作为另一种生物素标记蛋白质的受体。这些特点就是 BAS 免疫标记技术的基础和原理。 BAS 基本检测方法可分为两大类：一类以游离亲和素居中，分别连接生物素化大分子反应体系和标记生物素，称为 BAB 法或桥联亲和素生物素法 (bridged avidinbiotintec
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如何提高ELISA的精确重现性
作者：德尔塔 日期：2022-04-20
免疫检测法的精确性表现为单次实验孔间（批内）的重复性和多次实验之间（批间）的重复性。CV值高则表明精确度低，通常由以下两个原因造成：移液技术和洗涤技术。 移液技术 1. 移液时，枪头应对准孔中央，避免接触孔壁及底部。 2. 移液后轻轻晃动混匀试剂。 3. 如果您的样品具有黏性，请预先润洗枪头以消除表面张力的影响。吸液时等待片刻使体积平衡后再取出。 4. 移液不充分或移液体积不均，说明移液器需要校正。必要时请检查移液器并重新校正。 5. 加样时，不同的试剂标准品和样本间都要确保更换枪头，避免交叉污染。 6. 确保使用合适的枪头。不合适的枪头无法正确量取吸液和加样的体积。 洗涤技术 1. 如果使用自动洗板机或多通道移液器，请确保进出口能正常运作。 2. 最后一次洗涤后，翻转酶标板倒出多余的洗涤液，并在吸水纸上拍干液体。洗板太快或太慢都会降低精确度。不能让孔内液体自然风干，需立即进行下一步操作。 3. 按照说明书，添加足量的洗涤液至孔内，并保证洗涤完全。 4. 由于洗涤液不是通用的，当试剂盒内的洗涤液用完时，请不要使用其他试剂盒中的洗涤液。如有需要，可联系技术支持寻求帮助。 5. 不要减少洗涤时的浸泡时间或跳过浸泡的步骤。 6. 按照说明书上推荐的洗涤次数清洗，随意改变洗涤的次数会影响实验的精确性。 贮液瓶 为避免污染，不同的试剂使用不同的贮液瓶。一些试剂或样本很容易被污染（比如唾液、氧化剂等），请参考说明书操作。必要时候采取一些预防措施保护溶液。 封板覆膜 使用过的封板覆膜可能含有上一步实验残留的试剂，如果重复使用会造成孔板污染，从而导致精确性低。建议每一次孵育使用新的封板覆膜。
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HRP底物分类及其操作步骤
作者：德尔塔 日期：2022-04-20
底物范围较广，包括二氨基联苯胺(DAB)、氯萘酚和氨乙基咔唑等。 二氨基联苯胺／金属盐 DAB是辣根过氧化物酶最敏感、常用的底物。它产生强烈的棕色产物，在水和醇中不溶解。多数情况下，推荐在DAB中加入不同的金属离子。当加入金属盐如钴、镍至底物液中，辣根过氧化物酶可以更加敏感。此类反应产物呈暗蓝灰色至黑色，且在水及醇中稳定。DAB／金属盐染色应用的组织染色范围较广。 1. 需要的溶液和特殊设备 DAB，0.05 mol／LTris缓冲液(pH7.6), 0.3％ (W/V) 氯化镍/水贮存液, 30％过氧化氢, DPX, 光学显微镜(通常带有照相机以便于记录结果). 2. 操作步骤 (1) 用 9 mL 0.05 mol/L Tris缓冲液(pH7.6)溶解6 mg DAB； (2) 加 l mL 0.3％(W/V)氯化镍/水贮存液(也可以用等量的氯化钴替代)； (3) 加0.1 mL 3％过氧化氢。过氧化氢一般以30％的溶液提供，贮存在4 ℃，此条件可以持续1个月； (4) 如果出现沉淀，用滤纸过滤； (5) 加此溶液至标本，并孵育1~20 min水洗终止反应； (6) 优化：如果需要可复染； (7) 用DPX封片。 氯萘酚 氯萘酚可以形成一种蓝黑色产物。敏感性低于DAB，且产物可溶于醇中。它适用于当DAB反应形成较高背景或要求改变产物的颜色。 1. 需要的溶液和特殊设备 0.03％氯萘酚，用无水乙醇溶解(贮存在-20℃)，0.05 mol／LTris(pH7.6)，过氧化氢，Gelvatol或者Mowiol，光学显微镜(通常带有照相机以便于记录结果)。 2. 操作步骤 (1) 氯萘酚贮存液的准备：用10 mL无水乙醇溶解0.3 g氯萘酚，贮存于-20℃； (2) 加100 μL 氯萘酚贮存液至10 mL 0.05 mol/LTris(pH7.6)； (3) 加0.1 mL 3％过氧化氢于水中。过氧化氢一般是以30％的溶液提供，4℃可存放1个月； (4) 白色沉淀可用滤纸过滤去除； (5) 加此溶液到标本中，并在室温孵育10～40 min，水
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【研究案例】Autophagy | 自噬与子宫内膜异位症
作者：德尔塔 日期：2022-04-20
2018年7月2日，复旦大学附属妇产科医院李明清研究员课题组在《Autophagy》上发表了最新的研究成果“Suppression of autophagy and HCK signaling promotes PTGS2high FCGR3- NK cell differentiation triggered by ectopic endometrial stromal cells”，揭示了子宫内膜异位微环境中，雌激素-自噬-STAT3-HCK轴参与了PTGS2high FCGR3-NK细胞的分化，为**NK细胞杀伤活性受损相关疾病提供了科学依据。 南模生物为该研究构建了HCK基因敲除小鼠模型。 子宫内膜异位症（EMS）是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置，它是一种雌激素依赖的妇科疾病。越来越多的研究发现NCAM1dim FCGR3+ NK细胞和NCAM1bright FCGR3-（一类低杀伤活性、主要分泌细胞因子的）NK细胞比例的失衡和NK细胞杀伤活性不足与多种生理和病理过程相关，包括正常妊娠、传染病、恶性肿瘤等等，其中也包括子宫内膜异位症。NK细胞杀伤活性不足会导致子宫内膜异位症中局部免疫环境的功能失调，影响异位子宫内膜组织的清除。不过在异位病变微环境（ELM）中NK细胞杀伤活性受损的原因仍不清楚。 在该课题组早前的研究中，发现异位内膜细胞（ESCs）的自噬水平下降，雌激素引起的EMS自噬抑制是依靠CXCL12/CXCR4的相互作用，部分通过 NF-κB信号通路。不过，ESCs的自噬水平与NK细胞的功能与杀伤活性降低的关系仍有待研究。因此，这项研究就旨在阐述ESCs自噬是否会调节FCGR3+ NK细胞与FCGR3- NK细胞之间的平衡，以及这些异常自噬的ESCs和NK细胞在EMS发展中的影响。 研究结果 （1）随着病程发展，异位病变微环境（ELM）中FCGR3- NK与FCGR3+ NK细胞的比例增加。 Fig1. The low cytotoxic FCGR3- NK cells increase in ELM with disease progression. （2）异位内膜细胞（ESCs）自噬水平下降，通过STAT3失活引发HCK下调，且HCK下游分子CXCL8/IL8-IL23A的分泌增加，从而导致FCGR3- NK细胞的增加以及NK细胞杀伤活性的降低。 与正常子宫内膜细胞相比，异位内膜细胞
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脑立体定位技术的应用
作者：德尔塔 日期：2022-04-20
脑立体定位技术的应用 哺乳动物的大脑是所有器官中最复杂的一部分，结构上分为很多区域和核团，在需要对某个特定核团进行研究的时候就需要通过立体定位技术对其进行精确定位和操作。 原理 某些颅外标记与颅内结构具有相对固定的位置关系，如： 前囟（bregma）:位于冠状缝和矢状缝的交接处； 人字缝尖(lambda):位于后囟人字缝与矢状缝交会点。 一般借助脑立体定位图谱进行操作，即George paxinos和Charles watson所著的THE RAT BRAIN及其系列图谱。 应用 **核团微量注射 电位引导 核团的刺激或损毁 核团微量注射（包括脑室注射）是最为常见的应用，一是因为对于区域和核团精确定位的要求，二是由于血脑屏障的存在，很多药物无法直接通过口服或者注射作用于大脑。 方法 1. 动物麻醉后，通过耳杆和上齿固定板固定于立体定位仪上 。 2. 剪去头部的毛，用75%酒精棉球作头部皮肤的消毒，沿矢状缝作切口，剥离筋膜及肌肉，推开骨膜，并用3%双氧水洗净，用干棉球擦拭，暴露骨缝，止血。 3.根据定位坐标，插入微量注射针，通过微量注射泵缓慢注入（如10min3微升）药物或者细胞悬液等。 结果 纹状体肿瘤： 病理染色：
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Nature突破性研究—RNA甲基化新修饰 m1A
作者：德尔塔 日期：2022-04-20
说起近来的科研热点，RNA甲基化修饰的相关研究可以说是当前整个生命科学领域最热门的方向之一，亮点文章频出，着实让人有些目不暇接。日益增多的发表文章、特别是高分文章说明，这个领域现在正在迅速成为大家关注的焦点。RNA甲基化修饰类型很多，目前最热门的有三种，分别是：m6A RNA甲基化﹑m5C RNA甲基化﹑m1A RNA甲基化。而m1A RNA甲基化是一个新进入大家的视野的RNA甲基化修饰类型，即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上的甲基化修饰（N1-methyladenosine，m1A）。研究表明，m1A是真核生物tRNA和rRNA丰度很高的一种转录后修饰，近期研究也表明m1A修饰可调控mRNA翻译。m1A修饰作为一类新型RNA甲基化，其功能和机制都亟待挖掘。云序生物作为m1A RNA甲基化研究的先驱者，能够为客户提供专业和优质的m1A RNA甲基化测序服务。今天我们承接上期的m5C RNA甲基化，为大家带来m1A RNA甲基化研究进展。 1. Nature：真核生物mRNA中m1A的动态修饰研究 影响因子：41.456 近些年研究表明N6-methyladenosine (m6A)在mRNA代谢中扮演重要角色，此外，pseudouridine和5-methylcytosine也被发现在基因表达的转录后修饰中启着重要作用。但是N1-methyladenosine(m1A)在信使RNA中的修饰则未见报道。直到2016年，来自芝加哥大学等处的科学家在国际杂志Nature上发表的一项研究论文，该研究通过m1A RNA甲基化测序和RIP测序技术在真核生物mRNA中对m1A甲基化作用进行全面的分析,揭示了一种小型的化学修饰可以明显增强基因向蛋白质的表达过程。这种小型的修饰具有进化保守性，而且在人类、啮齿类动物及酵母中普遍存在，但其位置以及对基因表达的效应却可以反应一种新形式的表观转录组学控制。这项研究发现为生物学世界提供了一种新的视野。 图1：m1A的转录组比对 2.Cell：ALKBH1介导的tRNA去甲基化调控翻译 影响因子：30.41 芝加哥大学的研究者在对tRNA的研究中发现：ALKBH1作为tRNA去甲基化酶，能够催化tRNA中的m1A甲基化去甲基化。他们通过CL
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飘忽不定的诺贝尔奖机遇：如何理解和用好NMT数据？
作者：德尔塔 日期：2022-04-20
关注旭月微信公众号，点击下方菜单栏“论文集”获取最新版NMT《论文集》。 作者：许越 点击查看作者自传 2） NMT数据重复性的挑战 从上面这些例子和解读可以看出，NMT的活体生理数据（或未来的生理指标）与大家比较熟悉的传统生命科学数据有较大的不同。以至于很多第一次拿到NMT数据的老师和同学，看到这些大的大，小的小，或者‘飘忽不定’的数据时，当初对NMT技术的美好憧憬，顷刻间化作了眉间的愁云。 尤其是NMT进入中国初期，大家都没有什么太多经验，很多老师同学在摸索的时候，也不太清楚所测的离子分子的生理学意义，就把材料不分‘男女老少’，也不管‘强壮赢弱’，通通交给NMT去检测。如同我们总发现在计算机面前，出错的多半是我们自己一样！NMT系统会忠实地把真实数据反馈给我们。 因此，NMT数据重复性的挑战，主要来自于两个方面。 一是生理指标（即：离子分子种类）的选择， 二是材料的筛选。 一）离子分子种类的选择通常比较直截了当，大家都知道自己想要的是什么。但是常常忽视的一点是，尤其在摸索初期，**能够找一个你自己相对比较熟悉，几乎可以预期的第二个，或可以用作参比/参照的另一个离子/分子，这样做的好处是，打个比方，当你用体温作为一个参照，如果某一‘样本’的体温极不正常的时候，你就知道了，你正在研究的未知生理指标的数据也是不正常的。 二)材料的筛选在大家注意了‘男女有别’‘年龄各异’之外，一个比较容易忽视的地方是‘强弱不同’的甄别，还有老师同学们这个时候固执地认为要保证实验材料的科学性，就必须保证‘强弱’都有，忘记了本文前面所述“生理学是研究活体生物及其各组成部分的正常功能的学科”。那么，‘正常功能’应该是指‘强者（健康者）’吧。 因此，NMT数据重复性的挑战，本质上是对NMT技术使用者生理学知识和实验材料准备工作水平的双重考验。 3） ‘飘忽不定’的机遇 下面是一位水稻科研人员多年前在旭月测得的数据。大多数老师和同学们看到这样的
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Plant Physiol：遗传所童依平组|硝酸盐诱导的NAC转录因子调控硝化反应增产小麦
作者：德尔塔 日期：2022-04-20
通告：今日起，原“imOmics精华速递”改版为“旭月活体研究通讯”，简称“旭月通讯”，每周一期。除介绍最新的NMT文献外，还有实验设计、设备操作、数据分析、文章撰写、审稿答疑......更多干货，等你来撩。 NISC文献编号：C2015-036 研究使用设备 NMT活体生理检测仪 NMT Physiolyzer® 硝酸盐是谷类作物主要的氮源，因此掌握谷物的硝酸盐信号转导对于提高其氮利用效率至关重要。尽管已经在拟南芥中鉴定出了几个硝酸盐信号转导的调节因子，但在谷物中并未发现。 中国科学院遗传与发育生物学研究所童依平课题组在Plant Physiology上发表了一篇文章，题为“The Nitrate-Inducible NAC Transcription Factor TaNAC2-5A ControlsNitrate Response and Increases Wheat Yield”，主要探究谷物中硝酸盐转运反应。 野生型与过表达型玉米，在高低氮条件下根部NO3-流检测。正值表示吸收。 课题组从小麦中分离到一种硝基诱导的谷类特异NAM，ATAF和CUC(NAC)转录因子TaNAC2-5A。染色质免疫沉淀试验表明：TaNAC2-5A可直接与硝酸盐转运蛋白和谷氨酰胺合成酶编码基因的启动子区域结合。小麦中TaNAC2-5A过表达促进根的生长以及硝酸盐吸收速率，从而提高根系吸收氮素的能力。 研究利用基于非损伤微测技术（Non-invasive Micro-testTechnology, NMT）的NMT活体生理检测仪 Physiolyzer®，检测根部NO3-流，发现转基因型植物根部的NO3-吸收速率显著高于野生型，这为TaNAC2-5A促进作物根部NO3-吸收提供了最直接的生理证据。 2018年6月4日，旭月研究院前往中科院遗传所开展了非损伤微测技术应用培训。现场的老师同学，就非损伤检测植物钾营养吸收，提出了具有代表性的几个问题。 想要系统学习非损伤微测实验设计？快来报名参加培训班吧！ 一、为什么测不到钾营养吸收 1. 饥饿处理 ·氮（N）、钾（K）等营养吸收实验的首要关注点。N饥饿、K饥饿的时间，参考文献，一般为2-7天（C2014-022，想要文献全文，请在底部留
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