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技术分享：蛋白质组学常见问题与解答
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
上期的蛋白组学FAQ文章推出后老师们积极关注，那么这期再给各位老师整理些经常咨询的问题，以供参考。 Q&A Q1 : 蛋白组一般是建议做多少个生物学重复？ A: 原则上是生物学重复越多越好，排除个体差异，筛选的差异蛋白更准确，验证成功率更高。考虑到经费、统计分析需要及后续编辑可能会质疑的情况，临床样本建议每组十个重复以上，其他来源样本每组至少三个重复。 Q2 : 蛋白组样本如何寄送？ A: 常规组织、细胞、体液等生物样本需要低温保存，干冰寄送。胶条样本可以冰袋寄送。 Q3 :蛋白组学能否测未知的蛋白？或者是表达的外源蛋白，该样本物种数据库里没有的蛋白能否测到？ A:蛋白组学检测结果是与已知的数据库蛋白进行比对，无法预测未知的蛋白，如果需要检测未知蛋白，可采用测序等其他方法。如果数据库里不包含关注的蛋白，那么无法比对到。可以将关注的蛋白序列加入到数据库里作为搜库文件进行分析。 Q4 :磷酸化蛋白组学实验的流程？ A:磷酸化蛋白组可以做非标记产品，也可以做标记产品。目前标记产品做的较多，可以增加检测深度。实验流程主要是包括样本前处理、蛋白的提取、蛋白浓度的测定和跑胶质控、酶解成肽段、修饰肽段的富集、（肽段标记）、质谱检测。方案多样化，可以进行选择，可以先富集再分级再检测，或者先标记、分级、每级富集等等。 Q5 :蛋白检测结果较少是为什么呢？ A:首先可能是数据库比较小的原因，导致检测到的结果比较少。可以选择扩大层级或者选择研究较多的近缘物种、模式物种数据库进行搜库分析。其次看下胶图，判断样本本身条带是否较少，是否存在高丰度蛋白，高丰度蛋白的存在会影响检测数量。 Q6 : 鉴定到的蛋白与凝胶电泳图谱中估测分子量差异很大的原因？或者为什么SDS-PAGE胶上不同位置条带的质谱鉴定结果中含有同一个蛋白？ A: 由于体内或者体外因素，导致同一蛋白存在不同形式的修饰、剪切或者降解，从而形成凝胶电泳图中能够看到的存在差异分子量的蛋白条带。然而这些蛋白
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如何控制脂质体给药系统粒径
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
脂质体作为一种纳米级微粒给药体系，其在安全性、有效性、靶向性及改善难溶性药物溶解度等方面表现良好。近年来，脂质体IND及NDA相关产品申报也逐年增加。由于脂质体生产工艺复杂，质量控制一直是脂质体产业化的技术壁垒，而粒径是反应脂质体质量的一个关键质量属性，粒径控制对脂质体产品的稳定性、药代动力学、包封率等都有影响。本文将简要介绍脂质体粒径控制的方法。 脂质纳米粒 粒径控制的重要性 脂质体是由类似细胞膜的磷脂双分子层组成，主要是由磷脂和胆固醇组成。磷脂是膜结构的基础，胆固醇则嵌入磷脂层中间，起到稳定膜结构的作用。脂质体具有亲水亲脂性，磷脂亲水性头部聚集朝向水性界面，疏水性尾部聚集形成稳定封闭的囊泡结构。脂质体给药系统属于非均相热力学不稳定系统，脂质体在制备过程中，若粒径大小及分布不合格，则会影响产品后续质量问题。因此，粒径大小和分布是关键质量属性。目前，粒径控制常见的方法有：剪切法、均质法、超声法及薄膜挤压法。 1.剪切技术 剪切法是制剂粒径控制比较常用的方法，很多剂型粒径的控制都能用上剪切法。如吸入剂、脂肪乳等。剪切法是利用转子的高速转动，在转子和定子之间形成剧烈的涡流，物质在设备传动当中，被高速剪切力破碎，样品被细化，粒径减小。剪切的过程也是物质吸收能量的过程，由于高速运转产生的能量较大，可能会对剪切物产生一定的结构破坏。而脂质体的磷脂双分子层结构较脆弱，剪切过程中，剪切力过大产生的较大能量，容易破坏磷脂双分子层，导致脂质体质量不合格（稳定性降低，包封率降低等），故剪切法在脂质体粒径控制上并不多见。 2.均质技术 均质技术应用广泛，目前均质法常用的技术包括高压均质技术和微射流技术。均质过程总体来说也是一个能量转换使用的过程，能量转换核心是均值单元，粒径的细化也是在均值单元中完成。当样品被送到均值单元，利用液压，样品在狭窄的空间流道中高能碰撞、剪切，能量转化，产生压力差，样
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光纤记录技术深度解析，揭开拓展实验研究的奥秘
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
光纤记录（Fiber photometry）通过时间相关单光子计数(TCSPC)的光纤光学来测量荧光分子在大脑中发出的光信号。基于基本原理，使用直径较小的光纤探头就能实现传输并收集荧光信号，将采集到的发射信号通过二色镜进行光谱分离，并通过滤波器聚焦到探测器上，即可检测出荧光的实时动态变化。 所以光纤记录方法的优势主要在于： 1. 植入的光纤探头体积小且柔韧性好，使得周围组织损伤较小； 2. 因为植入光纤体积小，方便同时记录多个大脑区域的信号； 3. 基于TCSPC的光纤是检测发射光的超灵敏工具，满足在低强度激发光下即可检测荧光，从而减少了光漂白的机会，并延长了记录时间。 目前光纤记录常用于检测钙信号及神经递质信号变化，背后原理是通过给实验动物注射基因编码型的荧光探针/生物传感器，随后通过光纤记录即可检测到对应神经信号的变化。基因编码生物传感器是一类生物分子信号介质，它被整合到细胞的基因组中，然后由细胞的分子机制产生。这些蛋白质结构可以被设计成在化学物质存在或细胞环境变化时改变构象，从而产生荧光信号。 常见的基因编码型的生物传感器根据应用场景主要分为： 1、膜去极化。一旦动作电位(AP)被激活，AP将沿轴突向下传播，并使突触前钮扣对应的膜去极化(从−65 mV到+40 mV或更大)。这种膜去极化作为神经元激活的分子特征，可以通过遗传编码的电压指示探针(GEVIs)检测； 2、电压门控Ca2+通道激活和输入。当膜去极化发生在突触前活跃区，电压门控Ca2+通道打开，导致Ca2+快速内流。这种升高的细胞质Ca2+浓度(从~100-~400nM)的变化可以持续约50-150毫秒，通过基因编码Ca2+指示剂(GECIs)即可检测； 3、膜泡融合/胞外分泌。胞质Ca2+水平升高触发易于释放的突触囊泡的胞外排泄，这些突触囊泡充满了神经递质。在胞外分泌过程中，当突触囊泡与质膜融合时，细胞外介质(pH ~ 7.4)中和囊泡腔(pH ~ 5.5)的酸性pH值，这种中和作用可以通过pH值指标探针检测，如pHluorin； 4、神经递质传递。一
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血清代谢组的变化与2型糖尿病及尿液中邻苯二甲酸酯代谢物和双酚关系
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
文章标题：Perturbation of serum metabolome in relation to type 2 diabetes mellitus and urinary levels of phthalate metabolites and bisphenols 发表期刊：Environment International 发表时间：2021年5月 影响因子：9.621 合作客户：南开大学 百趣提供服务：非靶标代谢组学 研究背景 新出现的证据证明了暴露于邻苯二甲酸酯和双酚与2型糖尿病(T2DM)之间的联系，但这些关联的潜在机制尚不清楚。代谢组学是一个强大的工具，可以识别疾病和化学暴露导致的差异代谢物和代谢途径，这可能揭示潜在的机制。然而，关于代谢在PAE和双酚暴露与T2DM相关性中的作用知之甚少。 研究过程及结果 1.人口特征 研究人群的平均年龄和BMI分别为56±7 岁、25.0 ±2.7 kg/m2。2型糖尿病患者与对照组在年龄、性别、BMI、吸烟状况、运动状态和血压等方面均无显著性差异。此外，病例中有糖尿病家族史的参与者比例高于对照组。 2.尿液中mPAEs和双酚水平的检测 对于T2DM患者，mBP、mMP和miBP是尿液中主要的mPAEs。mBP、mMP、mCMHP、mEP是对照组中的主要mPAEs。2型糖尿病患者尿mPAEs显著高于对照组(p1，p
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心脏纤维化与特定遗传背景的心肌成纤维细胞（CFbs）的激活相关性
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
心肌纤维化是多种病理因素导致的心肌细胞及心肌间质的改变，可造成心脏收缩和舒张功能障碍，引起心肌功能、代谢等异常，是常见心血管疾病发生发展到某一阶段的主要病理表现。 研究表明心脏纤维化与心肌成纤维细胞（CFbs）密切相关， CFbs在心脏损伤反应中发挥着重要作用，但由于遗传背景多样性和心脏成纤维细胞的异质性阻碍了CFbs对调节心脏纤维化的分子机制的研究。 2018年发表在顶级心血管杂志Circulation上的文献Genetic Regulation of Fibroblast Activation and Proliferation in Cardiac Fibrosis，作者采用杂交小鼠多样性组(HMDP)来探究遗传多样性的心肌成纤维细胞及其在纤维化中的作用，揭示了遗传背景特异性会影响心功能障碍和病理性纤维化的发展进程，并验证心肌成纤维化细胞的激活对于心肌纤维化程度的贡献，同时发现了心肌纤维化的潜在标记基因。 异丙肾上腺素(isoproterol, ISO)是一种非选择性-肾上腺素能激动剂，被广泛用于诱发小鼠心脏损伤、心肌肥大、纤维化等模型。之前的研究表明，异丙肾上腺素处理后的杂交小鼠多样性组各品系间的心脏病理生理学和纤维化表现出显著性差异。基于这种差异性，本文作者选择了三种具有代表性的小鼠品系:C57BL/6J、C3H/HeJ和KK/HIJ（它们分别在ISO处理后表现出轻度、中度和最严重的心肌纤维化（图1A））进行研究，通过腹腔植入缓释泵进行ISO慢性给药，ISO剂量30mg/kg /d，持续21天构建心肌纤维化模型。 RWD 植入式缓释泵 通过渗透泵释放ISO已是常用的造模手段，此方式构建的慢性心肌纤维化模型具备稳定、重复性好的特点，可模拟人类晚期心力衰竭的病理特征。 1、一次埋置操作，可实现最长4周持续给药 2、给药速率稳定，保证每日给药量一致 3、泵体体积小，减少对动物自由活动的影响 4、减少频繁处理动物带来的应激刺激 作者首先对这三种不同遗传背景的小鼠进行ISO诱导后的心功能和纤维化的病理分析，心脏组织切片Masson三色染色显示，ISO处理后，C3H/HeJ和KK/
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Rocker400无油真空泵操作使用说明书
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
台湾洛科Rocker400无油真空泵使用说明书 注意事项 本仪器是专为实验室设计使用，使用本仪器之前，使用者必须详细阅读本操作说明书。 本仪器不得以任何方式自行改装。所有非经过授权的改装，皆会造成保固失效，并有可能造成安全隐忧。洛科仪器不负责任何自行改装所造成的机器损坏以及个人安全。 1. 请检查仪器底部铭牌所标记的电压与当地电压相符合。 2. 帮浦本身无防腐蚀功能，请勿直接使用来抽取有机或是腐蚀性气体。 3. 请在干净、无尘、通风且温度在40℃以下的空间使用本仪器 4. 真空调压器有安装ProteTM浮球滤芯组，可防止大量水溶液被抽入帮浦，但并非完全阻止，使用时还是请注意不要让液体抽进帮浦内。若帮浦抽入液体，请立即停止使用，并尽快送修。 5. 帮浦装有ProteTM浮球滤芯组，必须放置在水平的桌面上使用；安装或拆除硅胶管时请先关闭电源。且帮浦运转时不可移动、碰撞或倾斜机器，以避免浮球被吸上去，造成堵住无法使用。 6. 滤芯是用来防止粉尘进入帮浦与净化出气口的气体，为确保帮浦有效运作，请定期检查是否脏污或堵塞并适时更换。 7. 启动帮浦前，请先泄掉残留的压力后再启动开关，否则容易造成帮浦损坏。 8. 帮浦具有过热保护装置，当过热时将会自动停机，请立即关闭电源，待冷却后再使用。 9. 帮浦使用期间及刚操作完时表面会产生高温，此时请勿触碰以免烫伤。 10. 请勿使用任何润滑剂，此举会伤害帮浦。 11. 请勿涂抹任何易燃或是有毒物质。 12. 如果电源线损坏，请尽快通知服务厂商或原厂更换，以避免发生危险。 拆箱检查 在拆封本产品前，请先确认包装盒无任何损害。如有任何问题，请保留序号与包装盒，并接洽当地经销商以获得服务。 组件及配置图 项次 内容 1 开关 2 出气口 3 进气口 4 真空表 5 ProteTM浮球滤芯组 6 滤水杯 7 调压阀 操作方法 1. 确定所有管线皆已连结后
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土壤代谢组学的技术介绍及应用实例
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
土壤代谢组学(soilomics)是指用代谢组学的方法研究土壤中有机质、土壤微生物代谢含量变化及相互作用的一门科学。土壤微生物是土壤不可缺少的组成部分，是陆地生态系统中的分解者和调节者，能够参与生态系统的物质循环以及能量流动，其分布及活性揭示土壤的变化规律和演变趋势。研究土壤微生物碳代谢功能特征可以了解微生物多样性及其碳代谢能力，为探索调节、控制和改善土壤环境质量提供重要的参考。 技术优势 ● 前处理经验丰富：能充分提取出土壤中的代谢物 ● 检测种类多：可检测土壤中多类代谢物 技术路线 技术参数 ● 样本要求 土壤样本：1-10g/sample ● 生物学重复 不低于6个生物学重复 ● 检测平台 GC-TOF-MS (Agilent 7890B-LECO Peagsus HT) ● 常规项目周期 30个自然日，含基础数据分析 应用方向 ● 土壤有机质及微生物成分分析 ● 土壤微生物代谢通路研究 ● 土壤生物多样性及功能 ● 污水土地处理系统代谢机制研究 案例分析 根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌 研究对象：土壤 期刊：Microbiome 影响因子：9.133 时间：2018年 01.研究背景 在自然界中，植物会持续不断的受到来自各种有害病原菌的入侵。土壤会帮助植物抵御病原菌入侵，即使是在气候条件等有利于病原菌入侵的情况下。一些案例表明，抑病型土壤的抑病能力与土壤中特定的有益微生物富集有关。究其原因，这些富集的有益微生物可以分泌抗生素类物质直接抵御病原菌入侵，但近年来发现有益菌可以激活植物免疫系统，例如ISR (inducedsystemic resistance) ，来间接性的协助植物抵御病原菌。植物招募的有益微生物可以形成土壤记忆，或者作为上一代植物留给下一代植株的遗产，将帮助下一代植株更好的抵御病原菌入侵。 02.研究结果 植物可以通过改变自身的渗出模式来招募有益的根际群落，以响应暴露于地上的病原体，从而有利于后代的植物生长繁殖。生长在病原菌诱导过的处理土壤中可以提高拟南芥茉莉酸水平并且提高植物抗病性；16S rRNA基因扩增子
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BLT小课堂：植物蛋白互作技术的主要方法与比较
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
我们的世界物种多种多样，而与我们人类生存关系最密切的就是植物。随着时间的推移与科技的进步，人类在逐步揭示自身基因真相的同时，也在不断探寻植物基因的种种功能。其中，蛋白质是植物生命活动的主要承担者。因此，在植物学相关研究中，蛋白质之间的相互作用是研究的重要基础和手段。 目前，研究蛋白质-蛋白质相互作用常用方法主要包括：酵母双杂交技术 (Yeast Two-hybrid, Y2H)、双分子荧光互补技术(Bimolecular Fluorescence Complementation, BiFC)、免疫共沉淀技术(Co-Immunoprecipitation, CoIP)及荧光共振能量转移技术(Fluorescence Resonance Energy Transfer, FRET)等，以及近几年来逐步应用到的萤火虫荧光素酶互补技术(Firefly luciferase complementation imaging assay, LCI)。 面对众多的技术，您是否也苦恼过，到底哪种技术更加适合我的实验呢？要选择哪些技术相互搭配才更加高效呢？面对这一连串的疑问，不要惊慌，今天小编准备了一篇技术简报，一起了解一下各类蛋白互作技术。 酵母双杂交技术(Y2H) 酵母双杂交技术是将待研究的两种蛋白质分别克隆（融合）到酵母表达质粒的转录激活因子的DNA结合结构域（DNA-BD）和转录激活域（AD）上，通过2 个结构域的结合，从而调控目的基因的转录过程。这两个结构域分开时仍分别具有功能，但不能激活转录，只有当被分开的两者通过适当的途径在空间上较为接近时，才能重新呈现完整的转录因子活性，并可激活上游激活序列（upstream activating sequence，UAS）的下游启动子，使启动子下游基因得到转录。 优点： ① 操作简单，方便快捷，实验成本较低； ② 可快速、大量筛选蛋白互作组； ③ 灵敏度高，可检测存在于微弱或暂时蛋白相互作用。 缺点： ① 自身转录蛋白往往会造成假阳性的结果； ② 蛋白过量表达时对酵母产生毒性，使得酵母无法正常生长； ③ 无法检测细胞核外的蛋白互作。 双分子荧光互补技术(BiFC) 双分子荧光互补技术本质上是一种蛋白质片
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SARS-CoV-2诱导自身抗体破坏抗病毒免疫的过程讲解
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
自身免疫可由各种因素引起免疫系统hyper-stimulated state而产生。病毒是其中一个环境因素，多个病毒被报道参与自身免疫性抗体/自身免疫性疾病，如EBV、CMV和人HIV等。 类似，SARS-CoV-2被认为是一种引起自身免疫性疾病的病毒（文献2），目前临床收集的数据显示COVID-19患者体内出现多种类型的自身抗体/自身免疫性疾病。 新冠病毒诱导的自身抗体及自身免疫性疾病 Autoimmunity Reviews 19 (2020) 102695 SARS-CoV-2触发自身免疫性反应 SARS-CoV-2触发的免疫反应和自身免疫性疾病有很多类似之处： 天然免疫：单核细胞、巨噬细胞、肥大细胞和中性粒细胞的过度活化。成熟自然杀伤细胞(NK)比例增加。 适应性免疫：T细胞数量的减少，B细胞亚群的改变，T细胞和B细胞失调 细胞因子和趋化因子升高：IL-1, IL-2, IL-6, IL-8, IL-10, IL-17, IL18, CXCL10, CCL2. 自身抗体：ANA, APL, lupus anticoagulant, cold agglutinins, anti-Ro/SSA antibodies, anti-Caspr2 antibody, anti GD1b antibody, anti-MOG antibody 临床状况：免疫介导的溶血，白细胞计数减少，细胞因子风暴综合征，巨噬细胞激活综合征，促凝状态 其他免疫病理：DAMPs水平的增加，分子模拟 分子模拟 自身抗体的产生是自身免疫性疾病的一个关键特征。然而，其潜在的机制还很复杂，仍未被完全了解。传染性病原体的分子模拟被认为是其机制之一。 病毒感染通过暴露引起交叉反应性抗体的抗原表位，来打破免疫耐受性。有大量的报告表明病毒和人类蛋白质之间存在抗原模仿。自身免疫中最成熟的分子模拟例子之一是狼疮患者对EBV的免疫反应。 对EBV核抗原1(EBNA-1)的异常免疫反应，可诱导针对Sm和Ro自身抗原的自身免疫反应。多发性硬化症患者的抗EBNA-1抗体和髓磷脂碱性蛋白之间的交叉反应性也已被证实。 SARS-CoV-2的一些蛋白与自身抗原共享表位。 Anand等人。SARS-CoV-2一个独特的S1/S2裂解位点与人类上皮钠通道a亚基
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真空冷冻、干燥、冻干样品时间的决定因素
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
真空冷冻干燥机也称为冻干机，冷冻真空干燥的基本原理是在低温低压条件下的传热传质。由于被冻干物料性质、冻干方法和对冻干产品质量要求的不同，描述冻干过程的模型及其解法也不相同。通常情况冷冻真空干燥过程的三大阶段冷冻阶段、升华干燥阶段、解析干燥阶段。整个过程其实就是传热和传质同时进行的过程，热和质的传递速率共同影响干燥速率，从而影响整个冻干周期，所有影响热和质传递的因素均会影响干燥速率。因此真空冷冻、干燥、冻干样品时间的决定因素主要有以下几个方面。 冻干仓压力 真空冷冻干燥机冻干仓内压力高低影响到传热和传质的速率，对于传质来说，压力越低越好;对于传热来说，压力越高越好。传质速率的大小，主要由升华界面与干燥层表面的温度和压力差所决定。要提高干燥层中水蒸气的逸出速率，可以提高升华界面的温度，使界面水蒸气压增大;也可以提高冻干仓的真空度，降低干燥层表面的蒸汽压。 传热方式 按传统的分类可划分为：热传导（有温度不同的质点在热运动中引起的，在固体，液体，气体中均能产生）、热对流（对流是由于温度不同的各部分流体之间发生相对运动，互相掺和而传递热能）、热辐射（凡是温度高于绝对零度的一切物体，不论他们的温度高低都在不间断地向外辐射不同波长的电磁波）和介质加热(微波加热)。由于升华干燥的过程涉及到热和质(水蒸气)的传递，因此，通过哪种传热方式将热量更为有效地传递给物料，对干燥速率有较大的影响。 样品内有机溶剂的浓度 样品内有机溶剂的浓度对冷冻干燥速率的影响较大，浓度越高冻干速率越慢，反之浓度越低，冻干的速率越快。 晶体大小 预冻时形成的晶体大小在很大程度上影响冻干的速率和冻干后产品的溶解速度。速冻和慢冻过程有以下区别：速冻产生的冰晶较小，慢冻产生的冰晶较大。大的冰晶有利于升华，小的冰晶不利于升华，快速冻结会导致升华速率低，解析速率快;慢速冻结导致升华速率快，解析速率慢。 样品量多少 样品在冻干时，
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深蓝云数字PCR技巧之Drop-off方法检测基因缺失
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
数字 PCR (dPCR)可以提供比传统qPCR更高的精准度和灵敏度，尤其是在肿瘤学应用中，dPCR能精准且可靠地检测到较低浓度样本中的稀有突变等。 目前，使用Drop-off方法可以同时检测基因组内发生的多个序列插入、缺失或碱基突变，最大限度地提高单个检测中样本的数据输出，节省时间和检测成本。本文以naica®微滴芯片数字PCR平台为基础，对使用Drop-off方法检测基因缺失进行阐述。 首先，为大家介绍一下Drop-off方法原理： ☑ Drop-off是指利用探针在一个反应中检测基因组序列的同源基因突变（包括核苷酸的缺失，插入和替换）。 ☑ Drop-off方法包括两个TaqMan 探针：一个与野生型序列互补而与突变位点不发生互补的Drop-off探针和一个与突变型和野生型基因都互补的Reference探针（如下图A）。 ☑ 当野生型等位基因存在时，Drop-off探针和Reference探针都将与目标序列杂交，产生双重阳性信号（如下图B，蓝色群）。相反，如果存在突变的等位基因，即使一个核苷酸的突变也会阻止Drop-off探针与之杂交，因此只有Reference探针与目标基因结合，从而得到一个阳性信号（如下图B，绿色群）。 A.Drop-off和Reference探针及引物在目标基因上的示意图（FP：上游引物，RP：下游引物） B. Crystal Miner 2D图中显示来自双阳性野生型等位基因的荧光簇（天蓝色：蓝色和绿色）和突变等位基因的荧光簇（绿色）及阴性微滴簇（黑色）。Drop-Off探针仅和野生型序列互补，而跳过突变序列（图B，纵坐标的蓝色通道）；Reference探针与突变和野生型等位基因进行互补（图B中横坐标的绿色通道）。 野生型浓度CWT可以直接从双阳性微滴中PWT的比例得出。但是，Drop-off突变体浓度Cmut必须从确信包含突变等位基因的微滴比例Pmut中得出。 由于野生型和突变等位基因可能被分配到同一个微滴里面，因此采用双阳性微滴对突变体进行定量是不准确的，只能通过排除双阳性微滴来确定Pmut（将突变阳性群体定义为对Reference探针呈阳性但对Drop-off探针呈阴性的
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相分离与显微成像
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
相分离/相变 （Phase separation，Phase Transition） 相分离/相变是近几年生化、细胞生物学新兴且十分火热的研究领域。Hyman和Brangwynne 2009年在Science发表了题为：Germline P granules are liquid droplets that localize by controlled dissolution/condensation 的文章，提出了细胞内通过“相分离”，可以提供一种特定的方式让细胞内的特定分子聚集起来，从而在“混乱的”细胞内部形成一定“秩序”，为困扰了大家多年的问题，提供了全新的思路。 分离或相变（Phase separation，Phase transition）描述的是细胞里不同成分间相互碰撞、融合形成液滴，从而使一些成分被包裹在液滴内、一些成分被阻隔在液滴外的现象，就如同水油相混，细胞里的不同成分也会相互分离，形成液滴，这就是相分离。后续的大量研究也让生物学家发现相分离在细胞生物学中无处不在。2011年，Hyman, Mitchison 和 Brangwynne又发现核仁有液滴现象，后续研究相继发现RNA和蛋白质分子间存在较弱的作用力，形成液滴类的物质、蛋白质-蛋白质存在相分离现象；至2018年CNS上已发表十几篇重要级文章证实相分离的广泛存在和重要性。 图1. 细胞内的油滴艺术 细胞内的相分离 细胞中存在各种无膜结构的细胞器：颗粒、核仁、Cajal bodies、stress granules、miRISC及突触的细胞骨架等，相分离广泛发生于各种成分之间。 蛋白质或RNA分子 蛋白质或RNA分子间的物理作用力可以使它们相互分开或聚集。一旦分子达到一定浓度，它们就会发生相分离，相似的成分聚集在一起加速生物学反应（类似于相似相容），或者隔离无关的分子。 细胞膜上的信号传递 在神经细胞中，细胞间进行信号传递时，蛋白质在连接处的聚集和相分离是保证细胞间信号传递正常进行所必需的。 DNA折叠包装 在细胞核中，相分离帮助压缩折叠不使用的DNA并抑制其活性。一些可能与转录相关的蛋白被阻隔在外。 液滴成为障碍 在肌萎缩性脊髓侧索硬化症中，分离成液滴的蛋白质会
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LI-6800测量新技术-- 做整条A-Ci曲线，只需要4min
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
苑玲玲 苑玲玲，博士，2014年毕业于University of Nebraska-Lincoln，专业为Plant Breeding and Genetics。同年，加入LI-COR公司环境部，现为资深应用科学家。 你用400 ppm min-1来Ramp，就意味着做整条A-Ci曲线（例如从10ppm-1600ppm），只需要4min，这就大大缩短了测量时间【考虑到种内和种间差异，具体Ramp参数设置，请通过预实验确定】。新技术显著缩短了测量耗时，极大提升了测量效率。 新技术和传统方法得到的Vcmax、Jmax和二氧化碳补偿点吻合度高。但是，传统方法测量得到的原始数据点少，曲线拟合出来的参数具有更大的不确定性。除了A-Ci曲线，这项新技术也在调查类测量（Survey Measurement）和光响应曲线测量（A-Q Curve）方面做了验证。 LI-COR 苑玲玲：LI-6800测量新技术DAT.mp3 A new technique for gas exchange measurements: Dynamic AssimilationTM 2021.10.16 武汉 各位老师同学，大家好！今天给大家介绍一项用于叶片气体交换测量的新技术。 叫做Dynamic AssimilationTM，或者是叫Dynamic AssimilationTM Technique。首字母的缩写就是DAT（动态吸收测量技术）。 首先我们简要回顾一下气体交换测量的历史，之后我会给大家介绍目前所使用的测量技术，然后我会重点谈一下DAT。 世界人口的急剧增长使得人们对于粮食和能源的要求不断增大，这就刺激了光合作用的研究。而对于光合作用研究的需求，又推动了相关仪器和测量技术的发展。 回顾历史，100年前，大约是在1920年左右的时候，研究人员通过化学试剂滴定的方法来测量叶片对于CO2的吸收，作为评估叶片光合能力的指标。核心原理就是利用CO2与氢氧化钡产生碳酸钡沉淀，然后用酸来滴定中和，通过对比空白组所需酸的量的差别来计算叶片对于CO2的吸收。 人工搭建的这个设备，大家可以看到这张图，操作起来费时费力，这张图显示了当时所用的设备。图片出自下面这篇paper，引用过来的。这张图显示的就是通过这种滴定方法测得的一天中甘蔗叶片对于
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细胞培养中会遇到的常见问题及解答
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
在培养细胞的过程中，或许你会有一系列的问题想要问。那么以下是为大家整理的一些关于细胞的常见问题解答。 一、细胞成长曲线测守时为什么要做重复孔？ 答：测定细胞成长曲线细胞计数时挑选 3 个复孔，每孔分别计三次，取其平均值，目的是减小操作差错。 二、为什么制作的细胞成长曲线没有到达平台期？ 答：可能有以下原因：一是细胞接种密度过低；二是细胞培育时刻过短；三是细胞成长状况欠好，使其不能正常增殖。 三、怎么挑选细胞接种数？ 答：可根据细胞传代培育过程中接种数及细胞成长周期进行核算，细胞接种数因细胞的不同而不同。 四、细胞计数时为什么要用台盼蓝染色？ 答：参加台盼蓝后，活细胞不上色，台盼蓝上色的细胞呈深蓝色，是不健康或已逝世的细胞，不能计数。 五、测定细胞成长曲线的含义是什么？ 答：细胞成长曲线是测定细胞肯定成长数的常用办法，也是断定细胞生机的重要目标，是培育细胞生物学特性的基本参数。由于细胞太小，无法测单个细胞的成长状况，所以测细胞集体的成长曲线。 六、细胞成长曲线测定周期是几天？ 答：一般是一个星期。 七、细胞成长曲线还有其他办法制作吗？ 答：当然有。我们说到zui多的是直接计数的办法，除此以外还有相对计数的办法，该类办法首先要制作规范曲线，标定细胞数和某个变量的函数，然后我们只需要测定每天这个变量的值便能够核算出细胞数。常用的是 MTT、CCK8 等比色的办法。 八、为什么细胞计数多天，细胞数没有添加反而削减？ 答：一般细胞传代后，会有一个成长缓慢的潜伏期，细胞不增殖，而细胞会有正常的逝世，故细胞数不添加反而削减。
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高光谱成像技术—植物天然活性物质和次生代谢产物无损高光谱检测方案
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
易科泰光谱成像技术—植物天然活性物质和次生代谢产物无损高光谱检测方案 易科泰推出植物天然活性物质和次生代谢产物无损高光谱成像Spectrascan检测方案，并提供SpectrAPP光谱成像技术创新应用项目合作与技术服务。 1.国际著名Specim高光谱成像技术，可选配VISIR（400-1000nm）可见光近红外波段、SWIR（900-1700nm或1000-2500nm）短波红外波段、MWIR中波红外波段、LWIR长波红外波段高光谱成像 2.自主设计研发3D扫描平台，集多镜头成像、高精度移动扫描、光源控制、远程无线控制于一体，可根据不同需求定制规格大小 3.专为科研及商业应用领域设计，满足实验室检测鉴定和工业应用的需求，可根据客户需求定制样品自动化品质检测系统，自动传送样品、自动采集高光谱成像数据、在线检测（需客户定制） 4.可选配多光谱荧光成像分析，高通量非损伤定量化分析茎叶及根生中药材叶绿素、花青素、胡萝卜素、阿维酸、酚类、芪类、类黄酮、槲皮素等总量（下图为银杏叶化学成分做图，SpectrAPP项目） 5.自动化数据采集分析系统，可选配软件及数据分析服务器 6.模块化设计，友好的PC端GUI软件界面，用户可实现远程操控 7.可选配SisuCHEMA高光谱化学成像分析平台，样品最大可达200x300x45mm，最大分辨率可达30微米，10毫米或更小的样品 8.可选配PhenoTron-YZ扫描平台，对植株顶部和侧面（Z轴）全方位成像分析全自动样带式扫描（Y轴）成像，可同时对多盆植株成像分析，还可对样品盘内的根系、叶片、果实、种子进行高通量成像分析 9.可选配IQ智能高光谱成像仪或PhenoPlot轻便型光谱成像技术方案，用于野外植株、果实、中草药等性状检测、品质识别鉴定等 次生代谢产物(Secondary metabolites)是由次生代谢(Secondary metablism)产生的一类细胞生命活动或植物生长发育正常运行的非必需的小分子有机化合物（如萜类、黄酮、生物碱、甾体、木质素、矿物质等）。这
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