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FluorCam叶绿素荧光成像技术：采后生理学—采后保鲜与品质鉴定
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
易科泰FluorCam叶绿素荧光成像技术：采后生理学—采后保鲜与品质鉴定 水果、蔬菜、鲜花等鲜活农产品采摘后生理过程会有明显的变化。收获的鲜活农产品在呼吸作用、蒸发作用等变化影响下，导致其组织衰老、水分损失，甚至腐败变质。相关采后生理学的研究与与其贮藏、保鲜、运输有着密切的联系。而鲜活农产品又不同于作物，不能进行干燥保存，必须使用物理或化学方法的保鲜技术延缓农产品新鲜度下降并防止腐败变质，保持其良好鲜度和品质。而对相关采后保鲜技术开发就必须有一种可靠、简便、直观的技术能对处理后的鲜活农产品进行快速品质鉴定，FluorCam叶绿素荧光成像技术就恰好能完全满足这方面的需求，因此在相关的研究中有大量的应用。同时，高光谱成像技术也经常与FluorCam联用，获取更全面的品质检测数据。 案例1：水果蔬菜储存与温湿度的关系 早在2014年，韩国韩京大学的科学家就使用FluorCam叶绿素荧光成像系统测量西红柿、辣椒、苹果、猕猴桃等水果蔬菜在不同储存条件下（室温、低温、高温、高湿）的品质变化，通过最小荧光Fo、最大荧光Fm、最大光化学效率Fv/Fm和非光化学淬灭系数NPQ，从光合生理的角度证实低温是最佳的常规水果蔬菜保鲜技术。 案例2：甜椒的最佳低温保存条件 低温保存也有可能对储存的农产品造成冷害。因此匈牙利圣伊斯特万大学使用FluorCam研究了甜椒在不同低温储存后保存期的变化。结果显示5℃低温储存延缓了甜椒果实的采后成熟，即使甜椒进入保存期，对其保鲜也有作用。而2.5℃低温储存下，叶绿素荧光参数表明甜椒极可能出现了低温损伤，因此在储存中如果有类似低温情况需要进行快速的处理以免甜椒变质。 案例3：苹果热水保鲜处理后的品质评估 在进行鲜切沙拉生产时，热水处理也是一种常用的保鲜技术。同样的，处理温度、时机与持续时间也是至关重要的。德国莱布尼茨农业工程和生物经济研究所（ATB）运用FluorCam和高光谱技术对不同苹果品种的热水处理进
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RORγ反向激动剂-XY101小分子化合物发现过程
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
早在 2016 年，中国科学院广州生物医药与健康研究院许永教授团队就曾与加州大学戴维斯分校的陈宏武教授合作，首次发现核激素受体 RORγ 是作用于雄激素受体 AR 上游的关键驱动因子，直接调控雄激素受体 AR 的表达。因此，RORγ 成为前列腺癌**的新靶标。2019 年 4 月 9 日，许永教授课题组发现新型 RORγ 受体反向激动剂—XY101，并将该研究成果发表在新药研发知名国际期刊《Journal of Medicinal Chemistry》上。新型小分子化合物的研发过程总是历经千辛万苦，接下来就和小编一起拜读一下大作吧~ 图1. 新型RORγ 反向激动剂—XY101 视黄酸受体-孤儿受体γ(RORγ)，是核受体超家族中的一员,是一种配基依赖型的转录因子。RORγ 调节 Th17 免疫细胞产生促炎细胞因子白介素-17（IL-17；interleukin-17）和白介素-22（IL-22；interleukin-22）的功能。由于 RORγ 在多种重要炎症通路都发挥着相应的生物学功能。因此，现已开发了多种 RORγ 受体反向激动剂。 Zhang Y等，利用组合片段、替换基团的方式优化化合物结构，共合成了 36 种相关小分子化合物。在众多化合物中，发现了 XY101（化合物 27），能够显著的抑制 RORγ 的转录活性（ IC50 = 30 nM），并对其他的核受体无明显抑制作用（如图2.所示）。 图2.RORγ 反向激动剂—XY101 结构图 据体外细胞实验结果显示，化合物 XY101 可以抑制多种前列腺癌细胞的增殖与克隆形成，同时可有效抑制前列腺癌细胞中 AR、AR-v7 和 AR 调控的下游基因 PSA 等以及 ERG 和 MYC 等癌基因的表达（如图3.所示）。 图3.XY101 体外细胞实验结果 随后，研究人员对化合物 27 的体内生物学效力进行了检测。在前列腺癌异种移植裸鼠（由 22Rv1 细胞诱导）模型中，以口服 XY101（10 mg/kg）和静脉注射 XY101（2 mg/kg）的方式给予小鼠处理。实验结果表明，XY101 对前列腺癌小鼠表现出良好的药效，能够显著抑制异种移植前列腺癌模型裸鼠中的肿瘤生长。研究人员还发现，XY101 具有优越的选择性、良好的代谢
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利用鲍伊-迪克测试法测试饱和蒸汽以确保适当灭菌消毒
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
1.鲍伊-迪克蒸汽渗透测试的起源 最初的鲍伊-迪克测试是由J. Bowie博士和J. Dick开发的，并在1963年的一篇文章中首次进行描述。该测试旨在监测预真空的空气去除效率，以及高压灭菌器的压力脉冲系统，以确保适当的灭菌。 最初的设计是基于29-36条哈克巴克毛巾，每条折叠并堆放到10-11英寸高。然后在毛巾堆的中心贴上一张纸，上面装有圣安德鲁十字形状的化学指示带。一旦准备好，毛巾堆将被放在一个金属敷料箱或类似的容器内。 这个想法是通过测试蒸汽是否能够准确地到达和穿透毛巾，来模拟多孔负载的消毒过程。如果成功，化学指示带将相应地改变颜色，如果不成功，指示带将保持不变。这将表明高压锅内的蒸汽渗透水平是否足以进行消毒。 2.替换鲍伊-迪克测试的原始组件 在20世纪70年代，鲍伊-迪克测试包经历了几种不同的变化，部分原因是由于材料的缺乏。哈克巴克毛巾首先被100%的纯棉手术毛巾所取代，十字图案的指示带被预印的化学指示片所取代。最后，金属匣被无纺布手术包材料所取代。 3.成为鲍伊-迪克测试的参考方法 随着EN285标准的发布，揭示了鲍伊-迪克测试包新修订的定义，该标准规定了制造大于60L的灭菌器的测试程序和验收标准。现在，温度测量被引入测试包的外部和内部的定义模式，需要热电偶传感器来适当地收集数。EN285中定义的这种新的鲍伊-迪克测试方法，可以更深入地分析灭菌器的蒸汽渗透和空气去除能力。如今，它被用作ISO/EN 11140-4中规定的化学指示器和电子鲍伊-迪克测试系统的合格测试的一般参考方法。 传感器的位置必须遵循EN285第16.1.3节中的定义:• 1个传感器必须放置在调节传感器（参考测量点） • 1个传感器放在测试包上方50毫米处 • 测试包内的5个传感器按以下方式分布: - 3个传感器作为圆形图案放置在中心位置 - 1个传感器放置在中心上方20毫米处 - 1个传感器放置在中心以下10毫米处 通过同时测量所有七个温度，可以形成一个完整的图表，显示每个传感器的 “发展”。从而评估灭菌
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乙酰化修饰蛋白组学技术介绍及案例分享
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
蛋白质乙酰化(Acetylation)是蛋白在乙酰基转移酶(或非酶)的催化下，将乙酰基团转移并添加在蛋白赖氨酸残基或蛋白N端上的过程，在调控蛋白质功能、染色质结构和基因表达中起重要作用。 乙酰化修饰主要分为两类：蛋白N端的乙酰化修饰和蛋白赖氨酸上的乙酰化修饰。N端乙酰化修饰大部分发生在真核生物的蛋白上，由N乙酰转移酶(NATs)催化；赖氨酸上的乙酰化修饰是一个可逆的过程，主要由赖氨酸乙酰化酶(KATs)和赖氨酸去乙酰化酶(KDACs)催化。 应用方向 乙酰化修饰与细胞基因表达调控、表观调控、细胞凋亡、细胞代谢、信号转导、蛋白质稳定性等生理过程研究； 乙酰化引起的代谢疾病、代谢紊乱，肿瘤发生等疾病机理研究。 乙酰化生物学意义 调节DNA-蛋白、蛋白-蛋白相互作用； 与其他PTMs发生crosstalk； 调节酶活性； 调控蛋白亚细胞定位。 实验流程 定量乙酰化修饰组学实验流程 技术参数 寄样要求 动物及临床组织标本：200 mg/sample 血清、血浆：500 uL/sample 细胞﹑微生物：1× 108cells/sample 植物嫩叶、嫩芽：10g/sample 植物种子、果实：10g/sample 液氮或-80℃保存 足量干冰运输，避免反复冻融 案例分享 Title(标题):Fungal-induced protein hyperacetylation in maize identified by acetylome profiling 发表期刊:PNAS 影响因子:9.504 技术方法:iTRAQ、乙酰化修饰定量蛋白组 研究内容 赖氨酸乙酰化是一种关键的翻译后修饰，调节一系列生物过程中涉及的多种蛋白质。已知编码乙酰转移酶的病原体效应蛋白可以直接乙酰化宿主蛋白从而改变免疫过程。胭脂虫毒素(HCT),一种由真菌玉米圆斑病菌种1(C. carbonum race 1)产生的组蛋白去乙酰化酶抑制剂,可以增强病原体感染玉米植物的能力。 组蛋白乙酰化状态的改变在宿主-病原体相互作用中起着核心作用。关于HCT如何实际促进毒性的机理仍然未知。因此作者选择hmlA玉米突变株作为
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光强对栅藻叶黄素和β胡萝卜素合成的影响
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
藻类光生物学研究案例（二）---光强对栅藻叶黄素和β胡萝卜素合成的影响 2021年，印度化学技术研究所等单位联合在Bioresource Technology发表了Lutein and β-carotene biosynthesis in Scenedesmus sp. SVMIICT1 through differential light intensities，探究了5种光强对栅藻叶黄素和β胡萝卜素合成的影响，结果发现，不同强度白光对栅藻的叶黄素和β胡萝卜素合成有显著影响，在50 µE光强下叶黄素和β胡萝卜素产量较高，最大光量子效率（Fv/Fm）也较好。 研究人员将栅藻培养在MC 1000 8通道藻类培养与在线监测系统中，通过MC 1000设置5种光强（50，250，500，750，1000 µE/m2/s），且在光源常亮条件下连续培养20天，之后测量了叶黄素、β胡萝卜素等色素含量。 同时使用AquaPen手持式藻类荧光测量仪测量了不同光强对光系统的影响，通过对快速荧光动力学OJIP和最大光量子效率Fv/Fm的研究，发现在50 µE光强下，Fv/Fm最大；在750和1000 µE光强下，Fv/Fm降低至0.3左右，OJIP曲线也没有出现任何上升。 参考文献： Kona R, et al. 2021. Lutein and β-carotene biosynthesis in Scenedesmus sp. SVMIICT1 through differential light intensities. Bioresource technology 341. MC1000 多通道藻类培养与在线监测系统由8个100ml藻类培养试管、水浴控温系统、LEDs光源控制系统（每个培养试管均可单独调控）及光密度在线监测系统等组成，在藻类培养与控制实验、梯度对比实验等方面极具优势。 AquaPen手持式藻类荧光测量仪是一款用于快速、精确测量藻类叶绿素荧光参数的手持式荧光仪，同时具备PAM脉冲调制和直接激发（OJIP）测量技术，可以测量几乎所有常用叶绿素荧光参数，功能强大，测量精度高，性价比极高。 易科泰提供藻类光生物学研究全面解决方案: FMT150/MC1000藻类培养与在线监测系统 AquaPen/FL6000藻类叶绿素荧光测量仪 Fluorcam叶绿素荧光/多光谱荧光成像系统 FKM多
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一氧化二氮作为麻醉气体的简史概述
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
一氧化二氮早期被用于牙科手术的麻醉,是人类最早应用于医疗的麻醉剂之一，其麻醉效果来 也匆匆去也匆匆，颇为神奇。而这种神奇其实是与它独特的生物化学以及物理学性质有关。 一氧化二氮也称笑气是一名名叫 Joseph Priestley 在18世纪末发现的。和很多伟人一样 Priestley 也是先在自己身上实验了，吸了一点没料到自己竟会情不自禁地大笑起来。当然这 并没有立马被应用到医疗领域，然后有人举办了一个笑气嘉年华，给嘉宾们免费吸笑气，果不 其然大家都围在一起手舞足蹈的哈哈大笑起来。突然有一个人由于太过兴奋从高处跳下摔了下 来，不过却一点都感觉不到疼。科学家们再才注意到其良好的麻醉效果，一氧化二氮这才慢慢 地被应用于医疗领域。 当其作为麻醉剂用于临床**时，医生发现它起效特别快，甚至比任何一种吸入麻醉药起效都 快。远比科学家们依据其化学性质推测的有效。这是为什么呢？经过深入研究之后他们发现使 用一氧化二氮会引起“第二气体效应”。 我们吸入气体通常是由的氮气和氧气组成。氧气会透过肺泡障进入血液，氮气则不行（当体内 分压较大时也会通过脂肪组织进入血液）。而一氧化二氮却能很好的穿透肺泡壁且发生迅速。 这样肺泡内压力变小，肺泡又会挤压肺内剩余气体，使得气体浓度变大，进而加快一氧化二氮的吸收。科学家还发现该气体逆转反应发生也较为迅速。 所以与其他的吸入麻醉药相比一氧化 二氮麻醉效果去的也快。 当然一氧化二氮的生物化学以及物理学性质仅仅是其麻醉作用来也匆匆去也匆匆的原因之一。 现在的一氧化二氮主要用作狂欢节以及其他的一些表演，不过仍有很多麻醉师对其麻醉效应进 行研究。
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单细胞及空间转录组测序文献汇总导读（202108上期）
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
2011年，《自然方法》(Nature Methods)杂志将单细胞研究方法列为未来几年最值得关注的技术领域之一。2013 年，《科学》(Science)杂志将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首，《自然方法》杂志将单细胞测序的应用列为2013年年度最重要的方法学进展。 时至今日，单细胞测序技术在推动微生物、发育生物学、神经科学、免疫、癌症等领域的发展，对生命科学研究意义重大。 从本月起，SBC开设文献速递新板块，按月推送最新的高分文献汇总，内容包含文献题目，影响因子以及摘要概览等信息，并提供部分原文下载。（拉至文末，点击“阅读原文”即可索取原文） 我们先来看一下8月单细胞测序文章发表情况： 01 文章题目：Single-cell spatial sequencing 中文题目：单细胞空间测序 影响因子：38.334 作者：Alam O. 引用：Nat Genet. 2021 Aug;53(8):1119. doi: 10.1038/s41588-021-00919-7. 02 文章题目：Single-nucleus chromatin accessibility and transcriptomic characterization of Alzheimer's disease 中文题目：阿尔茨海默病的单核染色质可及性和转录组学特征 影响因子：38.331 作者：Morabito S, Miyoshi E, Michael N, Shahin S, Martini AC, Head E, Silva J, Leavy K, Perez-Rosendahl M, Swarup V. 引用：Nat Genet. 2021 Aug;53(8):1143-1155. doi: 10.1038/s41588-021-00894-z. Epub 2021 Jul 8. 摘要：大脑的基因调控景观在健康和疾病方面是高度动态的，协调不同细胞类型之间的生物过程。文章提出一项对晚期阿尔茨海默病 (AD) 中 191,890 个细胞核的多组学单核研究，分析相同生物样本中的染色质可及性和基因表达，并揭示巨大的细胞异质性。确定细胞类型特异性、疾病相关的候选顺式调控元件及其候选靶基因，包括一个包含 APOE 和 CLU 链接的少突胶质细胞相关调控模块。描述了由全基因组关联研究定义的 AD 风险位点子集的特定细胞类型中的顺式调节关系，证明这种多组学单核方法的实用性。胶质细胞群的轨
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单细胞及空间转录组测序文献汇总导读（202108下期）
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
上期回顾-- 高分文献速递｜单细胞及空间转录组测序文献汇总导读（202108上期） 在多细胞生物中，单个细胞的基因表达严格按特定的时间和空间顺序发生，即基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过对不同时间点的样本取材，使用单细胞转录组测序技术来解析时间维度上细胞类型和基因表达模式。空间特异性信息则相对较难获得。常规转录组测序和单细胞转录组测序都难以还原细胞所处的原始位置信息。传统的原位杂交技术又很难实现高通量检测。 空间转录组是从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA，能够定位和区分功能基因在特定组织区域内的活跃表达。将总mRNA的空间信息与形态学内容相结合，并绘制所有基因表达发生的位置，获得疾病复杂而完整的基因表达图谱。在确定不同细胞群的同时保留空间位置，为细胞功能、表型和组织微环境中位置的关系提供了重要信息。 01 文章题目：Spatial tissue profiling by imaging-free molecular tomography 中文题目：通过无成像分子断层扫描进行空间组织分析 影响因子：54.904 作者：Schede HH, Schneider CG, Stergiadou J, Borm LE, Ranjak A, Yamawaki TM, David FPA, Lönnerberg P, Tosches MA, Codeluppi S, La Manno G. 引用：Nat Biotechnol. 2021 Aug;39(8):968-977. doi: 10.1038/s41587-021-00879-7. Epub 2021 Apr 19. 摘要：目前正在开发几种用于空间解析组学分析的技术，但每种新方法都需要设置特定的检测策略或专门的仪器。本文作者描述了一种无成像框架，通过以允许后续图像重建的方式将样本切割成细条来定位组织内的高通量读数。实施这个框架，将低输入 RNA 测序协议转化为无成像空间转录组学技术（称为 STRP-seq），并通过分析小鼠大脑的空间转录组对其进行验证。将该技术应用于澳大利亚胡须龙 Pogona vitticeps 的大脑，研究结果揭示了这种蜥蜴端脑的分子解剖结构，为爬行动物大脑皮层和亚皮层的显着区
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关于血浆NfL临床诊断价值的多中心验证研究
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
专题一回顾：Simoa Homebrew方法开发专题（一）| 利用Simoa平台开发血浆p217+tau的高灵敏度检测方法 Simoa单分子免疫阵列分析技术是目前市面上最灵敏的蛋白分子检测技术，其可以检测单个蛋白分子，灵敏度达到飞克级别。在肿瘤、神经、感染免疫、心血管、炎症、生殖、眼科等领域都有着广泛应用。Simoa平台是一个开放的研究平台，除现有的商品化试剂盒之外，各领域的研究人员都可自行进行方法开发及分析。 来自英国伦敦和瑞典的科学家们利用自行研发的Simoa Homebrew试剂盒对血浆中的Nfl进行了检测和分析，文章发表于Nature Communications（IF=12.7）。 A multicentre validation study of the diagnostic value of plasma neurofilament light 实验方法 脑脊液和血浆中NfL浓度的增高意味着有神经退行性病变，本研究将NfL作为神经退行性病变的标志物对两组人群进行了检测，两组标本由伦敦国王学院（KCL，n = 805）和瑞典BioFINDER Study（n = 1,464）提供。根据检测所得的NfL浓度在13种神经退行性疾病、唐氏综合征（DS）、抑郁症等疾病中进行验证。 伦敦国王学院利用Quanterix商品化试剂盒，LLOQ 为0.174pg/mL，低浓度质控品的批内CV为7.5%，批间CV为12.8%；高浓度质控品的批内CV为9.5%，批间CV为13.8%。而瑞典BioFINDER Study则采用Homebrew的方式，抗体和质控品来源于瑞典UmanDiagnostics AB公司，制备所得的试剂盒的LLOQ 为6.7pg/mL，低浓度质控品的批内CV为5.5%，批间CV为8.2%；高浓度质控品的批内CV为9.3%，批间CV为9.4%。基于两组的QC数据，对Lund组中的所有样本做了1.18倍的校正，以用于所有后续分析。 实验结果 血浆NfL的浓度在所有皮质神经退行性疾病、肌萎缩侧索硬化症（ALS）和非典型帕金森病患者中显著升高，说明血浆NfL在临床上可用于鉴别帕金森病患者的非典型帕金森病、唐氏综合征患者的痴呆（DSAD）、精神疾病患者的痴呆以及认知障碍患者的额颞叶痴呆（FTD），此外，血浆NfL在所有年
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利用质谱技术进行临床癌症蛋白质组学研究
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
肿瘤生物标志物是目前肿瘤临床研究的关键点，因此在早期诊断、风险分级和检测患者的**应答等方面需要不断挖掘新的生物标志物并加以验证。基因组和转录组研究已经发现了很多可用的标志物，但蛋白质表达改变更能反映出肿瘤病理生理学的变化。在过去，临床诊断一直依赖于基于抗体检测的各种方法，但这些方法都存在局限性。而质谱（MS）是一种强大的方法，使人们能全面洞悉蛋白质组的变化，从而促进个性化医疗的发展。本文将以肿瘤学为重点介绍基于MS技术的临床蛋白质组学的研究进展，对临床样品制备、蛋白定量检测方法、MS配置和数据分析进行详细叙述。此外，MS技术灵敏度不断提高，涌现出新形式的肿瘤特异性蛋白标志物如翻译后修饰和源于基因组畸变的变异。这些进步不仅巩固了以MS为基础的临床蛋白质组学在癌症研究中的地位，还使其向成为常规分析和临床实践的方向加速发展。 临床样品的制备方法 对于临床组织研究，为了保证从手术切除到蛋白质酶解过程中的蛋白质量，正确的保存方式非常关键。有几种方法可以选择：新鲜冷冻（FF）、福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）和OCT包埋。FF与FFPE相比可检测到更多的蛋白质，但现有的FFPE已经储存了几年甚至十几年，是临床随访等回顾性研究的重要样品来源。虽然组织的蛋白质组学研究可探究生物机制信息，但临床蛋白质组学研究以发现新的生物标志物为主要目标，因此“体液”样品如血液（血清、血浆）、尿液、唾液、泪液和脑脊液等是较为理想的样品形式，还可用于检测癌症和**反应发展的纵向研究中。当临床样品质量不足以支持研究时，可考虑使用模型系统如转基因动物模型、癌细胞系、异种移植模型（CDX、PDX）、类器官等。 蛋白质组样品制备没有统一的方案，要根据样品复杂性、样品量和研究目的选择合适的方法并优化。制备的主要方法有FASP、MStern、S-trap、SP3和iST等。这里以FASP为例进行介绍。FASP，即过滤器辅助的样品制备法，首先使用阴离子表面活性剂十二烷基硫酸钠（SDS）溶解蛋白
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人血清中Fn14超高灵敏度单分子检测方法的建立
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
Simoa单分子免疫阵列分析技术是目前市面上最灵敏的蛋白分子检测技术，其可以检测单个蛋白分子，灵敏度达到飞克级别。在肿瘤、神经、感染免疫、心血管、炎症、生殖、眼科等领域都有着广泛应用。Simoa平台是一个开放的研究平台，除现有的商品化试剂盒之外，各领域的研究人员都可自行进行方法开发及分析。 今天给大家分享的这篇文章发表于ANAL BIOCHEM上，本文详细介绍了homebrew 的开发过程，包括原理介绍、抗体选择、磁珠包被、特异性分析、回收率的计算等，是一篇关于Homebrew开发的经典文献。 摘 要 受体蛋白Fn14是肿瘤坏死因子（TNF）超家族中的最小成员，在一些疾病中，如癌症、自身免疫性疾病、肾脏疾病等中会过度表达，因此常被作为蛋白生物标记物用来监测和指示生理和病理进展。来自湖南大学的研究者们基于Simoa平台，开发了一种用于检测Fn14的超灵敏分析法。他们共筛选了44对不同的抗体对，试剂盒的检测范围为1.26 pg/mL~3683 pg/mL，检测下限为0.32 pg/mL，远低于市售的传统ELISA试剂盒，且分析全程自动化，只需大约一个小时即可完成。 图1. 基于Simoa的Fn14检测原理 首先，将Fn14捕获抗体包被在磁珠上，并与靶蛋白形成夹心免疫复合物，然后用SβG标记珠子。最后，将珠子推入到光盘的微孔中并与RGP荧光底物反应。由于微孔非常小，能检测到单个酶分子的存在，所以反应的灵敏度非常高。通过计算微孔中每个磁珠结合的平均酶数（AEB）来检测Fn14蛋白质的浓度。 实验方法 图2. Fn14抗体对的检测可行性研究 本文对10种抗体（5种单克隆抗体和5种多克隆抗体）进行了配对筛选。通过ELISA从44个抗体对组合中筛选出2对结果**的组合，在Simoa平台上进行验证，如图所示，m5+m2抗体对结果令人满意。 所用抗体对和标准品信息 图3. 两步法和三步法的优化比对 经过优化比对，确定了分析方法为两步法，检测抗体浓度为0.28μg/mL，SBG浓度为300pm。 图4. Fn14试剂盒的标准品检测曲线 标准品浓度分别为1、
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单细胞及空间转录组测序文献汇总导读（202109期）
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
单细胞测序 今年9月公布的2022年度科学突破奖获奖名单中，开发二代DNA测序技术（NGS）的3位科学家荣获“生命科学突破奖”。得益于高效率的二代DNA测序技术，科学家们得以在第一时间测定新冠病毒基因序列，为人类对抗新冠病毒赢得了时间。实际上，自1977年第一代DNA测序技术（Sanger法）问世以来，基因测序技术在无数科研人的努力之下，经历了多次变革升级，从第二代高通量测序技术到第三代单分子测序技术，再到第四代纳米孔测序技术。 要了解生命活动的本质，就需要将测序的“分辨率”提高到“单细胞”水平。经过10余年的发展，基于单细胞的基因表达调控研究正逐渐成为主流，有些技术甚至已经开始探索真正的“时空单细胞测序”，即以单个细胞为单元，在时间（细胞周期）和空间（器官分布）两个维度进行基因测序研究，记录细胞在原组织中基因表达调控的机制细节。 今天SBC小编为大家整理汇编了9月单细胞测序高分文献，一起来看看单细胞测序领域的科研人员又有哪些新发现吧。 1 文章题目：A multicenter study benchmarking single-cell RNA sequencing technologies using reference samples 中文题目：一项使用参考样本对单细胞 RNA 测序技术进行基准测试的多中心研究 影响因子：54.901 作者：Chen W, Zhao Y, Chen X, Yang Z, Xu X, Bi Y, Chen V, Li J, Choi H, Ernest B, Tran B, Mehta M, Kumar P, Farmer A, Mir A, Mehra UA, Li JL, Moos M Jr, Xiao W, Wang C. 引用：Nat Biotechnol. 2021 Sep;39(9):1103-1114. doi: 10.1038/s41587-020-00748-9. Epub 2020 Dec 21. 摘要：比较由不同技术和不同实验室生成的各种单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据集仍然是一项重大挑战。在这里，作者解决了在选择算法时需要指导的问题，从而对不同平台获取的各种数据类型进行准确的生物学解释。作者使用两个特征明确的细胞参考样本（乳腺癌细胞和 B 细胞），分别捕获或混合捕获，在多个中心比较了不同的 scRNA-seq 平台和几种预处理
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空间转录组技术绘制白色脂肪组织的空间图谱
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
白色脂肪组织（WAT）能将多余的脂肪储存在体内，是人体内脂肪组织的主要存在形式之一。WAT广泛分布在体内皮下组织的内脏周围，可作为机体的能源仓库。目前，针对WAT的空间分子组学研究还没见相关报道。在本文中，研究者使用最新的10X Genomics Visium空间转录组测序技术，结合图像学和近期对WAT的单细胞转录组研究结果，绘制了人WAT详细的空间转录图谱，为研究WAT提供了关键信息。 文章详情 文章题目：Spatial mapping reveals human adipocyte subpopulations with distinct sensitivities to insulin. 中文题目：空间图谱揭示人脂肪细胞亚群对胰岛素敏感性的异质性 发表时间：2021.09 期刊名称：Cell Metabolism 影响因子：27.284 实验平台：10x Genomics Visium Spatial Gene Expression platform DOI：10.1016/j.cmet.2021.07.018 研究背景 WAT通过储存、释放脂质和分泌调节热量摄入的因子在能量平衡中起重要作用。该组织具有可塑性，并在不同类型的驻留细胞协同作用下发挥功能。若WAT发生异常，会导致组织功能障碍、胰岛素抵抗、II型糖尿病和心血管疾病等。因此，WAT的细胞组成和结构在决定组织功能方面起关键作用。由于WAT没有明显的组织结构，其中的驻留细胞类型又缺乏明显的标志物，因此定义其微结构存在很大困难。单细胞转录组测序技术已被应用于研究脂肪组织的细胞异质性。然而，这不能探究组织内细胞间的空间关系，再加上成熟脂肪细胞体积大、脆弱且容易漂浮的原因，导致很多研究只停留在脂肪组织内非脂肪细胞部分，如基质血管组分（SVF），或对成熟脂肪细胞提核分析。 目前，最新的转录组研究手段，即空间转录组测序技术，可以从完整组织切片进行RNA测序，能同时获得空间组织学和转录组学信息，已被用于揭示肿瘤或神经系统中细胞的异质性和空间分布特征。本文中，作者使用 10X Genomics的Visium平台对人腹部皮下WAT进行空间转录组研究，结合单细胞转录组数据和图像学分析，绘制了该组织细胞类型和结构分布的
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感觉神经通过调节BMP/TGF-β信号通路在保持颅缝通畅中的作用
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
感知能力对于生物的生存至关重要，视觉、听觉、嗅觉、触觉……人们可以通过多种多样的方式去感受世界，这也是我们和周围世界互动的基础。日常生活中，我们或许觉得冷、热，以及痛觉的感知理所应当，但痛觉和触觉的神经冲动如何启动，从而让我们得以感知温度、压力等，一直是生物学领域一个恼人的关键问题。 北京时间2021年10月4日，瑞典卡罗琳医学院宣布，将2021年诺贝尔生理学或医学奖授予David J. Julius和Ardem Patapoutian，以表彰他们在痛觉和触觉领域研究方面所作出的贡献。两位获奖者阐明了感官与环境之间复杂相互作用的关节环节，这些突破性的发现开启了关于痛觉和触觉领域研究的大门，使得人们对神经系统如何感知热、冷和机械刺激的理解迅速增加。 今天SBC小编结合诺奖最新热点，与大家分享一篇10月19日发表于著名SCI杂志PNAS上的文章。文章作者通过空间转录组学揭示了感觉神经通过调节BMP/TGF-β信号通路在保持颅缝通畅中的作用。 IF ：11.205 doi: 10.1073/pnas.2103087118. 摘要 感觉神经支配骨骼，是正常骨骼发育所必需的，但神经发挥这些基本功能的分子机制仍不清楚。本研究发现发育中颅骨里的原肌球蛋白受体激酶A(TrkA)感觉神经支配的遗传抑制导致颅顶缝过早闭合，与缝中间充质祖细胞（MPC）增殖减少和矿化增加有关。在体外，野生型小鼠背根神经节(DRGs)来源的外周传入神经元的轴突在微流室中共培养时，通过一种可溶性因子诱导MPC以空间受限的方式增殖。体内颅缝的比较空间转录组分析证实感觉轴突和增殖性MPCs之间存在正相关。发育中缝的SpatialTime分析揭示骨形态发生蛋白（BMP）和TGF-β信号通路转录本在TrkA抑制下发生区域特异性变化。背根神经节轴突与MPC共培养后对背根神经节进行RNA测序确认到BMP/TGF-β信号通路转录本的改变。这些转录本中，FSTL1复制了神经-骨骼影响的关键特征，包括通过抑制BMP/TGF-β信号的促有丝分裂和抗骨形成效应。综上所述，包括FSTL1的感觉神经元来源的信号通过调控缝间
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scRNA-seq助力头颈癌研究新成果
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
肿瘤内可含有B细胞和浆细胞的浸润，但B细胞系的肿瘤浸润性细胞作用和抗原特异性尚不清楚。本文利用10x单细胞转录组测序技术探究了HPV阳性头颈部鳞状细胞癌患者肿瘤微环境中体液免疫反应的抗原特异性。 文章详情 文章题目：Defining HPV-specific B cell responses in patients with head and neck cancer. 中文题目：HPV特异性B细胞在头颈癌患者的应答 发表时间：2021.09 期刊名称：Nature 影响因子：49.962 实验平台：10x Genomics Chromium scRNA-seq DOI：10.1038/s41586-020-2931-3 研究内容 TME中存在HPV特异性的ASCs 研究者首先从表达p16的头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者组织的FFPE切片中提取DNA并检测到人乳头瘤病毒（HPV）的DNA，p16是HPV状态的替代标志物。接下来，研究者在原发性肿瘤的肿瘤浸润性淋巴细胞（TILs）、转移性淋巴结（metLNs）和p16+ HNSCC患者中外周血单核细胞（PBMCs）里计算抗体分泌细胞（ASCs）的数量。与PBMCs相比，TILs和metLNs中ASCs的富集程度更高。随后研究者尝试探究肿瘤微环境（TME）中的ASCs是否产生针对HPV抗原的特异性抗体。由于TME中IgG+ ASCs经常出现，故利用经典的HPV癌基因E6和E7，和调节蛋白E2来研究抗原特异性IgG+ ASCs特征。与宫颈癌不同，E2在大多数HPV相关的HNSCC中都有表达。在所测试的抗原中，E2的特异性反应占主导地位，18例患者配对的metLN和TIL样品里HPV特异性IgG+ ASCs的频率具有相关性。然而在外周血中检测不到HPV特异性的ASCs，说明这是一种区域性的ASC反应。而在p16- HNSCC肿瘤中，淋巴细胞浸润程度明显降低，且缺乏HPV特异性的IgG+ ASCs和IgG+记忆B细胞（MBCs）。综上所述，研究者发现TME中产生的HPV特异性IgG抗体处于活跃状态，而E2蛋白是体液免疫反应的主要靶点。 Fig.1 HPV阳性HNSCC患者TME中存在HPV特异性抗体分泌细胞 人HPV特异性抗体的生成 研究者在之前的研究中鉴定到一类抗原特异性B细胞并命名为“激活的B细胞”（ABCs）,是与ASCs不同的增殖细胞，属
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