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看这里！miRNA怎样蹭上m6A热点发高分？
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
文章导读 胰腺癌是一种恶性程度很高，诊断和**都很困难的消化道恶性肿瘤，约90%为起源于腺管上皮的导管腺癌。其发病率和死亡率近年来明显上升。5年生存率
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如何确定数字PCR的LOB?
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
数字PCR技术是一项新的核酸检测和定量技术。空白检测限LOB （Limit of Blank）是判断数字PCR技术检测能力的重要参数。 LOB（the limit of blank）是一项统计学实验参数。在可信度大于95%的概率下，对于不含有分析物的样品（空白样品），LOB是可能观察到的最高检测结果。换句话说就是最大的假阳性数。 为什么要在数字PCR中计算LOB ? 在数字PCR (dPCR)中，多种因素可以引起假阳性。定量核酸时确定假阳性的cutoff对dPCR检测的稳定性至关重要。为了定义这个cutoff，检测阈值通常设置在LOB值之上，而在检测校准期间必须首先为每个目标确定空白LOB值。此外，实验LOB值对于判断反应是正还是负以及计算LOD值都是必要的。 95%置信度LOB如下表所示： R：重复次数，一般≧30 μ和α：分别为假阳性个数的平均值和标准方差 μcorr：校正平均值 当μ=0（即假阳性永远不会出现），则LOB（95%）=0 当LOB为非零时，可以用概率分布加权的“减去假阳性”的方法来校正实验样品中目标核酸的量。 更多LOB值介绍可登陆Gene-π数字PCR学堂（www.cycloudbio.com数字PCR学堂快速入口）统计工具查看，您也可以选择其他感兴趣的应用教程，其中包含从实验设计到数据分析的详细工作流程。 您还可以通过搜索导航工具直接搜索特定的项目（"dPCR的DNA准备"，"荧光溢出"等），或点击我们的"HOW TO" 选择您需要的部分（设计、分析、报告）。 联系我们： 北京深蓝云生物科技有限公司 地址：北京市北京经济技术开发区经海四路25号院2号楼2单元2层201室 电话：010-57256059 邮箱：info@cycloudbio.com 官网：www.cycloudbio.com
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与谐波振荡器QCM原理相关的耗散是什么？
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
什么是耗散 谈到基于QCM原理的仪器，人们经常会遇到“耗散”或“衰减”的概念。 这些概念是什么意思?为什么它们是相关的？ 耗散、衰减和能量损失 耗散或“能量耗散”，更确切地说，是指从被研究的系统中损失的能量。QCM是一个谐波振荡器，就像所有现实中的振荡器一样，它具有能量衰减的效果。 一个振荡器如果没有外力的作用，它的振幅就会越来越小，最终振荡就会消失。我们在这里考虑的振荡振幅的衰减来自摩擦，它可以是振荡器本身，或周围介质(空气、水等)的内部摩擦。摩擦导致振荡能量以热量的形式消散，因此称为耗散。 耗散包含被研究材料的有关信息 QCM的能量损失主要来源于与振荡传感器表面接触的材料。所有与表面接触的材料都会引起能量损失。这种能量损失现象在液体存在下或在柔性膜沉积时特别明显。在振荡过程中，与表面接触的液体和柔性膜会发生变形，导致系统中能量的损失。当传感器表面与空气或真空接触时，能量损失相对较小。薄层和刚性层沉积引起的损失也是如此。薄层和刚性层在振动过程中不会发生变形，因此能量损失比柔性层和/或厚的薄膜层引起的损耗要小。因此，高耗散表明有柔性或粘性的材料与表面接触，而低耗散表明与表面接触的材料是刚性的，并随着表面一起振荡。 耗散与Q因子的定义及关系 描述振荡器特性的一个重要参数是品质因子，即Q因子。这是一个无量纲参数，通过将存储的能量与能量损失量相关联来描述谐振振荡的衰减。耗散D值是Q因子的倒数，是系统每振荡周期的能量损失之和。它也可以定义为每次振荡消耗的能量除以系统中存储的总能量。 Q =2π·（储存的能量）/（每个循环的能量损失）= 1 / D （1） 由式(1)可知，Q因子越大，能量损失越小，振荡持续时间越长，反之亦然，如图1所示。Q值越高，衰减越低，振荡持续的时间就越长。 图1所示：在音叉(左) 振荡时，耗散低，振荡会持续很长时间；而在果冻振荡时，能量耗散较高，振荡衰减较快。
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打开水产科学研究新视角 | 琥珀酰化修饰组+代谢组揭示水产动物病原菌的代谢调控机制
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
随着组学研究步入后基因组时代，蛋白质组、修饰蛋白质组、代谢组、多组学研究逐步向生命科学研究的各个领域渗透。尽管，相对于发展迅速的医学等领域，水产科学中对修饰组等较新组学技术的应用起步较晚，但目前已有不少高质量文章发表，这为水产科学研究领域打开了新的研究视角。 本期，小编将为大家带来一篇19年2月发表于质谱权威期刊《Molecular & Cellular Proteomics》的文章，该文章运用琥珀酰化修饰、代谢组，揭示了水产病原菌的琥珀酰化修饰在群体感应与代谢中的关键作用。 Integrated Succinylome Profiling and Metabolomics Reveal Crucial Role of S-ribosylhomocysteine lyase in Quorum Sensing and Metabolism of Aeromonas hydrophila Molecular & Cellular Proteomics IF= 5.236 原文链接： https://www.mcponline.org/content/early/2018/10/23/mcp.ra118.001035 研究背景： 嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）是水产养殖中最常见的致病菌之一，能够导致鱼类的出血性败血症。嗜水气单胞菌属于革兰氏阴性菌，其能通过群体感应(Quorum sensing，QS)，诱导的信号分子(Autoinducers，AIs)监控环境中菌体浓度，进而调控其致病性。研究发现，S-核糖基高半胱氨酸裂合酶(S-ribosylhomocysteinelyase，LuxS)的活性在群体感应、生物膜形成、生物发光、毒性和抗生素耐药等方面发挥重要作用，然而翻译后修饰对该蛋白酶的调控机制还未曾报道。 材料： 嗜水气单胞菌ATGCC7966；对照菌株（CK）和 LuxS酶突变菌株（K23R 、K30R、K23E 、K30E）。 技术方法： 琥珀酰化修饰组，代谢组学 技术路线： 实验结果： 1. 赖氨酸琥珀酰化修饰分析 对嗜水气单胞菌ATGCC7966，进行赖氨酸琥珀酰化修饰分析。最终总共鉴定到来源于666个蛋白的2174个赖氨酸琥珀酰化位点。进一步通过motif分析，得到8个保守基序，赖氨酸琥珀酰化序列基序分析表明，不同菌种对底物有共同的偏好。蛋白二级结构预测表明，赖氨酸琥
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【干货】合作共赢——双特异性抗体讲解
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
近年来，随着科技的发展，PD-1、CAR-T细胞疗法均获得了不小的成就，也由此为癌症患者打通了另一条生命之路。与此同时，在免疫**领域，还有一项研发同样值得关注，它就是双特异性抗体。 双特异性抗体（Bispecific antibody, BsAb）又称双功能抗体，是一种可以同时识别和结合两种不同的抗原和表位，并阻断两种不同的信号通路以发挥其作用的人工工程化抗体。在自然状态下不存在，只能通过人工制备。 BsAb作为新兴的抗体种类，对于癌症的免疫**有着重大的意义，被视为肿瘤和癌症**前瞻性备选药物。目前有大量双特异性抗体药物正处于临床研究阶段，许多临床试验正在进行。 那么，究竟什么是双特异性抗体呢？且往下看。 现代BsAb的早期前身是在20世纪80年代开发的。第一代BsAb是使用化学偶联方法或四色技术开发的，涉及两个分泌抗体的杂交瘤细胞的体细胞杂交。然而，这些方法受到免疫原性或其制造复杂性的限制。最近，BsAb的发展有了新进展，原因在于新型分子、结构和计算生物学技术促进了BsAb平台的创新进步。因此，现在有许多新形的双特异性抗体(大约100种)可用(图1），并且目前有50多种涉及多种**适应症的BsAbs正处于临床发展的不同阶段，包括肿瘤、自身免疫性疾病、炎症性疾病、传染病和心血管疾病(图2)。 Fig. 1. Schematic diagram of relevant bispecific antibody structures [1] 从广义上讲，BsAb可以分为三个主要的结构类别:(1)缺乏Fc结构域的抗体片段(如双抗体和串联式单链可变片段[scFvs]);(2)抗体片段或与抗体、抗体Fc区域或人血清白蛋白融合的替代支架蛋白，以增强其药代动力学(PK)特性和/或有效性(如双变域免疫球蛋白[DVD-Igs]和IgG-scFvs);(3)完整的IgG BsAbs维护了天然IgG的体系结构，这可能有助于避免与抗体片段相关的非天然问题。每种结构都有其独特的优势，一些用于**多种自身免疫性和炎症性疾病的工程化的BsAb正在临床开发中(图2)。 Fig. 2. Bispecific antibodies currently in precli
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当肿瘤遇上外泌体，会碰撞出怎样的火花
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
迄今为止，化疗仍是癌症**中的不可或缺的重要一环。但有研究认为，一些化疗药物，在杀死癌细胞的时候，还会促进癌细胞的转移，在这个过程中，外泌体发挥着非常关键的作用。洛桑联邦理工学院的Ioanna Keklikoglou和Michele De Palma等在国际知名杂志《Nature Cell Biology》中发表了一篇论文(Chemotherapy elicits pro-metastatic extracellular vesicles in breast cancer models)，发现常用化疗药物紫杉醇和阿霉素，能够促进肿瘤细胞分泌外泌体，改变肺的微环境，帮助乳腺癌发生肺转移。 那么，外泌体究竟是怎样的一种物质？它是如何帮助肿瘤逃逸和转移的？ 外泌体究竟是个什么东西？ 外泌体由脂质双分子膜构成的30-100nm的膜囊泡，在表面含有受体蛋白、跨膜蛋白、组织相容性复合体（MHC）和独特的分子标志物（可以用来鉴定外泌体）等；内部包裹着一些酶、DNA、mRNA、microRNA、lncRNA、circRNA等物质。 图注：外泌体的结构示意图 外泌体与肿瘤恶化密不可分 功能决定行为，那么外泌体具有什么功能呢？主要是沟通细胞与细胞之间的交流，发挥信息传递的功能。举个栗子：肿瘤细胞分泌的外泌体（带有肿瘤特性：如包裹癌基因病毒源性分子、致病性遗传物质以及蛋白成分等物质），被正常细胞摄取吸收后，正常细胞便具有肿瘤特性，最终使肿瘤恶化。 图注：外泌体功能示意图 外泌体是如何帮助肿瘤细胞进行侵袭和转移的呢？ 首先，外泌体可以在局部和远处转移位点形成有利于肿瘤细胞扩散的微环境。研究表明，高转移肝癌来源的外泌体含有miRNA，可以激活肺成纤维细胞，使其释放炎症因子，促进肺部肿瘤炎症微环境的形成，最终促进肝癌发生肺转移（Tumor-derived exosomal miR-1247-3p induces cancer-associated fibroblast activation to foster lung metastasis of liver cancer www. Nature communications）。 图注：外泌体miRNA促进肝癌肺转移 其次，肿瘤细胞分泌的外泌体可促进肿瘤部位血管生成。在肿瘤在生长过
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细胞生物学实验中细胞增殖的检测方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
1.检测细胞代谢活性 检测细胞的代谢活性也可以反映细胞增殖的情况。在细胞增殖过程中乳酸脱氢酶的活性会增加，而活性的脱氢酶可以使得外源性的四唑盐或者阿尔玛蓝(Alamar blue)还原成为带有颜色还原产物。通过分光光度计或者酶标仪来读取含染料培养基的吸光度，从而衡量细胞的代谢活性，检测细胞增殖的情况。 四种最常见的四唑盐是：MTT、XTT、MTS和WST1，其还原产物为甲瓒(formazan)。 (1)四甲基偶氮唑盐法(MTT)：MTT商品名为噻唑蓝，是一种黄色的染料。1983年Mosmann建立MTT比色法，用于检测细胞存活和增殖。其原理为活细胞线粒体中的琥珀酸脱氢酶能使外源性MTT还原为不溶于水的蓝紫色结晶，甲瓒并沉积在细胞中，而死亡的细胞无此功能。二甲亚砜(DMSO)能溶解细胞中的甲瓒，用酶联免疫分析仪测定其光吸收值，可间接反映活细胞数量。在一定细胞数量范围内，MTT结晶形成的量与细胞数成正比。MTT可以用于所有细胞类型，但MTT在标准的细胞培养基中是不溶的，而且其生成的甲瓒晶体需要溶解在DMSC)中。因此，MTT主要作为终点检测方法。另外，有研究发现过氧化物会降低MTT测定的准确度，抑制将近95％，的MTT与O2-的反应，MTT溶解产物甲瓒会吸附在纳米纤维上，而致使检测的结果呈现假阴性。 (2)二甲氧唑黄比色法(XTT)：XTT是一种与MTT类似的四唑氮衍生物，可被活细胞还原形成水溶性的橘黄色的甲瓒产物，不形成颗粒，可直接用酶联免疫分析仪检测吸光度，故较MTT法更加快速、简便、敏感。 但XTT水溶液不稳定，需要低温保存，现配现用。由于XTT的代谢产物呈橘黄色，故培养体系中有些黄色代谢物和试剂可能会影响其检测结果。与MTT一样，过氧化物可抑制近95％的XTT与O2-的反应，故对XTT测定的准确度有一定的影响。 (3)内盐法(MTS)：MTS是一种新型的MTT类似物。MTs在偶联剂PMS存在的条件下，可被活细胞线粒体中的多种脱氢酶还原成水溶性的有色甲瓒产物，其颜色深浅与活细胞数量在一定范围内呈高度相关，可用酶标仪检测。它
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蛋白质、多肽液相色谱纯化方法简介！
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
蛋白质、多肽液相色谱纯化方法简介！ 1、纯化的一般目标和方法 首先，自然来源或者重组表达的蛋白质经过一些粗提的步骤(例如：匀浆、离心、硫酸铵沉淀等)成为稳定的可以用于色谱分离的样品。 然后进行捕获色谱(capture chromatography)，主要目标是浓缩和去除大量的容易去除的杂质，此步最关心的是流速和载量，常采用高载量、快流速凝胶。 经过浓缩的部分纯化的样品进行中级色谱(intermediate chromatography)，目的是去除较难去除的杂质，此步最关心的是分辨率，常采用高分辨率的细颗粒凝胶。 最后为了得到符合要求的最终产品，去除残存的杂质以及目的蛋白的多聚物或者降解片断，进行精制色谱(polishing chromatography)，常采用具有高分辨率的凝胶过滤凝胶进行凝胶过滤色谱。 2、纯化前的准备工作 (1)样品稳定性试验a、测定样品在pH 2-9的稳定性；b、测定样品在0-4 mol/L NaCl及0-2 mol/L 硫酸铵中的稳定性；c、测定样品在0-50%乙醇、甲醇中的稳定性；d、测定样品在4-40℃的稳定性；e、室温下静置过夜，测定对蛋白水解酶的稳定性。 (2)样品预处理a、去除样品中颗粒物(0.45-0.22微米膜过滤或者10000 g离心15分钟) b、去除样品中脂类( 10000 g离心15分钟或有机溶剂抽提) c、去除样品中核酸(加入核酸酶消化或者使核酸沉淀) d、抑制样品中蛋白水解酶(加入蛋白酶抑制剂、低温下快速第一步分离或在蛋白酶缺陷宿主中表达重组蛋白) (3)样品的保存条件：短期储存(小于24小时) a、避免接近或超过样品的稳定极限防止蛋白质变性或沉淀b、在密闭容器中冰箱冷藏较长期储存(数天) a、b、同上c、加入适当的抑菌剂长期储存a、同上b、冰冻或者**冻干(真空冷冻干燥)保存。 3、对每一纯化步骤的评价相关方法的建立 a、目的蛋白含量测定酶活性测定、生物活性测定、放射免疫、酶联免疫、免疫电泳、荧光。 b、总蛋白含量测定紫外吸收法、Lowry法、Bradford染料结合法(考马斯亮兰G-250)等。 c、样品复杂度检
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超声波技术简介（一）——技术原理
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
超声波结构图 超声波原理 超声波在传播过程中与媒介相互作用，相位和振幅发生变化，使媒质的一些物理、化学和生物特性或状态发生改变，或者使这种改变的过程加快，从而产生一系列效应，如力学、热学、化学和生物效应等。这些效应可归结以下几项作用[1]： 空化作用 空化泡在超声波纵向传播形成的负压区生长，行成气泡界面。 在正压区迅速闭合，从而在交替正负压强下受到压缩和拉伸。 高速微射流对远端气泡一侧的冲击产生水锤冲击，即冲击波。 冲击波向外呈放射状传播，击中样品固体表面，反射到气泡，气泡变为涡旋向固体表面对流，产生巨大的瞬时压力；这种巨大的瞬时压力，可以使悬浮在液体中的固体颗粒或生物细胞组织表面受到急剧的破坏。 除以上作用之外，还有机械作用、热学作用及其他作用： 机械作用 超声在传播过程中，会引起介质质点交替的压缩与伸张，构成压力变化，压力的变化将引起机械效应。超声引起的介质质点运动，虽然位移和速度不大，但与超声震动频率的平方成正比的质点加速度却很大，有时超过重力加速度的数万倍，这么大的加速度足以造成对介质的强大机械效应。 热学作用 如果超声波作用于介质中被介质吸收，也就是有能量吸收。同时由于超声的振动，使介质产生强烈的高频震荡，介质间相互摩擦而发热，这种能量使液体、固体温度升高。超声在穿透两种不同介质的分界面上，温度升高更大，这是分界面上特性阻抗不同，将产生反射，形成驻波引起分子间的相对摩擦而发热。 其他作用 超声的空化作用能引起氧化作用，例如在蒸馏水中经短时的超声处理后，产生过氧化氢。在溶有氮的水中经超声处理后就产生硝酸。超声还有还原作用和影响金属的电力分解作用。 参考文献 [1]席细平，马重芳，王伟.超声波技术应用现状[J].山西化工，2007,27（1）：25-29.
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Nature子刊：如何更有效地遏制致命的儿童癌症？
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
恶性横纹肌样肿瘤（Malignant rhabdoid tumor，MRT）是最具侵袭性和致死性的儿童癌症之一。 虽然在美国算是少见的，每年大约有20到25新病例被诊断出来，但是这种疾病缺乏标准有效的**方法，因为患者丢失了一种名为SNF5的抗癌蛋白。一个MRT患儿在确诊后存活一年的可能性很小。 范德堡大学的研究人员发现，一种原癌基因编码蛋白MYC往往受到SNF5抑制。SNF5的缺失相当于移除了MYC“刹车”，从而加速了癌症的生长。 5月《Nature Communications》杂志报道，阻断MYC在**MRT以及其他由SNF5失活引起的癌症方面可能“出乎意料地有效”。 “**类似MRT这样的癌症的一个困难是，它被肿瘤细胞中一种特定蛋白质损失驱动，”细胞和发育生物学教授William Tansey博士说。 “如果MYC是由SNF5受损而激活，意味着它将是这些癌症的一个理想靶标，”他说。本文的共同领导者Tansey在MYC领域是一位国际知名专家。 MYC家族有三个蛋白质成员，在美国每年因MYC而死亡的癌症患者高达10万例。 MYC蛋白作为转录调节因子发挥作用，控制与细胞生长、增殖、代谢和基因组不稳定相关的数千个基因的表达。Tansey实验室致力于确定MYC工作的基本机制，从而在临床上针对MYC制定新的策略。 在MRT细胞中，SNF5抑制MYC对靶基因的识别 Tansey首先怀疑在MRT背景下，SNF5是否调节MYC与染色质的相互作用，因为SNF5丢失引起MYC靶基因被反复激活。研究人员采用shRNA介导的MYC基因敲除（慢病毒shRNA结构由赛业设计）MRT细胞，证实MYC对MRT细胞的重要性，从而强化了SNF5与MYC对疾病的关联影响。接下来，再建立一个系统，比较相同环境下，在MRT细胞中重新引入SNF5和抑制MYC的效果。将ChIP与下一代测序（ChIPSeq）结合，跟踪MYC在G401细胞基因组中的分布，对比表达EGFP的对照，研究人员发现了900个MYC结合峰，进而比较OmoMYC或SNF5表达的影响。结果显示，OmoMYC减少了可检测的全基因组MYC结合，更重要的是，SNF5也降低了MYC结合，且SNF5对MYC结合的影响是全基因组性的，结合
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鸭嘴兽为啥不耐热？中科院研究员探讨哺乳动物温感进化之旅
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
辣椒素受体（transient receptor potential vanilloid 1，TRPV1）离子通道是哺乳动物面对高温警报的分子传感器，有着受热激活和高温介导失活的特点，因其在热活化（heat-induced activation，Ah）后紧跟着发生快速热脱敏（desensitization，Dh），导致其在持续热反应中的作用知之甚少。 中国科学院昆明动物研究所赖仞研究员和杨仕隆研究员，浙江大学杨帆教授以及加州大学戴维斯分校郑劼教授等人借助嵌合体构建、非天然氨基酸标记、荧光共振能量转移和变构构象模拟等技术，对小鼠TRPV1通道（mV1）和鸭嘴兽TRPV1通道（pV1）进行了比较研究，阐明了Dh的生理作用和结构基础。研究结果发表在5月14日的Nature Communications杂志，题目为“Molecular Basis for Heat Desensitization of TRPV1 Ion Channels”。 研究发现，小鼠mV1的N端和C端在Dh时存在相互作用，而鸭嘴兽pV1不具有这一特征，因此也不具有这一变构过程。当他们将小鼠mV1的N端和C端嫁接给pV1，进而构建携带大部分pV1结构的嵌合通道，命名为pV1_mNC，令人惊讶的是，对比野生型，pV1_mNC在40℃高温情况下同样表现出了Dh作用，换句话说，pV1_mNC的跨膜结构域能够支持Ah和Dh，鸭嘴兽pV1缺乏Dh的原因很可能来自N端或/和C端变化。 鸭嘴兽是地球上唯一的卵生哺乳动物，距今2500万年前就已出现，至今仍生活在澳大利亚，分布范围小。肥胖的身体、扁扁的嘴巴还有一双呆萌的小眼睛，它们大多数时间都待在水里，能在较冷的水域中保持温暖，冬季不活动或冬眠。虽为哺乳动物但它们缺乏完善的体温调节能力，在环境温度降低到0℃时，其体温在20-30℃之间波动；当环境温度上升至30-35℃时，则失去热调节机制而死亡。 文章共同一作罗雷博士、王云飞博士及李博文博士为进一步探究TRPV1的结构变化模式是否影响哺乳动物耐热，通过添加不同长度的游离C端肽，在表征了mV1的Dh，并重新建立了远端N和C端模型后，弥补了已发表的单粒子冷冻电镜（cryo-EM）缺失的部分远端N和C。 比对pV1和其他
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赛业动物饲养课堂——走近科学之消失的鼠仔
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
动物房里，刚出生的鼠仔为何突然消失？消失的小鼠去哪了？这一切的背后，究竟是鬼怪作祟还是道德的沦丧？是鼠性的扭曲还是外界不可控的力量在做怪？敬请收看本期的《走进科学之消失的鼠仔》，让我们一起探索鼠仔离奇失踪的真相…（请自行脑补走近科学的经典配乐） 2019年5月初，刚刚成为小鼠铲屎官没多久的张某，如往常一样，去动物房查看小鼠，当他打开昨天才产仔的鼠笼的一刻，却发现了惊人的一幕。眼前的笼子里，完全没有新生小鼠的踪影。昨天才出生的小鼠为何一夜之间消失？对此，小编和张某前往案发地进行了调查，现场完全没有打斗与挣扎的痕迹，但是某处垫料却沾有血迹。 接下来我们采访了丢失鼠仔的鼠妈妈，鼠妈妈背对我们喝水，拒绝了我们的采访，它的神情与行为丝毫感觉不到悲痛与震惊。 最后我们采访了鼠妈妈的邻居。 以上种种现象再结合鼠妈妈冷静得异常的表现，让我们不得不怀疑凶手就是鼠妈妈，最后在我们的逼问下，她承认了自己的犯罪事实，并没有留下悔恨的泪水。 接下来，让我们了解一下这起“杀婴案”背后的动机，以及小鼠铲屎官该如何采取措施来减少这类惨案的发生。 鼠妈妈吃仔的原因有哪些？ 1. 营养 泌乳量不足 哺乳期营养缺乏或高温均会导致泌乳量不足，窝产仔数过多则导致泌乳量相对不足，从而引发仔鼠竞争吃乳而咬伤母鼠乳头，母鼠因疼痛而拒绝哺乳，甚至咬食仔鼠。 泌乳量不足导致仔鼠相对过多，为保证下一代的存活，母鼠可能会咬食小部分仔鼠以保障大部分仔鼠的存活。 营养不全及不足 缺乏某些营养可导致母鼠异嗜而吞食仔鼠，有研究发现，当饲料蛋白质含量≤16% 时，易引起吃仔现象，降低繁殖效率。 2. 环境 环境拥挤 环境拥挤表现在饲养密度大、 空间小、温度高。环境拥挤造成的一种压迫效应可导致动物吃仔。 光照和声音 强光或噪声刺激可导致哺乳母鼠神经紊乱，出现惊慌、烦躁等症状，容易引起母鼠咬食幼仔。 气味 动物依靠气味线索和去甲肾上腺素来对其他动
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预测蛋白相互作用软件的学术交流记录
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
微信学术交流群之聊天记录（2） A:想请问一下预测两个蛋白之间的相互作用有什么方法吗? 殷赋科技:用蛋白-蛋白对接方法。蛋白-蛋白对接有好多软件都可以做，比如ZDOCK(Discovery Studio里边也整合了这个软件)、Hex、Rosetta。我们平台将来也会上线这个功能。 B:请问一下大家，做分子对接是怎么收费的呀? 殷赋科技：平台分子对接收费标准在这里：http://www.yinfotek.com/platform C:我也想问一下，预测蛋白之间相互作用是否有相应的方法和软件，怎样收费? 殷赋科技:ZDOCK免费，Rosetta可以申请学术license。 D:问下vina可以做蛋白对接吗? E:可以。 F:效果不好哦。 殷赋科技：一般不用vina做蛋白-蛋白对接。一个可选的方案是先用ZDOCK做刚性对接，然后算分子动力学。 D:ZDOCK对接效果并不好，在前期增加了binding site限制后，对接后的空间位置仍然是偏离的。 殷赋科技: 那就用Rosetta。不知道大家有没其他推荐。 G:我个人感觉zdock是非常准的。 殷赋科技:那就好啊。我正打算把这些软件开发成便捷的方案呢。 H:那个Rosseta特别麻烦，自学会遇到好多坑。不知道有没有人有好的资料，或交流群。 殷赋科技:Rosetta官方教程讲得就非常好了：https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/Protein-Protein-Docking/Protein-Protein-Docking#preparing-structures-for-docking H:那个pyrosetta(Python包)，给的函数太多了。要想掌握，有不少坑。 殷赋科技:蛋白-蛋白对接也可以用I-TASSER: https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/services/。 H:rosetta可以设计蛋白，这个应该比docking和MD更有技术含量吧?Rosetta擅长设计蛋白，如果是奔着这个目标的话，建议用它。 殷赋科技: 研究好了Rosetta，来写篇教程或者经验分享啊，欢迎大家踊跃投稿! A:这些软件win系统可以使用吗? 殷赋科技:应该有win，http://zdock.umassmed.edu/。 A:如果只是想预测一下，两个蛋白是否有相互作用，有什么比较快捷的
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离子色谱样品预处理技术！
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
离子色谱样品预处理技术！ 随着离子色谱日益广泛的应用，许多样品已经无法用传统的方法采用采样、稀释、过滤后直接进样的模式来进行离子色谱的分析。对于大量复杂基体的样品，离子色谱可以采用合适的方法，通过预处理后再用离子色谱法进行分析，这样一方面可以解决样品复杂基体对离子色谱柱的沾污，另一方面也可以大大提高以复杂基体样品测定结果和准确性、提高分析方法的灵敏度。 有关样品预处理方法，随着国内离子色谱的用户水平的提高，出现了大量相关离子色谱的预处理方法，这些方法有如下几方面的特点：(1)大部分样品前处理方面，采用国产材料进行，预处理的成本很低，更能适合于中国国情，可以在国内广泛推广使用；(2)大部分样品预处理方法采用离线方法，不需要昂贵的在线设备；但相对而言，样品处理的时间比较长，需要的样品量也比较多一些，在目前自动进样器还没有国内广泛应用的今天，这些方法是比较实用的；(3)与国际上出现的一些样品预处理方法，国内出现的样品前处理绝大多数均出自于基层单位，实用性强；但却相关的理论方面的探讨比较少。因此，许多国内采用样品前处理方法，一方面可以再进一步从理论角度进行讨论，另一方面也可以通过适当改进配合包括国内和国外的仪器用于在线样品的预处理。 最常用的样品前处理技术比较 微膜过滤固相萃取技术透吸和渗吸技术 使用和生产的厂家所有HPLC和离子色谱厂家所有HPLC,GC和离子色谱厂家很少厂家仍在使用。 使用的材质0.22um聚砜或尼龙膜C18/RP反相/离子交换/螯合树脂填料0.2um醋酸纤维膜有机溶剂兼容性兼容兼容不兼容分析结果的准确性很好。靠压力保证分析的组份能够全部通过，没有损失。很好。靠压力保证分析的组份能够全部通过，没有损失。不同样品和不同组份在膜上扩散系数和平衡速率的不同，所以很难保证分析结果的准确度、重复性和回收率。 使用的领域广泛应用于IC/HPLC等色谱分析领域广泛应用于IC/HPLC/GC等色谱分析领域在生命科学领域广泛用于蛋白或多肽
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昨日明星LncRNA搭上m6A后逆袭为今天新星
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
m6A RNA甲基化是当前在LncRNA，环状RNA等非编码RNA之后最为火热的科研明星，到底有多火？摆出数据告诉你！ 2019年才过去一半还不到，已发表文章数就已占去年的7成。RNA甲基化领域，不仅文章数量多，高分文章也有许多。据统计，仅2019年上半年就发表了多篇Nature，Cell，Cell Stem Cell，Nature Immunolgy这类的顶级期刊，10分以上m6A文章就有18篇之多。 m6A RNA甲基化作为2018年国自然热点，申请的课题主要围绕writer，eraser和reader。 做腻了writer，eraser？那让我们来看看reader，YTHDF家族由于在核外参与蛋白翻译和降解，是reader里最明星的研究对象，可m6A reader酶千千万万，您研究的基因除了YTHDF家族外，可能还与其他reader结合。 今天，让我们开开脑洞，谈一谈另一个reader hnRNPA2B1，看看像这类核内核外都有表达的reader是怎么来做研究的。 文章导读 结直肠癌Colorectal cancer（CRC）是一类肠道发生癌变的疾病。目前，关于CRC发生和转移相关的分子机制还未有详细报道。已有研究指出，LncRNA分子在肿瘤发生，发展，甚至是迁移的过程中发挥重要机制。因此，本文以LncRNA为切入点，首先通过LncRNA测序找到一个目标LncRNA---RP11，在CRC中高表达的趋势，且表型与细胞迁移正相关。接着，通过RNA Pull Down-质谱技术，证实该LncRNA与下游蛋白hnRNPA2B1是直接结合关系，该蛋白可是m6A RNA修饰的明星阅读酶（Reader）呀！那这个LncRNA势必也参与了m6A RNA 甲基化的过程。接下来，让我们跟随作者思路，看看LncRNA结合m6A的机制类文章是怎么做的。 发表期刊：Molecular Cancer 影响因子：7.8 实验方法：LncRNA 测序，MeRIP-qPCR，RNA Pull Down，RIP，LncRNA定量PCR，mRNA定量PCR 实验材料：CRC临床样本等，结直肠癌细胞系等 文章内容 1. LncRNA RP11在CRC细胞和组织中高表达 CRC组织（癌症1期和癌症3期）与癌旁组织分别进行LncRNA测序（云序可提供此服务），筛选到在癌症1期和3期都差异高表达的LncR
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