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多肽的基本操作与保存知识
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
保存 大多数多肽在-20℃很稳定，特别是冷冻干燥并保存在干燥器中，在将它们暴露于空气之前，冷冻干燥多肽可以放于室温。这将是湿度影响减少，当无法冷冻干燥时，**的方法是以小的工作样量存放。 对于含Cys, Met orTrP的多肽，脱氧缓冲剂对其溶解必不可少，因为这种多肽可易空气氧化，在封瓶前，慢慢流过多肽的氮气或氩气也会降低氧化作用。含Gln或Asn的多肽也容易降解，所有这些肽与不含这些有问题解苷的那些肽相比，生命期有限。 溶解性 大多肽的道选溶剂是超纯抽气水。稀乙酸或氨水分别对于碱性或酸性多肽的溶解很重要。这些方法不溶的多肽，需要DMF、脲、guanidiniamchloride或acetonitnle来溶解，这些溶剂可能某些实验有副作用。所以我们建议设计多肽时要加注意。 残基Ala, Cys , Ile, Leu, Met, Phe和Val将全增加多肽的溶解难度。 保存操作 包装 1mg或更少的多肽按净重包装，声明的小瓶重不含相关抗离子和水。 例如，氨基酸分析决定的肽含量是80%，在1mg样品中，那么瓶中毛重是1.25mg。 大量的多肽以毛重算。标出的重量含相关抗离子和水，例如，25mg样品中肽百分比为90%，那么，实际肽量为25mg×90%=22.5mg 不要把肽含量和纯度搞混了。肽的纯度可能是100%， 而肽含量相关带电基团（如Arg, Lys）的抗离子量和肽新水性决定。这是合成肽的本身特性。 冻干肽的保存 所有产品应存于冰箱， **为-20℃。多数肽以此方法可以存放几年不变。 肽溶液的保存 溶液肽远比冻干形式不稳定，溶液应为中性pH(pH5-7), -20℃保存的，为避免样品的反复冻融，**分成小样存放。一份样品融冻后未用完， 应扔掉，细菌降解有时会成为溶液肽的麻烦， 为克服此，肽应溶于无菌水， 或肽溶液用0.2μM滤膜过滤。 多肽的重建和操作 多数肽溶于无菌蒸溜水。初次溶解时，要注意使初始浓度比要求浓度大，如果多肽仅有限溶解性，这便允许加入其它溶解剂或缓冲盐。 如果多肽在水中的溶解性有限，有几种选择可帮助溶解： 对碱性肽用稀乙酸（含Arg ,
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云序环状RNA研究策略在环状RNA研究的应用
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
环状RNA作为新发现的RNA分子，从诞生之日起就是光环加身，屡屡登上Science、Nature、Cell等高分期刊。近期发表的《2019研究前沿》中，“环状RNA作为癌症新的生物标志物”成为生物科学领域6个新兴前沿之一。2019年环状RNA共发表SCI论文885篇，较2018年增长约20%，其中大于10分的文章约60篇，是2018年的3倍左右。2019年关于环状RNA的国自然审批金额高达8000多万，环状RNA的火热仍在持续。 那么如何研究环状RNA呢？云序客户的文章给出了答案。今天小编将近日云序客户新发表的6篇环状RNA进行了分类解析，帮助大家对环状RNA的研究有更清晰的认识！ 分类一|环状RNA表达谱 1.脓毒症诱导的急性肺损伤小鼠肺巨噬细胞环状RNA表达谱 发表期刊：Journal of Cellular and Molecular Medicine 影响因子：4.658 发表时间：2019.10 研究方法：全转录组测序 、qRT-PCR等云序提供 文章链接：Characteristics of circular RNA expression of pulmonary macrophages in mice with sepsis‐induced acute lung injury 环状RNA(circRNAs)是一大类非编码RNA，在多种疾病的病理过程中发挥着重要作用。然而，它们在脓毒症肺损伤后的肺巨噬细胞中的作用尚不清楚。在本研究中，小鼠被分为两组：对照组和盲肠结扎穿孔(CLP)诱导ALI组。在SCLP/CLP后24小时从肺匀浆中分离出巨噬细胞。从巨噬细胞通过全转录组测序鉴定circRNA的变化，在接下来的实验中通过RT-PCR验证。在两组中共检测到4318个circRNA。其中，有11个circRNA与对照组相比显著上调和126个circRNA与对照组相比显著下调(p≤0.05，差异倍数变化≥2)。选取其中前10个的差异表达倍数高的circRNA(fold change >4, P
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多肽药物分析结构概述与色谱柱选型
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
多肽类药物作为大分子药物和小分子药物之间的过渡态，也一直是制药领域关注的热点。 多肽/蛋白质都是由氨基酸这个基础单元通过肽键（酰胺键-CO-NH-）及其他键键合而成的。目前，对于多肽并没有一个十分严格的划分规定，通常认为20个以下氨基酸组成的为短肽，也有认为5/10个氨基酸以下组成的为短肽；由20~50/60个氨基酸组成的肽为中等肽。而我们一般认为的肽类药物为2~60个氨基酸组成，更大的结构或者是更大的分子量（>5000）则会被归入大分子/蛋白类药物中。 氨基酸作为组成多肽/蛋白质的初级单元，每个氨基酸均由一个羧基（-COOH），一个氨基（-NH2）和一条侧链组成。而不同氨基酸之间的差异在于侧链的不同。 天然氨基酸都是α氨基酸，对于氨基酸特有的结构来说，其包含一个酸性基团-COOH，和一个碱性基团-NH2。其pKa如下图所示： 除去上述氨基酸特有的基团外，对常见的氨基酸根据侧链的不同性质进行分类（酸性、碱性、中性；脂肪族、芳香族等），如下图所示： 1、酸性 对于酸性的氨基酸，上图中所标pKa为红圈圈出位置，用红色圈表示酸。 2、碱性 对于碱性的氨基酸，上图中所标pKa为蓝圈圈出位置，用蓝色圈表示碱。 3、芳香族 对于苯丙氨酸和色氨酸来说，除氨基酸本身代入的α氨基酸结构，侧链可能带进酸性基团或者碱性基团。如上图中三个芳香族类的氨基酸中，酪氨酸的侧链就带进一个酚羟基的弱酸。 4、脂肪族 5、亚胺（成环） 6、脂肪醇类 7、含硫氨基酸 含硫氨基酸具有还原性，其较易氧化。另一个需要关注的地方是，当多肽链中因存在半胱氨酸、蛋氨酸而存在二硫键二级结构时，需要特别关注稳定性过程中二硫键交换的产物。 8、酰胺类 末端的酰胺作为一个非常弱的酸/碱，在一般的分析条件下，可处理为中性，在分析过程中不用过多的考虑。当然这里的不用过多考虑仅仅指分析方法design的时候。在多肽药物的稳定性过程当中，如果肽链中存在此类氨基酸，需要特别关注水解的杂质。 我们了解了形成多肽/蛋白质的基
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钟超课题组利用光响应生物膜，制备梯度活体复合材料
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
自然界中生物体的组成材料经过漫长的自然选择与进化，其结构与性能都令人惊叹。生物体可以利用简单的矿物质与有机质作为原材料，巧妙组装后满足不同组织器官复杂的力学与功能需求。其中，梯度组织是生物体在适应环境变化过程中形成的高度进化的结构形式。这些结构精巧的生物硬组织是通过生物矿化过程形成的。有别于实验室材料制备，生物矿化是一种温和且高度可控的自然过程，其最为显著的特征是通过有机大分子与无机离子的界面相互作用，在分子水平控制矿物的成核、生长、取向和组装，使所得材料具有特殊的分级结构和组装方式，并随之带来优异的力学强度与丰富的功能。尽管目前仿生矿化研究取得了不少进展，但仍难以生产出具有天然同类产品的结构特征和具有“活性”的矿化复合材料，如自修复的能力、环境响应性。因此，如何利用细胞控制的方法来生产具有功能梯度性的复合材料在很大程度上还是一个尚未探索的领域。 中国科学院深圳先进技术研究院/上海科技大学钟超教授与其合作者受天然功能梯度材料的启发，提出了一种实现可调控仿生矿化的新思路：利用细菌能够感知环境和分泌生物分子的能力，工程改造大肠杆菌生物膜这个活体功能材料平台来实现光调控的矿化，制备形状、厚度、密度可调控的复合功能材料。该工作以“Living materials fabricated via gradient mineralization of light-inducible biofilms”为题，于2020年12月21日在线发表在Nature Chemical Bioligy杂志上。 在该项研究中，研究人员首先筛选出了Mfp3S-pep作为羟基磷灰石（HA）矿化的蛋白质模块，通过透射电镜和选区电子衍射，发现CsgA-Mfp3S-pep生物膜在矿化5 天后形成了致密的矿物质，并具有明显的晶体特征，证实了该蛋白在促进HA矿化和结晶中的作用（图1）。随后利用石英晶体微天平（图2）和单分子力谱进一步说明了该蛋白与HA矿物之间具有较强的结合力。研究人员利用石英微晶天平分别测试了蛋白单体和自组装后的蛋白纤维在HA芯片表面的吸附量，结果显
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Nature子刊m6A修饰携手miRNA揭示脱氧胆酸在胆囊癌中作用机制的应用
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
miRNAs是一类长约22nt的单链小RNA，已经成为多种疾病的关键调控分子。大量研究表明miRNA参与调节生物体内分子过程以及各种疾病的发生过程，但针对m6A甲基化修饰是否会对miRNA调节疾病相关过程产生影响的研究却微乎其微。为了解答这一问题，云序客户通过高通量测序以及多种分子机制研究手段对m6A影响miRNA分子机制的研究进行了揭示，并且在oncogene上发表了相应的研究成果（Deoxycholic acid modulates the progression of gallbladder cancer through N6-methyladenosine-dependent microRNA maturation），本文结合本文结合meRIP, miRNA-seq,qPCR等多种技术，揭示了脱氧胆酸可能在胆囊癌中发挥作用，为胆囊癌提供了一种新的诊治策略。 发表期刊：Oncogene 影响因子：7.971 实验方法: miRNA-seq ，m6A-meRIP-qPCR，双荧光素酶实验 文章链接：Deoxycholic acid modulates the progression of gallbladder cancer through N6-methyladenosine-dependent microRNA maturation 研究内容 (1) 人GBC标本中血清DCA水平分析 越来越多的证据表明，BA稳态的失衡是疾病的主要特征，因此作者对正常人和GBC患者的血清进行BAs检测，结果发现，与正常个体不同，GBC患者中大多数血清BA水平明显升高(图1a)，这表明BAs稳态被明显破坏，并可能影响疾病的发生和进展。与之相反，DCA（一种继发性游离性BA）被发现在GBC患者中明显降低。此外，与GBC相比，胆囊腺瘤(GA)是一种侵袭性较弱的胆囊疾病，其血清中DCA水平较高(图1b)，表明DCA下调水平依赖于癌症表型。这些发现显示DCA可能是一种新的GBC诊断生物标志物。 为了探讨使用血清DCA作为GBC患者诊断生物标志物的可能性，作者评估了受试者工作特征(ROC)曲线。作者发现血清DCA水平的ROC曲线下面积为0.87，高于CA19-9（常规诊断生物标志物）的ROC曲线0.71。此外，血清DCA水平越低，GBC越具有侵袭性，表现为肿瘤块更大且Ki-67表达更强(图1d, e)。因此，血清DCA水平可能是GBC的潜在诊断生物标志物
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LncRNA发生m5C异常修饰或成肝癌诊断新靶点的应用
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
前言： 近年来，异常RNA修饰与肿瘤发生的关系引起了广泛关注。作为一种广泛存在的修饰，DNA和RNA中的5-甲基胞嘧啶(m5C)已被发现数十年。DNA m5C修饰在肿瘤发生中的作用已被广泛研究。然而，关于RNA m5C修饰在肿瘤发生中的作用知之甚少。NSUN2是哺乳动物中主要的m5C修饰甲基转移酶之一，在RNA代谢过程中起重要作用。近期，云序客户在一项研究中通过云序提供的转录组测序结合m5C-Bis-Seq测序的方法，首次发现H19 LncRNA是NSUN2 RNA甲基修饰酶的特异靶点。该结果帮助我们更深的理解RNA生物学和人类疾病中m5C RNA甲基化的功能，同时可为肝癌的诊断和**提供潜在的靶点和生物标志物。 发表期刊：Oncogene 影响因子：8 研究方法：m5C-Bis-Seq测序，全转录组测序，RNA pull down+质谱分析，蛋白免疫沉淀 文章链接：Aberrant NSUN2-mediated m5C modification of H19 LncRNA is associated with poor differentiation of hepatocellular carcinoma 研究内容： （1）NSUN2缺失细胞构建和NSUN2功能研究 为了探讨NSUN2在肝细胞癌（HepG2）中的功能作用，首先通过基因敲除构建NSUN2缺失的HepG2细胞，以此与野生肝癌细胞对比。通过RT-qPCR和western blot等反应评估得出，细胞超过90%的NSUN2的基因表达受到抑制，证明缺失株构建成功。 体外生长试验也发现NSUN2基因缺失细胞生存力和细胞克隆能力显著降低；用流式细胞仪分析细胞周期分布发现与野生型细胞相比，NSUN2缺陷型肝癌细胞少量处在G1和S期，更多处于G2和M期，说明缺失NSUN2基因HepG2细胞增殖与分裂受到抑制。 图1 进一步采用伤口愈合试验和Trans-well侵袭试验发现NSUS 2基因缺失导致细胞迁移和增殖能力受限。用肝癌细胞接种裸鼠也发现，接种NSUS 2缺失细胞形成的肿瘤明显小于接种野生型肝癌细胞形成的肿瘤。这些结果与体外结果一致，进一步证实了NSUN2在肝癌细胞的致瘤性中起重要作用。 图2 （2）NSUN2基因缺失细胞RNA表达和m5C修饰表达谱 基于NSUN2缺失后细胞表型的改
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多肽化学合成的基本介绍与发展展望
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
多肽合成（化学）方法，包括液相和固相两种方法。液相多肽合成方法现在主要采用BOC和Z两种保护方法，现在主要应用在短肽合成，如阿斯巴甜，力肽，催产素等，其相对与固相多肽合成，具有保护基选择多，成本低廉，合成规模容易放大的许多优点。与固相多肽合成比较，液相多肽合成主要缺点是，合成范围小，一般都集中在10个氨基酸以内的多肽合成，还有合成中需要对中间体进行提纯，时间长，工作量大。固相多肽合成方法现在主要采用FMOC和BOC两种方法，它具有合成方便，迅速，容易实现自动化，而且可以比较容易的合成到30个氨基酸左右多肽。 1.1．氨基酸保护基 20种常见氨基酸，根据侧链可以分为几类：脂肪族氨基酸（Ala，Gly，Val，Leu，Ile，），芳香族氨基酸（Phe，Tyr，Trp，His），酰胺或羧基侧链氨基酸（Asp，Glu，Asn，Gln），碱性侧链氨基酸（Lys，Arg），含硫氨基酸（Cys，Met），含醇氨基酸（Ser，Thr），亚氨型基酸（Pro）。多肽化学合成中氨基酸的保护非常关键，直接决定了合成能够成功的关键。因为常见的20中氨基酸中有很多都是带有活性侧链的，需要进行保护，一般要求，这些保护基在合成过程中稳定，无副反应，合成结束后可以完全定量的脱除。合成中需要进行保护的氨基酸包括：Cys，Asp，Glu，His，Lys，Asn，Gln，Arg，Ser，Thr，Trp，Tyr。需要进行保护的基团：羟基，羧基，巯基，氨基，酰胺基，胍基，吲哚，咪唑等。其中Trp也可以不保护，因为吲哚性质比较稳定。当然在特殊的情况下，有些氨基酸也可以不保护，象，Asn，Gln ，Thr，Tyr。 表1 常见3种氨基脱除条件 图1 常见3种氨基保护基结构 氨基酸侧链保护基团非常多，同一个侧链有多种不同的保护基，可以在不同的条件下选择性的脱除，这点在环肽以及多肽修饰上具有很重要的意义。而且侧链保护基和选择的合成方法有密切的关系，液相和固相不一样，固相中BOC和FMOC策略也不一样，从某种意义上看，多肽化学就是氨基酸保护基的灵活运用与搭配。关于侧链保护基的
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m5C高分-m5C甲基化修饰技术研究方向汇总
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
前言 RNA修饰是表观遗传学中调控转录后基因表达的关键过程，目前对m6A RNA甲基化的研究已进行的如火如荼，但除了m6A以外仍有多种RNA修饰类型参与调控转录后的基因表达，其中包括m5C甲基化修饰在近期的研究中也不断有高分文章的出现（如表1）。云序生物是国内RNA修饰测序的领跑者，可针对mRNA和各种非编码RNA提供各类RNA修饰测序服务 (m6A﹑m1A﹑m5C﹑m7G﹑ac4C﹑2’-O-甲基化等)。目前，云序已累计支持客户发表29篇高水平文章，合计影响因子191.25分，是国内支持发文多、累计影响因子高的公司。 2020年10月，发表在《Trends in Plant Science》上关于m5C的文章对m5C修饰在植物发育和环境适应中的作用进行了阐述。此外也有多篇文章报道了m5C在众多研究方向的机制。那么这个新领域具体有哪些进展？有哪些新型的方法思路值得我们借鉴呢？小编汇集了多篇m5C修饰文章，带大家把握这一领域的新进展。 文章内容 1. m5C——m5C修饰的控制植物发育和环境适应 发表期刊：Trends in Plant Science 影响因子：14.416 发表时间：2020.10 文章链接：RNA5-Methylcytosine Controls Plant Development and Environmental Adaptation 尽管对RNA上的5-甲基胞嘧啶(m5C)在哺乳动物中的研究越来越多，但m5C在植物中的功能仍然不清楚。先前有研究者提出了m5C在植物发育和胁迫适应中的动态功能，此外Tang等研究者现在已经发现RNA m5C甲基转移酶在水稻高温适应中的作用。目前，已有几种新的方法被应用于RNA m5C的鉴定包括MeRIP-seq，RNA-BisSeq， Aza-IP和miCLIP，其中最后两个方法尚未应用于植物。最近使用m5C-RIP-seq、RNA- Bis-seq和Nanopore-seq研究了m5C表达谱及其在植物RNA代谢、发育和应激反应中的作用。本文通过m5C在拟南芥和水稻mRNA中的位置、功能和靶向性的探讨，表明了m5C在拟南芥和水稻根系发育调控中起着至关重要的作用。 图例：5-Methylcytosine (m5C)修饰及其在植物发育和环境适应中的作用。 2. m5C——m5C修饰的mRNA造成DNA损伤
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革兰氏染色与细菌抗酸染色技术的操作技巧
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
革兰氏染色和抗酸染色都属于细菌形态学检查法，提到革兰氏染色大家肯定都非常熟悉，但是说到抗酸染色你不一定了解。今天我们进入细菌的花花世界，聊一聊细菌界的这两大染色法： 革兰氏染色（Gram stain） 用途：由丹麦病理学家Christain Gram于1884年创立，直到现今，革兰氏染色法仍是细菌学中广泛使用的一种鉴别染色法。通过革兰氏染色，可将细菌鉴别为革兰阳性菌(G+)和革兰阴性菌(G-)两大类。 原理：细菌经龙胆紫初染和碘液媒染后，在细胞壁内形成了不溶于水的龙胆紫与碘的复合物，革兰氏阳性菌(G+)由于其细胞壁较厚、肽聚糖网层次较多且交联致密，故遇乙醇脱色处理时，因失水反而使网孔缩小，再加上它不含类脂，故乙醇处理不会出现缝隙，因此，能把复合物牢牢留在壁内，使其仍呈蓝紫色；而革兰氏阴性菌(G-)因其细胞壁薄、外膜层类脂含量高、肽聚糖层薄且交联度差，在遇脱色剂后，以类脂为主的外膜迅速溶解，薄而松散的肽聚糖网不能阻挡复合物的溶出，因此通过乙醇脱色后仍呈无色，再经红色染料复染，就使革兰氏阴性菌呈红色。 染色结果： 革兰阳性菌(G+)：蓝色 革兰阳性菌(G+)：红色 其他组织：黄色 细胞核：红色 抗酸染色（Acid Fast Bacteria (AFB) Stain） 用途： 由埃利希（F.Ehrlich）1882年首创，并经F.齐尔（Ziehl）改进而创造出的细菌染色法，用于细菌标本涂片或菌落涂片的染色，目前常用于对分枝杆菌属进行初步鉴别。 原理： 分枝杆菌的细胞壁内含有大量的脂质（主要成分为分枝菌酸），包围在肽聚糖的外面，具有抗酸性，染色时与石炭酸复红结合牢固，能抵抗酸性乙醇的脱色作用，,因此抗酸菌能保持复红的颜色，达到染色目的。未脱色细菌呈红色为抗酸性细菌，脱色经复染呈蓝绿色的细菌为非抗酸性细菌。 染色结果： 抗酸菌组织：红色 其他细菌及背景：浅绿色 看到这儿，您心动了吗？马上联系小艾吧！ 相
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人维生素DELISA检测试剂盒原理与组成部分
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
人维生素DELISA检测试剂盒原理： 试剂盒采用双抗体步夹心法酶联免疫吸附试验（ELISA）。往预先包被维生素D（VD）抗体的包被微孔中，依次加入标本、标准品、HRP标记的检测抗体，经过温育并彻底洗涤。用底物TMB显色，TMB在过氧化物酶的催化下转化成蓝色，并在酸的作用下转化成终的黄色。颜色的深浅和样品中的维生素D（VD）呈正相关。用酶标仪在450nm 波长下测定吸光度（OD 值），计算样品浓度。 人维生素DELISA检测试剂盒注意事项： 1. 试剂盒保存在2-8℃，使用室温平衡20分钟。从冰箱取出的浓缩洗涤液会有结晶，这属于正常现象，水浴加热使结晶完全溶解后再使用。 2. 实验中不用的板条应立即放回自封袋中，密封（低温干燥）保存。 3. 浓度为0的S0号标准品即可视为阴性对照或者空白；按照说明书操作时样本已经稀释5倍，终结果乘以5才是样本实际浓度。 4. 严格按照说明书中标明的时间、加液量及顺序进行温育操作。 5. 所有液体组分使用充分摇匀。 人维生素DELISA检测试剂盒组成部分： 1、人1,25二羟基维生素D3elisa检测试剂盒酶和底物：在ELISA中zui常用的酶为HRP和ALP。 2、抗体：在ELISA中应用的抗体可分为多克隆抗体(多抗)和单克隆抗体(单抗)。 3、抗原：在ELISA中应用的抗原要求有较高的特异性、亲和力和纯度。主要有三类，即自然抗原、人工合成抗原和基因重组抗原。 4 、人维生素DELISA检测试剂盒包被：将免疫活性物质(抗原或抗体)结合于固相载体上的过程称为包被。常用的材料有聚苯乙烯、硝酸纤维薄膜等；常用的方法有吸附法、化学交联法及亲和素-生物素间接包被法 5、固相载体：固相载体是ELISA中用以分离结合标记物和游离标记物的主要手段，应与各种免疫活性物质有良好的结合性能并且不改变其免疫活性。常用的固相载体有聚苯乙烯塑料和硝酸纤维素膜。
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淀粉样β诱导的F-肌动蛋白去稳定性突棘丢失对阿尔茨海默症形成的作用
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
阿尔茨海默氏病（AD）是一种神经退行性疾病，表现为认知功能受损和记忆力减退。神经元形态的各种变化是AD临床症状的基础，包括突触丢失；在AD的小鼠模型中，这通过树突棘的丧失来表示。 树突棘富含主要的细胞骨架蛋白螺旋丝状肌动蛋白（F-actin），并经过重塑以稳定学习后的记忆。 Kommadi等人的研究了解是否G-肌动蛋白池的增加和F-肌动蛋白的减少是在AD发病之前，还是树突棘丢失的结果。 相对于野生型同窝对照，AD小鼠模型中的突触小体（APP / PS1）的F-肌动蛋白水平降低，而G-肌动蛋白水平升高，尽管总肌动蛋白没有降低，也没有表现出该病的病理特征（货号＃BK037） 。 Pyrene-肌动蛋白测定（货号#BK003）揭示，在Aβ1-42肽存在下，肌动蛋白显示出破坏的动力学，类似于APP / PS1肌动蛋白的聚合反应。 用DiI或鬼笔环肽（货号#PHDG1）对原代皮层神经元进行了长期体外染色，结果显示，第10天APP / PS1神经突中的F-肌动蛋白含量降低，而树突棘的数量或表面积没有随之变化。在第16天，在APP / PS1神经元中观察到脊柱，脊柱树突和脊柱表面积的显着减少，同时第三神经突中的F-肌动蛋白显着减少。用鬼笔环肽染色并用Ab42处理的原代皮层神经元表现出剂量依赖性的F-肌动蛋白减少，表明淀粉样蛋白β可以使F-肌动蛋白解聚。 APP/PS1小鼠表现出相对于WT对照组的恐惧条件电位降低，用肌动蛋白稳定剂jasplakinolide可逆转，表明F-肌动蛋白的破坏扰乱了记忆的形成。相对于野生型神经元，用phalloidin或DiI标记的APP/PS1蘑菇脊柱头部，用dSTORM定量，表现出显著减少的肌动蛋白杆长度和顺序，产生于F-肌动蛋白结构的改变。检查无认知障碍（NCI）、轻度认知障碍（MCI）和AD的人死后突触体中的G：F肌动蛋白比率（货号＃ BK037），发现F-肌动蛋白显著减少，而G-肌动蛋白没有变化。F-肌动蛋白的减少与全局认知能力减退、β-淀粉样蛋白水平、神经纤维缠结和Braak分期之间也有显著的相关性。 上面强调的细胞骨架的肌动蛋白工具在揭示F-肌动
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新型冠状病毒肺炎病例标本采集与实验室检测技术指南
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
为指导各级疾控部门和其他相关机构开展新型冠状病毒肺炎病例标本采集与实验室检测工作，特制定本技术指南。 一、标本采集 （一）采集对象。 新型冠状病毒肺炎疑似病例和聚集性病例，需要进行新型冠状病毒感染诊断或鉴别诊断者，或其他需要进一步筛查检测的环境或生物材料。 （二）标本采集要求。 1.从事新型冠状病毒检测标本采集的技术人员应经过生物安全培训（培训合格）和具备相应的实验技能。采样人员个人防护装备（Personal Protective Equipment，PPE）要求：N95及以上防护口罩、护目镜、连体防护服、双层乳胶手套、防水靴套；如果接触了患者血液、体液、分泌物或排泄物，应及时更换外层乳胶手套。 2.住院病例的标本由所在医院的医护人员采集。 3.密切接触者标本由当地指定的疾控机构、医疗机构负责采集。 4.根据实验室检测工作的需要，可结合病程多次采样。 （三）采集标本种类。 每个病例必须采集急性期呼吸道标本（包括上呼吸道标本或下呼吸道标本），重症病例优先采集下呼吸道标本；根据临床需要可留取便标本、全血标本、血清标本和尿标本。 标本种类： 1.上呼吸道标本：包括鼻咽拭子、咽拭子等。 2.下呼吸道标本：深咳痰液、肺泡灌洗液、支气管灌洗液、呼吸道吸取物等。 3.便标本/肛拭子：留取粪便标本约10克（花生大小），如果不便于留取便标本，可采集肛拭子。 4.血液标本：尽量釆集发病后7天内的急性期抗凝血，采集量5ml，建议使用含有EDTA抗凝剂的真空釆血管采集血液。 5.血清标本：尽量釆集急性期、恢复期双份血清。第一份血清应尽早（**在发病后7天内）釆集，第二份血清应在发病后第3～4周釆集。采集量5ml，建议使用无抗凝剂的真空釆血管。血清标本主要用于抗体的测定，不进行核酸检测。 6.尿标本：留取中段晨尿，采集量2～3ml。 （四）标本采集和处理。 1.鼻咽拭子：采样人员一手轻扶被采集人员的头部，一手执拭子，拭子贴鼻孔进入，沿下鼻道的底部向后缓缓深入，由于鼻道呈弧形，不可用力过
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全球视角下四种最常用叶绿素荧光技术的使用趋势及展望
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
在检测植物光合作用方面，叶绿素荧光测定法是全球范围内使用最广泛的技术之一。由于叶绿素荧光是一个强信号（约占吸收光线的2%）且几乎不需要样品制备，叶绿素荧光测定法成为了由表型驱动的作物育种研究（植物表型组学）的一个基本工具。 叶绿素荧光测定法起源于20世纪30年代后期，由考茨基（Kautsky，后人以他的名字命名了荧光增强效应）提出。20世纪60年代到80年代，世界各地的生物物理学家都致力于反卷积荧光信号的一些特性，奠定了叶绿素荧光常规测定方法的基础并沿用至今。荧光淬灭法是叶绿素荧光表型分析技术的理论基础，与光合电子传递反应的状态有关：当受体池饱和时，能够观测到荧光强度的增加，反之则会观测到荧光强度降低。 近日，Plant Phenomics在线发表了澳大利亚国立大学Alonso Zavafer等人题为Global Trends of Usage of Chlorophyll Fluorescence and Projections for the Next Decade的研究论文。 在该文章中，作者综述并研究了四种最常用的叶绿素荧光测定分析平台（分别是脉冲幅度调制荧光PAM、快速荧光动力学OJIP、快速重复率荧光FRR、日光诱导荧光SIF），比较了它们所依赖的基础理论和技术优势，提出了关于解答“哪种方法最准确和最有效”的许多论据。但迄今为止，每种方法的确切流行程度并未有数据评估。 因此在论文中，作者检索统计了过去十年中每个平台的相关文献(Figure 1)，评估了科学界对以上每种方法的见解，还确定了这几种平台的使用中可能存在的地理偏向性(Figure 2)。研究结果表明，尽管SIF在过去十年中迅速普及，PAM仍是目前最受欢迎和最具影响力的平台；在未来的十年中，SIF平台有望获得更大的影响力。 Figure 1: Popularity of different fluorometric methods based on publication count of the last ten years. Figure 2: Relative popularity of different fluorometric methods based on publication count during the last ten years by country.
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电子材料的制备方法，实例观察和应用分析
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
简要分析了电子材料的特点；电子材料和器件多为复合材料，软硬材质结合较多，比如碳化硅基底的柔性材料，材料结构复杂，制样前处理方法多样，或者大范围包埋或者小区域局部包埋再进行磨抛处理。 根据材料特性介绍电镜观察的注意事项以及对材料制备的要求。电子材料多有粘结剂，填充料等存在，此种材料多为不导电的高分子或无机材料，电镜观察时需要注意样品的导电处理及选择合适的观察信号类型，如期间内部的线路排布，由于和基底材料的材质不同元素差异大，一般选择背散射信号观察效果更好，为了减少荷电效应，一般采用低电压低束流模式进行观察。 对于扫描电镜观察的平整断面制备，一般需要先切至目标位置附近，再做离子束的处理。徕卡精研一体机EM TXP机械处理电子材料，一般不需要复杂包埋即可实现定点加工和磨抛，如果结构信息宏观则可以直接进行光镜或电镜或原子力的观察分析，如果要求高，则将样品磨抛至目标位置附近50微米左右，再装入离子束进行无应力加工。徕卡三离子束EM TIC 3X为散焦型离子枪，加工产热低，热量聚集效应不明显，对于耐热程度差的电子材料加工，优势非常显著。样品固定时，除了常用样品托可选择多功能样品托，样品形状不规则，也可进行加工处理。当需要冷冻加工时，徕卡冷冻台降温速度快，30min左右即可降温至-120℃，大大提高了工作效率。徕卡的三离子束设备，可选配多个样品台，有常温切割的标准样品台，大面积抛光的旋转样品台，冷冻加工的冷冻台，一次可以装载3个样品的三样品台，以及可以做液态样品的冷冻传输样品台。满足各个类型的样品的加工。 对于 电子材料基础研究的方面，往往需要透射电镜分析材料内部信息，如通道效应，原子像，相晶格像，ELLS能量损失谱等，透射电镜观察对样品制备要求更高，此次介绍主要介绍了徕卡超薄切片机UC7制备电子的材料的实例。徕卡超薄切片机在生物领域应用广泛，同样在材料领域优势不容小觑，制备的薄片速度快，无热效应，可直接观察，制备
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肿瘤细胞中ecDNA新机制在斯坦福大学致癌基因研究的应用
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
文章导读 eccDNA是染色体外的一种特殊的环状DNA，从它的出现至今已长达数年，但在起初的很长一段时间里并未得到人们的重视。随着高通量技术的发展，eccDNA(extrachromosomal circular DNAs，eccDNAs)作为染色体外的环状DNA的研究也进一步深入。在国际学术期刊《Nature》和《Cell》上相继发表的关于eccDNA在肿瘤的发生和发展中具有重要功能的报道使eccDNA成为了基因组学研究中的一个爆点。这两篇文章中认为eccDNA能够促进肿瘤细胞中原癌基因的表达，这一重要发现使eccDNA成为科研界关注的热点话题。 然而关于eccDNA在肿瘤细胞内的空间位置及作用机理仍未可知。近期，美国斯坦福大学研究团队在bioRxiv 预先发表了一篇题目为“EcDNA hubs drive cooperative intermolecular oncogene expression”的文章，对癌症细胞中ecDNA hubs（ecDNA聚集成簇）在致癌基因的表达中发挥重要的作用提出了一个新的分子机制，这为解析ecDNA在癌症细胞中的作用提出一个新方向，也为癌症**提供了新的理论基础。 发表平台： bioRxiv 发表日期： 2020.11.20 实验方法: WGS, RNA-seq, ChIP（以上服务云序均可提供） 文章链接：EcDNA hubs drive cooperative intermolecular oncogene expression 研究内容 此前研究发现ecDNA是大小约100kb-几Mb的双链环状DNA。由于其自身没有着丝粒，因此在细胞分裂中可随机分配到子细胞，这一特性使ecDNA在肿瘤耐药性方面发挥作用。而且，ecDNA也可以重新整合到染色体上或者形成重复序列（HSRs）。此外，ecDNA相比于染色体DNA有更加松散的结构，更适于其携带的致癌基因的转录和表达。ecDNA存在于正常染色体之外，其在细胞核中的空间组织目前还不清楚。但值得注意的是，ecDNA在某些生物学过程之后会发生聚集。本文中作者展示了由10-100个ecDNA聚集组成的ecDNA簇，它们聚集在间期细胞核内，驱动分子间增强子的重排从而驱动致癌基因表达。本研究中，通过检测在MYC-PVT1融合基因的ecDNA空间、表观和转录水平的动
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