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振荡速率对原油蒸气压检测精度的影响
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
更高的振荡速率可提高GB/T 11059的测量精度 背景 原油蒸气压VPCR（vapor pressure of crude oil）是原油储存、运输和装卸的重要安全参数。在石油工业中，对高蒸汽压原油的检测尤其重要。 GB/T 11059测量原油蒸气压的过程是：将试样引入测量单元，活塞在真空下膨胀，调整汽液比4:1，温度调节至37.8°C。等到测量室与试样间温度达到平衡后，每隔(30士5)s观测一次总压力，当连续三次的总压力读数相差均在0.3 kPa以内时，记录此时的蒸气压，即为原油蒸气压VPCR。 与简单的火花点火燃料或其他石油基最终产品相比，原油的成分要复杂得多，其挥发性（蒸汽压）可能从
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使用高通量表型技术评估拟南芥中热应激诱导造成的变化
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
Plant Phenomics | 使用高通量表型技术评估拟南芥中热应激诱导造成的变化 在全球范围内，最近十年是自19世纪以来最热的十年，并且多次发生了打破历史记录的高温天气。热胁迫会导致植物在所有生长阶段的性能和生产能力下降，这使得高温热浪成为了农业生产中的严重威胁。但是，目前对热应激现象的研究主要集中在评估种子早期发育阶段的存活率或下胚轴伸长情况，以及在高温使得花粉活力降低的生殖阶段。少数针对营养生长阶段热应激反应的研究表明，营养生长阶段的耐热性有助于生殖生长阶段的适应能力。因此，了解热应激反应造成的变化以及培育在所有生长阶段均有耐热性的种质资源，对于确保未来的食品可持续供应至关重要。 目前，拟南芥已被广泛用于耐热性筛选，主要侧重点在于分析在琼脂平板上的幼苗生存能力、下胚轴伸长情况或者种子发芽情况。由于耐热性的表达依赖于多个过程，因此通过统计由表型简易性而不是生理重要性决定的简单性状并不能很好地反映出耐热反应的复杂性。通过非破坏性的方法（如采集可见光、热成像、叶绿素荧光图像等）连续监测植物在热暴露后的生长情况，可以洞悉那些人眼无法评估的与光合作用效率和植物冷却能力相对应的生理反应。自动化且受环境控制的系统能够在单个实验中高效地监测大量群体。表型性状，如植物的大小、温度以及光合作用效率已成功用于评估干旱、盐分和低温胁迫下植物的性能。 2020年7月，沙特阿拉伯阿布杜拉国王科技大学的Ge Gao等在Plant Phenomics发表了题为The Use of High-Throughput Phenotyping for Assessment of Heat Stress-Induced Changes in Arabidopsis的研究论文。 该文章中，论文作者调查了使用可见光、动态叶绿素荧光和红外成像技术评估拟南芥中热应激反应的可行性(Figure 1(b))；并根据观察到的多个性状的显著变化，为拟南芥植物的营养生长期开发了生理相关的热胁迫方案(Figure 1(c))。此外，使用逻辑回归确定了最能够区分野生型(WT)和热敏性h
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如何精确测定AAV病毒载体空壳率
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
如何精确测定AAV病毒载体空壳率？ 重组腺相关病毒（AAV）作为病毒载体，具有安全性好、特异性强、递送效率高等特点，为新的、挽救生命的基因**方法带来巨大的希望。但是，虽然电镜等技术可以表征AAV的均一性和聚集状态，但它们没有足够的分辨率来准确定量病毒颗粒的均一性和有效载量。而解决这一问题的方案是：使用分析型超速离心技术（AUC）表征AAV病毒颗粒特性。 正如基因**研究人员所知道的那样，在早期产品开发中有非常多的风险，快速检测产品质量是至关重要的。但到目前为止，使用之前的技术来检测临床级的重组AAV载体仍然是不现实的。 · qPCR/ELISA、光密度法均为间接检测方法，结果只能用于样品间的对比，而无法准确定量 · 电子显微镜可以在视野中看到空壳颗粒与实心颗粒，但无法确定包含所DNA是否完整，同时也无法定量 · 离子交换色谱法面临分辨率不够、不同血清型病毒颗粒不适用于同一种分析方法等问题 完整的AAV衣壳和相关的衣壳杂质 因此，主要的障碍是缺乏高分辨率、可用于定量的技术来监测病毒颗粒产物特性，比如： · 均一性 · 纯度 · 批次一致性 · 病毒有效载量 使用分析型超速离心技术（AUC）表征AAV病毒颗粒的特性，可以帮助精准测定AAV病毒载体空壳率！ 分析型超速离心技术（Analytical Ultracentrifugation，AUC）是表征生物大分子特性、研究生物分子理化性质的主要技术手段之一，用于分析样品异质性、聚集体的形成以及分子间相互作用等。贝克曼推出的Optima AUC分析型超速离心机由主机、光学系统、转头以及样本池组件等构成，可以想象成是一台制备型超速离心机和光学检测系统的结合，但不同于制备型离心机，Optima AUC作为分析型仪器可以实时监测样品沉降过程中溶质浓度随时间和距离的改变，从而计算得到分子特性。 Optima AUC与AAV样品检测结果示意图 依据溶液中空壳、实心、中间产物等不同状态病毒载体的沉降系数的不同，AUC分析得到的c(s)分布可以表征AAV病毒载体特性。并且
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Sh2b1敲除小鼠-瘦素促进减肥的关键机制
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
瘦素（leptin）是一种由脂肪组织分泌的蛋白质类激素，能够刺激交感神经系统（SNS），促进能量消耗和减轻体重，但潜在的分子机制仍不清楚。近日，美国密歇根大学芮良优（Liangyou Rui）教授领导的研究团队揭开了瘦素促进减肥的关键机制。 他们发现，表达瘦素受体（LepR）的神经元中的Sh2b1能够促进交感神经系统的刺激，交感神经系统向棕色脂肪发出信号，使其活化，从而维持体重和新陈代谢。这项成果发表在《Nature Communications》杂志上。 瘦素是体重和代谢的关键调节剂，瘦素/瘦素受体信号的破坏往往会导致病态的肥胖和严重的代谢疾病。这条信号通路受到酪氨酸激酶JAK2的调节。这个研究团队之前发现，JAK2结合蛋白Sh2b1是JAK2的强效调节因子。它通过SH2结构域与JAK2结合，并大大增强JAK2激酶活性。 之前的研究发现，在神经元中恢复Sh2b1表达可逆转Sh2b1-null小鼠的肥胖表型，这表明神经元介导了Sh2b1对体重和代谢的作用。于是，研究人员假设，Sh2b1可能会通过直接调节瘦素信号通路来增强LepR神经元控制代谢和体重的能力。 Sh2b1的缺失导致肥胖、胰岛素抵抗和肝脏脂肪变性 为了确定Sh2b1在瘦素受体神经元中的作用，研究人员构建了LepR细胞特异性Sh2b1基因敲除（Sh2b1ΔLepR）小鼠。他们发现，与对照小鼠相比，Sh2b1ΔLepR雄性和雌性小鼠的体重都更重，脂肪含量明显更高，而且Sh2b1ΔLepR小鼠的体温显著降低，这表明LepR神经元中的Sh2b1对于维持体重和体温都是必不可少的。 同时，他们还评估了Sh2b1ΔLepR小鼠的胰岛素敏感性和肝脏脂质含量。结果表明，与对照小鼠相比，Sh2b1ΔLepR小鼠的血糖水平明显更高，而且发展成严重的肝脏脂肪变性。因此，LepR神经元中的Sh2b1可帮助对抗胰岛素抵抗、2型糖尿病和非酒精性脂肪肝（NAFLD）。 图1. Sh2b1ΔLepR小鼠形成胰岛素抵抗、葡萄糖耐受不良和肝脏脂肪变性. 为了区分Sh2b1对体重和代谢的作用是否依赖于大脑发育，他们又构建了成年发作的下丘脑特异性的S
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揭秘神经发育过程中m6A-RNA甲基化与组蛋白修饰间的关系
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
文章导读 表观转录组学的研究在生物发育和疾病相关性等方面正越来越引起人们的关注。其中m6A修饰的研究是表观转录组学研究的一大热点。研究表明，m6A标签在mRNA和lncRNA中超过10,000种，并且m6A参与mRNA的转录后修饰也成为基因表达中的一种重要的调控机制。m6A的在基因表达调控方面功能作用已被广 泛研究，但它在生物水平上发展的重要性仍在很大程度上不为人所知。 Nature neuroscience（IF=20.071）上一篇题目为N6-methyladenosine RNA modification regulates embryonic neural stem cell self-renewal through histone modifications的文章。本文结合m6A-seq, RNA-seq, ChIP-seq等多种技术探究了RNA甲基化修饰在调节组蛋白修饰终影响小鼠胚胎神经干细胞的增殖与分化过程，为从表观遗传学层面调控胚胎神经干细胞发育的研究提供了新的方向。小编今 天将对这篇结合了多种分子生物学研究手段的文章进行系统的解析。 发表期刊：Nature Neuroscience 影响因子：20.071 实验方法: m6A-seq, RNA-seq, ChIP（以上服务云序均可提供） 文章链接：N6-methyladenosine RNA modification regulates embryonic neural stem cell self-renewal through histone modifications 研究内容 (1) Mettl14基因敲除降低NSC增殖并促进NSC提前分化 作者利用基因工程技术获得了正常小鼠Mettl14f/f（CK）、敲除Mettl14基因的纯合小鼠Mettl14f/f;Nestin-Cre (Mettl14-cKO)和杂合小鼠Mettl14f/+;Nestin-cre。对这三组小鼠的神经球进行体外培养，通过TLC分析不同组中的m6A水平，Mettl14-cKO中的m6A水平极低，得到进行m6A在NSC中功能研究的理想株系。作者进行了E14.5时期的体外神经元培养，检测Mettl14f/f、Mettl14f/f;Nestin-Cre 和Mettl14f/+;Nestin-cre的神经元数量与大小，检测到Mettl14-cKO中神经元的大小为对照组的55%。对NSC细胞数量的统计证明了Mettl14-cKO的NSC的增殖能力明显下降。通常细胞增殖力下降往往伴随着细胞的分化提前，作者对三
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三篇15分文章揭秘：当外泌体遇上环状RNA
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
文章导读 外泌体是细胞分泌的大小为30-200nm的盘状囊泡，它在人体体液中分布广 泛。2013年，科学家通过研究外泌体细胞囊泡调控机制获得诺贝尔奖，这使外泌体开始被广 泛关注，随着研究的深入，人们发现外泌体可作为细胞间信息交流的桥梁，在细胞间往来穿梭进行信息传递。另外，外泌体与疾病的发生尤其是在肿 瘤中起到十分关键的作用，因此，外泌体也成为了研究疾病以及靶向治 疗的切入点。 尽管外泌体的研究十分火热，但前期研究主要集中在外泌体的信息传递以及外泌体中microRNA的作用机制等方面，关于外泌体中环状RNA的研究仍方兴未艾，今 天小编就近日新发表的三篇外泌体环状RNA高 分文章进行解析，希望能够使大家对外泌体中的环状RNA的研究有一些新的认识。 文章展示 1.肝ai细胞来源的外泌体circUHRF诱导自然杀伤细胞的衰竭，影响抗PD1治 疗的耐药性 发表期刊：Molecular Cancer 影响因子：15.302 发表时间：2020.6.27 文章链接：Cancer cell-derived exosomal circUHRF1 induces natural killer cell exhaustion and may cause resistance to anti-PD1 therapy in hepatocellular carcinoma 2020年6月27日，Molecular Cancer（IF=15.302）杂志上发表了一篇题为“Cancer cell-derived exosomal circUHRF1 induces natural killer cell exhaustion and may cause resistance to anti-PD1 therapy in hepatocellular carcinoma”的文章，文中对肝ai（HCC）细胞分泌的外泌体中circUHRF1的研究发现，circUHRF1可以通过与miR-449c-5p形成海绵机制从而影响其下游基因TIM-3的表达，结果显 示抑 制自然杀伤细胞（NK）功能并提高了抗PD1免疫疗法的耐药性。 （1）circUHRF1在肝ai组织中表达上调 通过环状RNA测序数据分析得到UHRF1在肝ai组织中表达上调，并在其病理过程中起重要作用。后通过qPCR技术检测HCC中的标志基因UHRF1来源的14个circRNA，发现hsa_cic_0048677(circUHRF1)是肝ai组织中表达量第 一高的环状RNA。并且在HCC组织
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再登Nature Genetics-ecDNA与致ai基因扩增及多种ai症不良预后相关
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
文章导读 研究发现，许多扩增的原ai基因，并不只是位于染色体，而且还能变成游离的染色体外DNA（ecDNA），并出现大量拷贝，而且相当高比例的ecDNA是以环状DNA分子的形式存在，即eccDNA（染色体外环状DNA）。由于ecDNA不存在着丝粒，所以在细胞有丝分裂时，无法被均等地分配到两个母细胞中，这就导致ecDNA的拷贝数会随着细胞代数的增加而呈现巨大的异质性，从而驱动肿 瘤演化过程，但是关于ecDNA发生频率和临床影响尚不清楚。 2020年8月17日发表在Nature genetic（IF=27.603）上的一篇题为《Extrachromosomal DNA is associated with oncogene amplification and poor outcome across multiple cancers》的文章揭示了ecDNA与致ai基因扩增及多种ai症的不良预后间的相关性。通过对3212名ai症患者的全基因组测序数据的分析，研究人员发现ecDNA扩增通常发生在大多数ai症类型中；与线性DNA相比，ecDNA扩增而引起的ai基因转录水平更高，同时染色质的可及性得到增强，能够更频繁地与转录本融合；携带ecDNA的ai症患者的生存期也明显短于非ecDNAai基因扩增引起的ai症患者。此次研究结果表明，基于ecDNA的ai基因扩增在ai症中普遍存在，并导致许多ai症类型的患者预后不良。 发表期刊：Nature Genetics 影响因子：27.603 实验方法：Circle-Seq，全基因组测序，ATAC-seq 文章链接：《Extrachromosomal DNA is associated with oncogene amplification and poor outcome across multiple cancers》 研究内容 1.eccDNA扩增广 泛存在于各类ai症类型中 ai基因扩增是ai细胞中常见的功能获得性改变，使肿 瘤细胞能够规避体内平衡期间的制约和平衡，从而驱动肿 瘤生长。基于ecDNA的扩增一直被认为是细胞增加特定基因拷贝数(CN)的一种方法，但它们的发生频率尚不清楚。全基因组测序(WGS)数据的计算分析和新的环状DNA文库富集方法表明，在中枢 神经系统的肿 瘤中ecDNA的频率相对较高。 研究人员应用AmpliconArchitect基于
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Nature重磅新星-eccDNA的物种发现史
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
文章导读 随着高通量测序技术的发展，人类基因组中的神秘面纱被一层层的揭开。eccDNA(extrachromosomal circular DNAs，eccDNAs)作为染色体外的环状DNA的研究也随着国际顶 级学术期刊中《Nature》和《Cell》相继发表的关于eccDNA在肿 瘤的发生和发展中具有重要功能的报道成为了基因组学研究中的一个爆点。那么对于eccDNA在不同物种中的研究程度也成了众多科研工作者关注的内容。今 天小编将带大家了解一下eccDNA在不同物种中“现身”的历史。 众所周知，eccDNA是染色体外的一种特殊的环状DNA，从它的出现到人们发现它在肿 瘤中有巨大作用时，已长达55年，在此期间人们发现环状DNA是自然界普遍存在的一种DNA分子形式，例如细菌或酵母等微生物的基因组DNA、细菌质粒、线粒体DNA等等都是环状DNA分子。真核生物中还有一类特殊的环状DNA分子，它们从正常基因组中分离或脱落下来，游离于染色体基因组之外，以特殊的方式参与生理或病理过程。由于它们是在染色体之外独立存在的DNA分子，因此统称为染色体外DNA，又因为是环状结构，因此称其为染色体外环状DNA，简称eccDNA。它在很多物种中均存在，包括酵母、线虫、果蝇、哺乳动物、植物等等。今 天我们将探究一下科研界新星eccDNA在不同物种中的研究历史。 文章展示 1.来自儿童恶性肿 瘤细胞中的双微体 发表期刊：The Lancet 影响因子：59.102 发表时间：1965.7.10 文章链接：MINUTE CHROMATIN BODIES IN MALIGNANT TUMOURS OF CHILDHOOD 1965年David和Catherine等在检查6例来自人类肿 瘤染色体的过程中，遇到了一个从未发现过的异常现象：除了肿 瘤细胞中结构完整的染色体组以外，有非常小的双染色质体的存在。Cox, D.等报道从人的肿 瘤标本细胞中发现的染色体外的DNA分子经常是成对出现的，因此当时称其为双微体（double-minutes）。作者首先考虑了双染色质体是外来起源的可能性。从形态上看，它们中的一些很容易让人联想到某些双球菌，但经过多次探究认为它们并不是来自于细菌的
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8月m6A RNA甲基化影响因子10+文章集锦
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
今 天小编为大家准备近1个月新发表的m6A研究相关文献，共计发表45篇，其中10分以上文章9篇。今 天我们来快速回顾这些高 分m6A文章的精彩之处。 高 分文章 1. m6A指导组蛋白H3K9me2去甲基化 文章链接：N6-Methyladenosine co-transcriptionally directs the demethylation of histone H3K9me2. 发表杂志：Nature Genetics 发表日期：2020.8.10 影响因子：27.603 摘要：本研究发现抑 制性组蛋白标记H3K9me2被m6A修饰的转录物特异性地去除。研究证明甲基转移酶METTL3/METTL14调节H3K9me2修饰。本实验观察到m6A与H3K9me2脱甲基酶KDM3B的占有率之间的全基因组相关性，发现m6A读取器YTHDC1与m6A相关染色质区域发生物理相互作用并招募KDM3B，促进H3K9me2去甲基化和基因表达。本研究建立了m6A和动态染色质修饰之间的直接联系，并为RNA修饰和组蛋白修饰之间的共转录相互作用提供了机制性的见解 2. 乳腺ai干细胞样细胞中ai基因AURKA增强的m6A修饰提高DROSHA mRNA稳定性进而反式激 活STC1 文章链接：Oncogenic AURKA-enhanced N6-methyladenosine modification increases DROSHA mRNA stability to transactivate STC1 in breast cancer stem-like cells. 发表杂志：Cell Research 发表日期：2020.8.28 影响因子：20.507 摘要：RNase Ⅲ DROSHA在多种ai症中上调，并通过迄今尚不清楚的机制参与肿 瘤的进展。本研究证明DROSHA与β-Catenin相互作用，以非RNA切割的方式反式激 活STC1，影响乳腺ai干细胞样细胞（BCSC）的特性。在BCSCs中，AURKA激 活的N6甲基腺苷（m6A）修饰增强了DROSHA mRNA的稳定性。AURKA通过抑 制METTL14泛素化和降解来促进DROSHA mRNA甲基化来稳定METTL14。此外，AURKA与DROSHA转录本的结合进一步加强了m6A读取器IGF2BP2的结合，以稳定m6A修饰的DROSHA。野生型DROSHA，而不是m6A甲基化缺陷突变体，能增强BCSC的茎干维持，而抑 制DROSHA m6A修饰则减弱BCSC的性状。我们的研究揭示了AURKA诱导的ai基因m6A修饰是DROSHA
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ac4C荣登Nature-RNA修饰研究大有可为
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
RNA修饰是表观遗传学中调控转录后基因表达的关键过程，目前对m6A RNA修饰的研究已进行的如火如荼，但除了m6A以外仍有多种RNA修饰类型参与调控转录后的基因表达，其中包括m1A、m5C、m7G、2’-O-甲基化修饰以及ac4C乙酰化修饰，在这些领域的研究中也不断有高 分文章的出现（如表1）。2020年6月17日，美国国立卫生研究院的Schraga Schwartz研究团队在《Nature》上发表了关于ac4C的研究成果，发现定量交叉进化图谱揭示了乙酰化修饰在RNA中的动态变化。今 天我们将着重介绍该项研究以及新发表在《Cell Host &Microbe》上的关于ac4C乙酰化修饰的文章，从而带大家把握这一领域的新进展。 表1：近期RNA修饰文章列表 文章展示 ac4C——定量交叉进化图谱揭示乙酰化修饰在RNA中的动态变化 发表期刊：Nature 影响因子：42.778 发表时间：2020.06.17 实验方法：Nucleotide-resolution ac4C sequencing 文章链接：Dynamic RNA acetylation revealed by quantitative cross-evolutionary mapping ac4C是一种古老且高度保守的RNA修饰，存在于tRNA和rRNA上，近期在真核生物mRNA也有相应的研究。然而胞苷乙酰化的分布、动力学和功能还有待进一步阐明。2020年6月17日，美国国立卫生研究院的研究团队在《Nature》发表了题为“Dynamic RNA acetylation revealed by quantitative cross-evolutionary mapping .”的研究成果，文章中使用N4-乙酰胞苷（ac4C）-seq，这种化学基因组学方法在单核苷酸分辨率下对ac4C进行全转录组范围的定量。揭示了ac4C乙酰化研究的新进展，为阐明这种修饰在生物学和疾病中的作用提供了技术基础和理论依据。 (1) ac4C单核苷酸分辨率测序 为了定量研究转录组中的胞苷乙酰化，作者开发了一种能够灵敏检测ac4C的化学方法在单核苷酸分辨率上对ac4C进行全转录组范围的定量。在前面研究的基础上，作者发现ac4C和氰基硼氢化钠(NaCNBH3)在酸性条件下反应形成还原的N4-乙酰四氢胞苷。与ac4C相比，这种核酸碱基结构的改变导致逆
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m5C RNA修饰表达谱文章教您如何另辟蹊径快速发文
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
文章导读 随着RNA修饰在生物领域的持续火热，关于m6A修饰的研究已经广 泛开展并发表，至今已觉不新鲜；5-甲基胞嘧啶RNA甲基化（m5C）是一类新的修饰方式，参与调控细胞应激、发育和基因表达等方面，目前m5C研究正处 方兴未艾之际，大量的科学研究工作也亟待开展，非常适合有探索性和新颖性需求的老师。这里我们收集整理了4篇云序生物提供服务的m5C甲基化研究的文章，通过展示m5C甲基化的表达分析过程，带领大家掌握常规性表达谱分析思路，给想短时间内发表5分左右文章的老师提供一条康庄大道。 云序项目文章1 系统性红斑狼疮CD4+ T细胞mRNA m5C甲基化与疾病活动性相关的改变 发表杂志：Frontiers in Cell and Developmental Biology 影响因子：5.201 发表日期：2020.06.05 研究方法：LC-MS/MS，m5C-Bis-Seq，RNA-Seq，RT-qPCR 文章链接：Disease Activity-Associated Alteration of mRNA m5C Methylation in CD4+ T Cells of Systemic Lupus Erythematosus 表观遗传过程与系统性红斑狼疮（SLE）的遗传风险相关。本文旨在探索SLE患者CD4+ T细胞中5-甲基胞嘧啶(m5C)的表达异常以及受影响的mRNA在SLE发病机制中的潜在功能。首先采用质谱分析表明SLE患者CD4+ T细胞的mRNA甲基化呈现高度活性。随后在27例SLE患者和28例HCs患者的CD4+ T细胞中验证了mRNA甲基转移酶NSUN2的表达。采用由云序生物提供的m5C-bis-seq与RNA-seq联合分析NSUN2敲低的HeLa细胞和SLE患者CD4+ T细胞的低甲基化mRNA表达谱，与HCs患者相比，SLE患者CD4+ T细胞中m5C水平下降，但含有m5C的mRNA数量增加。同时，mRNA转录物中的m5C位点分布高度保守，并且富含mRNA翻译起始位点。注释结果表明SLE中的高甲基化m5C及明显上调基因参与了免疫相关和炎性途径，包括免疫系统细胞因子信号传导途径和干扰素信号传导。低甲基化m5C基因则揭示了真核翻译延长和终止与mRNA代谢之间的联系。这些数据为未来研究SLE中mRNA m5C修饰的多功能性和转录后意义提供了有价值的视角。
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云序客户成果揭秘：三个月内搞定5分m6A甲基化谱文章？
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
关于m6A修饰的研究在生物领域持续火热，近年国自然立项和文章发表数目保持指数增长趋势，2020年pubmed收录文章已经高达652篇。云序生物在m6A修饰测序领域具有丰富的经验，近期云序客户又连发了5篇m6A甲基化测序研究的文章，下面小编就带大家一起来分析下这几篇发表文章的研究思路，给想短时间内发表5分左右文章的老师提供一些借鉴。 文章1.Mettl3影响脑动静脉畸形表型 发表杂志：Journal of Biomedical Science 影响因子：5.762 发表时间：20200509 文章链接：N6-methyladenosine methyltransferase METTL3 affects the phenotype of cerebral arteriovenous malformation via modulating Notch signaling pathway 文章摘要：脑动静脉畸形（AVM）是一种严重危及生命的先天性脑血管病。特定的解剖特征，如病灶大小、位置和静脉引流，已经被证实会影响治 疗结果。直到近期，与解剖特征和治 疗结果相关的分子生物学标志物和相应的分子机制仍然是未知的。本研究通过RNA-seq发现了甲基转移酶METTL3在不同病变大小组中差异表达，通过导管形成和伤口愈合实验，研究METTL3对血管生成的影响。此外，应用m6A-MeRIP-seq筛选内皮细胞METTL3的下游靶点，充分阐明影响脑AVM表型的分子机制。 文章2.中药调节m6A修饰影响非酒精性脂肪肝 发表杂志：Biomedicine & Pharmacotherapy 影响因子：4.545 发表时间：20200601 文章链接：Ling-gui-zhu-gan decoction alleviates hepatic steatosis through SOCS2 modification by N6-methyladenosine 文章摘要：苓桂术甘(LGZG) 汤是中医经典方药，近期被证明对高脂饮食（HFD）引起的肝脂肪变性有抑 制作用。然而，这种治 疗作用的机制仍不清楚。本研究对普通饮食、HFD喂养和HFD+LGZG喂养的三组大鼠的肝脏组织和血液样本，测定了肝脏脂肪变性和血脂、转氨酶等，用比色法检测了N6甲基腺苷（m6A）水平，通过甲基化RNA免疫沉淀测序（m6A-MeRIP-seq）检测和分析m6A甲基化，应用qPCR和WB验证差异甲基化
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阿尔茨海默病致病基因之APOE的研究概况
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
基因是很多人类疾病的内在因素，对疾病相关基因的研究是生命医学研究领域的主流，如何快速了解研究疾病相关的基因以及这些基因的概况？一篇篇去读文献搜集筛选实在耗时耗力，赛业生物专栏《Gene of the Week》每周二为您介绍一个基因，让您每周快速了解一个基因，期待您的持续关注哦。今天我们要讲的主角是APOE基因。 基因基本信息 备注：标有√的意为赛业红鼠库有该种保存状态的小鼠 图1. APOE的三种亚型，即APOE2，APOE3和APOE4。它们的区别在于APOE基因水平上两个位点的改变，反应到蛋白层面就是这两个位点（第112个氨基酸和第158个氨基酸）究竟是半胱氨酸还是精氨酸，如果一条染色体上编码得到的APOE两个位点都是Cys，这条染色体就是APOE2型，如果第112号位是Cys，而第158号位是Arg，那么这个载脂蛋白就是APOE3，两个都是Arg，那就是APOE4。 APOE基因研究概况 该基因编码载脂蛋白E，负责运输乳糜微粒。它其特定的肝脏和外周细胞受体结合，对富含甘油三酯的脂蛋白成分的正常分解代谢至关重要。该基因的突变会导致家族性脂蛋白血症，或III型高血脂蛋白血症(HLP III)。而动脉粥样硬化和阿尔茨海默症也与该基因的多态性密切相关。 图2. APOE多态性在人群中的分布。APOE3/E3占比最高，几乎占人群总数的2/3，携带一个APOE4以上的占1/4，剩余的占10%。 图3. APOE多态性对AD发病率的影响。APOE3纯合人群的AD发病率设为基准，含有APOE4人群的AD发病率均高于APOE3纯合人群的，两种杂合含E4/E2和E4/E3患病概率分别是APOE3纯合的2.6和3.6倍；而纯的E4/E4的AD发病率则猛增到15.5倍。E2则能降低AD的发病概率。 图4. 不同APOE的生理特征。除了AD以外，APOE既与多发性硬化症，血管性痴呆，帕金森综合征等神经疾病相关，也与II型糖尿病，缺血性脑卒中，心血管疾病以及III型高脂蛋白血症相关。 APOE基因在人体组织的表达 图5. 人和小鼠APOE基因mRNA相对表达量。肝脏是表达量最高的器官，肾脏、肾上腺、脑和脾脏
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核酸定量哪家强？荧光探针VS分光光度法
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
DNA编码所有的遗传信息，是创造所有生物生命的蓝图。它充当允许遗传物质在世代之间传递的存储设备。而RNA充当读取DNA中存储信息的读卡器。DNA中存储的遗传信息由RNA携带，同时RNA充当核糖体的信使，并在核糖体中合成蛋白质。分子生物学这整个过程称为“中心法则”。 基于核酸的检测的范围继续扩大，关于选择核酸检测方法有很多。 目前常用的是分光光度法，分光光度法利用了核酸的紫外吸收特性。核酸，包括DNA和RNA，均由脱氧核糖或核糖、磷酸基及含氮碱基构成。其中，由于碱基含有芳香环结构，因此具有紫外吸收的特性。通过测定260nm处的吸光度，对DNA和RNA进行定量。与此同时，还能通过计算OD260/OD280估计核酸的纯度。由于此法不具有选择性，无法区分DNA、RNA或蛋白质。检测数值极易受到其他污染物(如游离核苷酸、盐和有机化合物)和碱基组成差异的影响。 今天给大家介绍荧光染料法，AAT开发的多款荧光染料可以特异地与双链DNA、单链DNA、RNA相结合，并在特定波长光源的激发下，发出荧光，这一系统不会检测到样本中可能存在的其他杂质分子，荧光强度与样品中的靶分子浓度相对应。 DNA和RNA定量试剂 Helixyte Green dsDNA定量试剂（17597）和StrandBrite Green RNA定量试剂（17611）分别对双链DNA和单链RNA进行了优化。它们对核酸有很高的亲和力，对结合核酸有极大的荧光增强作用，使得在几分钟内直接检测复杂溶液中微量核酸成为可能，而且一般不会受到其他生物分子的干扰。 图1.小牛胸腺DNA中使用Helixyte 绿色和PicoGreen进行DNA定量。由图看出Helixyte 绿色和PicoGreen 具有几乎相同的性能。 Helixyte Green是一种出色的核酸定量试剂，与dsDNA结合后可显著增强荧光。它具有与PicoGreen®相同的光谱特性，因此是PicoGreen®的绝佳替代品（PicoGreen®是Invitrogen的商标）。它是可用于定量溶液中DNA的最敏感的染色剂之一。使用Helixyte Green，您可以在ssDNA，RNA和游离核苷酸存在的情况下选择
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大小鼠主动脉弓缩窄（TAC）致心肌肥厚和慢性心衰模型
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
主动脉弓缩窄（TAC）是一个慢性心室肥大的最为常用疾病模型，可用于模拟高血压或室内压增高而引起的肥厚性心肌病，在临床前药物研究或基础医学、生物学研究中广泛应用。TAC手术后即刻诱发/启动心室肥厚的进程，根据不同的小鼠品系和手术缩窄程度（如27G、28G缩窄），一般来说1周（28G缩窄）或2周（27G缩窄）即可发展为显著性的心室肥厚，并可于2~3周（28G缩窄）或4~6周（27G缩窄）发展为心力衰竭。 ● 模型制备-手术方法 一般采用雄性小鼠，根据实验目的不同，鼠龄可以在9～10周之间，缩窄程度可选用中度缩窄（27G）或重度缩窄（28G）。在主动脉弓部用线结扎法形成一精确的定量缩窄，达到限制血流增加室内压的目的。TAC诱发心室肥大或心衰的方法最早由Rockman等于1991年正式建立，之后成为广泛应用的心室肥大、心衰模型。 图1. 主动脉弓部缩窄及心重体重比、血流动力学变化，参见 PNAS. 1991; 88(18):8277-81。 ● 术后评价-超声心功能 心脏超声检测心功能动物麻醉状态下的心功能是下降的，故本公司要求超声时心率为500-550次/分，甚至需要测量清醒状态下的超声，尽可能反应动物真实的心功能。 图2. 正常小鼠心脏超声（C57BL/6J 小鼠）。 图3. TAC术后4周超声（左心室心肌代偿性增厚）。 图4. TAC术后12-14周超声（心衰指标为EF-射血分数、FS-短轴缩窄分数）。 ● 主动脉弓缩窄（TAC）模型精品课程 赛业生物张荣利博士用实际案例为您全面剖析： 1) TAC手术方法。 2）小鼠手术难在哪。 3）TAC模型评价方法。 4）TAC手术应用案例。 点击观看->>
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