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嗜肺军团杆菌（LP）核酸检测试剂盒说明书
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
嗜肺军团杆菌（LP）核酸检测试剂盒说明书 技术原理： DNA的半保留复制是生物进化和传代的重要途径。双链DNA在多种酶的作用下可以变性解链成单链，在DNA聚合酶与启动子的参与下，根据碱基互补配对原则复制成同样的两分子挎贝。 在聚合酶链式反应实验中发现，DNA在高温时也可以发生变性解链，当温度降低后又可以复性成为双链。因此，通过温度变化控制DNA的变性和复性，并设计引物做启动子，加入DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的体外复制。（ DNA高温变性低温复性） 发现耐热DNA聚合同酶--Taq酶对于PCR的应用有里程碑的意义，该酶可以耐受90℃以上的高温而不失活，不需要每个循环加酶，使PCR技术变得非常简捷、同时也大大降低了成本，PCR技术得以大量应用，并逐步应用于临床。 特点优势： .特异性：所有产品使用的引物均经过详尽的生物信息学分析，经过GenBank及自建庞大数据库的比对，确保所用的每一条引物均为种属或血清型特异的基因序列区段，可实现对细菌种属及血清型的特异检测，特异性均达到00%。 2. 重现性：该系列所有产品均经过大量实验菌株的验证，重现性为00%。 3. 灵敏性：该系列产品可实现对检测菌的高灵敏检测，当样品中细菌的浓度达到03cfu/ml时，可实现对其的直接检测，无需繁琐的增菌过程。 4. 实用性：检测范围广，涵盖了对人体危害较为严重的7种呼吸道及肠道致病菌，可实现对临床样品及其他环境取样的快速检测，整个检测过程为3-4个小时。 5. 优势：序列资源丰富，除GenBank公布的序列外，公司还进行了大量菌株的序列破译，从理论上保证所选引物具有良好的保守性和特异性。 6. 优势2：该系列试剂盒均经过大量的保守性及特异性实验验证，凭借公司拥有的丰富的菌种资源，每一种检测试剂盒均经过了20余种标准菌株和临床菌株的保守性验证及40余种近缘标准菌株和临床菌株的特异性验证，确保在使用过程中不会出现任何的假阳性及假阴性报告结果。 需要自备的器材： ．方法仪器：分析天平
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经典脂质组学增加保留时间算法实现精准定性
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
假阳性峰多？ 脂质数量不准确？ 定性结果有疑点？ 你了解的常规非靶脂质组检测是怎样的呢？会不会有以上情况发生。下面就让我来告诉你这些问题如何解决吧~ 01 经典脂质组 脂质组学（lipidomics）是对生物体、组织或细胞中的脂质以及与其相互作用的分子进行全面系统的分析、鉴定，了解脂质的结构和功能，进而揭示脂质代谢与细胞、器官乃至机体的生理、病理过程之间的关系的一门学科。目前脂质组学已经被广泛运用于药物研发、分子生理学、分子病理学、功能基因组学、营养学以及环境与健康等重要领域。 由于常规的脂质组学大多仅仅使用lipidmaps、lipidsearch等公共理论数据库进行物质定性，而仅依赖脂质碎裂规则来定性不可避免的会带来更高的假阳性，降低数据结果的可靠程度。 而保留时间作为化合物的特有属性，可以作为一个多元的维度来辅助物质定性。特别是在GC领域已经有了非常广泛的应用。 阿趣代谢作为代谢组学领域的优秀团队对脂质组学物质鉴定带来了重大升级，经过长期的研究和验证，在脂质鉴定中增加保留时间这一维度，实现经典非靶脂质组的全新升级。大家一起来看看吧~ 02 产品升级 与传统采用多种质控体系来提高定性准确度的策略不同，升级后的经典脂质组主要是在原来的脂质组方法的基础上，增加保留时间这一维度，降低错误率，脂质的定性结果更准确可靠。 我们针对多种样本类型进行了验证。结合创新型的保留时间预测算法，对不同样本类型的脂质组数据重新进行定性。结果发现，各样本类型重现率均能达标（70%以上），定性结果可靠。 同时，在增加了保留时间预测算法之后，常见几大类的脂质的错误率均有所下降。其中，针对小鼠脑组织样本类型，LPE、PC、PE、PS、SM和TAG的错误率均有一定的下降；而各样本类型中PC的错误率能够稳定得到降低。 03 产品优势 Biotree经典脂质组学 高分辨仪器平台：Q Exactive Focus（Thermo Fisher Scientific） 数据库：基于L
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灵芝酸A缓解高脂血症及其潜在的作用机制
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
脂质代谢紊乱是由于体内脂肪过多积累而引起的严重代谢问题，包括高脂血症、高血糖、肝脂肪变性和心血管疾病等。其中，高脂血症是动脉粥样硬化及相关心血管疾病发生的主要危险因素。据估计，到2022年，全世界将有7800万人患有高脂血症，严重影响人类的健康。 灵芝是作为一种名贵药用真菌，几百年来一直被广泛用作**肝炎、高血糖、高胆固醇血症等多种疾病。灵芝酸A(GA)作为灵芝(G. lucidum)中最丰富的三萜类化合物之一，具有显著的生物学活性，例如抗肝损伤、抗氧化和抗癌等。尽管有研究显示灵芝三萜类化合物可以作为重要的活性物质用于预防高脂血症，但是GA在高脂血症和NAFLD中的保护作用及其作用机制还不是很清楚。 2020年6月份，阿趣生物协助福州大学吕旭聪老师团队在英国皇家化学学会（RSC）旗下的国际著名科学期刊《Food & Function》（中科院分区一区，Top期刊）发表题为“Ganoderic acid A fromGanoderma lucidumameliorates lipid metabolism and alters gut microbiota composition in hyperlipidemic mice fed a high-fat diet”的封面论文，该工作系首次从肠道微生物组、肝脏代谢组学及肝脏基因表达和病理学的角度报道灵芝酸A(GA)对高脂饮食 (HFD)导致高脂血症的预防作用机制。 1.研究方法 文章以40例SPF小鼠为研究对象，随机分为以下5组（n=8）：NFD组：正常饮食；HFD组：高脂饮食；Simv组：高脂饮食+补充辛伐他汀；GA-L组：高脂饮食+低剂量GA；GA-H组：高脂饮食+高剂量GA。 连续喂养8周，采集粪便、血清、肝脏样本，以代谢组学（UPLC-QTOF/MS）和高通量测序（16S）技术手段结合生化分析来探究GA对高脂饮食小鼠高脂血症的改善作用及其机制。 2.研究结果 本研究的目的就是探究GA在高脂饮食 (HFD)导致小鼠高脂血症中的缓解作用及其作用机制。研究结果表明， HFD组小鼠喂养8周后体重显著增加（图1A），GA干预能够显著抑制HFD饮食小鼠体重和附睾白脂肪组织(eWAT)异常增加，抑制附睾脂肪细胞肥大以及
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徕卡电子显微镜镀膜技术简要介绍
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
电子显微镜领域需要对样本进行镀膜处理才能改善样本的成像效果。在样本上形成一层金属导电层可抑制电荷聚积、减少热损伤，并改善SEM对样品拓扑结构检测所需的二次电子信号量。在x射线显微分析中，网格上支持膜，TEM观察复型样品中的背底支撑膜，涉及既对电子束透明但同时具备导电效果的精细碳膜。具体需要采用的镀膜技术取决于分辨率和应用。 SEM成像前所需的镀膜处理 导电性很差或不导电的材料样本（陶瓷、聚合物等）需要碳镀膜或金属镀膜。低温样本经过冷冻断裂后进行金属镀膜处理（徕卡EM ACE600冷冻断裂和徕卡EM VCT500），并在低温SEM下成像。 TEM成像前的镀膜处理 由聚醋酸甲基乙烯脂（formvar）所覆盖的TEM网格需要进行碳镀膜处理来获得导电性能。使用辉光放电处理网格，否则溶液不会粘附并分布在网格上。冷冻断裂样本以低角度进行金属镀膜处理，然后再对薄膜进行碳镀膜处理（Leica EM ACE600冷冻断裂或徕卡EM ACE900），从而生成可在TEM中成像的复型。 溅射镀膜 SEM的溅射镀膜是一种工艺过程，是将导电金属如金（Au）、金/钯（Au/Pd）、铂（Pt）、银（Ag）、铬（Cr）或铱（Ir）等超薄导电金属的涂层镀膜在不导电或导电性很差的样本上。溅射镀膜可防止因静电场的累积而使样本电荷聚积。溅射镀膜还能增加在SEM中从样本表面检出的二次电子量，从而提高信噪比。用于SEM的溅射薄膜厚度通常为2-20nm。 SEM样本采用金属溅射镀膜的优势： 减少显微镜电子束损伤 增加热传导 减少样本电荷累积（提高导电性能） 改善二次电子发射 减少电子束穿透深度，提高边缘分辨率 保护对射束敏感的样本 碳蒸镀 碳的热蒸发广泛用于电子显微镜的样本制备。在一个真空系统内，在两个高电流电极之间安装一个碳源 – 无论采用线状还是棒状形式。当碳源加热到其蒸发温度时就会有一股细小的碳流沉积在样本上。碳蒸镀在EM电子显微镜中的主要应用是X射线显微分析和（TEM）网格上的样本支撑薄膜。 电子束蒸镀 金属和碳都可以
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基因组学常规流程中SPIA通路分析方法分享
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
新春来临之际~ BIOTREE预祝大家新春快乐~~ 基因组学常规流程中通过实验样本组与组之间的比较得到成千上百的差异基因，再通过通路分析，从生物学角度探究差异基因的功能。但是常规的ORA、FCS方法往往忽视了基因在通路中复杂的相互作用关系，所以给大家介绍一种考虑更周全的分析方法SPIA。 SPIA整合了差异倍数、基因集显著性和拓扑分析，为每条通路计算一个总体概率值PG。其与过表达分析（ORA）以及功能集打分（FCS）分析相比，具有以下优点： 1. 不仅关注通路中的基因集，而且更重视基因在通路中的位置信息。 2. 充分考虑到拥有多种功能并且以不同角色参与到多条通路中的基因。 3. 除此之外，该方法还利用了通路的拓扑结构进行分析。 使用 PNDE 和 PPERT 分别代表富集分析（ORA）和拓扑分析(PT)的p值，假设有一条涉及6个基因的通路（如下图），图a和图b均有两个基因映射到该通路上，图1a是基因B与基因F，图1b中是基因A与基因B；显然图1a中的两个差异基因对这个通路的影响没有图1b中的大，但是使用富集分析计算出来的p值却相等。SPIA分析出的结果能很好的刻画这种不同（下图PPERT值的差异）。 图1 PPERT值的差异 SPIA选择域直观展示 如图2，左上角x轴是PNDE，y轴是PPERT，如果单独有两个维度选择显著通路，PNDE选择区域2、3、6；PPERT选择区域1，2，4；SPIA选择1、2、3、5。 图2 SPIA选择域直观展示 SPIA与GSEA相比更有敏感性；与ORA相比有更好的特异性以及更好的通路排名。 历年被引用数： 组学应用参考案例： 1. Hoyles L, Fernández-Real JM, Federici M, Serino M, Abbott J, Charpentier J, Heymes C, Latorre Luque J, Anthony E, Barton RH, Chilloux J, Myridakis A, Martinez- Gili L, Moreno-Navarrete JM, Benhamed F, Azalbert V, Blasco-Baque V, Puig J, Xifra G, Ricart W, Tomlinson C, Woodbridge M, Cardellini M, Davato F, Cardolini I, Porzio O, Gen
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新冠病毒详细科普指南
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
还有几天就是春节了，亲朋好友的扎心三连问又如约而至：脱单了吗？生几个？年终奖多少……想要年过得愉快舒心，就得先发制人。那就是发挥生物医药科研人的优势，给七大姑八大姨科普目前备受关注的新冠病毒，拿出来的瞬间就能让人惊艳闭嘴、妈见夸。话不多说，小赛已经为大家准备好了，从初一到初七，从七大姑八大姨到熊孩子，为你全方位覆盖： PS：我们还准备一系列相关的海报，将在初一到初七连续推送，敬请期待~ 初一，新冠病毒易感程度或与基因有关？ 新冠肺炎患者的症状与**效果千差万别，重症患者、轻症状患者、无症状都不一样。产生症状差异的原因很多，有年龄问题、其他伴随疾病、**方案、病毒感染的数量多少和变异程度，不可忽视的是患者的遗传基因多态性也有影响。 2020年12月11日，发表在《Nature》杂志一篇论文“Genetic mechanisms of critical illness in Covid-19”发现，在抗病毒免疫和抗炎症反应的两部分机制中，包括IFNAR2，TYK2，OAS1，DPP9和CCR2在内的5个基因的高表达与新冠重症病例相关。 初二，新型冠状病毒也搞“性别歧视”？ 新冠肺炎疫情对于中国乃至整个世界来说，都是一个巨大的挑战。随着科研工作者对新型冠状病毒研究的逐渐深入，我们对新冠病毒的认识也在逐步加深。从大数据调研发现，新冠病毒在不同年龄和不同性别之间的感染程度是不一样的。（点此观看视频） 初三，从蝙蝠到人类，新冠病毒为何能跨物种传播？ 伦敦大学学院（UCL）的研究团队5月1日在预印本平台bioRxiv发表的论文显示，新冠病毒可以与哺乳动物宿主的受体蛋白同源物形成稳定复合体，但同鱼类、鸟类或爬行类动物的受体无法形成稳定复合体，因此鱼类很难感染新冠病毒。 看到这里，你是否觉得，新冠病毒想要直接感染某些物种也不容易呢？接下来我们就探讨一下新冠病毒是如何实现跨物种跳跃的。（点此观看视频） 初四，细胞因子风暴 新冠病毒致死的主要原因之一，就是人体免疫系统过度激活导致的细胞因子
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实验动物外科基本操作技术
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
1. 切开 根据实验要求确定手术部位切口的大小。切开时先绷紧皮肤,将刀刃与皮肤垂直,用力要得当,1 次切开皮肤全层,切缝整齐而不偏斜。切开皮肤及皮下组织时,要求按解剖层次切开,尽量避开血管并注意止血,避免损伤深层的重要组织器官。 2. 止血 止血是手术操作中的重要环节。手术过程中止血完善与否,不仅直接影响到手术部位的显露和手术操作,而且关系到术后动物的安全、切口愈合的好坏以及是否发生并发症等。术中 止血必需迅速、准确、可靠。常用的止血方法有: (1) 预防性止血 术前1～2h内使用预防性止血剂能提高动物的血液凝固性。常用的预防性止血剂有10%毛氯化钙溶液、10%氯化钠溶液。 在局部麻醉时,则配合使用肾上腺素(即在100Oml普鲁卡因溶液中加入0.1% 肾上腺素2ml)。 (2) 术中止血 1) 压迫止血 一般使用灭菌纱布或拧干的温热盐水纱布按压片刻,切勿使用纱布擦拭。 2) 钳夹止血 用止血钳与血流方向垂直夹住血管断端,停留片刻后取下止血钳。 3) 结扎止血 常使用于大血管的止血。出血点使用纱布压迫蘸吸后,用止血钳逐个夹住血管断端,再使用丝线结扎止血。结扎时,先竖起止血钳,将丝线绕过钳夹点之下,再将止血钳放平后尖稍翘起,打第一个结时,边扎紧边轻轻松开止血钳,再打第二个节。 4) 烧烙止血 以烧热的烙铁烧血管的断端,使血液和组织凝固。 5) 药物止血 当内脏出血时,用元菌纱布吸净淤血,然后将止血粉、云南白药或凝血酶等涂撒在创面上,压迫5～1Os。 3. 组织分离法 组织的分离有锐性分离法和钝性分离法。其中锐性分离是使用刀、剪等锐利器械直接切割,主要用于皮肤、黏膜、组织精细解剖和紧密粘连部位的分离;钝性分离主要是使用刀柄、止 血钳、玻璃器或手指等分离肌肉、筋膜间隙的疏松结缔组织。 (1) 结缔组织分离法原则上使用钝性分离。使用止血钳插入组织撑开。其中,薄剧 膜在确认没有血管分布时可使用刀、剪;厚层筋膜应使用止血钳慢慢分层,在避开血管的前提下,由浅入深,逐层分离。 (2) 肌肉
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实验动物的编号、抓取和固定方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
1、实验动物的编号 实验时，为了分组和辨别的方便，常需事先为实验动物进行编号。常用的编号方法如下： 1）染料标记法： 常用染料——红色染料：5％中性红或品红液；黄色染料：3%～5％苦味酸溶液；咖啡色染料：2％硝酸银溶液；黑色染料：煤焦油的乙醇溶液。标记规则——根据实验动物被毛颜色的不同选择不同化学药品涂染动物。兔、狗等动物的标记方法——用毛笔蘸取不同颜色的染料溶液直接在动物背部涂写号码。若用硝酸银溶液涂写，则需在日光下暴露1分钟。大鼠、小鼠的标记——通常在动物不同部位涂上有色斑点来表示不同的号码。 2）穿耳打孔法：用专门的打孔器在动物耳朵的不同部位打孔或缺口来表示一定号码。此法是小鼠常用的标记方法之一。 3）挂牌编号法：此法简便实用，常用于狗、猴等大动物的编号。将号码烙压在圆形或方形金属牌上，金属牌常用铝板或不锈钢制作。实验前将之固定于动物的颈圈或耳上。 4）人工针刺号码法：先将动物被毛去除，用针在动物皮肤上刺出号码，再用乙醇墨汁涂染即可。 2、实验动物的捉拿与固定 正确的抓取、固定实验动物，是为了不损害动物健康，不影响观察指标，并防止被动物咬伤，保证实验顺利进行。抓取及固定实验动物的方法依实验内容和动物种类而定。抓取固定动物前，必须对各种动物的一般习性有所了解，抓取固定时既要小心仔细，不能粗暴，又要大胆敏捷，达到既正确抓取固定实验动物又对动物不造成损害的目的。 1）小鼠抓取固定方法 小鼠温顺，一般不会咬人，抓取时先用右手抓取鼠尾提起，置于鼠笼或实验台轻轻向后拉，在其向前爬行时，用左手拇指和食指抓住小鼠的两耳和颈部皮肤，将鼠体置于左手心中，把后肢拉直，以无名指按住鼠尾，小指按住后腿即可。有经验者直接用左手小指钩起鼠尾，迅速以拇指和食指、中指捏住其耳后颈背部皮肤亦可。这种在手中固定方式，能进行实验动物的灌胃、皮下、肌肉和腹腔注射以及其他实验操作。如进行解剖、手术、心脏采血和尾静脉注射时，则需将小
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免疫**热门靶点CTLA-4的研究概括与应用背景
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
想获得国自然选题思路，提高国自然基金申请命中率？想调整研究方向，获得学术研究突破口？有机会发高分文章？你需要了解学科发展态势和未来走向！赛业生物专栏《Gene of the Week》每周会根据热点研究领域介绍一个基因，详细为您介绍基因基本信息、研究概况和应用背景等，助您保持学术研究敏锐度，提高科学研究效率，期待您的持续关注哦。今天我们要讲的主角是经典的免疫检查点蛋白——CTLA-4。 CTLA-4（细胞毒性T淋巴细胞抗原4；也称为CD152）是免疫球蛋白家族的成员，在小鼠体内是由Ctla-4基因编码，在人体内是由CTLA4基因编码的一种跨膜蛋白，主要表达在活化T细胞表面，特别的是，它在调节性T细胞（Treg）中组成型表达。 CTLA-4与上周我们提到的CD28具有高度同源性，而且它们有着相同的配体CD80（也称为B7-1）和CD86（也称为B7-2），但是它们的功能截然相反。CD28属于共刺激性（co-stimulatory）免疫检查点，负责向T细胞传递激活信号，促进T细胞分化、增殖为效应细胞；CTLA-4属于共抑制性（co-inhibitory）免疫检查点，负责向T细胞传递抑制信号，抑制T细胞的活性。特别的是，CTLA-4与CD80/CD86的亲和力更高，可竞争和阻断CD28对T细胞的激活作用（图1）。除此之外，与共抑制性免疫检查点PD-1不同（肿瘤细胞会通过高表达其配体PD-L1和PD-L2来实现免疫逃逸），CTLA-4的配体CD80/CD86主要表达在APC表面，而在多数的肿瘤组织及细胞中低表达或不表达。 图1. CTLA-4是一种跨膜蛋白[1]，它与CD28有相同的配体CD80（B7-1）和CD86（B7-2）。CTLA-4与CD80/CD86的亲和力更高，可竞争和阻断CD28和其配体的结合，从而抑制CD28对T细胞的激活作用。 作为一个经典的免疫检查点蛋白，靶向CTLA-4的抗体药物研究十分热门。但是，目前美国FDA批准上市的CTLA-4免疫检查点抑制剂只有一种：Ipilimumab（伊匹单抗，商品名Yervoy，也称为Y药），由百时美施贵宝（Bristol-Myers Squibb，BMS）公司研发，用于**晚期转移性黑色素瘤。
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近红外光谱技术结合机器学习在检测水稻纹枯病发病先兆上的应用
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
Plant Phenomics | 使用光谱特征和机器学习检测水稻纹枯病的发病先兆 植物病害的诊断是一个费时费力的过程，往往需要专业人员调查田间环境下的病害症状或在实验室环境下进行病原体鉴定。一旦发现了病害，留给田间管理者的可选方案将十分有限，在病害大规模爆发或是管控成本过高等情况下，这个问题尤为突出。 在病害诊断方法方面，那些不需要过多培训的方法的使用成本相对较低，且最可能以快速、高通量的方式投入使用，如果能够在植物病害症状出现之前诊断出感病植物，这些方法将会很有实用价值：发现和诊断早期感病植株后，可以进行有针对性的病害管理，即仅对感病植株而不是整片区域进行处理。由于需要处理的区域较小，**病害需要的时间和费用也相应减少；而在病害广泛传播前就进行处理，还能够防止由病害带来的减产。目前，常用的病害快速检测方法往往需要主动采样，且不太适用于田间条件下的高通量病害诊断。 近红外(NIR)光谱法是一种快速而高通量的病株识别方法，为被动检测植物病害提供了可能。近红外光谱是一种振动光谱，能够反映波长在750~2500nm内的光线与样品间的相互作用。当植物感病时，其新陈代谢会发生显著变化，因此可通过近红外光谱法对植物的物理和化学性质进行监测。但由于光谱带（波长）的差异不够明显，在用于快速分类时，需要将近红外光谱法与某些形式的预测模型相结合。 近日，Plant Phenomics在线发表了俄亥俄州立大学Anna O. Conrad等人题为Machine Learning-Based Presymptomatic Detection of Rice Sheath Blight Using Spectral Profiles的研究论文。 在该文章中，作者着重研究了水稻纹枯病，该病的早期症状包括沿叶鞘形成椭圆形或长方形的病灶，在合适条件下会迅速向上扩大，在上部叶片形成病斑，并引发作物倒伏及减产。目前的水稻品种没有对水稻纹枯病的完全抗性，因此对该病的防治尤为重要。 该文的研究目的是结合机器学习和近红外光谱技术，实现对水稻纹枯病
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基于CNN的语义分割应用于沟槽轮廓图像以研究作物根系分布情况
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
由于土壤中的养分和水分分布不均，影响作物生长和产量的根系体系是土壤根系分布的重要组成部分。耕地中的养分分布取决于耕地面积，耕作方法和施肥系统。为此，根系分布受耕作和施肥影响。 现代农业通常使用高输入设备，使位于地表附近的耕层土壤变得十分肥沃。因此，浅根作物能够较好地吸收养分，促进生长。而在干旱条件下，深根作物在缺少养分和水分的耕地中通过避免养分和水分的缺乏而表现得更好。因此，根的分布受环境条件和栽培技术的影响。 以适合农场的根分布品种为目标进行育种可以提高产量。育种的成功取决于如何在自然和人工种群中使用适合的表型方法找到有效的遗传资源。然而，当下很难培育出理想的根系分布新品种，因为用于田间根系分配的表型方法，即筛选可调节根系分布特性的遗传资源所必须的步骤，在有限的技术层面上具有一定的挑战性。 获取根部表型性状的方法大致分为四类：沟槽轮廓法、螺旋钻法、微型根管放疗法和直接挖掘法。沟槽轮廓法是在植物旁挖一个垂直沟来量化作物壁中根系分布的方法，用以观察农作物的垂直和水平根系分布。与其他田间方法相比，能够观察到根系的最大比例，该技术用于研究土壤条件与根系生长的相互作用以及作物根系分布的基本特征。 螺旋钻法是一种采样方法，主要用于量化垂直根分布。使用岩芯采样器，螺旋钻法只能评估狭窄水平面中的根分布。 微型根管放疗法是将透明圆柱体埋入土内，以定期获取根部图像来顺序观察根部发育的技术。该方法的观察区域有限，一般用于估计根生长动态，其中包括根周转率。 直接挖掘法是一种简单的根系采样方法，主要是用铲子挖根。这种方法不适用于研究土壤中的根系分布，主要用于根系分支估计和根锥角计算。尽管这些方法无法观察到整个根系分布，但其中沟槽轮廓法最适合评估土壤中的根系分布，因为其可以同时观察垂直和水平的根系分布。 沟槽轮廓法的步骤包括开沟挖槽、冲洗沟槽轮廓、测量根部长度以及计算根部分布特
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一次RNA甲基化测序的多项成果-云序RNA甲基化测序技术大公开
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
文章导读 RNA修饰是表观遗传学中调控转录后基因表达的关键过程，目前对m6A RNA修饰的研究已进行的如火如荼，而除了m6A以外仍有多种RNA修饰类型参与调控转录后的基因表达，其中包括m1A、m5C、m7G、2’-O-甲基化修饰以及ac4C乙酰化修饰，在这些领域的研究中也不断有高分文章的出现。云序生物是国内RNA修饰测序的领跑者，可针对mRNA和各种非编码RNA提供各类RNA修饰测序服务 (m6A﹑m1A﹑m5C﹑m7G﹑ac4C﹑2’-O-甲基化等)。目前，云序已累计支持客户发表32篇高水平文章，合计影响因子204分，是国内支持发文最多、累计影响因子最高的公司。 近日，云序客户分别在肝癌和胃癌中进行了m6A和m5C RNA甲基化的全转录组测序（circRNA、lncRNA和mRNA），其中在肝癌中进行的m5C测序数据发表了三篇表达谱的文章，实现了一次测序，三套数据，三项成果的“大满贯”；随之在胃癌中进行的m6A测序数据也发表两篇表达谱文章。真正体现了一次测序三套数据（circRNA、lncRNA和mRNA），多项成果，超高性价比，短平快发表高分文章。这里我们收集整理了这5篇云序生物提供服务的甲基化测序研究的文章，带领大家掌握常规性表达谱分析思路，给各位老师一个充分利用测序数据的思路。 项目文章 （一）云序客户m5C RNA甲基化修饰表达谱，一次测序三篇文章 疾病：肝癌 样品：肝癌组织vs癌旁组织（6 vs 6） 研究方法：m5C-MeRIP-Seq，RNA-seq 1. 人肝癌和对应临近非肿瘤组织中mRNA的差异m5C表达谱概述 发表杂志：Journal of Translational Medicine 影响因子：4.124 发表日期：2020.06.22 文章链接：Overview of distinct 5-methylcytosine profiles of messenger RNA in human hepatocellular carcinoma and paired adjacent non-tumor tissues 转录后甲基化修饰，如5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰，与癌症的肿瘤发生密切相关。然而，肝细胞癌(HCC)中m5C修饰的mRNA表达谱尚不清楚。本文通过由云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq鉴定人HCC组织及邻近组织mRNA上的m5C峰，
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血糖研究热门靶标：糖化白蛋白研究
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
白蛋白是一类球蛋白，最常见的是血清白蛋白。白蛋白家族的所有蛋白质都是水溶性的，在浓盐溶液中有一定的溶解性。白蛋白通常存在于血浆中，与其他血液蛋白的不同之处在于它们没有糖基化。含有白蛋白的物质，如蛋清，称为类白蛋白。许多血液转运蛋白是进化相关的，包括血清白蛋白，甲胎蛋白，维生素D结合蛋白等。糖化白蛋白是白蛋白通过糖基化作用与糖分子结合，例如葡萄糖。血糖低时糖化白蛋白含量降低，血糖高时糖化白蛋白含量升高。 人体内的葡萄糖会与血清蛋白的N-末端发生糖基化反应, 其90%与血清蛋白结合, 生成糖化血清蛋白。在糖化血清蛋白中，超过90%以上的就都是糖化血清白蛋白（GA）了。糖化血清白蛋白可以反映糖化血清蛋白的总体水平。由于白蛋白半衰期为17-20天，因此糖化白蛋白能反映过去2-3周的平均血糖水平；而红细胞的寿命则长达120天，故而糖化血红蛋白反映的是过去120天的平均血糖水平。相比之下，糖化白蛋白要比糖化血红蛋白更能反映近期的血糖情况，更能准确的评估糖尿病近期的**效果，也有助于对未确诊的糖尿病或应激性高血糖进行诊断和鉴别诊断。 糖化血红蛋白很容易受到血红蛋白更新速度和数值的影响。当存在糖尿病肾病肾性贫血、血液透析、溶血性贫血、脾功能亢进、脾脏切除或者促红细胞生成药物等因素的影响时，这一指标就会产生变化。而糖化白蛋白则主要受血清中蛋白水平影响。但从总体来说，糖化白蛋白相对不容易被外界因素影响，在分析中更有优势。 糖化白蛋白（GA）的测定方法有酶法、高效液相色谱法法（HPLC）、亲和层析法、放射免疫法、酶联免疫法 ( ELISA) 和酶联免疫硼酸盐法、电泳法、比色法、电化学发光法等。糖化白蛋白的应用领域已经逐渐拓展至筛查糖尿病、预测慢性并发症风险、辅助鉴别应激性高血糖、妊娠期血糖监测等，成为一个具有临床应用价值的血糖新指标。 艾美捷科技作为专业的生命科学领域解决方案供应商，为您推荐Abbexa品牌的糖化白蛋白和人糖化白
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冷冻断裂与冷冻蚀刻基础介绍
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
揭示生物学样本和材料样本原本无法观察到的内部结构 冷冻断裂是一种将冰冻样本劈裂以露出其内部结构的技术。冷冻蚀刻是指让样本表面的冰在真空中升华，以便露出原本无法观察到的断裂面细节。金属/碳复合镀膜能够实现样本在SEM（块面）或TEM（复型）中的成像，主要用于研究如细胞器、细胞膜，细胞层和乳胶。这项技术传统上用于生物学应用，但现在逐渐在物理学和材料科学中展现出重要意义。近年来，研究人员通过冷冻断裂电子显微镜，尤其是冷冻复型免疫标记（FRIL），对膜蛋白在动态细胞过程中所发挥的作用有了新的见解。 作者：Gisela Höflinger 图1：麦叶上的蚜虫 适合于电子显微镜的环境 电子显微镜的样品室通过抽真空处理降至极低压力。置于这种环境下的活细胞无法有效保全结构，因为细胞构成中的大部分水分会快速蒸发。 生物样本的制备方法有很多种。样品材料被（固定）保存，这样后续脱水对原位结构的破坏最小，同时可以使用环境扫描电镜（SEM）或者将水冷冻。高压冷冻是观察自然状态下含水结构的唯一方法。高压冷冻所形成的冰不是六边形冰（从水变为六边形冰时体积会增加）而是无定形冰，因此体积保持不变。所以，对渗透和温度变化敏感的结构得以保留（见文章“高压冷冻基础介绍”）。 要观察诸如细胞器、细胞膜、乳胶或液体的表面界面等结构，冷冻断裂是唯一的方法。通过刀片（或类似物）或释放弹簧负载的外力来破开冷冻样本，并沿着最小阻力线断裂样本。 图2：冷冻断裂（来源：http://en.wikibooks.org/wiki/Structural_Biochemistry/Lipids/Membrane_Fluidity） 水的升华与凝结 – 冷冻蚀刻与污染 要暴露冷冻断裂面，需要把冰去除。这就需要通过把断裂面的冰升华去除以保存样品的结构。升华的过程是冰不经过液态过程直接转化为气态。而液态过程会导致样品体积和结构的破坏。 图3：ES，细胞外表面；PF，细胞膜冷冻断裂面；EF，细胞膜外层冷冻断裂面；FS，细胞膜内表面；Cyt，细胞质 水的
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SUMO化促进YTHDF2结合m6A修饰的mRNA对癌症研究的进展与影响
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
前言 2021年2月12日上海交通大学医学院余健秀课题组再次携手云序生物MeRIP-seq，RIP-seq等技术在Nucleic Acids Research上发表了文章SUMOylation of YTHDF2 promotes mRNA degradation and cancer progression by increasing its binding affinity with m6A-modified mRNAs，针对YTHDF2与m6A修饰展开研究，发现YTHDF2阅读蛋白SUMO化会影响其结合m6A修饰mRNA的能力，促进mRNA降解，从而调控癌细胞的生长。这是继2018年余健秀课题组首次通过云序生物MeRIP-seq技术在Nucleic Acids Research上发表了文章SUMOylation of the m6A-RNA methyltransferase METTL3 modulates its function，以及2020年通过云序生物MeRIP技术以及microRNA测序技术在Oncogene上面发表了文章Deoxycholic acid modulates the progression of gallbladder cancer through N6-methyladenosine-dependent microRNA maturation之后又一新力作。下面我们一起来看看这篇文章的研究思路和成果。 文章导读 m6A是真核生物中广泛存在的RNA修饰，至今发现的其作用包括了调控RNA的稳定性、运输、mRNA翻译等。m6A修饰水平的调控离不开甲基化酶（writer）和去甲基化酶（eraser），而阅读蛋白（reader）则通过结合受到m6A修饰的RNA对其进行调控。YTH结构域蛋白是被研究较多的m6A识别蛋白，其中YTHDF1和YTHDF3主要功能是增强mRNA翻译效率，而YTHDF2被发现有介导RNA降解的功能。本文深入研究了YTHDF2调控mRNA降解的一种机制。 发表日期：2020.2.12 发表杂志：Nucleic Acids Research 应用技术：RIP-seq, m6A-MeRIP-seq,mRNA-seq 文章链接：SUMOylation of YTHDF2 promotes mRNA degradation and cancer progression by increasing its binding affinity with m6A-modified mRNAs 文章内容 1. m6A阅读蛋白YTHDF2上的SUMO化修饰 作者通过多种SUMO化检验和WB, 验证了YTHCF2阅读蛋白在细胞内发生SUMO化修饰。并且这种SUMO化修饰主要发生在K571上，在缺氧条
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