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DNA测序基本原理及流程
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
DNA测序基本原理及流程 1977年,Sanger等人发展建立起来的一种DNA测序方法。 基本原理: 双脱氧链末端终止法 双脱氧链末端终止法通过使用链终止剂—类似于正常dNTP的2’,3’-双脱氧核苷三磷酸(ddNTP),将延伸的DNA链特异性地终止。其反应体系也包括单链模板、引物、4种dNTP和DNA聚合酶。共分四组,每组按一定比例加入一种 (ddNTP),它能随机渗入合成的DNA链,一旦渗入合成即终止,于是各种不同大小片段的末端核苷酸必定为该种核苷酸,可以从放射自显影带上直接阅读DNA的核苷酸序列。 双脱氧链末端终止法不仅具有化学测序法的优点,而且更适用于大规模的测序。但它要求有一个纯净的单链DNA模板和一个合成反应所需的特异性的引物。因此,早期的工作仅局限于单链噬菌体为模板,若干个不同的特定限制性内切酶酶解片段为引物,在模板链的不同部位引导合成,从而确定出噬菌体DNA的核酸序列。然而,对于大量存在着的天然双链DNA分子,因没有良好的制备产量和质量高的分离链的技术,而限制了双脱氧链末端终止法的应用程度。 经典的双脱氧链末端终止法测序技术的改进 标记物方面的改进: 由于放射性同位素对人体的危害,许多实验室开始利用非放射性物质来取代放射性同位素。如生物素、地高辛、银染法、荧光标记物等化学发光物生物素、地高辛、银染法、荧光标记物等化学发光物 。在双脱氧法测序时,它们作为标记物,示踪测序反应的产物,最后通过酶显色反应或者荧光信号显示出测序的结果。这些方法比传统的放射性同位素方法检测容易、安全、快速、费用也低。 经典的双脱氧链末端终止法测序技术的改进 电泳方法的改进 : 电泳方法的改进主要采用毛细管电泳法。 毛细管电泳是被分离物质在毛细管中的电泳。1992年,Matnies等首先提出陈列毛细管电泳法,采用激光聚焦荧光扫描检测装置。25只毛细管并列电泳,每只毛细管在1.5小时内可读出350bp。DNA序列分析效率可达6000bp/h。 测序过程: DNA Sequencing with GenomeLab TM ⒈分离纯化模板DN
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【技术报告】基于高通量Peggy Sue系统建立高效药物筛选平台
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
木薯是热带和亚热带地区的重要作物,与马铃薯和甘薯并称为世界三大薯类作物。当然,在中国大部分地区,我们最常见到的木薯,应该是这个样子出现的: 吃货们看过来~ 好,看完美食我们接着聊。木薯虽然不错,但是采后很容易变质,难以贮存。这在吃货界显然是不可以忍受的事!还好,大批科学家上线,希望找到让木薯更容易保存的方法。 最近,就有一个瑞士的研究团队利在相对定量蛋白组学技术的帮助下找到了缓解木薯变质的办法(VanderschurenH,et al., Plant Cell, 2014)。 文献来源:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24876255 这个团队对于之前所有人都在研究变质相关基因的状况,提出了自己的看法:“整天基因基因哒,蛋白也很重要啊!修饰也很重要啊!能不能考虑考虑它们的感受?”于是乎,他们选择了Label Free对木薯根的蛋白组做了相对定量分析。 今天小编就和大家聊聊这个研究案例。 不同采后时间的蛋白表达差异 研究人员首先选取了采收后0、6、12和24 h小时的木薯根切片样本,每个时间点三次生物学重复。他们利用SDS提取了各样品的总蛋白,每个样品分五级,分别进行LC-MS/MS检测,每次检测两次技术重复。 所有质谱检测的数据在ProgenesisLCMS上合并分析,使用的是cassava 4.1蛋白数据库。本研究通过分级,木薯根的蛋白组覆盖程度被大大提高,最终一共鉴定到了2632个蛋白,并对其中1199个蛋白的TP3Q丰度进行了排序。在采后生理变质过程中,有293个蛋白表现出显著的丰度变化。 差异蛋白的通路分析 在对293个差异蛋白进行分子功能分类后,研究人员发现,这些差异蛋白的分子功能多数与氧化还原活性相关,由此推断氧化是木薯采后变质的主要原因。在通路分析方面,这个研究和目前大部分的研究不太一样。他们使用的通路分析数据库为AraCyc。通路分析结果显示,这些差异蛋白主要参与了抗坏血酸盐/谷胱甘肽循环、乙烯生物合成、苯丙素生物合成、脂
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APT分享 | 蛋白质组学解锁木薯保鲜新技能
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
具有独特选择性的C18 键合相: 1.有保证的可重现性 2.极佳的键合相稳定性 3.疏水和五氟苯基“混合模式”的相互作用 改善色谱分离度 色谱分离的目标是在最短的时间内获得目标组分的足够分离度(Rs)。 1.5的分离度可以实现基线分离,然而对于可以在实验室之间易于转换的耐用、可重复方法而言,理想的分离度是1.8-2.0。 分离度方程告诉我们什么变量可以影响分离度: Rs = 目标峰之间的分离度 N = 柱效- 由理论塔板数测定 α= 选择性- 两峰的保留值比率(k值) k =保留因子- 洗脱峰所需的柱体积数 增加分离度Rs可以通过增加N、α或k来实现。 然而,如图1所示,可以看出,增加N或k以改善Rs的回报率快速下降。 例如,Rs仅随着N平方根的增加而增加。 可以通过增加柱长或降低柱填充材料的粒径或两者的某种组合来增加N。 无论哪种方式,系统背压随着N的增加而增加,因此通过增加N实现令人满意的分离,其“成本”可能是极高的压力。 同样,增加保留值(k值)将会增加Rs,但回报率也快速下降。 将k增加至超过10通常是Rs与分析时间之间的不利权衡,因为只有Rs的边际收益随着保留时间的增加而实现。 该效应的图形表示参见下述图1。 图1 N、α和k对分离度(Rs)的影响 对于典型的分离,其中:N = 10,000, k = 4, α= 1.1 增加N、α或k可以提高分离度(Rs)。 然而,从这些图中可以看出,N或k的提高都会迅速降低回报率。 另一方面,提高选择性(α)则没有这个问题,因此其成为开发分离方法时的最佳优化变量。 增加α可以增加Rs,但不同于N和k,不会受回报率下降的约束。 α的变化对压力没有影响,对分离时间的影响也是微乎其微的(参见图2)。 因此,在开发分离方法时,α是最重要的变数。 优化α可以使您在所有目标峰之间达到满意的分离度,同时保持系统背压和分离时间在可接受范围内。 改善色谱分离度- 选择性或柱效? 选择性(α)由流动相、温度和固定相化学物质控制。大多数方法开发策略将
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ACE C18-PFP色谱柱介绍Ⅱ- 改善分离度
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
具有独特选择性的C18 键合相: 1.有保证的可重现性 2.极佳的键合相稳定性 3.疏水和五氟苯基“混合模式”的相互作用 改善色谱分离度 色谱分离的目标是在最短的时间内获得目标组分的足够分离度(Rs)。 1.5的分离度可以实现基线分离,然而对于可以在实验室之间易于转换的耐用、可重复方法而言,理想的分离度是1.8-2.0。 分离度方程告诉我们什么变量可以影响分离度: Rs = 目标峰之间的分离度 N = 柱效- 由理论塔板数测定 α= 选择性- 两峰的保留值比率(k值) k =保留因子- 洗脱峰所需的柱体积数 增加分离度Rs可以通过增加N、α或k来实现。 然而,如图1所示,可以看出,增加N或k以改善Rs的回报率快速下降。 例如,Rs仅随着N平方根的增加而增加。 可以通过增加柱长或降低柱填充材料的粒径或两者的某种组合来增加N。 无论哪种方式,系统背压随着N的增加而增加,因此通过增加N实现令人满意的分离,其“成本”可能是极高的压力。 同样,增加保留值(k值)将会增加Rs,但回报率也快速下降。 将k增加至超过10通常是Rs与分析时间之间的不利权衡,因为只有Rs的边际收益随着保留时间的增加而实现。 该效应的图形表示参见下述图1。 图1 N、α和k对分离度(Rs)的影响 对于典型的分离,其中:N = 10,000, k = 4, α= 1.1 增加N、α或k可以提高分离度(Rs)。 然而,从这些图中可以看出,N或k的提高都会迅速降低回报率。 另一方面,提高选择性(α)则没有这个问题,因此其成为开发分离方法时的最佳优化变量。 增加α可以增加Rs,但不同于N和k,不会受回报率下降的约束。 α的变化对压力没有影响,对分离时间的影响也是微乎其微的(参见图2)。 因此,在开发分离方法时,α是最重要的变数。 优化α可以使您在所有目标峰之间达到满意的分离度,同时保持系统背压和分离时间在可接受范围内。 改善色谱分离度- 选择性或柱效? 选择性(α)由流动相、温度和固定相化学物质控制。大多数方法开发策略将
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NAT COMMUN | 蛋白质组学(TMT+label-free)破译衰老密码
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
NAT COMMUN | 衰老退化为哪般?蛋白质组学(TMT+label-free)破译衰老密码 众所周知,干细胞的老化被认为是导致组织和器官老化的根本原因,尤其是在高周转率的生物系统中,比如造血作用。随着干细胞的老化,受损组织被替换的潜能也会随之减弱,在人体中,贫血,适应性免疫系统能力的下降,以淋巴细胞为代价的骨髓细胞的扩张,以及频发的血液系统恶性肿瘤,这些都已经被报道与衰老息息相关。但是这些变化的机制仍然难以捉摸。2018年新发表于NATURE COMMUNICATIONS上的来自欧洲分子生物学实验室的科学家们就关注该方向,这项研究的首要目的就是利用TMT和labelfree技术对人类hpc细胞以及骨髓壁龛中的细胞群老化过程进行研究,从而揭秘衰老的分子机制。 文献来源 https://www.onacademic.com/detail/journal_1000040868031610_5093.html IF=12.353 研究材料 59例年龄在20到60岁之间的志愿者,对通过髂后嵴穿刺得到的细胞进行分离,得到HPC细胞,和其它5种与骨髓壁龛相关的细胞:LYM(淋巴细胞和前体),MON(单核细胞/巨噬细胞和前体),GRA(粒细胞前体),ERP(红细胞前体),MSC(间充质干细胞/wd基质细胞)。 技术方法 TMT标记定量蛋白质组和label free分级非标记定量蛋白质组学(如下图)。转录组学研究提供了潜在分子机制的蓝图,并指出与年轻的HPCs相比,老化HPC中与细胞周期,骨髓谱系规范以及髓样恶性肿瘤相关的基因上调。基于TMT的定量方法,准确测定同一细胞群内衰老过程中的变化,而利用 label free(LF)的方法来评估不同细胞群之间的蛋白质丰度。这也是本文的一个创新点,利用2种定量组学来分别分析细胞群内和细胞群之间的蛋白水平的变化。文章还结合Single-cellRNA-sequencing法对HPCs进行了单细胞测序,检测了蛋白组中显著变化的蛋白的相关转录水平的变化。 结果分析 1. 鉴定到蛋白的结果展示 对分离得到的6种细胞分别进行label free和TMT定量分析,总共鉴定到12158中蛋白,并展示了6种细胞的
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抽取式采样法的优缺点
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
抽取式采样法的优缺点 抽取式采样法的优缺点,抽取式采样法分为:直接抽取采样法和稀释抽取采样法两种。 (1)直接抽取采样法 分析流程:烟气由隔膜泵抽吸,经取样探头粗过滤除尘、加热保温管线传送,再经冷凝除湿、细过健除尘、流量调节等预处理环节后送入分析仪进行分析。 优点:①干基测量,可直接测得干烟气中污染物含量;②由于烟尘和水汽已从样气中除去,所以分析仪的测量精度高。 缺点:样品需伴热保温传送(温度保持在140~160℃之间);②样品需降湿、除水等预处理;③在高硫场合有酸冷凝的可能,采样和预处理部件要防腐蚀;④样品系统需要经常维护;⑤采样流量较大(一般≥2L/min).过滤器易堵塞,需定期进行反吹扫。 (2)稀释抽取采样法 分析流程:烟气由喷射泵抽吸,用干净空气按一定稀释比稀释烟气,以降低气态污染物浓度,将稀释后烟气引人分析仪进行分析。该法由环境空气质量监测法拓展至污染源监测,分析仪量程小,所以需要稀释。 优点:①不需要伴热管线;②预处理系统简单,无除湿、除尘设备;③抽取烟气量很少(一般为0.5L/min),探头过滤器负担小,不易堵塞;④样品系统维护量小;⑤避免溶于水的气体(SO2、 CO2)引起的测量误差。 缺点:①湿基测量,测得湿烟气中污染物含量,需增加湿度测量(或假设烟气水分含量),将湿烟气中含量修正到干烟气中含量,从而给排放量的计算增加了一个潜在的误差源;②需要采用某种方法来修正压力和温度条件的变化;③稀释空气用量较大,为保证测量准确,稀释空气需进行净化处理,除去SO2、NOx、CO2、CO和水蒸气(水蒸气露点低至-38℃);④稀释比须精确控制,稀释比误差不应大于士1%;⑤常需对取样管线进行防冻处理,并对采样探头加热;⑥校准气体必须从稀释探头处通入,才能保证校准精度。
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免疫分析中常用封闭剂介绍及选择
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
在免疫学实验中,通常使用封闭剂来减少非特异性结合。常用的封闭剂有脱脂奶粉,BSA,血清以及 Fab 片段单链二抗等。根据不同的平台选择相应的封闭剂。 脱脂奶粉 作用原理:脱脂奶粉含有多种蛋白,可以封闭未吸附蛋白的固相载体(WB 膜、ELISA 板等) 位点,减少抗体与之结合的概率,避免非特异性结合带来的高背景。 优点:价格便宜,因含多种不同分子量的蛋白,故封闭起来更全面。 缺点:成分复杂,适用范围窄。不适用于生物素和碱性磷酸酶标记的抗体系统。且封闭后的 载体不易长期保存,因此在试剂盒的生产中较少应用。 牛血清白蛋白BSA 作用原理:同脱脂奶粉,封闭未吸附蛋白的固相载体位点。 优点:成分单一,适用于 ELISA 实验,生物素、碱性磷酸酶系统的免疫学检测实验或者其他对特异性要求较高的实验。 缺点:大部分 BSA 中有少量的抗体残留,会导致抗原/抗体之间的交叉反应,造成一定背景。 动物血清 作用原理: 1、待检样本会有些与蛋白非特异性结合的物质,从而导致背景过高,因此可以用血清封闭掉这部分非特异性的结合,从这点看,血清和 BSA 没有明显区别; 2、待检样本中可能会有 Fc 受体,可以和抗体恒定区结合,而封闭血清中有抗体,因此用血清可以封闭掉一抗及二抗和样本 Fc 受体之间结合。BSA 则无法封闭 Fc 受体。 优点:因为血清可以封闭 Fc 受体及减少抗体间的非特异性结合,故在免疫组化、免疫荧光实验中有广泛应用。 缺点:某些封闭血清中可能含有叠氮钠,因此不适用于 HRP 酶标的检测体系。 Fab 片段单链二抗 作用原理:由于二价的抗体(全 IgG 或 F(ab’)2 片段)有两个结合位点,不能用来封闭。而 Fab 片段单链二抗只有一个结合位点,因此可完全封闭免疫球蛋白。 应用:在 IHC 或 IF 双标/多标实验中,封闭样本表面的免疫球蛋白,封闭组织切片或细胞表面的内源性免疫球蛋白,并可解决两个一抗来自同一种属的麻烦。 ※无蛋白封闭剂---新型高效封闭剂 广西莱迪佳生物科技有限公司隆重推出 B
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ACE C18-PFP色谱柱介绍Ⅲ- PFP分离机制
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
PFP分离机制 ACE C18-PFP相显示有多个保留机制,包括疏水性、π-π相互作用、偶极-偶极、氢键和形状选择性。 虽然下述部分提供了相对强度的近似值,但每个保留机制的优势由溶质的物理/化学性质、其结构和所采用的色谱条件决定。 π-π相互作用 PFP环在相的表面上加入了芳香特性。 然而,PFP相不同于苯基相,因为电负性氟原子会产生缺电子的苯环,使得PFP相可以作为路易斯酸而起作用。 这将与能够给出电子的分析物(即路易斯碱)相互作用。 这与苯基相相反,苯基相含有富电子芳香环(由于不存在吸电子基团),因此它们可以作为路易斯碱而起作用。 偶极-偶极和氢键 PFP环中的碳-氟键具有强极性。 因此,PFP相可以通过在分析物与电负性氟原子之间发生的偶极-偶极或氢键相互作用来额外保留分析物。 任何这样的相互作用将导致保留增加。 形状选择性 PFP具有刚性环结构,当与其它可能的保持机制相结合时,可以赋予PFP相优异的形状选择性。 ACE C18-PFP相显示有PFP相的多重保留机制,色谱科学家们可能会利用这些机制来解决在传统C18相(仅主要依赖于疏水保留机制)上难以分离(即使并非不可能)的混合物。
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蛋白质N端测序样品要求
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
检测仪器:岛津 PPSQ-31A 蛋白多肽自动测序仪 一、 蛋白质N端测序的主要应用: 1.样品:蛋白质,多肽样品的氨基酸序列测定 2.优势:能连续测定 60 个以上的氨基酸序列 3.来源:天然提取(动物/植物/微生物);合成多肽;重组蛋白等 二、 样品要求: 1.纯度:>95(基于摩尔数) 2.含量:50-100pmol(液体体积控制在 20ul) 3.修饰封闭:N 端未被封闭 4.样品形式:液体;干粉;PVDF 膜 5.无干扰物:蛋白酶;氨基酸;胺;盐分;乙醛;去污剂等 三、 客户提供信息: 1.纯度:纯度检测结果及图谱信息 2.修饰:样品可能修饰情况 3.制备方法:如 SDS,HPLC 及其它方式 4.验证目的:提供理论序列 5.表观分子量 其它注意事项: 1.邮寄要求:使用干冰冷冻保护 2.液体样品: 可用溶剂:蒸馏水、TFA 水溶液、醋酸水溶液、乙氰水溶液以及三甲基胺水溶液。 不可用的溶剂:氨盐、Tris 等,含有 1 级、2 级胺的盐溶液,含有 SDS 的溶液 3.固体样品: 干燥处理的样品,请先确认干燥处理前的溶剂中不含有上述不兼容的溶剂。如果含有不兼容的溶剂时,请告知我方检测人员。 4.PVDF 膜:注意以下方面 1)样品量:5-8 条泳道,每条泳道的样品尽量用最高浓度样品,上最大体积(尽量使条带长胖为正常的 2-3 倍宽度) 2)硝酸纤维素膜:具有耐药性,不能使用。 3)在电转印中使用的缓冲液尽可能不含甘氨酸。在使用了含甘氨酸的缓冲液时,请告知我方检测人员。 4)染色剂推荐使用考马斯亮蓝(CBB-R250)。 5)推荐使用下列的 PVDF 膜: 厂家 产品名称 规格 产品代码 日本 Genetex 8.5x9cm,10pcs PVM020C8590 13x14cm,10pcs PVM020C1314 20x20cm,20pcs PVM020C2020 20cmx3m,1roll VM020C3R PEBiosystems ProBlott 20x20cm,10pcs 400994 MiniProBlott 10x10cm,10pcs 401194 BIORAD 7x8.4cm,10pcs 162-
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ACE C18-PFP色谱柱介绍Ⅳ- 色谱柱惰性比较
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
市场常见色谱柱惰性比较 领先的3μm、小孔径C18色谱柱品牌 50 x 2.1 mm i.d.LC/MS兼容尺寸 碱性分子惰性测试 峰柱效和不对称性研究 峰柱效比较 ACE 3 C18-PFP ACE 3 C18-AR ACE 3 C18 Sunfire 3.5 C18 HyPurity 3 C18 Zorbax XDB 3.5 C18 Zorbax SB 3.5 C18 Luna 3 C18(2) XBridge 3.5 C18 Inertsil 3 ODS-3 XTerra MS 3.5 C18 Ascentis Express 2.7 C18 Hypersil BDS 3 C18 Spherisorb 3 ODS2 Symmetry 3.5 C18 Hypersil 3 ODS ACE 3μ C18-PFP N0.1(吡啶) = 30,300pl/m Waters XTerra MS 3.5μ C18 N0.1(吡啶) = 18,400pl/m Waters Symmetry 3.5μ C18 N0.1(吡啶) = 5,600pl/m 色谱柱尺寸:50 x 2.1 mm 样品:1)尿嘧啶 2)吡啶 3)苯酚 流动相:40:60(V/v)甲醇/水 流速:0.20 ml/min 温度:22°C 波长:254 nm 比较数据不代表所有应用。 商标说明:ACE是Advanced Chromatography Technologies的商标,Waters、SunFire、XBridge、Spherisorb和Symmetry是theWaters Corporation的商标,HyPurity、Hypersil BDS和Hypersil是Thermo Scientific的商标,Zorbax Eclipse、Zorbax XDB和Zorbax SB是Agilent Technologies的商标,Luna是Phenomenex Inc.的商标,Inertsil是GL Sciences的商标,以及Ascentis Express是Sigma-Aldrich Co的商标。 Advanced Chromatography Technologies与Waters Corporation、Thermo Scientific、Agilent Technologies、Phenomenex Inc.、GL Sciences或Sigma-Aldrich Co没有任何隶属关系。 结论 当分析吡啶(一种高碱性小分子)时,可以看到柱效、峰形和选择性的显著差异。 拖尾和保留增加表明,吡啶和固定相上表面的硅醇基之间存
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离心机分类及转速和离心力的关系
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
离心机是利用离心力,分离液体与固体颗粒或液体与液体的混合物中各组分的机械。离心机的作用原理有离心过滤和离心沉降两种。离心过滤是使悬浮液在离心力作用下产生的离心压力,作用在过滤介质上,使得液体通过过滤介质成为滤液,而固体颗粒则被截留在过滤介质表面,实现了液-固分离;离心沉降是利用悬浮液(或乳浊液)密度不同的各组分在离心力场中迅速沉降分层的原理,实现液-固(或液-液)分离。 台式高速冷冻离心机HR/T20M 离心技术的发展是日新月益,产品也是五花八门,可根据您的需求为您推荐合适的离心机,离心机这个产品不比一般的实验室仪器,为了自身和他人的安全着想,一点要买有质量保证的离心机。 1.高速与超速离心机是生化实验教学和生化科研的重要精密设备,因其转速高,产生的离心力大,使用不当或缺乏定期的检修和保养,都可能发生严重事故,因此使用离心机时都必须严格遵守操作规程。 常规台式高速离心机是实验室基础设备,广泛用于样品的分离。接下来我们了解一下离心机分类和离心机转速和离心力的关系.同时我们在选购离心机的时候注意事项. 2.离心机的分类方式 A.按转速来分:低速离心机(10000rpm以下)、高速离心机(10000-30000rpm) 、超高速离心机(30000rpm以上) B.按外观样式来分:迷你离心机、台式离心机、立式离心机、三足式离心机 C.按是否制冷:常温离心机、冷冻离心机 D.按分离方式:沉降离心机、过滤离心机 E.按转子的类别:水平转子、角转子 高速离心机按结构和分离要求,可分为过滤离心机、沉降离心机和分离机三类。衡量离心分离机分离性能的重要指标是分离因数,表示被分离物料在转鼓内所受的离心力与重力的比值,通常分离因数越大,分离速度越快,效果越好。 TL5R立式冷冻自动脱帽离心机 3. 离心机的转速(rpm)和离心力(g)的关系 离心力G和转速RPM之间的换算其换算公式如下: G=1.11×10^(-5)×R×(rpm)^2 其中,G为离心力,一般以g(重力加速度)的倍数来表示。 10^(-5)
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云序高分文章利器:ctDNA(羟)甲基化测序案例分享
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
云序重磅新品:ctDNA(羟)甲基化测序---高分文章利器 新型肿瘤标志物筛选利器-----ctDNA(羟)甲基化测序 cfDNA(Cell free DNA)是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中降解的DNA小片段,是一种新型的分子标记物。ctDNA(Circulating tumor DNA)特指来源于肿瘤细胞的cfDNA,是液体活检主流方向。 最新的报道表明:ctDNA(羟)甲基化不仅可以作为肿瘤分子标志物,还可用于追溯肿瘤细胞的组织来源。在精准医疗大趋势下,ctDNA(羟)甲基化检测既具有极高的科研价值,又具备推进精准医疗临床实践的巨大潜能,为实现肿瘤临床**的全病程管理提供强有力的支持。利用ctDNA(羟)甲基化测序,仅凭一管液体就可以进行肿瘤诊断、疗效评估、实时监控、个体化用药、预测复发等,是里程碑式的新型液体活检技术。 云序生物率先推出ctDNA(羟)甲基化测序服务,最低仅需1ng ctDNA即可进行测序。客户仅需提供血浆、血清或体液样本,云序生物为您提供从ctDNA提取、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程。 图1. ctDNA(羟)甲基化来源 最具临床应用前景的分子标志物---ctDNA(羟)甲基化 图2. ctDNA(羟)甲基化研究应用范围 1.癌症早筛利器:ctDNA(羟)甲基化在癌症早筛领域具有重大研究前景。 2.鉴定癌症有效手段:ctDNA(羟)甲基化在癌症、疾病和正常组间存在显著差异。 3.助力药物或其他手段**效果评估:在**过程中,ctDNA(羟)甲基化水平与癌细胞数量呈正比,可用于协助评估用药疗效、复发及**后期转移动态的监测。 高分文章利器-----ctDNA(羟)甲基化 图3. 近年来已发表期刊(部分) 图4. 高分期刊评语(ctDNA(羟)甲基化适用于分子标志物) 案例解析 案例1:ctDNA甲基化可作为肝癌诊断和进程的分子标志物 原文:Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma 期刊:Nature Materials 影响因子:39 本篇文章由美国加州大
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ACE C18-PFP色谱柱介绍Ⅴ- 优良的温度和pH稳定性
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
ace c18-pfp色谱柱拥有优良的温度和ph稳定性 在低ph值时,色谱柱退化是由键合相的水解所致,同时观察到保留值降低。 键合相的性质、硅胶表面的纯度和键合密度都是关键参数。 使用较低纯度的硅胶、较短的配体和较低的键合密度都是有助于加速配体断裂和降低柱寿命的因素。 使用设计用于加速色谱柱降解的条件,ace c18-pfp相显示保留损失极少,其寿命相当于高度稳定的ace c18相,这表明ace c18-pfp可能适用于pfp色谱柱显示寿命缩短的应用。 正如预期,基于中等纯度硅胶的c18键合色谱柱(zorbax sb-c18——之前被认为可以为高温和低ph应用提供优异稳定性的一种相)和低纯度硅胶(waters spherisorb ods2)显示寿命显著降低。 应用:取代的甲氧基苯异构体- 领先的c18色谱柱 上述实例突出了以下事实:领先的c18品牌可以提供相似的选择性,并且均无法分离三、二和单甲氧基苯异构体。 绝对保留值的差异(如中性参考标记所示)是由于纯粹的疏水作用并与母体硅胶特性(例如:表面积)相关。 由于独特的ace c18-pfp配体中包含完整的pfp官能团,ace c18-pfp对所有组分都表现出极佳的分离度。 应用: 取代的甲氧基苯异构体- pfp色谱柱 上述应用强调了五氟苯基相在位置异构体分离中的用途。标准c18相无法分离出三、二和单甲氧基苯异构体。 传统的pfp相可以提供替代选择性,但是以疏水性的显著降低为代价,这就影响了分离效果。 ace c18-pfp可以保持c18相的疏水性,并提供极佳的分离效果,从而可以进一步优化以减少分析时间。
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三洋SANYO培养箱维修方法使用操作
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
三洋二氧化碳培养箱使用注意事项 三洋二氧化碳培养箱是现代大中型医院进行科学研究必不可少的重要设备,分布于医院各个实验室。它通过在培养箱箱体内模拟形成一个类似细胞组织在生物体内的生长环境,来对组织、细胞、细菌进行体外培养的一种装置。 三洋二氧化碳培养箱使用前准备工作 1、二氧化碳培养箱应由专人负责使用,操作盘上的任何开关和调节旋扭一旦固定后,不要随意扭动,以免影响箱内温度、二氧化碳浓度、湿度的波动,同时降低机器的灵敏度。 2、箱子的放置要水平,避免阳光直射和灰尘等,要保证仪器周围的气流循环,后部及侧面应留出5cm的空隙。 3、加装稳压电源保证电源电压波动不超过220V±10%。 4、所加入的水必须是蒸馏水或无离子水,防止矿物质储积在水箱内产生腐蚀作用,经常检查箱内水是否足够,水位应加至“水位指示灯”灭灯时为止。 5、使用前箱内应用消毒酒精或碘溶液彻底擦洗,防止其他微生物污染,导致实验失败。 6、在房间安装空调,使环境温度保持在25℃左右。 7、所使用的二氧化碳必须是纯净的,否则降低二氧化碳传感器的灵敏度和污染二氧化碳过滤装置。 三洋二氧化碳传感器正确充气 二氧化碳培养箱箱内气压由二氧化碳气体传感器控制。二氧化碳传感器正常反馈要求进气压为0.06MPa。当箱内气压降低时,二氧化碳传感器在低压刺激下有节奏地开闭,向箱内慢慢充气,当进气压达0.1MPa时,自动停止调节。 如充气方法不当,使进气压力增大,当超过0.1MPa甚至0.2MPa压力,会损伤二氧化碳传感器。开始这种损伤效应不明显,不易察觉,反复错误操作,二氧化碳传感器损伤累积最终致命损坏,使气压调节失灵。 因此,二氧化碳传感器寿命与二氧化碳进气压大小有关,只要做好进气压调节,就能保护二氧化碳传感器性能。二氧化碳传感器价格昂贵,更换不易,所以一定要做好进气压调节,延长二氧化碳传感器使用寿命。 二氧化碳培养箱湿度 箱内湿度对于培养工作来说是一项非常重要然而又经常被忽略的因素。因为饱和湿度环
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手提式紫外分析仪检测DNA条带原理分析
作者:德尔塔 日期:2022-04-19
手提式紫外分析仪短波紫外线灯(254nm),手提式紫外分析仪检测灯利用紫外光对物质进行荧光分析检定,目前已得到广泛应用。手提式紫外检测灯,是目前国内比较理想的小型紫外线分析仪器,本仪器由于采用了电子集成块起动光源,所以小巧方便,随开随用,产品面世以来,得到了广大用户的一致好评。LEC-160L手提式紫外检测灯它可以用来检测核酸电泳胶中的DNA-E·B谱带和CsC1密度梯度离心管中的DNA条带。同时手提式紫外检测灯也使用于:生物遗传工程,分子遗传学,医学卫生,生物制品,卫生防疫,染料化工,石油化工,纺织行业,公安政法部门,文物考古部门,凡需要进行荧光分析检定的部门都可使用。 254nm短波手提式紫外分析仪(紫外线分析仪)荧光分析原理 普通处于基态的物质分子受到激发光(即紫外线)照射后,吸收了激发的能量,物质分子处于激发状态。激发态分子的能量一部分消耗于振动,于是分子处于振动能级,从振动能级回到基态时多余的能量依其它的形式放出来即为荧光,而不同物质能发出不同波长的荧光,人们可以根据不同光色的荧光和荧光的强弱来判断不同的物质和含量多少。这就是荧光分析。本仪器采用波长254nm(短波)的单色光源。利用低压汞灯在波长254nm处有强大的能量发射。使用透紫外线滤片,将可见光滤去从而得到高能量紫外单色光,以供荧光分析。 365nm长波手提式紫外分析仪(长波紫外线分析仪)荧光分析原理 本分析仪采用低压水银蒸气放电,低压水银灯主要发射的是254nm短波紫外线采用光量子转调法,在灯管内壁涂上一层特性荧光材料,使它吸收254nm短波紫外线而在365nm附边形成较宽的紫外光谱带从而它具有低压汞灯功耗小,随关随开,随开随用的特点,经过滤色片滤去可见光,得到高能量长波紫外线。