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常用的免疫组织化学染色方法（上）
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
常用的免疫组化染色方法很多，有直接法和间接法。直接法是将酶或荧光素等标记在第一抗体上，然后用该被标记的第一抗体与组织细胞中的抗原结合，即可以显色或在荧光显微镜下观察结果； 间接法是将标记物标记在第二抗体或第三抗体（复合物）上，其方法是先将特异性的第一抗体与组织细胞中相应的抗原结合，再将被标记上标记物的第二抗体与第一抗体结合，最后用显色剂显色或在荧光显微镜下观察结果。 如果标记物是标记在第三抗体（复合物）上，则第二抗体与第一抗体结合后，再用被标记上标记物的第三抗体（复合物）与第二抗体结合，最后用显色剂显色或在荧光显微镜下观察结果。 01 ABC 法 卵白素-生物素复合物（avidin biotin complex，ABC）法属于亲和免疫组织化学技术，该方法是根据卵白素和生物素具有高度亲和力的生物学特性，用生物素与过氧化物酶结合获得生物素化过氧化物酶，生物素化过氧化物酶再和加入的卵白素形成卵白素-生物素-过氧化物酶复合物即ABC复合物。 ABC法为三步法，第二抗体为生物素化的IgG，其中的Fab片段和第一抗体结合，生物素和ABC复合物中的卵白素结合，最后通过ABC复合物上的过氧化物酶参与显色反应而形成有颜色的不溶性沉淀物。由于卵白素和生物素的亲和力极强，所以ABC法较敏感，比PAP法敏感20～40倍。 02 LSAB（S-P) 法 标记抗生物素蛋白链菌素-生物素（lablled streptavidinbiotin）法和ABC法相似，不同处是在第二抗体之后ABC法用ABC复合物而LSAB法用标记了过氧化物酶的抗生物素蛋白链菌素（streptavidin，SA）。SA是从链霉菌属蛋白分离出来的一种蛋白质，它仅标记了过氧化物酶而本身没有与生物素连接，生物素是连接在第二抗体上。 由于SA分子量较小，ABC复合物分子量大，因而SA穿透组织的能力比ABC复合物大，反应速度快。SA有两个和生物素亲和力极高的结合点，其本身没有连结生物素，可以与第二抗体上的生物素连结。这样，SA比ABC复合物更容易与第二抗
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HPV病毒感染情况和疫苗介绍
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
HPV 感染很大概率会患宫颈癌？ HPV 感染 ≠ 患宫颈癌 超过 90％ 的 HPV 感染者无症状，并无需干预能在 2 年内清除感染。虽然大部分 HPV 感染会自行消退，但所有感染女性都面临 HPV 感染转为慢性，以及癌前病变发展为浸润性宫颈癌的风险。持续感染高危型 HPV 可导致宫颈癌的发生，对于免疫系统正常的妇女，发展到宫颈癌需要大约 15 到 20 年时间。 只有女性会性才会感染 HPV 吗？ 不是的，HPV 是生殖道最常见的病毒感染，大多数性活跃的男女会在一生中的某个时刻被感染，还可能会反复感染。 人乳头瘤病毒 HPV (Human Papillomavirus) 简介: 一种属于乳多空病毒科的乳头瘤空泡病毒A属，是一种小型 (~8kb)，无包膜的双链环状 DNA 病毒。 家族: Papillomaviridae 类型: 100 多种，至少 14 种是致癌的，两种 HPV 类型 16 和 18 引起 70％ 的宫颈癌和癌前宫颈病变，大约 90% 的生殖器疣是由 6 和 11 型 HPV 引起的 主要传播途径: 性传播 致癌 (主要): 宫颈癌 普遍性: 宫颈癌是全球第四大女性癌症，每年大约有 31.1 万例患者死于宫颈癌[1] 致癌 HPV 类型引发宫颈癌比例[2] HPV 病毒是怎么导致宫颈癌的？ HPV 基因组由大约 8000bp 的双链环状 DNA 组成，编码六个早期调节蛋白 (E1，E2，E4，E5，E6，E7) 和两个结构蛋白 (L1 为主要结构蛋白，L2 为次要结构蛋白）。高危型的 E6 和 E7 抑制参与细胞周期的细胞蛋白 (p53 和 pRb) ,共同促进细胞增殖，破坏正常的细胞周期控制，促进不受控制的细胞分裂和遗传损伤的积累，与肿瘤发生和侵袭性有关。HPV 感染和导致宫颈癌过程[4] 首先，HPV 被认为是通过宫颈上皮细胞的微擦伤进入并感染基底细胞。感染后，早期 HPV E1、E2、E4、E5、E6、E7 基因表达，病毒 DNA 从衣壳释放并作为游离 DNA 进入细胞核进行复制和扩增。在上皮的上层 (Midzone, Superficial zone)，病毒基因组进一步复制，晚期基因 L1、 L2 和 E4 被表达，L1 和 L2 包住病毒基因组，在细胞核内
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组蛋白甲基化介绍与作用
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
组蛋白甲基化通常发生在 H3 和 H4 的精氨酸 (Arg 或 R) 和赖氨酸 (Lys 或 K) 残基上。这些精氨酸和赖氨酸都可以被单甲基化或二甲基化，赖氨酸还能再被三甲基化。组蛋白的甲基化修饰受到组蛋白甲基转移酶 (HMTs) 和组蛋白脱甲基化酶 (HDMs) 调控。但与乙酰化修饰的生物学效应不同，甲基化后组蛋白赖氨酸残基可以激活或抑制基因转录，这取决于具体的情况 (如甲基化的位点，状态等)，例如 H3K4me2/3, H3K36me1/3, H3K79me1/2 和 H4K20me1 与转录激活相关，而 H3K9me2/3, H3K27me2/3, H3K79me3 和 H4K20me3 与转录抑制相关。 HMTs 和 HDMs 调节基因表达的实例 写入: 组蛋白甲基转移酶 (HMTs) 组蛋白甲基转移酶 (HMTs) 分为两类：赖氨酸甲基转移酶 (KMTs) 和精氨酸甲基转移酶 (PRMTs)。 KMTs 根据催化结构域序列，可分为含 SET 结构域和非 SET 结构域。SET 结构域是组蛋白甲基转移酶的重要结构域，也是大多数转移酶含有的结构域，负责甲基转移酶的酶促活性，包括 SUV39, SET1, SET2, EZH (著名的 EZH2 就在这个家族啦, 可对 H3K27 进行单，二和三甲基化)，RIZ (PRDM, SMYD, SUV420) 等家族。而不含 SET 结构域的蛋白较少，如 DOT1L 蛋白。DOT1L 是已知的靶向组蛋白 H3K79 位置的组蛋白甲基转移酶。H3K79 位于组蛋白 H3 的球状结构域中，但它暴露在核小体表面上，在这里它可以被 DOT1L 甲基化。因此，DOT1L 的催化发生在核小体表面而不是 N 末端尾巴上。 PRMTs 根据其催化活性可分为三类，催化精氨酸的单甲基化 (MMA)，不对称 (ADMA) 或对称二甲基化 (SDMA)。I 型 PRMTs (PRMT1, PRMT2, PRMT3, PRMT4, PRMT6 和 PRMT8) 产生单或不对称二甲基化精氨酸 (ADMA)，II 型 PRMTs (PRMT5 和 PRMT9) 产生单或对称二甲基化精氨酸 (SDMA)。而 Ⅲ 型的 PRMT7，只产生 MMA。 组蛋白甲基化转移酶的成员实在不少，并有各自的识别位点，就列在树上给小伙伴们看吧。 蛋白甲基转移酶的系统发育树 擦除: 组蛋白脱甲基酶 (HDMs) 组蛋白去
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表观遗传：YTHDF蛋白调节 m6A-RNA
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
近期，美国康奈尔大学 Samie R. Jaffrey 研究组在 Cell 上发表了题为 “A Unified Model for the Function of YTHDF Proteins in Regulating m6A-Modified mRNA” 的研究，揭示了 YTHDF 蛋白调节 m6A 修饰的 mRNA 的功能统一模型。 与“不同的 m6A 位点结合不同的 DF 蛋白”的主流观点不同，该研究人员发现，所有 m6A 位点与三个 DF 蛋白都以基本相似的方式结合，它们以冗余的作用方式诱导同一子集的 mRNA 降解，没有证据表明它们能直接促进翻译。 图 1. YTHDF 蛋白调控 m6A 修饰的 mRNA 的功能模型 m6A (N6-methyladenosine)：是指腺嘌呤核苷 N6 位置发生了甲基化修饰。m6A 是真核 mRNA 最普遍的内部修饰，在功能上调节真核转录组，影响 mRNA 的剪接、输出、定位、翻译和稳定性。 m6A 修饰有三类调节器： Writer 甲基转移酶 (MTC)，负责催化，例如 METTL3、METTL14 和 WTAP； Eraser 去甲基化酶 (Demethylase)，负责去除甲基化，例如 FTO 和 ALKBH5； Reader 直接识别和结合 m6A 位点，使 m6A 修饰的 RNA 发挥特定的作用，主要包括 YTHDC1、YTHDF1、YTHDF2、YTHDF3 等。 YTHDF：一种 m6A “阅读器”，即 Reader。胞质中的 YTHDF 家族包括了 YTHDF1、YTHDF2 和 YTHDF3 三种旁系同源物 (paralogs)，也可以简称为 DF1、DF2、DF3。据报道，三种 DF 有不同的功能，DF1 促进 mRNA 的翻译，DF2 促进 mRNA 的降解，DF3 促进翻译和降解。 关于 DF 旁系同源物选择性地结合不同的 m6A 位点的机制目前尚未清楚。此外，DF 蛋白功能差异的机制基础也仍不清楚，尤其是在它们同源性很高的情况下。 图 2. 研究亮点 首先，研究人员观察 DF1 和 DF2 YTH 结构域与含有 m6A 的 RNA 的结合，发现在整个转录组中，DF 蛋白结合 m6A 的氨基酸以及结合近端的氨基酸都是保守的，因此三个 DF 蛋白与 m6A 结合的结构机制是相同的。 DF 旁系同源物结合 m6A 序列基序 (Sequence motifs) 的差异反映可以其结合特性，研究发现 m6A 残基几乎只存在
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肿瘤的特征和肿瘤代谢的分类
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
肿瘤是一种由原癌基因或抑癌基因突变引起的成因复杂的疾病，是导致人类死亡的主要疾病之一。Hanahan 和 Weinberg 于 2000 提出，肿瘤的主要特征包括持续增殖 (Sustained proliferative signaling)、逃避生长抑制因子 (Evasionof growth suppressors)、抗凋亡 (Resistance to cell death)、无限复制潜能 (Replicative immortality)、血管生成 (Angiogenesis)、转移和侵袭能力 (Activation of invasion and metastasis)。随着肿瘤发生、发展的分子机制不断得到阐明，Hanahan 和 Weinberg 又于 2011 年将免疫逃逸 (Immune destruction) 和代谢重编程 (Reprogramming of energy metabolism/Metabolic reprogramming) 这两种现象归纳为肿瘤细胞的主要特征。 机体代谢包括糖代谢、脂代谢、蛋白质/氨基酸代谢、核苷酸/核酸代谢以及其他营养物质代谢。各种物质代谢相互联系，相互影响，代谢信号通路相互作用形成了复杂的代谢网络。肿瘤细胞的代谢模式与正常细胞有很大不同。 肿瘤代谢重编程 癌症代谢重编程是指癌细胞重新编程某些新陈代谢的现象。一方面，癌症代谢重编程通过促使快速增殖、存活、侵袭、转移、抗**和其他中央细胞促肿瘤过程，以促进肿瘤发生。另一方面，随着肿瘤的发展，癌细胞获得更多突变和改变，进一步增强代谢重编程，从而又反过来加速肿瘤的生长、增殖和发展。 癌症代谢重编程的主要特征是糖酵解、谷氨酰胺分解、脂质代谢、线粒体生物生成、磷酸戊糖途径以及其他生物合成和生物能量途径的上调 (图 1)。 抑癌基因 (Tumor suppressors) 和癌基因 (Oncogenes) 之间的平衡对癌症代谢状态有决定性影响。癌基因如 c-Myc、HIF-1、Ras 和 PI3K/Akt 是肿瘤代谢改变的重要促进因素，而 p53、LKB1/AMPK 等主要抑癌基因则能拮抗这些变化，控制细胞代谢。 图 1. 肿瘤细胞中代谢组、蛋白质组和基因组相互作用[5] 糖代谢 糖类是给细胞提供能量的最重要的物质。研究发现，癌细胞需要从内环境中摄取远远高于正常细胞所需
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浅谈细胞株和细胞系的区别
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
生物细胞系和细胞株以传代代数为区分，以遗传物质是否改变为标志，细胞株强调细胞培养物中细胞成分单一性，所有的遗传、生化等特性完全相同，细胞系不强调纯度，但某一类细胞占多数。 一、概念不同 1、细胞株：细胞株是通过选择法或克隆形成法从原代培养物或细胞系中获得具有特殊性质或标志物的培养物称为细胞株（Cell Strain）。 2、细胞系：细胞系（cell line）指原代细胞培养物经首次传代成功后所繁殖的细胞群体。 也指可长期连续传代的培养细胞。 二、形成方法不同 1、细胞株：通过选择法或克隆形成法从原代培养物或细胞系中获得具有特殊性质或标志物的培养物成为细胞株。 2、细胞系：经过40-50次分裂的渡过第二次死亡危机，原代培养物经首次传代成功成为细胞系。 三、细胞的延续性不同 1、细胞株：原代培养的细胞一般传至10代左右就不容易传下去了，细胞的生长就会出现停滞，大部分细胞衰老死亡。但是有极少数的细胞能够度过“危机”而继续传下去，这些存活的细胞一般能够传到40--50代，这种传代细胞叫做细胞株。 2、细胞系：细胞株的遗传物质没有发生改变。当细胞传至50代以后又会出现“危机”，不能再传下去。但是有部分细胞的遗传物质发生了改变，并且带有癌变的特点，有可能在培养条件下无限制地传代下去，这种传代细胞称为细胞系。 细胞株和细胞系的区别（见下表）：
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肿瘤浸润DC的表型和功能差异
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
DC细胞是由Steinman, Cohn等人在1973年发现的天然免疫细胞，是机体专业的抗原递呈细胞。根据起源、表型和功能，DC细胞被分为了很多亚群。 典型DC（classical DC，cDC) cDC1（human：XCR1+ CLEC9A+ CD141+）：交叉递呈抗原给CD8+T细胞， cDC2（CD11b+ SIRPα+ CD1c+）：激活CD4+ T 细胞和CD8+T细胞。 浆细胞样DC（plasmacytoid DC，pDC）（CD123+ CLEC4C+.）：激活T细胞能力弱于cDC，但是促进1型IFN产生 单核细胞样炎症DC（monocyte-like inflammatory DC ，MoDC)：主要促进炎症发生，也可以促进T细胞反应，完全和cDC2区分有些难度。体内由单核细胞衍生而来，体外在GM-CSF和IL-4刺激下，从单核细胞分化而来。 除了出现在二级淋巴器官，DC细胞也会出现在肿瘤。其中一些DC细胞携带肿瘤物质通过传入淋巴管，到达肿瘤引流淋巴结，在那里它们可以递呈肿瘤抗原，从而激活肿瘤特异性T细胞。 DC细胞为T细胞激活提供三类信号 递呈肿瘤抗原给T细胞，提供活化第一信号 表达共刺激分子，促进T细胞进一步活化。如果表达PD-L1等抑制分子，也会抑制T细胞活化 分泌细胞因子 不同实体瘤浸润DC差异 随着近些年单细胞技术的发展，很多研究对浸润肿瘤的DC细胞进行分类，发现不同肿瘤，其组织浸润DC细胞之间存在差异。 细胞亚群差异 所有肿瘤中均浸润有cDC1，pDC和DC3亚群，不同肿瘤间略有差异。肿瘤浸润DC3还存在一些其他名字，富含调节分子的成熟DCs（(mregDCs）；LAMP3+ DCs；CCR7+ DCs；BATF3+ DCs（含DC1和DC3）等。 cCD2和cDC2/MoDC在肿瘤组织中浸润较少。 基因表达差异 下表B为：人不同浸润DC亚群的top10基因表达差异 下表C为：小鼠不同浸润DC亚群Top10基因表达差异 DC细胞的功能差异 DC细胞基因表达差异与其功能是密切相关的。 cDC1：招募激活CD8+T细胞，因而涉及相应趋化因子、细胞因子分泌。 cDC3：扩大CD8+T细胞的抗
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浅谈疫苗佐剂的分类、开发进展及选择标准
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
本篇文章AVT小编将从“浅谈|疫苗佐剂的研究进展”中节选一部分内容给大家简单介绍一下疫苗佐剂。六个标准在文末。 1、关于佐剂 佐剂（adjuvant）一词来源于希腊语“adjuvare”，其与抗原同时或预先注射，可有效增强机体对抗原的免疫应答或改变免疫反应类型。免疫佐剂有诸多优点，如减少免疫针次、减少抗原用量、增强免疫反应等。 1926年，Glenny首ci发现铝佐剂具有免疫增强作用。20世纪30年代，Freund发明了弗氏佐剂。1956年，Johnson发现来自革兰氏阴性菌的脂多糖内du素具有佐剂活性。1974年，Ellouz等人的研究表明，分枝杆菌的胞壁酰二肽也具有佐剂活性。此外，免疫刺激复合物（ISCOM）、脂质体、生物可降解微球也可诱导粘膜表面产生抗体。在20世纪初期，学者们一直致力于开发新型疫苗佐剂，但唯yi获批上市的只有铝佐剂。20世纪90年代以后，几种新型佐剂陆续被批准上市，改变了铝佐剂是唯yi被批准用于人用疫苗佐剂的历史。 2、疫苗佐剂的分类 随着分子生物学的发展，不断涌现出许多新的疫苗，对疫苗佐剂的要求也越来越高，随之出现很多新型佐剂，但多数佐剂还处于临床试验阶段（表1）。疫苗佐剂种类丰富，因此分类方式也较多。 按应用可分为3类：免疫调节分子、投递系统及免疫调节和投递复合系统，免疫调节分子包括Toll样受体（TLRs）、NOD样受体（NLRs）、C-型凝集素、RIG-I样受体等天然免疫受体；投递系统包括脂质体和病毒颗粒。 按类型可分为颗粒型和非颗粒型佐剂，颗粒型佐剂包括铝盐、油包水乳剂、水包油乳剂、纳米颗粒、微小颗粒、脂质体、免疫刺激复合物（ISCOM）；非颗粒佐剂包括胞壁酰二肽及其衍生物、非离子型嵌段共聚体、皂苷、脂质A、细胞因子、衍生多糖、细菌等。 按作用机制可分为四类，一类为抗原保留，如铝盐、MF59等乳剂；第二类为抗原摄取，如ISCOM、铝盐、脂质体、QS21；第三类为激huo免疫反应，如CpG、MLP等；第四类为活化细胞因子，如IL-1、IL-2 、IL-18等。 3、疫苗佐剂的开发
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单细胞技术对于肿瘤研究的作用
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
引言单细胞技术的发展为揭开肿瘤的神秘面纱提供了新的手段。运用单细胞技术，能让我们从肿瘤的哪些角度入手，来解决哪些具体的问题呢？SBC与您分享“Decoding Cancer Biology One Cell at a Time”。 对于肿瘤研究来说，可以从基因组不稳定、不受限制的复制潜力、细胞能量调节的失常、织织侵袭和转移、持续的血管生成、促进肿瘤的炎症和逃避免疫攻击等特征进行阐述。虽然大部分的肿瘤包含以上特征，但是，随着研究的深入，人们越来越认识到，对肿瘤内部的细胞亚群的认知至关重要。比如，肿瘤的不受限复制是由未分化的细胞亚群（肿瘤干细胞）所驱动；侵袭和转移可能是由上皮-间质转化（EMT）的激活或者其他侵袭相关的细胞引起；细胞的能量失调及持续的血管生成可能由肿瘤特定区域的，如经历缺氧和缺乏营养的细胞驱动；而肿瘤免疫逃逸可能也是由特定区域的细胞增强了免疫浸润引起。因此，对肿瘤亚群的了解有助于肿瘤亚型的识别，特别是在**或者**复发过程中的作用。 通过**消除癌细胞，但在随后出现了复发表明了肿瘤内部客观的异质性（intratumoral heterogeneity，ITH）存在。传统的基因组和转录组学方法对肿瘤的研究，只能揭示聚集的混合细胞的特征，而掩盖了ITH，单细胞“组学”的出现，为我们全面描述肿瘤的内部特征铺平了道路。那么，具体在哪些研究角度和层面，单细胞技术对于肿瘤研究能发挥它的一技之长呢？ 单细胞技术助力剖析肿瘤内的细胞特征 随着近年来的技术发展，现在已经能够实现从基因组，转录组，甲基化，染色质可及性，细胞表面/胞内蛋白角度进行单细胞研究。虽然从单个细胞的DNA测序去识别突变信息有一定难度，但是从拷贝数变异（CNA）角度进行分析还是能得到比较可靠和有用的数据。单细胞转录组测序（scRNA-seq）是现有运用的最广的进行肿瘤ITH研究的工具。通过该方法，既能从功能上，也能从遗传信息上进行分析。当然，最新的方法，除了常规的基因表达检测之外，已经能实现融合基因的检测，也
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利用FFPE样品进行空间转录组研究打破空间生物学的限制
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
10x Genomics 空间转录组学自推出以来，主要针对各种新鲜冰冻组织。而现在，大家期待已久的FFPE样品也可以做啦！！！今天，就让小编带您了解利用FFPE样品进行空间转录组学研究的方法吧。 背 景 结合了组织学技术的优点和FFPE样品高通量测序技术，Visium Spatial Gene Expression for FFPE 是对由病理学专家判断为主的传统分析方法的补充。利用该技术，在人和小鼠的FFPE样品中，可以在高分辨率水平对整个组织切片超过18000个基因表达进行分析。通过对FFPE组织样本的转录组测序分析，可以检测任意通路中的任何基因、解决组织异质性并揭示形态学背景下空间组织的细胞类型和状态。此外，通过与免疫荧光技术（IF）相结合，可在同一时间可视化蛋白和基因的表达信息。 Fig.1 从FFPE样品中获得形态学背景下高分辨率的基因表达信息 实验流程 首先将FFPE组织切片放置在Visium基因表达芯片上，进行组织学成像（形态学背景的H&E染色或使用IF技术对蛋白共检测）。然后，用RTL探针集在组织中靶向杂交和连接，并用RNase酶处理和透化，与芯片上的捕获探针结合延伸。最后，进行建库测序和数据分析及可视化。 独特的RTL探针设计 Visium for FFPE阵列利用RNA模板连接技术（RTL），首先针对编码蛋白转录组基因设计特异性探针对，然后将探针对与组织内的靶标基因进行杂交，杂交后探针对互相连接。随后进行组织透化来释放组织中已连接在一起的探针对，并与芯片上的捕获探针结合，从而捕获到基因的表达信息。 Fig.2 针对整个FFPE组织切片测序分析的工作流程。A.实验流程概述。B. RTL探针集捕获转录组原理 冰冻组织和FFPE组织的Visium空间转录组结果比较 分别使用小鼠脑的新鲜冰冻组织和FFPE组织进行空间转录组分析，结果如下： 两者的结果高度具有很高的相关性，说明两种检测方法具有可比性和高灵敏度。 在两种组织的结果中，Hpca 基因都在海马中表达并且与已知的表达模式一致，证明了Visium用于FFPE分析的特异性。 取自小鼠脑FFP
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利用Simoa平台开发血浆p217+tau的高灵敏度检测方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
专题一: 利用Simoa平台开发血浆p217+tau的高灵敏度检测方法 Simoa单分子免疫阵列分析技术是目前市面上最灵敏的蛋白分子检测技术，其可以检测单个蛋白分子，灵敏度达到飞克级别。在肿瘤、神经、感染免疫、心血管、炎症、生殖、眼科等领域都有着广泛应用。Simoa平台是一个开放的研究平台，除现有的商品化试剂盒之外，各领域的研究人员都可自行进行方法开发及分析。 来自美国加利福尼亚和比利时比尔塞的科学家通过自行方法开发对p217+tau进行了研究，并将该检测方法应用于阿尔兹海默症（AD）的临床应用评价。 Development and validation of a high-sensitivity assay for measuring p217+tau in plasma Alzheimers Dement (Amst). 2021 May 27;13(1): e12204（IF=14.48） 淀粉样蛋白β（A）、微管相关蛋白tau蛋白（T）和神经退行性病变（N）为AD的临床诊断标志。本文利用Simoa平台开发了p217+tau的检测方法，对227名受试者的血浆p217+tau蛋白进行了定量检测，并对其做出临床应用评价。 结果显示：p217+tau血浆检测方法准确、精密、稀释线性好、灵敏度高。所有检测的样本浓度均在线性范围内，AD组的浓度高于健康对照组，血浆和脑脊液水平相关。血浆p217+tau结果可预测中枢T和A状态。 两步法与三步法检测的比较 对96例脑脊液（CSF）标本进行检测，两步法和三步法的检测结果紧密相关（r2 = 0.939）。对10个血清样本进行检测时，在两步分析法中至少有4个样本显示异常高信号，而三步分析法比较稳定。 样品稀释液的选择和优化 使用不同的样品稀释液，用三步法检测四个样品（3个AD患者的血清样品和标准品）的p217+tau浓度。结果可知，含HBR9的Tris稀释液可减少磁珠聚集和假阳性信号。 样本适用性 本研究检测了10名健康对照者和16名轻中度痴呆患者的血清和血浆样本。结果显示，轻度至中度痴呆患者的平均浓度明显高于健康对照组。然而，血浆样本中的p217+tau的浓度约为血清样本的2倍。 检测稳定性
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益生菌L.casei Zhang减缓急性和慢性肾脏疾病的发病进程
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
文章标题：The probiotic L. casei Zhang slows the progression of acute and chronic kidney disease 发表期刊：Cell Metabolism 发表时间：2021年6月 影响因子：27.287 合作客户：华中科技大学同济医学院附属同济医院 百趣提供服务：短链脂肪酸靶标检测 200MRM靶标检测 1.研究背景 肠道菌群失衡会改变宿主代谢，并对各种肾脏疾病，尤其是慢性肾脏疾病（CKD）产生负面影响。益生菌广泛存在于人体胃肠道中，调节着器官的平衡，对维持健康的微生态环境起着重要作用，这些益生菌的代谢产物是肠道中SCFA的主要来源。 本文利用口服益生菌Lactobacillus casei Zhang (Lac.z)或L. acidophilus (Lact)处理小鼠，再进行肾缺血再灌注（I/R）处理。检测肾脏相关指标，利用GC-MS和UHPLC-MRM-MS/MS技术对肠道菌群代谢产物进行分析。结果表明，口服Lac.z可以改变SCFA和烟酰胺代谢，这些结果为慢性肾脏疾病提供了潜在的**方法。 2.研究结果 1. 口服L. casei Zhang减轻I/R损伤后AKI和随后发生的慢性肾纤维化 首先使小鼠进行口服益生菌（Lac.z或Lact）后进行I/R处理，5d后观察其肾脏的损伤程度。发现口服Lac.z小鼠肾脏损伤减弱，血清尿素氮（BUN）和肌酐、病理损伤等都降低。将观察期延长至28 d，发现口服Lac.z后肾间质中的胶原沉积较低。这些结果表明预防性服用益生菌Lac.z可以减少I/R后的急性肾损伤(AKI)发生及随后的慢性肾纤维化。 图1.益生菌预处理对I/R 处理小鼠肾脏的影响 2. L.casei Zhang预处理可改善I/R诱导的肠道菌群失调 通过粪便16S rRNA基因测序分析检测I/R诱导损伤后5d（作为AKI模型）和28d（作为CKD模型）的小鼠肠道菌群情况。发现Lac.z导致I/R后α多样性指数显著升高（图2A），Lac.z组与没有任何处理的sham组的β多样性更加接近（图2B），且Lac.z组保留了更高水平的拟杆菌群（图2C）。在I/R后28d，Lac.z组β多样性也与sham组相似（图2E），其它门水平菌群的变化趋势与I/R后5d小鼠的变化趋势一致（图2
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非靶标代谢组学质控体系过程介绍
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
近期，BIOTREE推出了发现代谢组学-MIX版，实现了非靶标代谢组学物质鉴定数量的大幅度提升，物质定性数量高达2000+。同时，物质鉴定数量的提升必须以可靠性为前提。BIOTREE非靶标代谢组学一直以严格的质控体系来保障数据质量，在这基础上联合全球顶-尖仪器公司进行了室间质评来验证数据的准确性。 质控体系 关键词：6D，综合性，严格 BIOTREE非靶标代谢组学提供从代谢物提取到代谢物检测分析一站式服务。为了不断提高实验数据质量，BIOTREE在非靶标代谢组学检测平台上创建了基于QC和IS两大核心的6D质控体系，可综合考量实验各个环节。 Quality Control样本：是将所有实验样本混合而成的一例额外样本。理论上来说该样本含有所有样本中的所有种类物质，因此该样本可以作为全部样本的“代表”，可以在不影响实验样本检测的情况下，通过对QC样本的检测，来判断整个实验检测是否稳定。Internal standard（内标）：是在实验样本中额外添加的一个或几个已知物质。在非靶标代谢组学中，由于并不知道会测到什么物质，因此需要在样本中添加一定的已知物，通过对该已知物检测结果的分析进而判断整个实验检测的稳定性。 过程质控 空白样本无明显内标检出由于空白样本仅是空的流动相其中并不含有IS或者被测代谢物，所以若是实验中有各种原因的残留，就会导致原本干净的空白样本中有IS被检测出。因此可以通过检测穿插在整个实验过程中的空白样本中是否有IS信号，从而及时判断实验中是否有残留现象。 当所有空白中所有IS均无明显峰被检出才认为该项目合格。 内标峰高差在30%内 每个电离模式BIOTREE会分别采用3种同位素内标，用以全面表征不同类型代谢物的检测状态。理论上来说由于QC样本是反复进样的重复样本，因此可以通过每个QC间IS的响应峰面积差异来判断检测是否稳定。当所有QC中所有IS的峰高差小于30%才认为该项目合格。 数据质控 2D PCA：QC样本聚集程度通常来说过程质控多用于在实验中及时发现问题，以及针对发现问
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新型癌基因染色体外环状DNA及检测技术详解
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
自从2019年11月，国际学术期刊《Nature》和《Cell》相继发表了关于染色体外环状DNA(extrachromosomal circular DNA)的重要研究，提出了这种游离于染色体基因组之外的DNA分子携带癌基因并具有转录活性，可能是某些癌症的一大帮凶，染色体外环状DNA顿时成为科研界尤其是生物医学界的关注焦点。今天我们就为大家详尽介绍染色体外环状DNA的功能及研究方法。 内容提纲： 一、什么是染色体外环状DNA 二、染色体外环状DNA在肿瘤中的功能作用 1.促进癌基因扩增 2.促进肿瘤异质性和耐药性 3.促进癌细胞基因重组 4.作为潜在分子标志物 三、云序生物提供的环状DNA研究服务 1.组织细胞环状DNA测序 2.血清血浆环状DNA测序 3.血清血浆环状DNA甲基化测序 4.环状DNAsanger测序 5.环状DNA纯化柱 一、什么是染色体外环状DNA？ 游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为eccDNA (extrachromosomal circular DNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。染色体外环状DNA最早是1965年在电子显微镜下被观察到，但由于技术手段的限制，对其研究难以深入，一直以来只是偶有报道，并且对它们的种类、分布以及功能没有全面的研究。随着技术的发展，Paul Mischel团队在2014年发现染色体外环状DNA携带致癌基因EGFRvIII并且影响肿瘤的耐药性，2017年发现染色体外环状DNA在肿瘤中普遍存在。而2019年Mischel团队和Scacheri团队相继在《Nature》和《Cell》上发表文章展示染色体外环状DNA上携带的致癌基因可以高度表达，《Nature Communication》也报道了染色体外环状DNA驱动神经母细胞瘤致癌基因重塑，接连发表的重磅文章使染色体外环状DNA顿时成为热门话题和科研焦点。现有研究表明，染色体外环状DNA广泛存在于各种物种、组织中，具有环状结构，可以滚环扩增，细胞有丝分裂时由于无着丝粒因而会不均匀地分配到子细胞中，这些特点我们在往期文
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PCR实验室污染原因与解决方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-13
有实验室的地方，就不可避免的会出现实验室污染。实验室的污染，不仅会影响实验与科研的质量和效果,还对实验室工作人员的身体健康有损害，现在来一起了解下PCR实验室的污染原因及解决方法。 1、PCR实验室污染分类： 标本间交叉污染：标本污染主要有收集标本的容器被污染，或标本放置时，由于密封不严溢于容器外，或容器外粘有标本而造成相互间交叉污染；标本核酸模板在提取过程中，由于吸样枪污染导致标本间污染;有些微生物标本尤其是病毒可随气溶胶或形成气溶胶而扩散，导致彼此间的污染。 PCR试剂的污染：主要是由于在PCR试剂配制过程中，由于加样枪、容器、双蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染。 PCR扩增产物污染：这是PCR反应中主要-常见的污染问题。因为PCR产物拷贝量大，远远高于PCR检测数个拷贝的极限，所以极微量的PCR产物污染，就可造成假阳就可形成假阳性。 还有一种容易忽视，可能造成PCR产物污染的形式是气溶胶污染；在空气与液体面摩擦时就可形成气溶胶，在操作时比较剧烈地摇动反应管，开盖时、吸样时及污染进样枪的反复吸样都可形成气溶胶而污染。 实验室中克隆质粒的污染：在分子生物学实验室及某些用克隆质粒做阳性对照的检验室，这个问题也比较常见，因为克隆质粒在单位容积内含量相当高，另外在纯化过程中需用较多的用具及试剂，而且在活细胞内的质粒，由于活细胞的生长繁殖的简便性及具有很强的生命力，其污染可能性也很大。 2、 污染监测 一个好的实验室，要时刻注意污染的监测，考虑有无污染是什么原因造成的污染，以便采取措施，防止和消除污染。 对照试验： 1、阳性对照：在建立PCR反应实验室及一般的检验单位都应设有PCR阳性对照，它是PCR 反应是否成功、产物条带位置及大小是否合乎理论要求的一个重要的参考标志。 2、阴性对照：每次PCR实验务必做阴性对照。它包括①标本对照：被检的标本是血清就用鉴定后的正常血清作对照；被检的标本是组织细胞就用相应的组织细
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