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MeRIP-qPCR方法原理、结果含义、展示方法及应用细谈
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
m6A等RNA修饰的主要研究手段是通过MeRIP方法对发生修饰的片段进行富集，其后进行高通量测序分析修饰位点。而无论是一篇仅展示修饰位点分布特点的谱学文章，还是深入研究修饰调控基因表达机制的文章，在高通量测序这一步之后，通常都需要对筛选出来的部分修饰位点进行低通量的MeRIP-qPCR验证。这个实验说来简单却必不可少，对于刚刚接触RNA修饰研究的小伙伴来说，可能会对MeRIP-qPCR的方法原理、结果含义、展示方法等有一些疑问，而看文章中又常常是几句话带过，无法解答心中的困惑，看过仍然对自己手里的数字一头雾水。这次我们就在这里详细谈一谈MeRIP-qPCR相关问题。 1.MeRIP-qPCR的目的是什么？ 首先我们需要明确的是，MeRIP-qPCR的目的是验证某个目标基因上的某个修饰位点（以一小段区域的形式，MeRIP法精确不到单碱基）的修饰水平。 得到的结果往往是一个%（IP/Input）的数值，它体现的是该位点的修饰水平（可以大致理解为：这个转录本表达了很多条，其中百分之多少是这个位点有修饰的？）需要与普通qPCR验证基因表达水平（可以大致理解为：这个转录本表达了多少条？）的目的区分开。 2.MeRIP-qPCR的实验方法？ MeRIP-qPCR就是MeRIP实验后进行一个qPCR。 这里的MeRIP实验同MeRIP-seq测序中的其实相同：对RNA进行片段化。然后每个样品一分为二，一部分片段用针对该修饰的特异性抗体与RNA片段进行免疫共沉淀(IP)，留为IP样品，另一部分不进行IP直接留作Input样品。之后对两部分RNA片段分别进行逆转录和qPCR。如果是测序，就是在这里把紧接的qPCR改为接建库测序。 3.MeRIP-qPCR引物如何设计？ 由于目的是定量位点的修饰水平，因此MeRIP-qPCR的引物不仅是针对目标基因，还要是针对其上的那个修饰位点（区域）。这个位点信息可以从： （1）MeRIP-seq的测序结果中筛选得来 通常是一段位置坐标，比如云序生物提供的MeRIP-seq结果，某个甲基化峰位置如：chr1:111234-111567。有了这个位置信息，可以去UCSC genome b
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平行生物反应器的界定及其与多联反应器的区别
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
平行生物反应器的界定 摘要 “平行性”是衡量平行生物反应器性能的综合指标，其硬件基础是如泵、阀门等执行元件及仪表、变送器等检测元件的稳定性(stability)和一致性(consistency)，以及控制系统的鲁棒性(robustness)。平行生物反应器的核心功能是实验设计(DoE)和高通量筛选（high-throughput screening），使用过程中会产生大量的数据。因此平行生物反应器必须配备具有强大数据管理系统（data management system）。同时，操作平行生物反应器工作量巨大，容易出错，平行生物反应器所配套的软件必须高度的自动化与智能化。软、硬件的结合是平行生物反应器的灵魂，是平行生物反应器与多个独立反应器联用的根本区别。 引言 合成生物学技术的蓬勃发展使构造新的菌种和细胞系越来越容易，但要在大量的候选者中选出最适合工业化生产的一个却非常困难的。这是因为，作为一个生命体，无论是微生物还是细胞，其表现出来性能都是生物本身与环境相互作用的结果。实验室常用的筛选工具如孔板，摇瓶等，受其尺寸限制，无法做到与工业规模反应器相似的混合、传质、剪切等特性。使用不合适的设备进行菌种筛选和工艺研发，经常会造成错选不适合大规模生产的突变体而漏选真正有潜力的菌种。橘生淮南则为枳，千里马常有而伯乐不常有。这一问题的潜在损失无法估量。然而，使用常规台式反应器进行菌种与培养基筛选或者工艺优化，需要分多次配置培养基、灭菌、接种、诱导等等，甚至会涉及到不同的操作者。这些操作条件以及实验人员的经验与水平乃至工作态度之间的差异，使从常规台式反应器上得到的数据可靠性大打折扣。即便是在最优的假设下，常规台式反应器的最多只能进行对照实验，进行定性或者半定量的比对，而不能胜任实验设计(Design of Experiments)这种定量的研究。这其中有硬件和软件的原因，本文将分别介绍。为了方便讨论，本文中我们可能偶尔会笼统将“生物反应器”称为“发酵罐”，但讨论的内容也适用于细胞培养。 图1 单罐与平
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木质素含量检测试剂盒微量检测方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
产品内容： 试剂一：液体 34mL×1 瓶，4℃保存。每次用完用封口膜密封保存。试剂二：液体 30mL×1 瓶，4℃保存。 微量法 标准品：粉剂×1 支，50mg 木质素，4℃保存。临用前加入 1mL 高氯酸，充分混匀溶解，配成50mg/mL 的标准液。 产品说明： 木质素是构成植物细胞壁的成分之一，具有使细胞相连的作用。木质素存在于木质组织中，主要作用是通过形成交织网来硬化细胞壁，为次生壁主要成分。 木质素中的酚羟基发生乙酰化后在 280nm 处有特征吸收峰，280nm 的吸光值高低与木质素含量正相关。 试验中所需的仪器和试剂： 紫外分光光度计/酶标仪、台式离心机、水浴锅、微量石英比色皿/96 孔 UV 板、可调式移液枪、研钵/匀浆器、玻璃管、封口膜、高氯酸、冰乙酸和蒸馏水。 操作步骤： 一、样品处理： 样品 80℃烘干至恒重，粉碎，过 40 目筛，称取约 3mg 于 1.5mLEP 管中。 二、测定步骤： 1、分光光度计/酶标仪预热 30min 以上，调节波长至 280nm，冰乙酸调零。 2、操作表：在玻璃管中依次加入下列试剂： 测定管 标准管 空白管 样品（mg） 3 - - 试剂一（µL） 300 300 300 高氯酸（µL） 12 - 12 标准液（µL） - 12 - 封口膜密封，充分混匀。于 80℃水浴锅水浴 40min，进行乙酰化。每隔 10min 震荡一次， 然后自然冷却。 试剂二（µL） 300 300 300 充分混匀后于常温 8000g 离心 10min，取上清。 上清液（µL） 12 12 12 冰乙酸（µL） 588 588 588 测定 280nm 下的吸光值 A，记为 A 测定管、A 空白管、A 标准管，计算△A=A 测定管-A 空白管、△A 标准=A 标准管-A 空白管。 三、木质素含量计算： C 标准=C 原液×V 标准÷V 乙酰化×V 上清÷V 检测=0.0196 mg/mL 木质素（mg/g）= △A÷（△A 标准÷C 标准）×V 检
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甲基转移酶 SETD2 抑制前列腺癌转移机制
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
近日，中国科学院上海营养与健康研究所秦骏课题组与陆军军医大学大坪医院江军主任、南京医科大学王晓明教授的合作在 Cancer Cell 在线发表了题为 “SETD2 Restricts Prostate Cancer Metastasis by Integrating EZH2 and AMPK Signaling Pathways” 的研究，揭示了 H3K36 甲基转移酶 SETD2 通过底物 EZH 限制前列腺癌的转移的分子机制。 图 1. 文章概要图 EZH2：负责 H3K27me3 修饰的组蛋白甲基转移酶。H3K27me3 的修饰使基因沉默，使细胞获得侵袭性特征。 SETD2：催化 H3K36me3 的主要甲基转移酶。SETD2 通过组蛋白 H3K36 的甲基化来调节基因组不稳定性、RNA 加工和基因内转录起始。 图 2. 文章亮点 SETD2 在限制前列腺癌发展中发挥重要作用 为了探索 SETD2 在前列腺癌 (Prostate cancer, PCa) 的潜在重要性，H3K36me3/SETD2 和 H3K27me3/EZH2 的抑癌基因 Pten 缺失小鼠或同时缺失抑癌基因 Trp53 小鼠对比 (Pten-/- vs Pten-/-;Trp53-/-) ，H3K27me3 和 EZH2 水平与小鼠肿瘤进展呈正相关，且同时缺失的表达量更高。重要的是，H3K36me3/SETD2 和 H3K27me3/EZH2 在小鼠前列腺组织中是互斥的。进一步地，通过 qRT-PCR 检查前列腺肿瘤中 SETD2 表达，公共数据集分析 SETD2 表达与疾病复发关联性，以及类器官 SETD2 沉默与过表达实验，综合表明 SETD2 在限制 PCa 进展中发挥重要作用。 图 3. SETD2 在限制 PCa 的发展中发挥重要作用 另外，前列腺上皮 SETD2 缺失的小鼠病变情况观察结果表明，仅 Setd2 基因丢失不足以驱动 PCa。对比 Pten+/- 与 Pten+/- ;Setd2-/- 中前列腺肿瘤发展情况，结果表明：Pten 基因缺失时， SETD2 的失活促进前列腺癌转移。 SETD2 缺失诱导的 PCa 转移依赖 EZH2 活性的增加 Pten+/- 和 Pten+/-;Setd2-/- 类器官转录组分析发现，与 EZH2 和 H3K27me3 信号转导相关的特征显着丰富，通过 qRT-PCR、组织学和 ChIP-seq 等实验分析 SETD2 缺失与 EZH2 蛋白和 H3K27m3 水平的
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HIV 衣壳蛋白有望成为 HIV **新靶标
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
目前，针对 HIV 的致病机制，已获批准上市的抗 AIDS 药物共分为六大类：非核苷类逆转录酶抑制剂 (NNRTIs)、核苷类逆转录酶抑制剂 (NRTIs)、整合酶抑制剂 (INSTIs)、蛋白酶抑制剂 (PIs)、病毒成熟抑制剂 (MIs) 和辅助受体 CCR5 抑制剂。目前还没有获批上市的 HIV-1 衣壳蛋白抑制剂。 常见的 HIV 感染**方案是将两种 NRTI 与 PI、NNRTI 或 INSTI 结合的联合抗逆转录病毒疗法 (cART)。这种疗法非常有效，可以延长预期寿命和减缓艾滋病的传播。然而，cART 并不能治愈患者，且存在一些风险，例如停止**导致的病毒载量迅速反弹，病毒耐药性的出现，以及长期**的副作用影响预期寿命。因此，仍然需要研发具有优良特性的新药和探索新的靶点。 近日，Nature 上关于 HIV 的最新研究“Clinical Targeting of HIV Capsid Protein With a Long-Acting Small Molecule”引起了广泛的关注，该研究证明了 HIV 衣壳蛋白长效抑制剂 GS-6207 具有**或预防 HIV 感染的潜力。 图 2. 靶向 HIV 衣壳蛋白的长效小分子相关研究 衣壳蛋白的结构及作用 HIV 感染细胞时，病毒将其单链 RNA 基因组逆转录成双链 DNA，穿越细胞质并穿过核膜，然后整合到宿主染色体中 (HIV 感染和复制机制见往期：典型传染病的始作俑者——五大病毒及其靶向药物)。 下面我们以 HIV-1 为例，对 HIV 的衣壳蛋白及其作用进行介绍。 在成熟、具有感染能力的 HIV-1 中，病毒基因组位于一个由病毒衣壳蛋白 (Capsid protein, CA) 组成的圆锥形衣壳核心 (Capsid core) 内。衣壳核心由约 250 个 CA 六聚体和 12 个五聚体组装而成。CA 亚基又由两个结构域组成，即 N-端结构域 (NTD) 和 C-端结构域 (CTD)。在每个六聚体中，每个 CA 子单元都通过 NTD-NTD 接口和 NTD-CTD 接口相互连接 (图 3)。 图 3. HIV-1 衣壳蛋白的结构[7] a. Envelope, ENV：蛋白包膜 (ENV 糖蛋白复合物包含了 gp120 亚基和 gp41 亚基)；Matrix，MA ：Gag 多肽衍生蛋白基质；CA：衣壳蛋
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ELISA酶标板分类方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
酶标板(ELISA PLATE):在酶联免疫吸附试验(Enzyme Linked Immunosorbent Assay,ELISA)中, 参与免疫学反应的抗原、抗体、标记抗体或抗原的纯度、浓度和比例；缓冲液种类、浓度和离子强度、pH值和反应温度、时间等条件起着关键作用。酶标板分类：根据不同的分类标准，酶标板有着不同的分类。 一、根据孔数，可分为96孔、48孔等，由于酶标板主要是配合酶标仪用，目前市面上的酶标仪最多为96孔，因此酶标板最为常用的也是96孔。 二、根据其底部的不同，又分为平底的，u型底、v型底等。平底的折射率低，适于在酶标仪检测；u型底的酶标板折射率较高，方便加样、吸样、混匀等操作，可以不用放在酶标仪上，直接通过目测观察颜色变化情况，从而判定有无相应的免疫反应。v底的酶标板可以精确的吸取样品。 三、根据酶标板与蛋白和其它分子结合能力的不同，又分为高结合力、中结合力和氨基化等。 (1）、 高结合力 此种酶标板，表面经处理后，其蛋白结合能力大大增强，可达300~400ng igg/cm2，主要结合的蛋白分子量＞10kd。使用该类酶标板可提高敏感性，并可相对减少包被蛋白的浓度和用量，不足之处为较易产生非特异性反应。抗原或抗体包被后，以非离子去污剂无法有效地封闭未结合蛋白的部位，需使用蛋白作为封闭剂。 （2) 、中结合力 此类酶标板经表面疏水键被动与蛋白结合，适合作为分子量＞20kd的大分子蛋白的固相载体，其蛋白结合能力为200~300ng igg/cm2。由于该类酶标板所具有的仅与大分子结合的特性，适用于作为未纯化抗体或抗原的固相载体，可降低潜在的非特异性交叉反应。该类板可以惰性蛋白或非离子去污剂作为封闭液。 （3) 、氨基化 这种酶标板经表面改性处理后拥有带正电荷的氨基，其疏水键由亲水键取代。该类酶标板适合作为小分子蛋白的固相载体。使用合适的缓冲液和ph值，其表面可通过离子键与带负电荷的小分子结合。由于其表面的亲水特性和可通过其它交联剂共价结合的能力，可用于固定溶于triton-
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GAN饮食诱导的NASH小鼠的临床转化性
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
非酒精性脂肪肝疾病（non-alcoholic fatty liver disease，NAFLD）是一种在无大量饮酒的患者肝脏中出现过量脂肪堆积而产生的类似于酗酒造成的肝脏损伤。而非酒精性脂肪性肝炎（non-alcoholic steatohepatitis，NASH）是NAFLD 的一种形式，除了肝脏中过量的脂肪堆积外，还伴随着肝脏炎症和不同程度的肝脏损伤。尽管多数NASH患者并无明显症状，但NASH可能进一步发展为肝纤维化、肝硬化，甚至是肝癌。NASH在超重或肥胖的中年人群中比较常见，通常伴随着高血脂（胆固醇和甘油三酯水平升高）和糖尿病的出现。NASH发病机制复杂，目前还没有直接有效的药物，**方式主要是进行生活方式的干预，包括减轻体重、改变饮食、加强运动以及避免饮酒和服用不必要的药物等[1]。因此，建立可靠的动物模型对探索NASH的发病机制及**手段十分重要。 Henrik等人通过构建Gubra-Amylin NASH (GAN) 饮食诱导肥胖 (diet-induced obese，DIO) 小鼠模型（GAN DIO-NASH小鼠），在体内模拟NASH患者中的肝脏纤维化，并对该模型进行了临床转化性的评估[2]。 该研究使用含40%饱和脂肪、22%果糖和2%胆固醇的GAN饲料喂养C57Bl/6J小鼠38周以上，对代谢参数、血浆和肝脏的生物标志物进行了检测，同时，也对小鼠肝脏病理学特征和转录组特性进行了评估，并与体重正常的健康人和NASH患者进行了对比。 GAN DIO-NASH小鼠和NASH患者的肝脏组织具有相似的病理学特征和量变 NASH 的主要病理学改变包括脂肪变性（steatosis），肝细胞气球样变（ballooning degeneration）、小叶炎症（inflammation）和纤维化（fibrosis）。虽然肝纤维化实际上并不参与NAFLD活动评分（NAFLD activity score，NAS），但纤维化程度可以用于预后评估。 肝脏组织切片显示，GAN DIO-NASH小鼠与NASH患者在脂肪变性、炎症病灶和肝细胞气球样变上具有相似的形态学特征（图1）。在GAN DIO-NASH小鼠肝小叶中，肝细胞脂质堆积呈分散式分布，主要表现为大泡性脂肪变性（macrovesicular steato
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BCA蛋白定量法和Bradford蛋白定量法的优缺点对比
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
目前实验室里常用的蛋白定量的方法通常主要有三种： BCA蛋白定量、Bradford蛋白定量法和紫外分光法。 BCA 蛋白定量 的实验原理是在碱性条件下，H | NH2----C-COOH | R 将Cu²+还原为CU+与 BCA 结晶为紫色的化合物，再通过测定 562 nm波长OD值来判定还原剂的含量。 下列表分别对两种实验方法做以对比： 通过上表中的的对比，我们不难看出Bradford实验法的速度比较快，平常BCA 蛋白定量 的孵育时间大约30分钟甚至更长，而采用Bradford蛋白定量法则需要几分钟即可完成实验。 虽然其标准曲线的线性拟合程度不如BCA定量法，但它的二项式契合度却较高。 （下图显示为：二项式的标准曲线制作方法） 除此之外，Bradford 蛋白定量还有一个小小的缺陷，那就是它比较容易受高浓度的去垢剂影响，比如需要SDS的实验浓度低于0.01%，TRITON X-100的实验浓度低于0.005%等。 解决的办法是：使用与Bradford 兼容的去垢剂，从而匹配到相应的实验浓度即可。 Bradford蛋白定量实验虽然实验在制作二项式标线和公式计算较繁琐，但如果能成功破解以上三个问题，那么Bradford法对比BCA法来说还是有不少优势的，比如可以节省很多时间等。对于追求实验效率的实验员来说，熟练掌握Bradford实验法是个不错的选择。
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文献解读：南开大学团队揭示P-选择素结合肽修饰ADSC靶向修复血管损伤
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
南开大学领导的研究团队在《Advanced Science》杂志上发表题为“Targeted Repair of Vascular Injury by Adipose-Derived Stem Cells Modified with P-Selectin Binding Peptide”的论文，采用一种新颖的方法对脂肪来源的间充质干细胞进行修饰，从而实现血管损伤的靶向修复。 心血管疾病，包括冠状动脉阻塞，已成为人类健康的头号杀手。目前心血管疾病的主要**手段是经皮冠状动脉介入**（PCI），但这类手术易过度表达P-选择素，往往会造成病理性血管损伤。 因脂肪来源的间充质干细胞（ADSC）具有易于分离且能够自我更新的特性，现已成为组织工程和再生医学的主要细胞来源。不过，研究人员面临的难题是如何将细胞有效输送到感兴趣的组织。之前的一项研究表明，全身注射ADSC可以将其募集到受伤的血管，但ADSC缺乏与P-选择素结合的表面配体。因此，需要对ADSC进行修饰以增强其靶向能力。 DPP修饰 在这项研究中，研究人员将P-选择素结合肽（PBP）与聚乙二醇偶联的磷脂衍生物（DMPE-PEG）相结合，通过DMPE-PEG与磷脂双分子层之间的疏水相互作用将PBP插入ADSC细胞膜表面。 在对这种DPP（DMPE-PEG-PBP）修饰进行鉴定后，他们首先评估了修饰对ADSC行为的影响。结果表明，DPP修饰没有改变ADSC的基本功能。它既不影响ADSC的增殖，也不影响细胞凋亡和旁分泌细胞因子基因表达。 DPP-ADSC的靶向性 接着，研究人员评估了DPP-ADSC在体外和体内的靶向性。为了模拟血管损伤部位的P-选择素过表达，他们分别通过肿瘤坏死因子-α和二磷酸腺苷预处理来激活人脐静脉内皮细胞（HUVEC）和血小板。生物发光成像结果显示，5×10−6 M DPP修饰的ADSC（DPP-ADSC）与活化的HUVEC和血小板有着最强的结合。 在体内实验中，大鼠股动脉损伤诱导了P-选择素的管腔表达。为了评估DPP-ADSC的结合，他们注射了不同浓度的经过修饰的ADSC。与体外结果一样，5×10−6 M DPP-ADSC对富含P-选择素的损伤部位显示出最强的靶向结合能力。 DPP-ADSC修
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SMN1基因敲除小鼠与脊髓性肌萎缩症(SMA)的介绍与研究
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
脊髓性肌萎缩症（SMA）是一种具高致亡性、致残性的罕见病，被称为两岁以下婴幼儿的头号遗传病杀手。自1996年起，包括欧洲、美国、加拿大、澳大利亚等地在内的全球脊髓性肌萎缩症（SMA）群体将每年的8月定为SMA关爱月，并在这个月里举行各种疾病宣传活动，提升社会公众对SMA这一罕见疾病的了解，以及对SMA群体的关爱支持。 绝大部分SMA患者（95%）是因SMN1基因第7号外显子纯合缺失所致病，另外5%患者的致病因也与这一基因的第7号外显子有关。鉴于“7”这个数字对SMA的特殊意义，2018年北京市美儿SMA关爱中心倡导发起在原来国际普遍接受的8月为SMA宣传月的基础上，将8月7日定为国际SMA关爱日，提高各界社会公众对SMA患者的重视及关爱。今天的《Gene of the Week》就让我们一起了解SMA及其致病基因SMN1吧！ 图1. 国际SMA关爱日LOGO。这是由两条出现断裂的DNA螺旋结构组成数字“7”主图案，代表SMA主要是由致病基因上第7号外显子缺失所致。红蓝两主色分别代表了对SMA群体的持续关爱和对疾病的不懈探索研究。配合英文文字“World SMA Awareness Day”和国际化的设计风格构成了承载完整信息的“国际SMA关爱日”LOGO。 基因基本信息 表1. SMN1的基本信息 备注：标有√的意为赛业红鼠资源库有该种保存状态的小鼠 SMN1基因研究概况 运动神经元存活基因1（survival motor neuron gene 1, SMN1）编码与之同名的蛋白。该蛋白与人类遗传病脊髓性肌萎缩（Spinal Muscular Atrophy, SMA）密切相关，该疾病大多数情况下会导致新生儿2周岁之前死亡。SMN1的单拷贝失活（无症状）现象在亚洲人群中大约是1/50，这就造成了1/10000左右的新生儿发病率（不同人种地域的突变频率有所区别）。SMN1是剪接体的组成部分，剪接体复合物在小核糖核蛋白 (snRNPs)的组装中起着催化剂的作用，因此在pre-mRNA的剪接中起着重要的作用。从其命名就可以看出，该蛋白在维持运动神经元的生存方面不可或缺。 图2. SMN1结构。图中显示人类SMN1成熟的mRNA
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条件异养菌参与发生藻华时溶解性有机物转化的机制
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
文章标题：Opportunistic bacteria with reduced genomes are effective competitors for organic nitrogen compounds in coastal dinoflagellate blooms 发表期刊：Microbiome 发表时间：2021年 影响因子：14.650 合作客户：厦门大学 百趣生物提供服务：定制靶标代谢组学 研究背景 藻华引发的浮游植物的大量繁殖在沿海地区经常发生，这会导致有机物的产量增加,从而决定机会主义异养菌的生长。然而,目前尚不清楚这些机会主义异养菌如何在藻华发生时参与溶解性有机物（DOM）的转化以及对生物地球化学过程的影响。 研究思路及结果 分别在藻华稳定期的早期(I阶段)和中期(II阶段)的中心(C)和外围(P)位置取样。使用基因组、蛋白质组和代谢组的组合方法来研究细菌多样性、基因组特征和代谢响应，以此评估在春季沿海藻华中DOM的来源和可利用性。 1. 非靶向代谢组学分析原位DOM的表征 在藻华中共鉴定到434种化合物，包括包括氨基酸及其衍生物(包括二肽)、脂类、核苷酸和核苷、碳水化合物及其衍生物、吲哚、有机酸和苯类化合物。与站位P相比，检测化合物中约92%在站位C的丰度较高，约85%在II阶段的丰度高于I阶段。代谢物丰度的增加与藻华过程中的DOM的增加呈正相关(相关性R=0.77，p=0.002)。氨基酸、肽类、核苷酸和核苷是藻华的重要组成部分，这些物质可能在塑造微生物群落结构和促进机会主义异养菌蓬勃发展方面发挥重要作用。 图1 藻华中溶解有机物成分的表征 2. 藻华期间细菌群落组成的演替 利用16S rRNA基因序列测定细菌类群在藻华期间的动态。阶段I和阶段II在属水平上的微生物群落组成存在显著差异(q < 0.05, ANOSIMS)。第一阶段和第二阶段细菌群落的主成分分析显示，相对丰度下降和增加的属之间存在明显的分离，这表明在藻华期间微生物群落组成发生了变化(图2b)。在II期，不考虑与粒子相关的和自由活动的大小分数，Polaribacter、Lentibacter、Planktomarina和Litoricola的细菌相对丰度均显著增加
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经典脂质组学介绍
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
脂质组学(lipidomics)是对生物体、组织或细胞中的脂质以及与其相互作用的分子进行全面系统的分析、鉴定，了解脂质的结构和功能，进而揭示脂质代谢与细胞、器官乃至机体的生理、病理过程之间的关系的—门学科。目前脂质组学已经被广泛运用于药物研发、分子生理学、分子病理学、功能基因组学、营养学以及环境与健康等重要领域。 技术优势 高分辨仪器平台：Q Exactive Focus（Thermo Fisher Scientific） 内标：2个同位素内标 六大质控体系：过程质控、数据质控 专业的数据分析：专业数据处理和分析软件，PCA、OPLS-DA、T-test等分析 项目经验：平均项目可检出900+脂质 定性结果更准确，适用性高：保留时间预测算法辅助定性 数据库 基于LipidBlast构建包含甘油磷脂、鞘脂、固醇脂、甘油脂、脂肪酸、糖脂等在内的52类脂质，22W+种脂质。 技术参数 样本要求 植物组织：200-500 mg/sample 动物及临床组织标本：200 mg/sample 血清、血浆：200 µL/sample 微生物、细胞：1x107 cells/sample 生物学重复 样本数量：植物和微生物n≥6，动物样本n≥10，临床样本n≥30,所有重复样本独立分析。 其他种类的样品在收集之前请联系公司销售工程师。 检测平台 高分辨仪器平台： Q Exactive Focus（Thermo Fisher Scientific） 常规项目周期 实验检测：30个自然日，含基础数据分析 应用方向 1、样本中脂质物质鉴定； 2、脂质功能及代谢调控研究； 3、脂质代谢途径及网络研究； 4、脂质生物标志物发掘。 案例分析 脂质组学和转录组学研究棉蚜虫脂质变化机理 棉岈虫 (Aphis gossyp ii Glo ver)是种重要的农业害虫，是我国棉花主要害虫之。它通过寄生吸食汁液，能够在早期生长季节对棉花幼苗造成严重损害。据报道拟寄生物对岈虫的脂质合成有影响，然而目前尚不清楚这些脂质变化如何影响棉岈虫生理过程。本研究首次基于RNA-Seq与脂质组学联合分析方法，探讨了拟寄生物对棉岈虫脂代谢及基因表达的影响
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多肽组学技术在工业领域的应用
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
多肽组学（Piptidomics）这个术语产生于1996年，是对分子量小于10000的蛋白质（多肽）的全面分析，可以说是蛋白质组学的一部分。多肽组学是以机体内源性多肽和低分子量蛋白质为研究对象，研究多肽组的结构、功能、变化规律及其相关关系。多肽组学和蛋白质组学都是基因组学的补充，多肽可以体现不同生理病理条件下蛋白的合成、加工和降解过程，同时对基因的表达、物质代谢等过程又有调节作用，因此多肽组学被认为是连接蛋白组学和代谢组学的"桥梁"。 在不断寻找能够改善和维持健康状态并防止慢性变性疾病发作的健康化合物的过程中，生物活性肽代表了这一类相关的分子。多肽可以作为天然成分存在于食物中，也可以通过母体蛋白质的化学或酶水解产生。多肽参与人体的许多生理功能，如胃肠、心血管、免疫、内分泌和神经系统。 许多研究证明，各种动物和植物基质含有生物活性肽，它们的日常食用与降低患慢性疾病的风险有关。特别是，牛奶和乳制品被认为是多肽的最重要来源，能够调节生理和代谢功能，从而对人类健康产生有益影响。与蛋白质相比，多肽代表了更高生物利用度的(必需)氨基酸形式，并且可以发挥多种促进健康的作用，包括矿物质转运、免疫调节、抗高血压、抗菌和抗氧化活性。 乳酸菌的蛋白水解活性概述，在食品发酵过程中将肉类、乳制品和植物来源的蛋白转换为生物活性肽： Current Opinion in Food Science 2021 06;（51-59） 多肽是生物体内天然存在的生物活性物质，迄今在生物体内发现的已有上万种，作为激素、神经递质、细胞生长因子等信号分子参与体内众多生理功能。作为药物也已超过70年，多肽药物包含用于疾病预防、诊断和**的多肽或其修饰物，越来越多的多肽药物被开发并应用于临床，已广泛应用于肿瘤、肝炎、糖尿病等疾病的预防、诊断和**。 多肽药物主要来源于内源性多肽或其他外源性多肽。内源性多肽是人体固有的内生性多肽，包括脑啡肽、胸腺肽、胰脏多肽等。外源性多肽包括蛇毒、唾液酸、蜂毒、
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腺病毒（AAV）包装常见问题及解答
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
病毒载体包装过程是复杂的，在做病毒包装实验中，科研工作者常遇到一些问题。为了让大家在病毒包装这块少走弯路，《细胞基因编辑小课堂栏目》特邀赛业生物细胞生物学产品经理针对病毒包装常见的问题为大家进行经验总结与心得分享。有同学留言说想看腺相关病毒（Adeno-associated virus, AAV）包装，有求必应的小赛这就安排上！ Q1：AAV有哪些特性呢？ Q2：实现AAV在动物体内表达需要注意哪些关键点？ 1. 血清型的选择。AAV的血清型主要由AAV衣壳蛋白的结构所决定，不同的衣壳蛋白结构识别不同的细胞表面受体，因此血清型的选择会影响AAV的感染效率、组织亲和性、和开始表达的时间。 2. 启动子的选择。是选择广谱性启动子还是特异性启动子。相比于血清型的组织特异性，特异性启动子可实现细胞的特异性，因此对特异性要求较高的研究，可以选择某种细胞特异性表达的启动子。 3. 注射方式。对于可以进行局部注射的组织器官，采用局部多点注射靶器官可取得较好的特异性和表达效果。 4. 病毒量及滴度。根据不同的靶器官组织和所使用的不同AAV血清型（扩散能力不同），推荐注射的AAV量不同，传递到组织中的病毒颗粒数量对于感染效果影响很大。但AAV使用量并不是越多越好，过多的量可能出现病毒溢出，而且根据我们的经验，病毒量太多有时候甚至会出现表达降低的情况。想了解具体组织的病毒用量可以联系我们咨询。 5. 检测时间。不同基因的表达高峰时间是不同的，再加上AAV需要从单链DNA变成双链DNA，一般在2周可检测到基因表达，如无抗体产生的影响，基因的表达可持续表达半年以上。 Q3：为什么很少用AAV做细胞感染？ 主要是因为AAV转染细胞的表达效率较低，且由于AAV是单链DNA，进入细胞后须经历一个由单链变成双链的过程才能进行转录翻译，而在没有辅助病毒或辅助因子的情况下，这种单链DNA复制形成双链DNA的过程十分缓慢，因此存在表达延迟的情况。 另外，体外细胞的生长速率较快，感染至细胞中的AAV会随
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大/小鼠骨髓间充质干细胞的分离方法-上篇
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
二十世纪七十年代，Friedenstein首次从骨髓中分离出一种多能基质细胞，呈梭形，可以进行体外克隆和多向分化，被称为CFU－Fs(colony－formingunitfibro-blasts)。随后，这种骨髓来源的基质细胞被进一步发现是间叶组织细胞谱系的共同前体细胞，因其具有干细胞的部分特性，而被命名为骨髓间充质干细胞(BMSCs)。 BMSCs来源方便，易于分离、培养、扩增和纯化，多次传代扩增后仍具有干细胞特性，免疫原性低。但是不同的分离培养方法使得BMSCs在体外扩增时的纯度、活性、表型和分化潜能差异很大，导致基础研究结论各异和临床试验效果不一。因此，深入认识BMSCs不同分离方法和培养条件的优缺点，并根据实验目的做出相应选择，是进行BMSCs实验研究的关键环节。 目前用于分离BMSCs的方法主要有五种，分别是贴壁筛选法、骨组织消化法、密度梯度离心法、流式细胞仪分离法和磁珠分选法。下面就来教大家如何掌握这五种分离方法。 01 贴壁筛选法 贴壁筛选法是利用细胞贴壁时间及贴壁牢固性的不同，逐步将非贴壁细胞和其它杂质细胞去除的一种简单易行的方法，常用于干细胞的培养中，因此用于分离BMSCs最为广泛。 利用BMSCs贴壁生长特性，更换培养液逐步去除漂浮生长的造血系统细胞即可获得较纯化的BMSCs；而且骨髓中的造血干细胞能分泌生长因子和促贴壁物质,可促进BMSCs贴壁生长，贴壁筛选法也常被称为直接培养法或者全骨髓法。 操作步骤 01 以颈椎脱臼法处死SPF级3-4周龄C57BL/6J小鼠或者SD/Wistar大鼠，用75%乙醇浸泡。 02 随后在鼠的腿的位置剪开外皮和内皮，无菌状态下取出双侧股骨和胫骨，浸泡于无菌含双抗PBS溶液中。剔除股骨和胫骨周围的肌肉、结缔组织（图1-1），用含双抗的PBS溶液清洗三遍。 03 用眼科剪剪去股骨和胫骨的两端，暴露骨髓腔（图1-2）。 04 用注射器以完全培养基反复冲洗骨髓腔直至骨头发白（图1-3）。 05 收集骨髓液（图1-4），离心（图1-5），后加入适当培养基（含20%血清）（图1-6）接种于
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