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鸽疱疹病毒型PCR检测试剂盒使用说明书
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
鸽疱疹病毒型PCR检测试剂盒说明书 本产品是即用型PCR试剂盒的改良产品， 含有Taq DNA 聚合酶、dNTPs、MgCl2、反应缓冲液、PCR 增强剂、上样染料等所有PCR 所需要的成分，用户只需加入模板和引物即可进行PCR 反应，具有广泛的用途。 . 方便，用户只需准备模板和引物既可以进行PCR 实验。 2. 快捷，操作步骤已经限度地简化，能减少污染，降低实验误差。 3. 本产品A 型含电泳染料，PCR 反应液可直接上样电泳，进一步简化了操作。 4. 由于各成分的浓度和比例都经过精心优化，反应的灵敏度高，特异性强。能扩增各种常见的DNA 样品。 5. 产物可直接用于T 载体克隆，不需要额外的加A 反应。 使用及效果：将本产品5 μL 与用户自备的模板，引物和水共5 μL 混合后，直接进行PCR反应（PCR 参数由用户自己确定），反应结束后直接取0 μL 电泳检查扩增结果。 技术特点： 、准确可靠，临床双盲对照试验＞000例，结果与金标准测序法比对，结果一致性大于99%。 2、高灵敏：可检测低至0ng的人基因组DNA。 3、快速：整个检测流程只需3小时。 4、简便：试剂盒提供预混好的试剂，使体系配置操作简便。 5、防污染 6、高特异性：双重特异性组成，保证检测结果的特异性和准确性引物与DNA互补链结合必需完全配对，才能延伸。探针特异性与所检测基因的PCR产物配对，在延伸中产生荧光。 组成及试剂配制: 、 酶标板：一块（96孔） 2、 标准品（冻干品）： 2瓶，请临用前5分钟内配制。每瓶以样品稀释液稀释至0.5ml，盖好后室温静置大约0分钟，同时反复颠倒/搓动以助溶解，其浓度为200 U/L，然后做系列倍比稀释（注：不要直接在板中进行倍比稀释），分别配制成200 U/L，00 U/L，50 U/L，25 U/L，2.5 U/L，6.25 U/L，3.2 U/L，样品稀释液直接作为空白孔 0 U/L。如配制00 U/L标准品：取0.3ml （不要少于0.3ml ）200 U/L的上述标准品加入含有0.3ml样品稀释液的Eppendorf管中，混匀即可，其余浓度以此类推。 3、 样品稀释液：×20ml。 4、 检测稀释液A：×0ml
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Analytical Chemistry文献 -Q300全定量方法应用案例
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
随着代谢组学的发展与研究认识的不断深入，越来越多的代谢组学专家学者逐步深刻认识到代谢组学方法必须从早期兴起的非靶向定性分析过度到靶向绝对定量检测分析，绝对定量获得代谢物的准确浓度才能更快的实现临床转化，并精准匹配大量临床队列样本的检测需求。但由于代谢物的化学多样性及浓度范围差异性巨大等原因，想要在一个方法下实现成百甚至上千种代谢物的绝对定量检测困难重重。近日，上海市第六人民医院转化医学中心主任&麦特绘谱创始人贾伟教授研究团队基于化学衍生法开发的UPLC-TQMS代谢组学检测方案，可以对324种不同类别代谢物实现同时绝对定量检测分析，并经过多个临床队列样本的验证，相关方法学成果于2021年4月2日成功发表分析方法学类顶刊《Analytical Chemistry》。麦特绘谱已将该方法成功生产为质谱试剂盒产品，可在Waters、Sciex、Agilent、Thermo、Shimadzu等各大厂商质谱平台应用，同时配置TMBQ数据处理软件。此外，麦特绘谱拥有自主研发的数据分析云平台（iMAP），更有最专业的技术支持团队加持，可以为科研及临床研究工作者提供标准化、一站式代谢组学整体解决方案。 一、Q300全定量检测方法学考察 图1 Q300代谢芯片的分析流程 线性和定量限：根据代谢物和内标的峰面积比与代谢物浓度作图，获得校正曲线。根据代谢物标准品一系列不同浓度，通过线性回归模型确定响应线性。大多数代谢物的线性相关系数（R2）均大于0.9900，且具有较宽线性浓度范围的检测能力，通过自主开发的TMBQ软件提供相应的信噪比（S/N），可以快速确定每种化合物的定量限。 重现性：通过标准混合物和生物样本（人血清、尿液、粪便、细胞和小鼠肝脏等）考察了自动衍生化技术和UPLC-TQMS的方法重现性。六种独立制备的标准混合物和样品分别进行连续重复测量分析。在人血清、尿液、粪便样品、HepG2细胞和小鼠肝脏样品中鉴定出的大多数测试化合物和代谢物均具有优异的重现性，相对标准偏差（RSD）小于15％。 回收率：分别采用
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饮食诱导的非酒精性脂肪肝小鼠模型
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
疾病动物模型是研究人类疾病发生发展机制、药物筛选及疗效评价必不可少的工具，好的疾病动物模型可以加快新药的研发速度。你还在为不知道选择什么小鼠模型发愁吗？你还在为造模发愁吗？赛业生物新栏目《每周一鼠》，每周更新，为大家讲解一个疾病小鼠模型的故事，希望对大家了解不同的疾病小鼠模型有所帮助。今天和大家见面的是饮食诱导的非酒精性脂肪肝小鼠模型。 非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）是一种无过量饮酒史，以肝实质细胞脂肪变性和蓄积为特征的临床病理综合症，包括单纯性脂肪肝、脂肪性肝炎、脂肪性肝纤维化和肝硬变。可从单纯性脂肪肝经非酒精性脂肪性肝炎（NASH）发展为肝纤维化，甚至导致肝硬化、肝细胞癌（HCC）或肝功能衰竭等终末期肝病。动物模型在阐明非酒精性脂肪肝的病理生理机制以及新药的开发中起着重要的作用。临床前研究需要根据研究的特定NAFLD表型使用不同的动物模型。NAFLD和NASH的临床前动物模型可分为四类：饮食诱导模型、化学物质诱导模型、基因编辑模型、复合模型。今天我们要讲的是饮食诱导的非酒精性脂肪肝小鼠模型。 发病机制 其主要发病机制是营养过剩，食物中脂类、胆固醇和（或）糖类过量，无法完全吸收利用，脂类堆积于肝而引发脂肪肝，进一步出现肝炎性改变及纤维化。 模型特点 ☑ 独有的多种免疫缺陷为人类造血细胞的重建提供了一个极好的系统，是HIV-1研究和基因**的重要模型。 ☑ 肿瘤研究的重要工具，可增加肿瘤的发生率，尤其是淋巴瘤和胸腺瘤。 ☑ 移植致死性胸腺淋巴瘤的情况下寿命短。 造模方法 选用SPF级健康雄性 C57BL/6 小鼠 ，对照组采用普通饲料喂养，模型组采用高脂饲料喂养，在第 4、8、12 周进行体重及肝指数检测，先采血后处死，采血用于生化指标检测，肝组织用甲醛水溶液固定标本，制成石蜡切片，采用苏木精-伊红染色（HE染色）、油红O染色，进行病理检测。 模型评价 光学显微镜下，肝细胞脂肪变性占1/3以上者视为脂肪肝。 01 外观及体
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技术干货，三血管阻塞模型的制作
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
//三血管阻塞模型 急性脑缺血动物模型是研究脑血管病病理机制和防治措施不可缺少的工具。由于临床上缺血性卒中大多是由于大脑中动脉区域梗死造成，因此人们普通采用血管内线栓法模型，但是由于该模型制作变异性大，而且动物长期存活率低，致使实验重复性差。 后来经过学者们不断的摸索优化，发明了开颅后夹闭大脑中动脉(而非电凝)联合双侧颈总动脉夹闭的大鼠三血管阻塞模型(3-vessel occlusion， 3-VO) ，由于该方法可同时导致大鼠皮质和基底节缺血，被认为是最接近人类卒中的标准动物模型，适用于脑缺血后长期神经功能缺失的康复及介入**研究中。另外，该模型因其缺血较为迅速、缺血效果好、再灌注血流恢复迅速而更加适用于急性缺血性疾病的研究。 //动物选择 •小鼠：C57BL6J CD-1等小鼠，常用雄性小鼠，体重25-35g •大鼠：Sprague-Dawley(SD)、Wistar等多种小鼠，常用雄性大鼠，体重250~350g //制作步骤 1.大鼠手术操作步骤 •将大鼠置于手术台上,取仰卧位,用10m注射器大小的管子放置在大鼠颈后,以加强双侧颈总动脉的显露。 (1)剃掉颈部和腹侧的毛,用75%的乙醇棉球或聚维酮碘进行局部皮肤消毒,颈部中线做一个切口,分离双侧颈总动脉,双动脉下穿线;分离颈总动脉时小心分离伴行的迷走神经纤维,以免受损伤。 (3)将大鼠体位改为左侧卧位。 (4)在大鼠右眼滴加1~2滴人工泪液,闭上眼睑,避免手术中对眼睛造成损伤;剃掉右侧外耳道和右眼外之间的皮毛,使用聚维酮碘局部皮肤消毒,75%乙醇脱碘,在两个位置连线中点做一切口,长度约2cm。 (5)用止血钳拉开切口,切断颞肌,分离肌肉,暴露颧弓。操作工程中要注意保护腮腺和面神经。 (6)用咬骨钳移除颧弓,用牵张器撑开下颌骨与颧弓,暴露前庭窗;用1.4mm钻头的骨钻在前庭窗的前3mm、下1mm处钻孔,钻头浸在室温的盐水中,以免在钻洞过程中造成皮质热或物理损伤。在显微镜下透过硬脑膜即可看见大脑中动脉,垂直于嗅束向上走行。 (7)用针头挑破硬脑膜,分离大脑中动脉周围的蛛网膜,暴露
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Il2rg敲除的重度免疫缺陷小鼠助力免疫学研究
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
想调整研究方向，获得学术研究突破口？想获得论文选题思路，提高发文命中率？你需要了解学科发展态势和未来走向！赛业生物专栏《Gene of the Week》每周会根据热点研究领域介绍一个基因，详细为您介绍基因基本信息、研究概况和应用背景等，助您保持学术研究敏锐度，提高科学研究效率，期待您的持续关注哦。今天我们要讲的主角是免疫研究热门靶点IL2Rg。 IL2Rg简介 白介素2受体γ链（interleukin 2 receptor subunit gamma chain, IL2Rg，或CD132），是多种重要免疫因子的共同受体亚基，包括IL-2、IL-4、IL-7、IL-9、IL-15和IL-21，因此，也被称为受体共同γ链（common gamma chain，γc）。IL2Rg是一种表达于大部分淋巴细胞表面的糖蛋白，在哺乳动物中，IL2Rg基因位于X染色体上。 图1. IL2Rg是多种重要免疫因子的共同受体亚基[1] IL2Rg家族细胞因子 IL2Rg家族中的细胞因子（IL-2、IL-4、IL-7、IL-9、IL-15和IL-21）有着不同的生物学作用，在机体免疫系统中扮演了重要角色。 IL-2 表达细胞：T细胞、DC 作用： ■ 促进Th1、Th2和Th9的分化；抑制Th17和Tfh的分化 ■ 诱导T细胞和NK细胞增殖 ■ 增强Treg的分化和功能 ■ 在免疫疗法中起到抗癌作用 IL-4 表达细胞：T细胞、NKT细胞、嗜酸性粒细胞、肥大细胞 作用： ■ 促进B细胞分化和免疫球蛋白同种型转换（Ig isotype switching） ■ 促进Th2和Th9分化 ■ 促进组织驻留型巨噬细胞的增殖 ■ 抗蠕虫感染 IL-7 表达细胞：基质细胞、上皮细胞、成纤维细胞 作用： ■ T细胞发育和稳态所必需 ■ 促进记忆CD8+ T细胞发育 ■ 对小鼠B细胞发育至关重要，但对人B细胞发育非必需 IL-9 表达细胞：基质细胞、上皮细胞、成纤维细胞 作用： ■ 促进肥大细胞增殖 ■ 促进杯状细胞（goblet cell）产生黏液（mucus） ■ 抗肿瘤 IL-15 表达细胞：单核细胞、DC、上皮细胞 作用： ■ 对NK细胞发育、增殖和生存至关重要 ■ 促进记忆CD8+ T细胞发育 ■ 在免疫
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原代细胞注意事项及技术步骤
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
原代细胞注意事项： 1. 收到细胞后首先观察细胞瓶是否完好，培养液是否有漏液、浑浊等现象，若有上述现象发生请及时和我们。 2. 仔细阅读细胞说明书，了解细胞相关信息，如细胞形态、所用培养基、血清比例、所需细胞因子等。 3. 用75%酒精擦拭细胞瓶表面，显微镜下观察细胞状态。因运输问题贴壁细胞会有少量从瓶壁脱落，将细胞置于培养箱内静置培养过夜，隔天再取出观察。此时多数细胞均会贴壁，若细胞仍不能贴壁请用台盼蓝染色测定细胞活力，如果证实细胞活力正常，请将细胞离心后用新鲜培养基再次贴壁培养；如果染色结果显示细胞无活力，请拍下照片及时和我们，信息确认后我们为您再免费寄送一次。 4. 请客户用相同条件的培养基用于细胞培养。培养瓶内多余的培养基可收集备用，细胞传代时可以一定比例和客户自备的培养基混合，使细胞逐渐适应培养条件。 5. 建议客户收到细胞后前3天各拍几张细胞照片，记录细胞状态，便于和公司技术部沟通交流。 6. 该细胞只能用于科研，不得用于临床应用。 原代细胞操作步骤： 1）贴壁细胞传代：提前将培养基、PBS放入37℃水浴锅内预热，用75%酒精擦拭后再放入超净台内，吸除或倒掉细胞瓶内旧培养液，加少量PBS润洗细胞，加入适量胰酶，使胰酶的量能盖住细胞，37℃孵育，每隔2~3min显微镜下观察，待贴壁细胞间间隙变大、细胞趋于圆形但还未漂起时弃去胰酶，加入新鲜培养基，晃动细胞瓶，终止胰酶作用，用吸管小心吹打贴壁的细胞，制成细胞悬液。控制吹打的力度，避免产生大量的气泡，将细胞悬液分别接种到另外的2~3个细胞瓶内，加入新鲜培养基，置37℃温箱培养，隔天观察贴壁生长情况。 2）悬浮细胞传代：将细胞悬液转移到无菌离心管内，1000rpm离心5min，弃去上清，加入新鲜的培养基，用吸管小心吹散沉淀，制成细胞悬液，将细胞悬液分别接种到另外的2~3个细胞瓶内，加入新鲜培养基，置37℃温箱培养。
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CRISPR/Cas9基因敲除和RNAi干扰表达，哪种调控方式更好？
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
刚进实验室的小萌新，总有一种天下风云出我辈的风范，两耳不闻窗外事，一心只想发CNS。 想要实验快速上手，首先要掌握的就是研究策略。 在基因功能研究中常用两种基础策略，功能减弱或缺失，功能增强或获得。 实现基因功能减弱，可以采用RNA干扰（RNAi）技术下调目的基因表达。在RNAi使用中，siRNA或shRNA的设计是关键。长度约为21bp的siRNA与蛋白形成RISC复合物，结合目的基因的mRNA，从而使其降解，达到降低基因表达水平的目的（注意RNAi是作用于mRNA水平）。但需要引起注意的是，如果目的基因在细胞中本体表达就较低的情况下（一般ΔCT＞16），就不适合用RNAi了。 随着CRISPR/Cas9技术的成熟，越来越多的科研人员采用基因敲除的方式实现基因彻底缺失的目的。与RNAi不同的是，基因敲除理论上可作用于基因组上所有的基因片段，并使目的基因的蛋白完全不表达，从而更有利于观察细胞表型的变化，简单来说，就是更容易做出实验结果。 CRISPR/Cas9基因敲除和RNAi干扰表达，哪种调控方式更好？ 没有更好，只有最适合！ 1. 两种方法没有绝对的好坏，通常RNAi技术由于操作简便，使用广泛，但CRISPR/Cas9可使基因功能丧失更彻底，因此近些年受到广泛追捧。 2. 某些情况下不适合用RNAi，例如需要改变无法转录的DNA区域，只能用基因敲除。 3. 某些特殊情况，敲除该基因会导致细胞生长缓慢，停滞甚至死亡，这样获得基因敲除细胞株比较困难，因此就需要选择通过RNA干扰的手段实现功能减弱。 对于基因功能增强或获得来说，常用的就是过表达和基因敲入了。 过表达和基因敲入，如何选择？ 上调表达使得功能增强通常采用的方法是将目的基因的编码区（CDS）构建到载体中，导入细胞内使目的基因的表达量显著增加。但基因在细胞内本体表达已经很高时，此时再进行过表达的调控，细胞的表型很可能不会发生变化，此外，外源高表达对细胞也是个刺激压力，会产生假阳性和假阴性的结果。 而对于功能
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1,5-AG ELISA试剂盒使用说明书
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
1,5-AG ELISA试剂盒说明书 本产品是即用型PCR试剂盒的改良产品， 含有Taq DNA 聚合酶、dNTPs、MgCl2、反应缓冲液、PCR 增强剂、上样染料等所有PCR 所需要的成分，用户只需加入模板和引物即可进行PCR 反应，具有广泛的用途。 1. 方便，用户只需准备模板和引物既可以进行PCR 实验。 2. 快捷，操作步骤已经限度地简化，能减少污染，降低实验误差。 3. 本产品A 型含电泳染料，PCR 反应液可直接上样电泳，进一步简化了操作。 4. 由于各成分的浓度和比例都经过精心优化，反应的灵敏度高，特异性强。能扩增各种常见的DNA 样品。 5. 产物可直接用于T 载体克隆，不需要额外的加A 反应。 使用及效果：将本产品15 μL 与用户自备的模板，引物和水共15 μL 混合后，直接进行PCR反应（PCR 参数由用户自己确定），反应结束后直接取10 μL 电泳检查扩增结果。 技术特点： 1、准确可靠，临床双盲对照试验＞1000例，结果与金标准测序法比对，结果一致性大于99%。 2、高灵敏：可检测低至10ng的人基因组DNA。 3、快速：整个检测流程只需3小时。 4、简便：试剂盒提供预混好的试剂，使体系配置操作简便。 5、防污染 6、高特异性：双重特异性组成，保证检测结果的特异性和准确性引物与DNA互补链结合必需完全配对，才能延伸。探针特异性与所检测基因的PCR产物配对，在延伸中产生荧光。 组成及试剂配制: 1、 酶标板：一块（96孔） 2、 标准品（冻干品）： 2瓶，请临用前15分钟内配制。每瓶以样品稀释液稀释至0.5ml，盖好后室温静置大约10分钟，同时反复颠倒/搓动以助溶解，其浓度为200 U/L，然后做系列倍比稀释（注：不要直接在板中进行倍比稀释），分别配制成200 U/L，100 U/L，50 U/L，25 U/L，12.5 U/L，6.25 U/L，3.12 U/L，样品稀释液直接作为空白孔 0 U/L。如配制100 U/L标准品：取0.3ml （不要少于0.3ml ）200 U/L的上述标准品加入含有0.3ml样品稀释液的Eppendorf管中，混匀即可，其余浓度以此类推。 3、 样品稀释液：1×20ml。 4、 检测稀释
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浅述生物学中的机器学习算法——随机森林篇
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
01.随机森林概述 随机森林=决策树+bagging，随机森林是一种比较新的机器学习算法，是集成算法的一种。上世纪八十年代Breiman等人发明分类树算法，通过反复二分数据进行分类或回归，计算量大大降低，2001年Breiman把分类树组合成随机森林，即在样本和特征的使用上进行随机化，生成很多分类树，再汇总分类树结果。随机森林在运算量没有显著提高前提下提高了预测精度，随机森林对多元共线性不敏感，结果对缺失数据和非平衡数据比较稳健，可以很好地预测多达几千个解释变量的作用，被誉为当前**算法之一。 随机森林是集成分类算法的一种，随机森林是用随机的方式建立一个森林，森林由很多的决策树组成，且每一棵决策树之间是没有关联的。得到随机森林模型后，当对新的样本进行预测时，随机森林中的每一棵决策树分别进行判断，bagging集成策略比较简单，对于分类问题通常采用简单的投票法，得到最多票数的类别为最终模型输出。对于回归问题通常使用平均法，T个弱分类器得到的回归结果进行算术平均即为最终模型输出。 02.相关基础知识 1. 集成学习概述集成学习集合多个机器学习算法来完成学习任务。即“博采众长”，集成学习可用于分类问题集成、回归问题集成、特征选取集成、异常点检测集成等。从下图可以看出集成学习通过训练集训练出若干个个体学习器，通过一定的结合策略，可以最终形成一个强学习器，达到博采众长的目的。 据此可以看出，集成学习要解决的主要问题有两个，第一如何得到个体学习器；第二如何选择一种结合策略。 2. 集成学习中的个体学习器得到若干个个体学习器，有两种方式。第一种是所有的个体学习器都是同一类的，或者说是同质的，即所有的个体学习器都是同一种机器学习算法，比如都是决策树或者神经网络个体学习器。第二种是所有的个体学习器不全是同一类学习器，如里面包含支持向量机、逻辑回归、朴素贝叶斯等个体学习器，再通过某种策略来确定最终的分类强学习器。目前来看，同质个体学习器应用广泛。一
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Cell Metabolism 综述解析 | 肝星状细胞的可塑性代谢调节能力
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
肝星状细胞（HSCs）是一种非实质肝周细胞，因其是肝损伤的原发性纤维化细胞类型备受关注。HSCs被认为是一种可塑的细胞类型，可以调节肝脏生长、免疫和炎症，以及能量和营养稳态，这些功能依赖于代谢的多样性和能量消耗的严格调控。然而HSCs通过其可塑性调节多种生理和病理反应的机制仍不清楚。HSCs是一个被忽视的决定免疫代谢的因素，在支持肝功能和免疫应答损失中，细胞从静止状态激活或转分化为增殖的、运动的肌成纤维细胞，分泌细胞外基质，需要快速适应以满足更高的能量需求，这些适应包括中心碳代谢的编程、线粒体数量和活性的增强、内质网应激，以及通过储存在细胞质液滴中的视黄酯自噬依赖性水解而释放游离脂肪酸。本文揭示了HSCs的代谢调节如何在健康和疾病中发挥其功能。 背景 星状细胞（以前称为脂肪细胞、脂肪储存细胞、窦周细胞或Ito细胞）来源于隔膜横隔间充质，间充质来源的间皮和间皮细胞从胚胎肝脏表面向内迁移，产生HSCs和其他血管周围间充质细胞。正常的肝脏中，HSCs在核周液滴中储存维生素A作为视黄酯，这些细胞是人体维甲酸储存的主要仓库。 单细胞转录方法在表征HSCs方面有非常广泛的应用。在肝损伤期间，HSCs转分化，或“激活”成增殖的、纤维化的肌成纤维细胞(MFBs)，这些细胞获得一系列共同维持损伤和纤维化的特征（Figure 1），由于肝损伤通过凋亡或逆转为“失活”表型来减少HSC衍生的MFBs数量。这些失活细胞具有独特的表观遗传特征，并且在未来HSCs再损伤时更容易重新激活。 Figure 1. Features of HSC Activation and Resolution 慢性肝损伤可促进HSCs的持续激活，导致细胞外基质（ECM）蛋白的积累，从而破坏肝脏的结构及其功能。HSC的激活是由许多信号触发的，这些信号是细胞损伤的标志，包括浸润免疫细胞产生的促炎细胞因子、肝细胞凋亡小体、内皮细胞介导的生长因子激活和活性氧负担增加。细胞对损伤的反应通过一系列旁分泌和自分泌环增强，包括转化生长因子β1（TGF-β1）和结缔组织生
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技术介绍之中药非靶标代谢组学技术路线及研究意义
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
中药是中华民族的瑰宝，是数千年临床经验的积淀与科学技术的结晶。中药产业是我国医药卫生领域的重要产业，对提高我国广大人民的健康水平做出了重大贡献，在国际上的地位也在不断提高。 代谢组学强调把人或动物作为一个整体去研究，同时在方法学上具有无创伤、动态、接近生理条件等研究特点，与中药治病整体性、动态性原则极为相似。 运用代谢组学研究中药，对认识中药的药效作用、安全性评价、正确用药等方面都有重要的科学意义、社会效益和经济效益。代谢组学在中医证候模型复制、方剂作用机制研究、药物靶点的发现、毒理学等中药现代化研究中的重要性越来越明显，开展中药代谢组学研究是中医药现代化的重要途径。 1.技术路线 2.技术优势 物质鉴定全面：5万+中药理论代谢物数据库 注释信息全面：超90%初级次级代谢物分类；超80%中英文名注释 物质鉴定准确：3000+中药标准数据库 全面的数据分析：网络药理学、中药指纹图谱分析助力您的科学研究 3.技术参数 样本要求 药用植物、动物组织 鲜 样 ≥1 g， 干 样 ≥0.5 g 汤药 冻干粉≥0.5 g，药液≥2 mL 药丸≥1g 检测平台 UHPLC-Thermo Fisher QE HFX 或UHPLC-Thermo Fisher QE focus 4.应用方向 中药鉴别和质量评价； 药用植物资源保护、品种选育及抗逆研究； 中药药效物质基础及药理作用研究； 中药功能活性成分代谢通路及代谢工程研究； 结合中药基因组、转录组学，定位功能基因。 5.个性化分析 网络药理学从系统生物学和生物网络平衡的角度阐释疾病的发生发展过程、从改善或恢复生物网络平衡的整体观角度认识药物与机体的相互作用并指导新药发现。其整体性、系统性的特点与中医药整体观、辩证论治原则一致，目前已被广泛应用于中药研究。 疾病靶点GO富集分析图 疾病靶点KEGG富集分析图 疾病靶点KEGG富集分析图 指纹图谱相似度是用来比较多张图谱的相似程度，具体运用在中药指纹图谱中来对不同产地的中
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免疫缺陷鼠之裸鼠
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
疾病动物模型是研究人类疾病发生发展机制、药物筛选及疗效评价必不可少的工具，好的疾病动物模型可以加快新药的研发速度。你还在为不知道选择什么小鼠模型发愁吗？你还在为造模发愁吗？赛业生物新栏目《每周一鼠》，每周更新，为大家讲解一个疾病小鼠模型的故事，希望对大家了解不同的疾病小鼠模型有所帮助。 今天和大家见面的小鼠有点特别。它们“没有毛发”、没有胸腺、皮肤褶皱，外表略显沧桑——这种小鼠被人们形象地称为裸鼠（nude mice）。实际上它并不是彻底的秃子，只是发量很少。那么好好的小鼠怎么就秃了呢？秃了的小鼠变强了吗？变“强”的小鼠如何成为抗癌战士？接下来，就让我们一起了解裸鼠变秃变“强”的血泪史。 好好的小鼠怎么就秃了呢？ 外观上看，裸鼠似乎是无毛的。但实际上它在出生时就包含正常的毛囊，只是大部分毛干在漏斗部盘绕并且无法穿透表皮，因此就产生了肉眼可见的秃。换句话说就是，裸鼠并不是彻底的秃子，如果人家长出稀疏的毛发也是正常现象。 究竟是什么阻拦了毛干穿透表皮，使裸鼠变秃呢？这是由位于11号染色体上的隐性基因Foxn1（forkhead box N1）突变（这种突变被称为Foxn1nu）导致编码的蛋白提前终止而形成截短的无功能蛋白所致。杂合突变小鼠看上去和野生型小鼠一样，毛茸茸的（图1）。 图1. 纯合和杂合突变小鼠的比较。（a）纯和突变雌性裸鼠（nu/nu）；（b）杂和突变雌性裸鼠（nu/+）（均在7周龄左右）。[1] 秃了的小鼠变强了吗？ 琦玉老师说过：“我变秃了，也变强了！”但对于裸鼠来说，让它变秃的基因突变，反而使它变弱了： 裸鼠：终究是我一只鼠扛下了所有，我变秃了，还变弱了！但是对于你们来说，我变强了，因为我更适合移植肿瘤了。图片来源：赛业生物。 T淋巴细胞免疫缺陷 特定的T淋巴细胞介导的免疫负责破坏受感染的细胞（例如，被病毒感染）或恶性细胞，还负责宿主与移植物的反应（所谓的HVGR），这是移植物（异源或异源）被宿主排斥的主要原因。裸
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单细胞测序在临床肿瘤研究中的进展:鉴定循环抗肿瘤CD8 T细胞及功能
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
肿瘤免疫**是当前癌症研究领域的热点之一，而对肿瘤抗原特异性T细胞的全面分析一直是该领域中一项具有挑战性的工作。本研究中，作者通过单细胞转录组+TCR测序技术对肿瘤小鼠和黑色素瘤患者的血液和肿瘤组织进行分析，利用TCR序列作为“分子条形码”的方法为鉴定循环抗肿瘤 CD8+ T 细胞提供新的思路。 Single-cell analyses identify circulating anti-tumor CD8 T cells and markers for their enrichment 发表时间：2021.3.2（published online） 发表期刊：Journal of Experimental Medicine ; IF=11.743 实验平台：10x Genomics Chromium（5’表达文库+VDJ富集文库）、CITE-seq 样本类型和数量：５只皮下结肠腺癌模型小鼠和4位黑色素瘤患者，血液和肿瘤 DOI: 10.1084/jem.20200920 研究背景 肿瘤免疫**彻底改变了固体和液体肿瘤的**方式。新 CD8+ T 细胞从循环系统转移到肿瘤组织，即“克隆替代”，与免疫疗法更好的反应相关。但是，目前需要改进方法来鉴定针对肿瘤的T细胞，以将分析集中于少数具有预后和功能相关性的循环T细胞。 本研究中，作者使用单细胞转录组测序技术来跟踪血液中与肿瘤相关的T细胞反应。使用TCR作为“分子条形码”，使用成对的肿瘤和血液样本来识别和表征肿瘤匹配(TM)血液CD8+ T细胞，这些细胞与小鼠MC38肿瘤或患者黑色素瘤中的CD8+ T细胞具有相同的TCR序列。对检查点阻断无反应患者的两个纵向样本中，TM细胞转变并出现更强的功能障碍信号。研究者鉴定了富集TM细胞的候选表面标记，并在小鼠中使用CITE-seq验证了三种标记。重要的是，与单一标记相比，这些标记基因的联合在鉴定TM细胞上实现了更好的性能。 研究内容 1、用MC38肿瘤中匹配的CD8+ T细胞的TCR表征血液中的CD8+ T细胞 由于TCR编码抗原特异性，研究者假设TCR序列可用于评估血液中哪些克隆与抗肿瘤反应相关。为了测试这一点，从小鼠配对的血液和MC38肿瘤中分离出的CD8+ T细胞进行了scRNAseq和TCR测序。通过对鉴定到的细胞分析
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Green Button Go™和SPT全自动化整合方案
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
Green Button Go™和SPT全自动化整合方案 近年来，越来越多的人意识到在人力成本日益增高的今天，自动化已经成为一种趋势，它不仅仅将科学家从冗余繁琐的低价值劳动中释放出来；同时，以更高的精确度、可重复性和通量完成手工操作不可能实现的任务。于是各种移液自动化设备孕育而生，新产品和新技术层出不穷。来自SPT Labtech的明星产品mosquito和dragonfly，凭借其小体积的精确度和高度的液体兼容性，在业内独树一帜，被广泛应用于蛋白结晶、药物研发、基因组学和合成生物学领域。 然而，精益求精的科研人员越来越不满足单一的自动化流程，而是瞄准更多目标的自动化联动及其相互之间的整合，甚至以无人值守为最终目标，其中Biosero公司及其整合软件则是其中出色的践行者。 未来自动化整合 Biosero公司是美国著名的提供实验室自动化流程整合解决方案的供应商，总部位于圣地亚哥。其出色的整合软件Green Button Go™, 拥有最广泛的外围设备驱动程序集，为科研和工业客户提供从中小型到大型，从单一到多系统的整合方案。 近期，Biosero和SPT Labtech 紧密合作，整合了mosquito、dragonfly和其他相关自动化设备，实现了新冠病毒检测流程中，从病毒样品准备→RNA获取→cDNA合成→PCR扩增→建库的全自动化和无人值守的完全整合流程。 See our instruments in action in this automated Pre-PCR workcell in partnershipwith Biosero, Inc. 戳下方视频了解更多
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想在组织中有所发现，却还没用空间测序技术？Why not？
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
了解细胞和器官的组织结构，以及这一构成如何影响功能，是生命科学研究的一项重要内容。“单细胞转录组技术”被《Science》评为2018年年度突破技术；“单细胞多组学技术”被《Nature Methods》评为2019年年度技术方法；但是，单细胞数据缺失了空间位置信息，依然是科学研究的遗憾。终于，在刚刚过去的2020年，空间转录组学被《Nature Methods》评选为年度技术，为生物学家们开辟了新的科研角度。 通过单细胞RNA测序（scRNA-seq），研究人员根据从组织中分离出来的细胞的基因表达信息，识别出不同的细胞类型。现在，通过基于空间的转录组检测，科学家可以在保留细胞在组织中分布信息的基础上，获取转录组数据。 正如《Nature Methods》的文章中说到：RNA测序就如同制作一杯冰沙，我们需要把样本研磨成匀浆，最终得到的是组织细胞中平均的mRNA 基因表达情况。而单细胞转录组测序，就像是一盘水果沙拉，我们可以清楚的看到里面的每一个细胞的基因表达情况。而空间转录组技术，就像一个水果馅饼，我们可以看到每一个水果在空间上的位置信息。 10x Genomics的空间转录组技术，是现有最主要的商用空间检测技术，它将引领未来的发展方向。10x Genomics公司于2018年收购了瑞典的patial Transcriptomics公司，从此开始了空间转录组技术之旅。 Spatial Transcriptomics公司的空间转录组技术，结合显微成像技术和RNA测序技术，能够从一片完整的冰冻组织切片中，获取切片上不同位置细胞中的完整转录组数据。最开始，该技术的分辨率为100微米，也就是在一个spot内有几十个细胞。后来10x Genomics将该技术进行了优化，目前一个spot的直径只有55微米，根据细胞类型的不同，一个spot内可能有1-10个细胞。 空间信息对于细胞生物学，发育生物学，神经生物学，肿瘤生物学等领域具有至关重要的作用，因为特定的细胞类型及其特定组织与生物学活性密切相关。因此，诸如人类细胞图谱和BICCN（Brain Initiative Cell Census Network）
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