-
小鼠破骨细胞分化方案升级版
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
破骨细胞是高度分化的多核巨细胞，主要来源于单核/巨噬细胞造血干细胞系，是一种具有骨吸收功能，在骨代谢方面起着关键性作用的细胞，因而机体对于破骨细胞的调控非常严格，在破骨细胞分化成熟的过程中，RANK /RANKL/OPG系统起着分化调控枢纽的作用，是调节破骨细胞分化成熟的关键信号途径。核因子κB 受体活化因子配体（Receptor Activator for Nuclear Factor-κB Ligand ，RANKL）被认为是促进破骨细胞最为分化成熟及其功能活性最重要的因子，M-CSF可诱导RANK在破骨细胞前体的细胞膜上表达，进而使表达RANK的破骨前体细胞和RANKL结合并产生效应，诱导破骨细胞分化。因此在体外诱导破骨细胞分化过程中RANKL和M-CSF两种细胞因子缺一不可。 然而有不少科研工作者在诱导分化破骨细胞（尤其是小鼠破骨细胞）时会遇到诱导不稳定，诱导效率低等问题，PeproTech技术部门通过实验总结以及查阅文献对诱导失败原因进行了分析： ▼ 破骨细胞的诱导是通过破骨前体细胞融合形成多核巨细胞，因此细胞的密度对融合很关键，人的破骨细胞体外分化通常由单核细胞进行分化诱导，由于是分选的细胞，纯度很高，在诱导分化过程中细胞不会增殖，因此细胞密度可控，诱导成功率高；而小鼠的破骨细胞体外诱导分化是选择骨髓细胞来进行诱导，骨髓细胞里面虽然有很多破骨前体细胞，但是在诱导分化过程中其它杂细胞会影响细胞之间的融合，此外在前期扩增过程中，细胞生长速度的差异最终会引起细胞密度的不可控，最终也会影响细胞的融合，导致诱导分化的失败。 为了给客户解决这一问题，PeproTech技术部门通过实验操作验证总结了一个新的小鼠破骨细胞诱导诱导方案，供大家参考！ 1. 小鼠骨髓细胞的获得 1.1 小鼠(6~8周)颈椎脱臼法处死，将处死的小鼠放于含有酒精的小烧杯中浸泡2 min，消毒灭菌，在超净台中手术取出所有的胫骨和股骨，并用剪刀和镊子将骨周围的肌肉组织尽量去除干净； 1.2 将取好的骨头转
-
铝合金中的高浓度和低浓度添加元素检测方案
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
如何准确测定铝合金中的高浓度和低浓度添加元素？ 金属铝（Al）以其独有的特性广泛应用于众多各领域。将Al与硅（Si）、铁（Fe）、铜（Cu）和锌（Zn）等元素结合制成铝合金，通常非铝添加元素占总合金重量的15％。与纯铝相比，铝合金的物理特性得到明显增强，如具有更好的强度，更优异的导电性和焊接性等；也可添加不同的量的其它元素，得到具有特殊性质的铝合金。 铝的大多数工业应用为铝合金，鉴于铝合金应用广泛和组分多样，伦敦金属交易所（LME）列出了四种铝合金组成规格，主要用于欧洲、亚洲和北美。在所列规格中，主要添加组分是Si、Cu、Zn和Fe，占组成重量的百分比通常大于1％。因此，必须以比其它元素更高的精度来测定这四种元素。 珀金埃尔默Avio® 系列 ICP-OES是进行铝合金检测实验室的理想选择，可根据伦敦金属交易所的高水平和低水平铝合金规格要求测量铝合金中的添加元素。使用电荷耦合检测器（CCD），可同时提供背景和分析物测量；对于铝合金中的主要成分（高浓度添加元素）通过使用较长读取时间和线性插入法校准，可以获得±2%以内的准确度；对于次要成分（低浓度添加元素）通过使用较短的读取时间和线性法校准，可以获得±5%以内的准确度。 本文使用Avio 200 ICP-OES测定LME规格要求的铝合金中的添加组分。 欲详细了解Avio 200 ICP-OES是如何根据LME规格要求在测定金属铝锭中的杂质元素中体现其优越性，扫描下方二维码即刻获取《按照伦敦金属交易所指南使用Avio 200 ICP-OES分析铝合金中的添加元素》和《Avio 200 电感耦合等离子体发射光谱仪》产品手册。
-
快速高内涵荧光成像系统如何加快**性抗体药物研发
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
抗体药物在免疫、肿瘤**等多种应用中发挥越来越重要的作用，研究机构预测到2025年抗体药物市场规模将达到3000亿美元[1]，下图中红色代表2018年使用量最多的10种抗体药物。 图1 时间轴显示从1975年开始研发成功的**性抗体及应用 虽然抗体药物市场巨大，但是每年通过FDA审核并成功上市的**性抗体依然非常少，从下图可以看出，上市药物少的很大原因是**性抗体药物研发存在流程复杂、体外和体内药效验证困难等原因。 图2 **性抗体药物临床前研究路线 下图可以看出传统药物筛选流程中没有影像学方法，整个研发数据单一，必须拿到上一步的结果方可进行下一步的研究。而影像学方法可以进行高通量筛选，允许同时评估多个抗体分子的效力和毒性，最关键一点是影像学方法在药物筛选早期就可以拿到药物有无毒性作用，可以预测药物在人体的毒副作用，为更好的进行临床研究提供数据支持[2]。 图3 药物序列筛选和并行筛选 Leica THUNDER 3D极速高内涵活细胞培养成像系统是Leica全新研发的宽场快速高分辨荧光成像系统，拥有成像速度快、分辨率高、应用范围广、光毒性低和Navigator高通量采集与自动化处理数据等优点。 优势一 成像速度快 适合高通量快速筛选，视频中使用THUNDER拍摄96孔板，每孔三色荧光成像加10层 Z stack，最终3.5分钟即可全部采集完成。 视频1 THUNDER快速多通道荧光数据采集 视频2 THUNDER自定义采集参数和随机性设置 高速多通道采集只是获取数据的第一步，自动化分析数据才能高效的获取结果。THUNDER可在Navigator流程中添加自动分析步骤，让数据采集完成自动进入分析流程，最终将结果直接呈现出来， 图4 Navigator高通量采集后自动进入分析模块 优势二 高分辨率 传统宽场成像虽然可以快速采集数据，但是由于固有的光学结构无法有效滤除非焦信号造成的信号模糊、信噪比差，而点扫描共聚焦又受限于成像速度慢无法满足高通量筛选的需求。THUNDER快速高分辨荧光成像系统，基于宽场成像一次拍
-
深蓝云qPCR知识小课堂-SYBR Green染料法
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
TaqMan探针法因其良好的特异性以及可多重检测而受到实验人员的青睐，其实除了探针法外，还有很多好的实验方法也被实验人员广泛认可，这次就介绍一下另一个应用广泛的方法：SYBR Green染料法，它又是因为哪些优点获得实验人员的青睐呢？ 染料法原理 染料法一般使用的是SYBR Green I染料，这是一种可以与双链DNA小沟结合的荧光染料，其不会与单链DNA结合，且在游离状态下几乎无荧光，只有与双链DNA结合才会发出荧光，因此将PCR扩增产生的双链DNA数量与荧光强度直接关联，产生实时监测的效果。 SYBR Green染料法优点 ☑ 通用性好，适合进行大多数类型的定量反应，可以进行熔解曲线的分析。 ☑ 无需设计探针，引物设计相对简单，不用考虑基团选择，易于上手；成本低，无需合成探针。 ☑ 无需PCR后处理，减少分析工作量并节省材料成本。 SYBR Green染料法缺点 SYBR Green染料法也有其缺点，SYBR Green染料法一个反应只能检测一个基因，无法进行二重甚至多重的实验。同样的相对于TaqMan探针法其特异性较差，当引物存在二聚体或者非特异性扩增时，染料同样可以结合并发出荧光，影响定量结果。因此对于SYBR Green染料法而言，设计一套好用的引物是重中之重。 深蓝云生物为您提供Gene-π网站在线设计引物，可为您快速设计引物并进行评估，复制链接可进行查询：https://www.gene-pi.com/item/primers-and-probes-2/ 设计好引物后，我们该怎么进行实验呢？ 1.实验条件的优化 我们需要对设计的引物扩增效果进行分析，使用阳性模板进行扩增，确定扩增产物为单一条带，且大小符合设计预期，如有条件可以对扩增产物进行测序，保证准确性。当引物无问题后，进行反应条件的探索，对退火温度进行温度梯度检测，找到合适的退火温度，即PCR扩增效果**，阴性模板无扩增，条带单一，熔解曲线单峰等。 2.预实验 设计好引物并探索好实验条件后，对样本进行一次预实验，预实验将样本进行梯度稀释用以制作标准曲线，分析内
-
速率区带离心法 |你的分离纯化方法选对了吗？
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
密度梯度离心（isodensity centrifugation method）又称为区带离心。 该方法的优点是可以同时使样品中几种或全部组分分离，具有良好的分辨率，分离效果好，可一次获得较纯组分。 缺点是离心时间较长，需制备梯度液，操作要求高。 按照离心分离原理，密度梯度离心又可分为速率区带离心法（rate zonal centrifugation method，R-Z）和等密度离心法 (isopycnic centrifugation method)。 速率区带离心也可称为等区密度离心，是根据样品中不同组分粒子所具有的不同的体积大小和不同的沉降系数将混合样品进行离心分离提纯。 离心时将需要分离的样品溶液置于由密度梯度材料（如蔗糖、氯化铯 (CsCI)、溴化钠等）形成的梯度液柱上面，样品粒子的密度必须大于梯度液柱中任一点的密度，否则无法得到理想的区带离心效果。离心时，混合样品中不同的组分将在梯度液柱的不同位置分别形成各自的区带，选择适合的转速和时间进行离心，当各组分区带距离拉得远时，结束离心，然后将区带取出。这样只需通过一次离心就可以把混合样品中的各组分分离提纯，其纯度和回收率均可满足要求。 优点是一次分离纯化，组分的沉降系数相差 20% 以上的即可选用此法，分辨力高，操作熟练可以将组分沉降系数相差 5%～10% 的样品很好的分离。 缺点是材料的条件限制，样品液浓度不能太高，否则操作条件很难控制，同时此法与差速离心法相比，处理样品的量要小的多。 图 1 速率区带离心 速率区带离心的时间必须严格控制，不能太短，否则样品区带不清，时间也不能太长，否则待分离组分可能沉底。需要分离的样品颗粒的沉降速度取决于颗粒形状、大小、密度及离心力等因素。离心前后样品的状态如图 1 所示。 速率区带离心经典的应用就是通过蔗糖密度梯度离心，进行各种亚细胞器（核糖体、线粒体、Exosome 等）和病毒颗粒（病毒载体、疫苗等）的纯化。例如，我们在上一期中得到的 70S 核糖体沉淀，经过水解后，可利用蔗糖密度梯度离心，进一步分离纯化
-
实验室中识破各种污染拯救细胞的方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
小伙伴们遇到过这种情况吗？ 当您的课题进行到白热化程度时 却发现细胞被污染了 此时大家的心情可谓五味杂陈 形容一下就是 问君能有几多愁，眼泪恰似一江春水向东流 不过，别担心 逍鹏生物炼就火眼金睛 帮助大家识破各种污染，拯救您的细胞 我们先来看看污染的真面目，总结下来无非以下几种类型： 我们一起来分析它们的特征： 1真菌-深藏不露 真菌之所以深藏不露，是因为它们一般不会导致培养基变浑浊，所以在污染早期，很难发现它们的踪迹。直到长到一定规模后在镜下可观察到分叉细丝状的菌丝（有些呈管状，树枝状，串珠状的菌丝）（如图1，图2）。这类污染中，为首的污染代表是酵母菌：显微镜下常见成串的珠状物，形态呈卵形，大约比细胞小5~10倍，当其进行出芽生殖时，会聚集成连体结构；爆发污染严重时，会造成培养基pH值改变，不易除去。 图1. 真菌污染 图2. 真菌污染 逍鹏生物可提供以下解决方案： 表1.产品列表 产品名称-中文名称 货号 作用种类 两性霉素B，250mg/ml 03-028-1B 真菌，酵母菌和霉菌 两性霉素B，2500mg/ml 03-029-1B 制真霉素，10000units/ml 03-030-1C 真菌，酵母菌和霉菌 青链双抗（青霉素-链霉素） 03-031-1B 对革兰氏阳性菌G+，革兰氏阴毒性G- 青链双抗（青霉素-链霉素）10X浓缩 03-031-5B 青链霉素，制真菌素三抗 03-032-1B 真菌、酵母菌和霉菌、G+、G- 青链霉素，两性霉素B三抗 03-033-1B 真菌、酵母菌和霉菌、G+、G- 青链霉素，新霉素三抗 03-034-1B
-
恶心呕吐拉肚子的元凶-诺如病毒(Norovirus)
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
10月25日，黑龙江哈尔滨巴彦县有关部门发布通报称，10月24日晚至25日14时，巴彦县高级中学先后有16名学生出现轻度呕吐、腹泻症状，学校组织学生到巴彦县人民医院就诊，经**病情好转。经哈尔滨市疾控中心检测，检测结果为诺如病毒（Norovirus）感染。 （一）病毒结构 诺如病毒（Norovirus，NoV）属杯状病毒科，诺如病毒属，是一种单股正链RNA病毒，无囊膜，直径约27-32nm。基因组全长约7.5kb，其基因组编码3个开放阅读框（open reading frame，ORFs），从5’端到3’端依次为ORF1、ORF2和ORF3。其中，ORF1为长约5kb的非结构蛋白，编码一个约200kDa的多聚蛋白，被病毒编码的蛋白酶切割后产生6个小蛋白，从N端到C端依次是：N末端蛋白、NTPase（核苷磷酸酶）、p22（3A样蛋白）、VPg（与病毒基因组共价结合）、Pro（3C样蛋白酶）、Pol（RNA依赖的RNA聚合酶，RdRp）。ORF2和ORF3分别编码主要结构蛋白（VP1）和次要结构蛋白（VP2）。病毒衣壳由180个VP1（大小约57kDa）和几个VP2（22kDa）分子构成，180个衣壳蛋白首先构成90个二聚体，然后形成二十面体对称的病毒粒子。VP1蛋白目前已被证明是NoV的主要免疫原性蛋白。 根据蛋白在衣壳中的位置，每个衣壳蛋白可分为两个主要区域，分别为壳区（Shell domain，S区）和突出区（Protruding domain，P区），二者之间是由8个氨基酸组成的较链区（Hinge）连接。S区由衣壳蛋白的前225个氨基酸组成，形成病毒内壳，围绕病毒RNA。P区由剩余的氨基酸组成，进一步分为两个亚区P1区（226~278、406~520aa）和P2区（279~405aa），P区通过二聚体相互作用增加衣壳稳定性并形成电镜下可见的病毒粒子突出端。P2区高度变异，包含潜在的抗原中和位点和受体组织血型抗原识别位点，ORF2和ORF3则编码结构蛋白，ORF2长约1.8kb，编码的主要结构蛋白VP1，VP1蛋白分子由180个二聚体亚基构成，一个VP1单体包括2个通过铰链连接的区，即内部的核心区S和向外突出的P区，P区分为P1和P2，P2构成衣壳蛋白的
-
CloneSelect 单细胞分离系统 OR 传统单细胞克隆方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
CloneSelect 单细胞分离系统 OR 传统单细胞克隆方法? 随着监管机构对细胞株开发的要求愈加严格，研究人员被要求开展单细胞克隆并提供细胞株源于单个细胞的证据（ 即单克隆性的证据 ）。 有限稀释是一个普遍接受的建立单克隆性的方法，它基于统计概率因此只有很少一部分（ 10-30% ）的微孔能被接种单个细胞。流式细胞分选是另一种传统的克隆方法，它可以高效地接种单个细胞至微孔内，但是液体剪切力会对被分选细胞的活率造成不可忽视的影响1-2 。此外，仪器维护和培训产生的高昂成本对一些资源有限的用户造成障碍。因此，急需高性价比的细胞株开发流程和高效的克隆方法。 CloneSelect™ Single-Cell Printer™ f.sight™ （ f.sight ）被开发用于满足这些需求， 它可以柔和地接种单个细胞至微孔，同时记录整个细胞接种过程，提供单克隆性的图像证据以及优异的接种后细胞生长用于细胞株开发。 查看更多 在这个研究中，我们开展了六组实验，用无血清培养基和补充成分克隆两种 CHO 细胞，比较了 f.sight 和另外两种克隆方法（ 有限稀释和流式分选 ）的表现。
-
基于报告基因生物学活性探索方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
基于报告基因生物学活性探索方法 近年来，随着生物药物的快速发展，报告基因法逐渐应用于生物药的生物学活性检测之中。通常是在充分理解药物分子药理机制的基础上，构建相应的细胞模型，通过激活待测药物参与的信号通路产生生物效应，从而反映药物的生物学活性。 报告基因法是通过分子生物手段将报告基因整合入待测的生物系统中，继而通过检测报告基因产生的信号，研究特定生物学过程的方法。在实际操作中通常是将报告基因与目的基因或调控序列连接，如将报告基因置于特定启动子调控序列之后，研究某种条件下启动子的调控或特定基因调控下目的蛋白的表达。作为报告基因，其序列和功能通常已知且其表达产物易于被检测。目前已鉴定并商品化的报告基因有氯霉素转乙酰酶( CAT)、 β-半乳糖苷酶( β-gal)、β-葡萄糖苷酸酶( p-GUS) 、分泌型碱性磷酸酶( SEAP)、荧光素酶(LUC)、绿色荧光蛋白( GFP)等。 药品有效性必须是疗效确切，且含有特定的有效活性成分及一定的浓度含量。在药物研发的过程中，为了评价药物的有效性和临床应用价值，生物学活性的测定是重要的手段之一。现阶段的生物学活性分析方法主要是在体外检测，大多以细胞为基础进行研究。近年来，随着生物药物的快速发展，报告基因法逐渐应用于生物药的生物学活性检测之中。通常是在充分理
-
神经退行性疾病致病基因之SNCA
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
基因是很多人类疾病的内在因素，对疾病相关基因的研究是生命医学研究领域的主流，如何快速了解研究疾病相关的基因以及这些基因的概况？一篇篇去读文献搜集筛选实在耗时耗力，赛业生物专栏《Gene of the Week》每周为您介绍一个基因，让您每周快速了解一个基因，期待您的持续关注哦。今天我们要讲的主角是SNCA基因。 基因基本信息 备注：标有√的意为赛业红鼠库有该种保存状态的小鼠 SNCA基因研究概况 该基因编码的α触核蛋白，该家族还包括β-和γ-synuclein。α-synuclein在脑组织中大量表达，该蛋白能选择性地抑制磷脂酶D2，并能与钙离子通道结合。α-synuclein还用于整合突触前信号和膜转运，具体功能为调节突触囊泡运输和控制囊泡中神经递质的释放。然而α-synuclein也会因为自身或是脑部环境的异常聚集形成斑块（路易小体），影响神经元和脑组织的正常功能。该基因的缺陷与帕金森病的发病机制有着密切的关系。而在阿尔茨海默病中也可能会存在该蛋白的过度积累。 图1. α-Synuclein的致病假说。聚集的α突触核蛋白可能形成通道，改变细胞膜的通透性；另一方面可能进入线粒体或内质网，影响其正常功能；对细胞内容物的降解途径，如溶酶体和自噬小体的形成也会产生不利的影响。 doi: 10.3389/fnins.2016.00408. 图2. 常用的SNCA动物模型，其中6种为小鼠模型，1种为大鼠模型；5种为转基因模型，2种为KO或CKO模型；转基因模型中有一种是在敲除了小鼠原有Snca基因的基础上得到的。 SNCA基因在人体组织的表达 图3. 人和小鼠SNCA基因mRNA相对表达量。在脑组织中该基因的表达明显干预其他组织，在小鼠中表达表达丰度第二的脾脏仅为脑表达的1/4；而人类中表达量第二的卵巢仅为脑表达的1/14，其余器官组织中表达水平较低（同物种内部比较，小鼠和人之间无可比性）。数据来源:NCBI。 推荐文献： 1. Deng H, Yuan L. Genetic variants and animal models in SNCA and Parkinson disease. Ageing Res Rev.
-
地球地质科学技术解决方案
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
地球地质科学技术解决方案，包括Specim高光谱成像技术、XRF Scanner 样芯密度扫描与元素分析技术、LIBS元素分布成像技术、GeoDrone®无人机遥感技术等。 高光谱成像分析技术： 可对样品进行快速无损检测，即时呈现物质差异的二维成像分布信息，作为前沿的分析技术，在检测领域发展迅猛，已获得广泛应用，具有无限前景。 XRF Scanner 样芯密度扫描与元素分析技术： 系统采用XRF和高分辨率数字光学成像技术，非破坏性测量，获得岩石样芯高分辨率的数码图像，然后利用系统软件对所得图像和元素信息进行分析。 Lightigo LIBS元素分布成像技术： 用于古环境重建，矿物相比例，岩石土壤C、N分析，几秒可同时测得元素周期表上所有元素的信息，可对元素分布进行定性定量成像测量，无须样品预处理，测量准无损伤。 GeoDrone®无人机遥感技术 利用无人机作为飞行平台搭载高光谱传感器，结合后期图像处理技术及数据分析技术，可快速获得海量地质信息，成为地勘人快速采集信息的高效平台。 易科泰提供更多研究方案及应用 1. 高光谱成像技术在地矿勘查研究中的应用 2. 利用机载高光谱成像检测沥青路面的抗滑性 3. 易科泰地质地球科学国际先进技术推介 4. 易科泰样芯（芯体）扫描分析技术 5. 样芯分析技术应用案例—高光谱成像与XRF元素分析技术应用于湖底沉积样芯分析 6. 样芯分析技术应用案例—LIBS、XRF、高光谱成像应用于岩矿样芯分析 7. 应用LIBS技术对砂岩型铀矿进行元素Mapping和伴生分析
-
使用生成对抗模型创建基于田间的玉米穗数据方法TasselGAN简介
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
Plant Phenomics | TasselGAN：一种使用生成对抗模型创建基于田间的玉米穗数据的方法 基于田间的植物表型分析是在植物的整个生长周期和自然生长环境中研究所需植物性状的过程。对所需性状的观察会使用多种传感器（如相机等）来进行，并且需要处理的数据量可能会非常大。多种成像技术和机器学习算法的出现，已使基于图像的高通量表型分析算法得以发展。然而，不受控的环境变量给此类方法带来了巨大的挑战。 根据国际植物表型组织进行的植物表型调查，结果显示对田间高通量表型系统的需求有所增加，且对这类系统感兴趣的主要是那些关于小麦和玉米的研究。玉米作为一种高产作物，为了研究如何提高产量及产量相关性状，人们已进行了大量的表型鉴定。穗（玉米的雄花）结构是玉米植株的重要特征之一，在授粉过程中发挥着重要的作用。但是，可用于高通量机器学习表型分析的数据集仍存在局限性，不是基于实验室环境就是缺少细节化的玉米穗信息。由于机器学习算法的优良性能依赖于一个全面的训练数据集，因此上述的数据集局限性是一个值得思考的问题。 为了解决训练数据有限的问题，一些数据增强技术和其他方法（如弱监督和基于主动学习的算法）已得到了使用。对于增加图像数据，目前常用的方法是采用传统数据增强技术（如几何变换、改变颜色和亮度等），然而这些方法可能只能够使得训练数据样本产生很有限的变化。另外，使用生成式模型学习训练数据的分布，能够创建与训练数据相似却又前所未见的新样本。 2020年8月，印度理工学院计算机与电子工程学院的 Snehal Shete 等在Plant Phenomics发表了题为TasselGAN: An Application of the Generative Adversarial Model for Creating Field-Based Maize Tassel Data的研究论文。该文章中，论文作者对生成式方法尤其是生成式对抗网络(GAN)模型(Figure 1)的演变和评价进行了研究，指出生成式网络目前已被用在许多高级的主动学习方法中。 目前，已有一些研究使用了
-
表观遗传之组蛋白修饰—组蛋白乙酰化
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
大家好，我又来啦~~今天给大家放送的是表观遗传之组蛋白修饰相关的内容噢，组蛋白修饰也是一个比较复杂的过程，今天呢，我们就给大家讲讲组蛋白乙酰化及相关的产品。 一 组蛋白修饰 真核生物染色质的基本结构单位是核小体，它由约 146 bp DNA 缠绕组蛋白八聚体组成，其中组蛋白八聚体包含 2 (H2A-H2B)二聚体和 1 个 (H3-H4)2四聚体。相邻的核小体之间由连接 DNA (linker DNA) 及 连 接 组 蛋 白 H1 相 连 。 组 蛋 白 H2A/H2B/H3/H4 属于核心组蛋白，它们均具有典 型的球状组蛋白折叠结构域(histone fold)，组成了 核小体的核心部分。而它们 N 端和 C 端的柔性带电的尾巴则从核心区域伸出来，能够被各种修饰酶共价修饰。组蛋白翻译后修饰(post-translational modifications， PTMs) 主要包括乙酰化 （赖氨酸上）、 甲基化 （赖氨酸和精氨酸上）、磷酸化（丝氨酸上）、泛素化、SUMO 化和 ADP 核糖基化修饰等。组蛋白可以在翻译后对其进行修饰，以改变组蛋白与DNA和核蛋白的相互作用，导致表观遗传变化，从而调节了许多正常的和与疾病相关的过程。今天我们给大家说说组蛋白乙酰化。 二 组蛋白乙酰化修饰 蛋白乙酰化：在乙酰基转移酶的作用下，在蛋白质赖氨酸残基上添加乙酰基的过程。 组蛋白乙酰化：是一种翻译后修饰，多发生在核心组蛋白N一端碱性氨基酸集中区的特定赖氨酸残基，将乙酰辅酶A的乙酰基转移到赖氨酸的sNH3+中和掉1个正电荷。由组蛋白乙酰转移酶（HATs）和组蛋白去乙酰基转移酶(histone deacetylase，HDACs)共同决定。 HDAC四个主要类别：I类，II类，III类和IV类。这些分类基于它们与酵母蛋白质的同源性。 I类：HDAC1，HDAC2，HDAC3和HDAC8 II类：HDAC4，HDAC5，HDAC6，HDAC7，HDAC9和HDAC10 III类：包括SIRT1至SIRT7在内的7个sirtuin。 IV类：仅包含HDAC11。 重要性：通过研究组蛋白乙酰化和组蛋白脱乙酰化，研究人员可以对“组蛋白密码”有更多的了
-
偶联染料使用的成与败
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
在多色流式中常常会使用到偶联染料。然而由于偶联染料的特殊性，在使用上也有特殊要求，今天我们就来聊聊怎么用好偶联染料。 什么是偶联染料？ 偶联染料由两个共价连接的荧光分子组成。这些分子之一是蛋白质（即PE，APC）或合成染料（即BV421™），其特征在于消光系数（吸收能量的能力）大的一方可作为供体，而第二个分子是作为受体的小型合成染料（即Cyanine5，Cyanine7）。 图1 常见的偶联染料分类和特性 我们为什么要使用偶联染料？ 众所周知，一个样本可以同时使用的荧光素的数量受到流式细胞仪上激光器和检测器数量的限制（表1）。当前市场上最先进的细胞仪仪器有5种激光器，包括紫外线（355 nm），紫色（405 nm），蓝色（488 nm），绿色（532 nm）或黄绿色（561 nm）和红色（633 nm） ，并有可能在每个激光器上集成8个甚至更多参数。但是，目前还没有足够的光谱不同的荧光素来填充此配置。如果没有偶联荧光素，则每个激光器仅适合分开激发少量荧光素，从而严重限制了可检测参数的总额。 表1. 不同激光器、检测器和仪器下可用的多色流式panel示例（非最新配置信息）。 进一步扩大每个激光探测器的数量，使得多色流式panel可以增加到21种颜色/ 23个参数（表1）。也正是因为偶联染料具有激发供体受体发射的这种特性，才使得扩大多色流式panel可以实现。因此，尽管供体染料和其tandem被相同的激光激发，但是通过使用不同的检测器读出它们的发射光，它们可以在同一panel中使用。举例来说，图1展示了BV421™及其偶联荧光素的激发和发射光谱。 假使想更进一步扩展多色流式panel，可以使用光谱细胞仪来实现。该仪器目前最新的参数是可配置五个激光器，64个荧光检测通道。以Cytek® Aurora为例，Cytek成功开发了一个40色的免疫分型方案，仅从一根试管中进行细胞获取，便可获得具有出色分辨率的实验结果。光谱检测系统没有利用传统的补偿计算方法，而是允许同时使用具有显着重叠发射光谱的荧光团
-
CHAPIR通过m6A甲基化调控心脏肥大的分子机制
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
慢性心肌肥大及其相关的心肌重塑是发展心脏功能障碍的主要因素，从而导致严重的心力衰竭和死亡。RNA m6A甲基化/去甲基化机制与心脏的生理和病理过程密切相关，然而m6A修饰参与心脏肥大的分子机制尚不清楚。非编码RNA（ncRNA），尤其是ncRNA的心脏特异性表达，在生理和病理性心脏肥大中均具有独特的调节功能。在心脏肥大过程中，某种非编码RNA大量表达，且这种ncRNA可以和PIWI蛋白相互作用，称为piRNA，但它们在心肌肥大中的功能和分子机理仍然未知。 近期，青岛大学转化医学研究院王昆教授团队在Nature Cell Biology 上发表了题为“The piRNA CHAPIR regulates cardiac hypertrophy by controlling METTL3-dependent N6-methyladenosine methylation of Parp10 mRNA”的文章，揭示了piRNA介导的RNA表观遗传机制参与了心脏肥大的调节，靶向CHAPIR–METTL3–PARP10–NFATC4信号转导轴可**病理性肥大和适应不良的心脏重塑。 为了系统地研究piRNA的潜在作用并鉴定在心脏肥大中起作用的特定piRNA，研究人员对成年小鼠进行横断主动脉缩窄（TAC）手术，4周后检测左心室样本中piRNA的整体表达情况。研究结果显示表达水平显著变化的piRNAs中有三种和心肌肥大相关，于是研究人员就测试了这三种piRNA在不同组织中的表达水平，发现与其他器官相比，DQ726659在心脏中大量表达，因此，研究人员推测DQ726659在心肌肥大中具有潜在的调节作用，并将这种未表征的piRNA称为与心肌肥大相关的piRNA（CHAPIR）。 图1. CHAPIR在心脏中大量表达 接下来，研究人员通过CHAPIR基因敲除小鼠（赛业生物构建）评估了CHAPIR与病理性心肌肥大的功能相关性。结果表明，CHAPIR缺失会阻止病理性心脏肥大的发展，而CHAPIR模拟物的给药可增强压力超负荷引起的心脏肥大小鼠的病理性肥大反应。为了探索CHAPIR是否调节心肌细胞的肥大，研究人员使用了由血管紧张素II（Ang II）诱导肥大的体外模型，结果表明CHAPIR在调节心脏肥大中起着重要作用。
咨询热线
18133906270
德尔塔官方微信