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Novus细胞器抗体大全
作者:德尔塔 日期:2022-04-12
每种细胞在质膜表面都有一系列独特的糖蛋白,这些糖蛋白镶嵌在细胞膜中,在细胞之间交流中发挥重要作用。Novus提供一系列细胞器标记物抗体,方便广大科研用户。 (1)核仁标记物 Catalog # Antibody Name Tested Applications Species Reactivity NBP2-16492 Fibrillarin Antibody WB, ICC Hu, Ms NB300-269 Fibrillarin Antibody WB, FLOW, ICC, IHC Hu, Ms, Rt + NBP1-92192 NOL1 Antibody WB, ICC, IHC Hu, Ms, Rt NBP1-81680 NOP58 Antibody WB, ICC, IHC Hu (2)细胞核标记物 Catalog # Antibody Name Tested Applications Species Reactivity NB100-1762 LSD1 Antibody WB, ChIP, ELISA, IHC Hu, Ms + NB500-171 Fibrillarin Antibody WB, ICC/IF, IHC Hu, Ms, Rt + (3)核糖体标记物 Catalog # Antibody Name Tested Applications Species Reactivity NBP1-33691 RPS3 Antibody WB, ICC, IHC Hu NBP2-20217 RPL7A Antibody WB, ICC, IHC Rt + NB110-57469 RSK1 Antibody WB, FLOW, ICC, IHC,IP Hu, Ms, Rt (4)液泡标记物 Catalog # Antibody Name Tested Applications Species Reactivity NB100-615 Caveolin 1 Antibody WB, FLOW, ICC, IHC, IP Hu, Ms, Rt + NB300-613 Clathrin Heavy Antibody WB, FLOW, ICC, IHC,IP Hu, Ms, Rt + NBP1-05048 RAB7A Antibody WB, ICC Hu, Ms, Rt + NBP1-30914 EEA1 Antibody WB, DB, ICC, IHC Hu, Ms, Rt (5)内质网标记物 Catalog # Antibody Name Tested Applications Species Reactivity NBP1-89357 BCAP31 Antibody WB,
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浅谈实验中BSA的选择
作者:德尔塔 日期:2022-04-12
牛血清白蛋白(BSA)是牛血清中的一种球蛋白,包含607个氨基酸残基,分子量为66.446KDa,等电点为4.7。牛血清白蛋白在生化实验中有广泛的应用。按照等级从低到高分为:牛血清白蛋白,牛血清白蛋白第五组分,牛血清白蛋白(无必须脂肪酸),牛血清白蛋白(无蛋白酶),牛血清白蛋白(细胞培养级),金标级牛血清白蛋白,交联牛血清白蛋白。客户需根据实际情况,选择合适级别的牛血清白蛋白,下面对各等级的BSA进行简要说明。 一、等级最低的BSA 主要成分是BSA的产品都可以成为牛血清白蛋白,一般是工业生产使用。 二、牛血清白蛋白第五组分,英文简写BSAV 这个是生物技术级的产品,适用范围最广,有些厂商的BSAV脂肪酸和内毒素很低,可以直接用于细胞培养,纯度高甚至可以用于任何相关实验。比如ELISA,WB实验。 三、牛血清白蛋白(无必须脂肪酸) 脂肪酸含量低,脂肪酸含量≤0.002%(W/W),或在1% BSA溶液中脂肪酸浓度<5umol/l,可用于测定培养的组织细胞释放的游离脂肪酸浓度等。 四、牛血清白蛋白(无蛋白酶) 或称为无Protease牛血清白蛋白,产品不含DNAase酶,蛋白酶以及IgG,可以用于放射免疫,酶联免疫以及作为稀释剂或封闭剂等。 五、牛血清白蛋白(细胞培养级) 纯度98%即可,但是要求脂肪酸含量和内毒素含量极低,用于细胞培养基细胞培养相关的实验。 六、金标级牛血清白蛋白 高纯度,纯度99%以上,用于制作金标抗体等。 七、交联牛血清白蛋白 冷冻干燥粉末,含单体(66000),二聚体(132000),三聚体(198000),四聚体(264000)等。用于测定位置蛋白质的分子量,可用于生化教学实验,用于摸索电泳条件,检定电泳结果等。 阅读原文:
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循环肿瘤细胞的分选
作者:德尔塔 日期:2022-04-12
循环肿瘤细胞(CTC):根据肿瘤细胞转移的途径,在血液或淋巴管中循环的游离肿瘤细胞被定义为循环肿瘤细胞,被认为是癌症转移的一个重要因素。 CTC的应用: 体外早期诊断化疗药物的快速评估个体化**,包括临床筛药、耐药性检测评估预后及存活时间肿瘤复发的监测肿瘤新药物的开发 CTC检测 : 鉴于CTC的含量非常少,一般在10 ml血液中只有几十个,晚期患者的CTC数量会增加,而10 ml血液则含有大约1亿个白细胞和500亿个红细胞。因此,**首先对临床血样中的CTC进行富集,然后进行生物学、遗传学等检测和分析。免疫磁珠分选法是目前最常用的CTC富集方法 CD326(EpCAM,HEA,ESA): CD326,也称为EpCAM(上皮细胞粘附分子)、HEA(人上皮抗原)或ESA(上皮特异性抗原),见于大多数癌组织中。 CD326表达于上皮来源的细胞、上皮来源的肿瘤细胞、循环肿瘤细胞和肿瘤干细胞中。 注意:大多数但不是所有的癌细胞表达高水平EpCAM MACS®技术分选人肿瘤细胞 阅读原文:
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肿瘤干细胞介绍
作者:德尔塔 日期:2022-04-12
肿瘤干细胞是肿瘤中一小群具有自我更新能力,并能产生异质性肿瘤细胞的细胞。 肿瘤干细胞假说最先是由Mackillop于1983年提出,他认为在所有的肿瘤中都可能存在着一小部分细胞具有类似干细胞的特殊功能。 1997年,Bonnet第一次在急性髓性白血病(AML)中分离出了一类细胞表面抗原标记是CD34+CD38-的细胞:数量约占AML总细胞数量的0.2%;将这部分细胞移植至非肥胖型糖尿病/重症联合免疫缺陷小鼠(NOD/SCID)后,会引起AML的发生;将其他的AML细胞以更大的数量移植入NOD/SCID小鼠体内,却不能引起AML的发生。 功能: 肿瘤的存活和增殖:肿瘤干细胞通过自我更新和无限增殖维持着肿瘤细胞群的生命力; 肿瘤转移:肿瘤干细胞的运动和迁徙能力又使肿瘤细胞的转移成为可能; 肿瘤复发:肿瘤干细胞可以长时间处于休眠状态,并具有多种耐药分子,而对杀伤肿瘤细胞的外界理化因素不敏感,因此肿瘤往往在常规肿瘤**方法消灭大部分普通肿瘤细胞后一段时间复发; 由于肿瘤干细胞特异的细胞表面标志很少,在不同的肿瘤组织中肿瘤干细胞的表面抗原标志也各不相同,目前对于肿瘤干细胞的研究有一定困难 常规方法是首先筛选出可能的肿瘤干细胞表面标志,然后通过细胞分选的方法分选出具有该标记的细胞,再进一步进行干细胞活性检测、细胞移植、克隆形成、细胞增殖以及细胞分化等肿瘤干细胞功能分析 肿瘤干细胞——表面Marker 肿瘤类型 表面marker Acute Myeloid Leukemia(AML)急性髓系白血病 CD34+/CD38- Breast Cancer 乳腺癌 ESA+/CD44+/CD24-/Lineage- Ovarian Cancer 卵巢癌 CD133+CD44+/CD117+ Glioblastoma 成胶质细胞瘤 CD133+CD15+ Medulloblastoma 成神经管细胞瘤 CD133+CD15+ Small cell and non-small cell lung cancer 肺癌 CD133+ Hepatocellular carcinoma 肝细胞癌 CD45-/CD90+ Prostate cancer 前列腺癌 CD44+/A2B1 hi/CD133+ Colon cancer 结肠癌 CD133+C
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常规组织样本核酸(DNA/RNA)提取纯化
作者:德尔塔 日期:2022-04-12
QIAamp DNA Kits —— 纯化基因组 DNA、线粒体 DNA、细菌、寄生虫或病毒 DNA 20 分钟内快速纯化高品质,高产量,即用型 DNA(见图 20) 多种规格可选择:Mini Kit 可处理 25 mg 组织,Micro Kit 可处理小于 10 mg 组织 完全去除污染物和抑制剂 可在 QIAcube 上进行自动化纯化 表1 QIAamp DNA Mini Kit纯化各类样本的核酸产量 样品 用量 总核酸的量(µg)* DNA 的量(µg)† 血液 200 µl 4–12 4–12 白膜层 200 µl 25–50 25–50 细胞 106 20–30 15–20 肝脏 25 mg 60–115 10–30 大脑 25 mg 35–60 15–30 肺 25 mg 25–45 5–10 心脏 25 mg 15–40 5–10 肾脏 25 mg 40–85 15–30 脾脏 10 mg 25–45 5–30 * 核酸未经RNase处理 。† 核酸经RNase处理。总核酸的量(µg)* 图1 纯化长达50 kb的基因组DNAQIAamp Kits从图示来源的样本(每泳道3 µg)中纯化获得的DNA长度 RNeasy Kit —— 常规组织或细胞 RNA 纯化 从细胞、组织或酵母中纯化至总 RNA 数分钟内快速纯化得到高品质总 RNA 即用型 RNA 在各种下游应用中表现良好 无需有机试剂或乙醇沉淀步骤 RNeasy Kits 提供四种规格(Micro, Mini, Midi, Maxi),RNeasy 离心柱的结合能力分别为45 μg, 100 μg, 1 mg 和 6 mg 的 RNA。 表2 RNeasy Mini Kit从各类样本中纯化得到的总RNA产量 样本来源 起始材料 平均产量(µg) 动物细胞LMHHeLaCOS-7淋巴细胞(未受激) 1 x 1061 x 1061 x 1061 x 106 1215350.5 小鼠组织肝肺脾 10 mg10 mg10 mg 401035 真菌细胞S. cerevisiae 1 x 107 25 图2 从多种样本中纯化高品质RNA。 使用RNeasy Maxi Kit纯化的总RNA的甲醛琼脂糖凝胶电泳和northern印迹。从各种来源的样本中分离总RNA(10 µg)上样至各泳道。所有组织均来源于小鼠。酵母:Saccharomyces cerevisiae;E. coli菌株:
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特殊样本核酸纯化方案
作者:德尔塔 日期:2022-04-12
QIAamp Fast DNA Stool Mini Kit —— 从粪便,呕吐物中纯化 DNA 快速、方便、高效的纯化实验方案 创新的 InhibitEX buffer 高效去除 PCR 抑制剂 灵敏度高,适合多种下游应用 可在 QIAcube 上自动操作 图 22. 从不同粪便样本纯化 DNA 产量从 7 个不同的粪便样本中同时利用 QIAamp Fast DNA Stool Mini Kit 或竞争试剂盒进行 DNA 纯化, DNA 产量利用 Nanodrop 测量。结果显示 QIAamp Fast DNA Stool Mini Kit 能够纯化出更多高质量 DNA。 图 23. 高灵敏度 PCR 结果使用 QIAamp Fast DNA Stool Mini Kit 和另外两种竞争产品从粪便样本中纯化 DNA,利用PCR 方法对 human alu gene 进行扩增 . 结果显示 QIAamp Fast DNA Stool Mini Kit 的 Ct 值最低,表明该试剂盒纯化得到的 DNA 产量最高。 皮肤组织核酸纯化 QIAamp DNA Kits —— 皮肤组织 DNA 纯化 依据皮肤组织的样本量大小,推荐使用 QIAamp DNA Mini 和 QIAamp Micro Kit 试剂盒进行纯化。 RNeasy Plus Universal Kits —— 皮肤组织 RNA 纯化 适用于所有组织类型 整合 RNeasy 和 QIAzol 技术,节省时间 配有 gDNA Eliminator 柱快速去除基因组 DNA RNA 纯度高,适用于下游应用 该试剂盒含有 QIAzol® Lysis Reagent 和 RNeasy 离心柱,前者用于裂解脂肪组织和其他组织类型,后者用于纯化高品质 RNA。该试剂盒有两种规格:Mini Kit 可从至多 50 mg 组织中纯化 RNA,Midi Kit 可从至多250 mg 组织中纯化 RNA。 显微切割,穿刺样本及微量样本核酸纯化方案 针对纯化的核酸类型不同,QIAGEN 提供一系列的显微切割等微量样本纯化方案:1、 QIAamp DNA Micro Kit —— 显微切割组织 DNA 纯化 该产品可从各种微量组织(显微切割,各种微量法医检材等小于 5 mg的组织样本,小于 105 个细胞)中进行 DNA 纯化。2、 RNeasy Plus Micro Kit —— 显微切割组织 RNA 纯化 该产品可从各种微量组织(显微切割,流式分选细胞等
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luminex多因子检测样本收集方法一览
作者:德尔塔 日期:2022-04-12
ProcartaPlex™以更少量的样本完成对更多生物标志物的分析。由卓越的免疫试剂供应商开发,用于Luminex®平台,ProcartaPlex使您可以在25-50μL的样本(血浆、血清、细胞培养上清液以及其他体液)。实现在25-50μL的样本中同时对多达50种因子进行检测与定量。该技术在多通道“类ELISA”分析中,为每种靶标使用了经不同染色处理的捕获微球。相比于传统的三明治ELISA而言,ProcartaPlex免疫分析可以在使用样本量少而时间相同的情况下,分析多达50倍数量的因子。ProcartaPlex多通道免疫分析提供了多种试剂盒类型,涵盖六个物种(人类、小鼠、大鼠、非人灵长类、猪以及犬类),从而满足您的研究需求。 正确的样本收集整理方法,是实验成功至关重要的步骤. 目前ProcartaPlex可以检测样本类型有: 细胞上清、血清、血浆. 尽管其他生物学样本没有经过验证,但是理论上也可以检测,这些样本包括: BAL, 唾液,CSF, 组织匀浆液和尿液。 下面我们针对几种常见样本的收集、保存方法: 1、血清 全血室温(20-25 °C)凝固20-30min;室温1,000 x g 10min;收集上清,或者选择使用血清分离器;可选:如果样本是高血脂样本,请先在2-8°10,000 x g 离心 10min,分离出下层血清;多因子检测血清样本要求新鲜;如果不能在24h内检测,需要分装在-20 ℃以下,避免反复冻融。 2、血浆 根据要求选择柠檬酸或EDTA作为抗凝剂。如果选择肝素作为抗凝剂,建议每毫升血不超过10IU肝素(肝素用量过高,可能会导致部分检测指标值偏高)。收集抗凝全血后30min内,在4oC 下10,000 x g离心10min,分离收集血浆;可选:可选:如果样本是高血脂样本,请先在2-8°10,000 x g 离心 10min,分离出下层血浆;多因子检测血浆样本要求新鲜;如果不能在24h内检测,需要分装在-20 ℃以下,避免反复冻融。 3、细胞培养上清 检测分泌性的成份时,**用无菌管收集。离心20分钟左右(2000-3000转/分)。仔细收集上清。 4、组织样本 如果可以,请按照
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体液样本核酸提取纯化一站式解决方案
作者:德尔塔 日期:2022-04-12
无细胞体液包括:血浆或血清,脑脊液 ,尿液,其他无细胞体液,细胞培养上清液。 QIAamp Viral RNA Mini Kit —— 从无细胞体液中纯化病毒 RNA 1)快速纯化高品质病毒 RNA(见图 1)2)无需有机提取或乙醇沉淀3)重复性好,产量高4)完全去除污染物和抑制剂 图1 扩增血浆中的RNA从血浆中纯化的1026 nt RNA片段的RT-PCR产物。将10倍梯度稀释液(如图所示)加入血浆,使用QIAamp Viral RNA Mini Kit纯化。M:分子量标准;C:阴性对照。 QIAamp MinElute Virus Spin Kit —— 浓缩柱版,从血浆、血清或无细胞体液中同时纯化病毒 DNA 和 RNA 1)快速纯化并浓缩高品质病毒 DNA 和 RNA(见图 2)2)无需有机提取或乙醇沉淀3)重复性好,产量高4)完全去除污染物和抑制剂5)洗脱体积可低至 20 μl6)有对应 Vacuum kit,真空操作更快更高效 图2高灵敏 PCR 检测。数据显示了低病毒滴度阳性样本的百分比,病毒核酸分别利用 QIAamp MinElute Spin or Vacuum Kit 进行纯化;结果显示,对于 95% 的置信区间内,离心操作对应的病毒滴度值为 27.25 IU / ml 和而真空操作过程则为 9.30IU/ml。 QIAamp UltraSens Virus Kit —— 血清和血浆中浓缩和纯化病毒 DNA 和 RNA 1)快速纯化并浓缩高品质的即用型病毒 DNA 和 RNA(见图 3)2)样本起始体积可多至 1 ml3)无需有机抽提或乙醇沉淀4)重复性好,产量高5)完全去除污染物和抑制剂 图 3. 纯化获得的核酸在下游分析中有出色表现。利用QIAamp UltraSens 步骤从典型的病毒中纯化 RNA, 在LightCycler 上进行一步法 RT-PCR。geq/ml:每毫升中的基因组当量;–:阴性对照;M:分子量标准。(数据由德国汉堡 Artus GmbH 的 Thomas Laue 博士提供。) QIAamp UCP Pathogen Mini Kit —— 从全血、拭子、培养基或体液中纯化微生物 DNA 1)从微量样本中纯化病原体(细菌和真菌) DNA 2)使用 Pathogen Lysis Tubes 对细胞进行高效的机械破碎3)简化的纯化流程,实验方案包括预处理步骤和真空或离心
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罗氏FFPET组织样本抽提RNA试剂盒实验结果分析
作者:德尔塔 日期:2022-04-12
High Pure FFPET RNA Isolation Kit基于离心柱法的抽提原理,在柱上直接进行高效DNase消化,在整合的实验流程中方便地去除残留DNA。 图1:抽提获得宽泛的RNA片段范围,FFPET RNA抽提物片段长度范围在100-4000bp 使用3中不同的方法从乳腺癌组织的5um FFPET样品中抽提总RNA。绿色线显示了使用该方法抽提获得的RNA长片段极少,以RNA降解片段为主。灰色线显示的RNA抽提物覆盖的片段范围较广,但在短片段RNA的分布存在较大的偏倚性。 结果:罗氏High Pure FFPET RNA Isolation Kit的抽提产物(蓝色线)较均匀地覆盖了整个片段分布范围。 图2:从近期和长期保存的FFPET样品中均可抽提获得高RNA得率 A)柱形图显示了从结肠癌组织和正常结缔组织10um FFPET切片样本中抽提获得的RNA平均得率(n=24)样本保存时间分别为<6个月和>5年。结果:罗氏High Pure FFPET RNA Isolation Kit能获得更高得率的RNA抽提产物。 B)显示了图A的最左侧两列柱状图,其24个重复样本各自的RNA得率。24个重复样本来自于组织的连续切片,以避免来自不同组织区域的核酸含量差异。结果:在常规研究中,同一组织样本的不同FFPET切片的核酸得率存在差异。但对于同一种样本,罗氏High Pure FFPET RNA Isolation Kit始终能获得更高得率的RNA抽提产物。 图3:从样品中抽提获得高质量的RNA,提高RT-aPCR检测灵敏度。 作为qPCR实验中的核酸模板,要求高质量的RNA,即良好的核酸得率、纯度和片段大小分布,并能高灵敏度和不偏倚地检测模板基因的表达情况。 从3中不同异种移植物切片组织中抽提RNA,取150ng总RNA,使用Transcriptor Universal cDNA Master进行反转录反应,取10ng cDNA产物通过LightCycler 480 Real-Time PCR Instrument扩增检测ALAST基因表达情况。 结果:High Pure FFPET RNA Isolation Kit抽提获得的RNA模板(n=8)能在RT-qPCR实验中获得更高的检测灵敏度。 产品信息 产品 目录号
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液氮罐组成部分介绍
作者:德尔塔 日期:2022-04-12
产品被广泛运用在畜牧业、医疗及科研、机械加工等领域,以液氮作为致冷剂,保存动物精液、器官、菌种和其它生物样本,以及金属材料的深冷处理、精密零件的深冷装配。 那么液氮罐具体由哪些部分组成呢?以下将由上海巴玖技术人员为您详述: 液氮罐多为铝合金或不锈钢制造,分内外两层。具体的构件如下: 1、外壳:液氮罐外面一层为外壳,其上部为罐口。 2、内槽:液氮罐内层中的空间称为内槽,一般为耐腐蚀性的铝合金,内槽的底部有底座,供固定提筒用,可将液氮及样品储存于内槽中。 3、夹层:夹层指罐内外两层间的空隙。呈真空状态。抽成真空的目的是为了增进罐体的绝热性能,同时在夹层中装有绝热材料和吸附剂。 4、颈管:颈管通常是玻璃钢材料,将内外两层连接,并保持有一定的长度,在颈管的周围和底部夹层装有吸附剂。顶部的颈口设计特殊,其结构既要有孔隙能排出液氮蒸发出来的氮气,以保证安全,又要有绝热性能,以尽量减少液氮的气化量。 5、盖塞:盖塞由绝热性能良好的塑料制成,以阻止液氮的蒸发,同时固定提筒的手柄。 6、提桶:提筒置于罐内槽中,其中可以储放细管。提筒的手柄挂于颈口上,用盖塞固定住。 通过以上介绍,对于液氮罐的组成内容您是否了解了呢?如有不明之处,欢迎随时与我们联系!
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RNA实验方案和应用(一)
作者:德尔塔 日期:2022-04-12
何为RNA? RNA是具有多种不同的功能的生物大分子。信使RNA(mRNA)是DNA转录得到的,用做蛋白质合成的模板。蛋白质的合成是由核糖体完成的,核糖体由核糖体RNA(rRNA)和蛋白质组成。用于蛋白合成的氨基酸,是通过转运RNA(tRNA)输送到核糖体上的。RNA分子也是参与RNA转运过程的核糖蛋白的一部分。非编码RNA也是非常重要的。它们是不翻译成蛋白质的功能RNA分子。这样的RNA分子包括tRNA、rRNA、核仁小RNA(snoRNA)、微小RNA(miRNA)、小干扰RNA和piwi-interacting RNA(piRNA)。它们通常在基因表达的调控中发挥作用。 miRNA是一类内源性的(自然产生的),约18–24个核苷酸大小的非编码RNA,在转录后的基因调控中发挥作用。一个miRNA可能在每个细胞中有超过105个拷贝,但是从每个细胞中总RNA质量的角度来看,这些RNA又是微不足道的。由于它们非常短,因此通常需要特别的分离和分析方案。 一个典型的快速生长的哺乳动物细胞培养中,每个细胞大约含有10–30 pg的RNA,而一个完全分化的原代细胞中,RNA的量要少得多——大约每个细胞中RNA的含量小于1 pg。细胞中的RNA分子主要是tRNA和rRNA。mRNA大约占细胞中RNA总量的1–5%,但是具体的量取决于细胞类型和细胞的生理状态。一个动物细胞中,大约有360,000个mRNA分子,组成了大约12,000个转录本,一个典型转录本的长度大约为2 kb。一些mRNA分子占到了总mRNA的3%,而其它的mRNA分子的含量低于0.01%。这些“稀有的”或者“低丰度”的mRNA分子在每个细胞中只有5–15个拷贝。但是,这些稀有的mRNA大约有11,000种,占到了mRNA数量的45%。 一个生物体中的基因是相对固定的,因此,mRNA的组成代表了在给定的条件下,基因的表达方式。使用杂交技术,包括RNA印迹法(northern印迹)和微阵列分析,或RT-PCR技术、转录本测序技术(RNA-seq)对RNA进行分析,能够充分反映一个生物体中的基因表达谱。但是,与DNA相比,RNA相对不稳定。这很大程度上是由于存在会降解RNA分子的核糖核酸酶(RNas
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RNA实验和方案新手必读(二)
作者:德尔塔 日期:2022-04-12
RNA操作常见注意事项 核糖核酸酶(RNase)是非常稳定、活跃的酶,它们通常不需要辅因子就能发挥功能。由于核糖核酸酶难以失活,并且很小的量就足以破坏RNA分子,因此在没有事先消除任何可能的核糖核酸酶污染的情况下,不要使用任何塑料或者玻璃器皿。处理RNA时应非常小心,以避免在纯化的过程中或者纯化之后,将核糖核酸酶无意的引入到RNA样品中。为了创造并维持没有核糖核酸酶的环境,在预处理以及使用一次性和非一次性的器皿和溶液处理RNA时,一定要采取以下预防措施。 常规操作 处理RNA时,一定要使用合适的微生物学的无菌技术。手和灰尘颗粒可能会携带细菌和霉菌,是最常见的核糖核酸酶污染源。为了阻止来源于皮肤表面或者实验室器械灰尘上的核糖核酸酶污染,在操纵试剂以及RNA样品的时候,一直要佩戴乳胶手套或者乙烯基手套(PVC手套)。可能的情况下,要经常更换手套,并将试管处于关闭状态。当用移液管吸取溶液用于下游应用时,要将纯化过的RNA放在冰上。 为了去除工作台表面、非一次性塑料器皿和实验室器械(比如,移液管和电泳槽)上的核糖核酸酶污染,推荐使用市售核糖核酸酶去除溶液。也可以使用常见的实验室试剂去除核糖核酸酶的污染。为了去除塑料器皿上的污染,使用0.1 M NaOH, 1 mM EDTA洗涤,然后使用去RNase的水洗涤;如果塑料器皿具有耐氯仿性,则可用氯仿洗涤。为了去除电泳槽的污染,可使用去污剂清洁(比如,0.5%的SDS),使用去RNase的水洗涤,然后用乙醇洗涤(如果电泳槽具有耐乙醇性),之后晾干。 重要:在使用化学试剂时,一定要穿戴合适的实验工作服,一次性的手套,以及具有护目镜。请参考产品厂商提供的相应安全数据说明书(SDS),了解更多信息。 一次性塑料耗材 在处理RNA的时候,推荐使用无菌的,一次性的聚丙烯管。这些试管通常没有核糖核酸酶,因此不需要预处理使核糖核酸酶失活。 非一次性的塑料耗材 非一次性的塑料耗材在使用之前应该进行处理,以确保其不含有核糖核
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RNA实验和方案新手必读(三)
作者:德尔塔 日期:2022-04-12
RNA分离:起始材料的破碎和匀浆 起始材料的有效破碎和匀浆对于所有总RNA分离操作来说都是必须的要求。破碎和匀浆是两个独立分开的步骤。 破碎:对于组织结构、细胞壁和细胞质膜的彻底破碎对于释放样本中所有的RNA是绝对必要的。不同样本需要使用不同的方法以达到彻底的破碎效果。不完全的破碎会导致RNA得率的显著降低。 匀浆:匀浆对于减少破碎后细胞裂解产物的粘性是十分必要的。匀浆能够切断高分子量的基因组DNA及其他高分子量的细胞组分,得到均匀的裂解产物。匀浆不够彻底会导致RNA结合效率的下降而显著降低得率。 某些破碎方法能够同时对样本起到匀浆作用,而其他方法还是需要专门的匀浆步骤。表针对不同样本进行破碎和匀浆的准则全面概述了适用于多种起始材料的不同破碎和匀浆方法。当您针对所使用的起始材料选择合适的操作方法时,该表格可用来作为参考。下面也将针对破碎和匀浆方法进行更为详细的论述。 使用玻珠研磨机进行破碎和匀浆 在使用玻珠研磨机破碎样本的过程中,样本与珠子被一起进行高速搅拌。通过珠子与细胞碰撞时的流体动力切割和破碎作用,同步完成破碎和匀浆过程。破碎效率的影响因素有: 珠子的大小和组成 缓冲液与珠子的比例 起始样本的数量 搅拌速度和设定 处理时间 细菌破碎时所使用的理想珠型为0.1毫米(平均直径)的玻璃珠,用于酵母和单细胞动物细胞时为0.5毫米的玻璃珠,对动植物组织则应使用3–7毫米的不锈钢珠。请确保玻璃珠经过浓硝酸的预先润洗。或者可直接购买和使用市售的经酸洗涤过的玻璃珠。关于破碎的其他参数需要依据每一应用的经验进行设定。植物材料以及相关的珠子和破碎管可先在液氮中预冷,破碎应在无裂解缓冲液的条件下进行。对于动物组织则应使用干燥的冷冻粉碎。冷冻粉碎(无论是在玻珠研磨机中还是使用研钵和杵)不同于缓冲液裂解,不会对样本同时起到匀浆作用。 使用转子——定子匀浆器进行破碎和匀浆 在裂解缓冲液的存在下,转子–定子匀浆机可同时
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RNA实验和方案新手必读(四)
作者:德尔塔 日期:2022-04-12
RNA定量 在检测RNA样本时,需确保比色杯中去除了RNA酶,特别是在使用分光光度测定之后仍需回收这些RNA的情况下。该条件可通过使用0.1 M NaOH,1mM EDTA和不含RNase的水的顺序洗涤来实现。使用稀释RNA的缓冲液为分光光度计设定空白对照。 使用分光光度法测定RNA浓度 在使用紫外通透的塑料比色杯的分光光度计中,测量260 nm的吸光值(A260)以确定RNA的浓度。为了确保获得有意义的结果,读值应在0.15与1.0之间。在260 nm波长下,1个单位的吸光值对应每毫升44 µg的RNA浓度(A260=1 → 44 µg/ml;基于标准的1 cm测光距离)。这一相关性仅对中性pH值条件下的检测有效。因此,如需稀释RNA样品,则应使用中性pH值的低盐缓冲液(例如10 mM Tris•Cl ,pH7.0)。 在检测RNA样本时,需确保比色杯中去除了RNA酶,特别是在使用分光光度测定之后仍需回收这些RNA的情况下。这可以通过使用0.1 M NaOH,1mM EDTA和不含RNase的水的顺序洗涤来实现。使用稀释RNA的缓冲液为分光光度计设定空白对照。列举一个RNA定量中的计算实例如下: RNA定量举例RNA样品的体积= 100 µl稀释=10 µl RNA样品+490µl 10 mM Tris•Cl ,pH 7.0(1/50的稀释比)使用1 ml(已去除RNA酶)比色杯,检测稀释后样本的吸光度A260 = 0.2 RNA浓度= 44 µg/ml x A260 x稀释系数= 44 µg/ml x 0.2 x 50 = 440 µg/ml RNA总量 =浓度x以毫升为单位的样品体积= 440 µg/ml x 0.1 ml = 44 µg RNA 确定RNA的品质 RNA纯度 在260 nm与280 nm读值之间的比例(A260/A280)能够反映RNA的纯度,因为如蛋白一类的污染物会吸收紫外光。不过,A260/A280的比值也受到pH值的显著影响。当使用没有缓冲能力的水时,pH值与A260/A280的比值结果都会发生大范围的改变。 较低的pH值会导致A260/A280的比值变小,对蛋白质污染的敏感性也会随之降低(3)。 为了获得精确的比率,我们建议在微碱的低盐缓冲液中检测吸光度(例如10 mM Tris•Cl,pH7.5)。在10 mM Tris•Cl