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Pepfinder软件对单克隆抗体进行肽图分析
作者：德尔塔 日期：2022-04-22
1, Sutton, Jennifer N.2 1 2 Thermo Fisher Scientific, West Palm Beach, FL, USA 1前言 在蛋白质药物产品的质控要求中，肽图分析是其中重要的一环。肽图分析包括对蛋白氨基酸序列进行确证及相关修饰的鉴定和定量。根据蛋白药物质谱分析特点和生物制药应用的特殊需求，Thermo Fisher与Amgen联合开发了PepFinderTM 软件。 PepFinder不仅具有最基本的肽段序列确证、覆盖率分析、修饰位点鉴定与定量、二硫键分析、图谱对比和肽段CID/HCD/ETD谱图解析等功能，还具有其独特功能，如未知修饰搜索功能和氨基酸突变搜索功能[1-5]。这两项功能可以帮助分析人员快速发现可能出现的序列突变，从而大大降低出现质量风险的几率。同时，PepFinder还有更多实用的功能设计，如内置CHO细胞系糖型、具有肽段鉴定可信度评价功能，还可根据碎裂方式和能量智能预测多肽的理论碎裂谱图，并用于与实验图谱直观对比，以辅助分析。这些功能不但减少工作强度，也降低了对分析员理解质谱数据深度的要求。对于氨基酸固定修饰设置，不同于其它类似软件（固定修饰只可精确至某一类氨基酸），在PepFinder中，可以精确到特定的某个氨基酸位点。 此功能对于蛋白药的某些特殊分析需求提供了极大的便利。 2 PepFinder功能介绍 2.1 PepFinder基本功能 图1显示了PepFinder搜库得到的序列覆盖度结果，图中不同颜色代表信号强度。从图中可以看出，单抗标准品的轻重链覆盖度均达到了100%；PepFinder还可对脱酰胺进行定量，这对于生物医药分析人员是非常有用的。图2显示了PepFinder生成的修饰情况总结；图3展示了一条包含脱酰胺修饰肽段SNWEAGNTFTCSVLHEGLHNHHTEK的定性以及定量情况。 2.2 PepFinder2.0新增功能 在PepFinder软件的2.0版本中，加入了De Novo（从头测序，指对于没有蛋白序列的物种，根据质谱碎片信息利用生物信息学计算，对序列重新拼接和组装，以得到蛋白序列的技术）功能，可对所有肽段进行De Novo Sequencing（图4），或单独对某一张
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Comparative assessment of glycosylation of recombinant human FSH and highly purified FSH
作者：德尔塔 日期：2022-04-22
Comparative assessment of glycosylation of a recombinant human FSH and a highly purified FSH extracted from human urine Hong Wang, Xi Chen, Xiaoxi Zhang, Wei Zhang, Yan Li, Hongrui Yin, Hong Shao, and Gang Chen J. Proteome Res., Just Accepted Manuscript • DOI: 10.1021/acs.jproteome.5b00921 • Publication Date (Web): 26 Jan 2016 Downloaded from http://pubs.acs.org on January 28, 2016 Just Accepted “Just Accepted” manuscripts have been peer-reviewed and accepted for publication. They are posted online prior to technical editing, formatting for publication and author proofing. The American Chemical Society provides “Just Accepted” as a free service to the research community to expedite the dissemination of scientific material as soon as possible after acceptance. “Just Accepted” manuscripts appear in full in PDF format accompanied by an HTML abstract. “Just Accepted” manuscripts have been fully peer reviewed, but should not be considered the official version of record. They are accessible to all readers and citable by the Digital Object Identifier (DOI®). “Just Accepted” is an optional service offered to authors. Therefore, the “Just Accepted” Web site may not include all articles that will be published in the journal. After a manuscript is technically edited and formatted, it will be removed from the “Just Accepted” Web site and published as an ASAP article. Note that technical editing may introduce minor changes to the manuscript text and/or graphics which could affect content, and all legal disclaimers and ethical guidelines that apply to the journal pertain. ACS cannot
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Q Exactive HF 一小时 DDA 鉴定 DIA 定量 4000 个 Hela 蛋白
作者：德尔塔 日期：2022-04-22
QE HF；DDA；DIA；Hela；蛋白质鉴定；定量蛋白质组学 引言 数据非依赖性的扫描模式（data-independent acquisition, DIA）是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式[1]。它的理念是用二级碎片离子进行蛋白相对/绝对定量。DIA 扫描模式中，超高分辨质谱对特定质量范围内的所有母离子进行碎裂，采集所有母离子的碎片离子，并快速地依次扫描相邻的母离子宽口内的所有碎片离子。DIA 的数据中包含了所有碎片离子的保留时间和强度信息。用非常小的质量偏差宽口（如 10 ppm）目标性地抽提同一肽段的多个子离子，计算子离子的强度，就能对该肽段进行鉴定和定量。DIA 定量相比传统的基于母离子强度的 DDA 定量有选择性好，定量准确等优点[1]，所以 DIA 成为定量蛋白组学新的发展方向。 Q Exactive HF 是在 2014 年的 ASMS 上推出的全新静电场轨道阱超高分辨质谱仪（图 1）[2,3]。Q Exactive HF 采用了分段式四极杆技术（Advanced Quadrupole Technology，AQT）使离子传输效率至少提高了 2 倍；超高场 Orbitrap 技术，提高了 Orbitrap 扫描速度，在 15000 分辨率时，二级谱图的扫描速度是 20 Hz。这两项技术提高了 QE HF 进行 DDA、DIA 数据的采集能力。本文用 1 小时快速色谱梯度对 QE HF 的 DDA 鉴定能力和 DIA 定量能力进行考察，同时从定量肽段数目和 CV 两方面对 DDA 定量和 DIA 定量能力进行比较。 实验条件 实验材料和方法 Pierce HeLa Protein Digest Standard（货号：88329），稀释至 500 ng/μl，EASY-nLC 进样 1μl，500 ng进行 DDA、DIA 数据采集，每种采集模式重复 3 遍。 高效液相色谱分离 高效液相色谱仪：EASY-nLC 1000 (Thermo ScientificTM) 分析柱：实验室自制 C18, 15 cm, ID 75 μm, 3 μm 流动相：A： 0.1% 甲酸水溶液； B：0.1% 甲酸乙腈溶液 梯度：60 min, 3/0 – 6/2 – 22/48 – 40/53 – 80/55 – 80/60（%B/min） 流速：300 nL/min 质谱分析 DDA 数据采集： 质谱仪：Q Exactive HF (Thermo Sci
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Q Exactive Focus 高分辨液质药物杂质分析解决方案
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
药物杂质因其可能对药品质量、安全性和有效性产生影响，目前成为国内外药品监管机构的重点关注内容之一。随着我国医药产品出口规模的扩大，了解国外法规市场的药物杂质控制要求、加强对药物杂质的分析与控制已成为国内药品生产企业共同关注的话题。 任何影响药物纯度的物质统称为杂质，人用药物注册技术要求国际协调会 ( 简称 ICH) 对杂质的定义为药物中存在的，化学结构与该药物不一致的任何成分。药物中含有杂质会降低疗效，影响药物的稳定性，有的甚至对人体健康有害或产生其他毒副作用。因此，检测有关物质，控制纯度对确保用药安全有效，保证药物质量是非常重要的。 杂质谱分析是指研究药物中存在的已知和未知杂质的分布情况，分析药物中杂质的来源和去向，通过杂质谱的研究，可以全面评估药物的安全性。对于药物生产阶段，杂质谱研究可以在工艺过程中建立完整可靠的杂质分析方法，对工艺的关键步骤监控杂质的变化情况，验证杂质分析方法并转移到 QA/QC，对于药物研发阶段，需要对工艺研发过程中的杂质进行鉴定和表征并进一步确认杂质的来源，研发人员根据分析结果可以评价药物的安全性和与原研药的一致性，并根据杂质来源进一步优化工艺，降低或消除杂质的产生。 有机杂质主要起源于起始原料及其本身所含杂质、生产过程中带入的合成中间体与副反应产物、成品在储存过程中产生的降解产物，辅料带入的杂质或辅料相互作用降解产生的杂质，及药物与包材相互作用产生的杂质。随着高分辨质谱仪近年来的不断发展 , 已成为实验室常用设备。借助超高的分辨率 ,高分辨质谱可以准确地测得杂质的精确质荷比 , 进而计算出杂质的元素组成，并能区分复杂背景中质量数接近的杂质及共流出组分 , 具备复杂基质中痕量杂质的分析能力。采用的高分辨全扫描方式也不会遗漏未知杂质的信息 , 是一种可以针对目标或非目标药杂质研究的有力工具 , 在药物质量研究领域得到越来越多的应用。 杂质分析工作流程 药物中的杂质往往含量很小，在
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精确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的 DIA 解析
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
张伟 周岳 赛默飞世尔科技（中国）有限公司 关键词 翻译后修饰；DIA；谱图库；磷酸化；定量蛋白质组学 引言 数据非依赖采集（Data-Independent Acquisition, DIA）是当前最热门的质谱采集技术之一，它以非目标的方式将质量范围分为若干窗口，依次并循环采集窗口内所有母离子的二级碎片[1,2]。DIA 与 SRM 类似，也是基于子离子（transition）定量，相比传统蛋白质组学定量方法具有更好的选择性和更高的准确度。然而，目前DIA在翻译后修饰分析上仍有较大瓶颈。DIA 依赖于 DDA 建立谱图库，而 DDA 数据在搜库鉴定时，修饰位点定位错误的概率较高，特别是磷酸化修饰发生在常见的 S/T/Y 上，若肽段含有 2 个或以上位置接近的 S/T/Y，位点就容易找错。将含有错误位点信息的鉴定结果作为谱图库，就会导致翻译后修饰 DIA 解析结果的不可靠[3]。因此，DIA 尚难用于大规模的翻译后修饰样本分析。 针对修饰位点的打分算法使修饰位点的定位更加准确，Proteome Discoverer 软件中整合的 phosphoRS/ptmRS 模块[4]和 MaxQuant 软件的算法[5]都可以实现位点可信度（Site Probability）的计算，从而获得可靠的位点定位信息。本文基于上述软件对翻译后修饰 DDA 数据进行位点可信度分析，筛选具有准确位点定位的谱图建立谱图库，导入 Skyline 软件，进而实现可靠的翻译后修饰 DIA 解析。将该流程应用于磷酸化样本 DIA 数据分析，成功提取 6401 条高可信度的磷酸化肽段（Q < 0.01），占谱图库肽段总数的 98.4%，其中可用于准确定量的肽段（CV < 20%）占 86.9%，有效解决了翻译后修饰 DIA 定量的难题。 实验条件 实验材料和方法 来源于大鼠组织富集的磷酸化样本，最终上样量为 700 ng/run，分别进行 DDA 和 DIA 采集，每种采集模式重复 3 遍。 色谱条件 纳流高效液相色谱仪：EASY-nLC 1000（Thermo Scientific） 分析柱：纳流 C18 色谱柱（长15cm, ID 75 μm, 粒径3 μm） 流动相：A：0.1% 甲酸水溶液；B：0.1% 甲酸乙腈溶液 梯度：0
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Orbitrap Fusion Lumos: 基于Q-OT-qIT 平台的第二代“三合一”超高分辨质谱
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
张伟 赛默飞世尔科技（中国）有限公司 上海 201206 摘 要 Orbitrap Fusion Lumos 是基于Q-OT-qIT 平台的第二代“三合一”质谱，通过离子入口、离子透镜、四极杆、ETD和真空技术等方面的深度改进，将仪器整体性能优化至极致。配合“三合一”质谱魔法般的功能，Orbitrap Fusion Lumos 能够有效应对蛋白质组学和代谢组学最复杂的分析挑战。本文从定性定量极限灵敏度、抗污染性能、翻译后修饰和top-down 解析等方面，介绍了第二代“三合一”质谱的性能突破和应用进展。 关键词 Orbitrap Fusion Lumos, 蛋白质组学, 代谢组学, top-down 中图分类号 TH843 Orbitrap Fusion Lumos: Second Generation of “Tribrid” UHR-MS Based Q-OT-qIT Zhang Wei ThermoFisher Scientific, Shanghai 201206, China Abstract Orbitrap Fusion Lumos is the second generation of “Tribrid” MS based on Q-OT-qIT system. The ion inlet, ion optics, quadrupole, ETD and vacuum system are deeply improved, and the instrument performance is extremely optimized. Combined with various magic functions on “Tribrid”, the new system can effectively face the extreme challenge in proteomics and metabolomics. This paper introduces the improvements and advances of the new “Tribrid” MS, including enhanced qual/quan sensitivity, robustness, PTM elucidation and top-down analysis. Key words Orbitrap Fusion Lumos, Proteomics, Metabonomics, top-down 近年来质谱技术呈几何式发展，从过去单一质量分析器质谱（如单四极杆Q）、到两个质量分析器组成的串联质谱（如四极杆- 飞行时间Q-TOF），再到拥有两种检测器的组合型质谱（如线性离子阱- 静电场轨道阱LTQ-Orbitrap），不断创新与突破。2013 年，Thermo 基于四极杆- 静电场轨道阱-线性离子阱（Q-Orbitrap-LTQ 或称Q-OT-qIT）结构，发展了世界上第一
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奥美拉唑药物杂质高分辨质谱快速鉴定
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
前言 杂质分析对于药物的研发至关重要 1。在研究过程中，杂质谱信息能帮助药物化学家优化合成路线和避免潜在的有毒杂质。在开发过程中，当大量母体化合物存在时，鉴定和表征痕量杂质至关重要，从而促进了高分辨率、高灵敏度和高扫描速度的 HR-MS 仪器和智能化结构鉴定软件的发展。 为了展示 HR-MS 在杂质分析和结构鉴定方面的能力，本文选用了市售药物奥美拉唑。本研究采用了赛默飞世尔科技的 Q Exactive Focus 台式 Orbitrap 质谱仪和数据处理软件 Mass Frontier 来快速分析和鉴定奥美拉唑中杂质的结构。 方法 材料与试剂 奥美拉唑（CAS# 73590-58-6）购自 Sigma-Aldrich， 产品号 O104-100MG。 乙腈和水来自 Fisher Scientific 乙酸铵购自 Sigma-Aldrich，产品号 73594-25G-F。 甲酸购自 Sigma-Aldrich，产品号 33015-500ml。 样品前处理 奥美拉唑溶液（0.5 mg/mL）配制在 1:1 乙腈 / 水混合溶剂中。 HPLC 方法 色谱分离采用Thermo Scientific Ultimate3000 UHPLC系统。 色谱柱： Thermo Scientific Hypersil GOLD 柱，2.1mm×150mm，粒径 3 μm. 柱温： 35 ℃，流速： 0.5 mL/min，进样体积： 8 μL 流动相： A - 水； B - 乙腈； C -100 mM 乙酸铵，用乙酸调节 pH 值到 5 梯度洗脱： 质谱方法 质谱分析采用 Thermo Scientific Q Exactive Focus 质谱仪的电喷雾正离子模式。在 70,000 和 35,000 分辨率 FWHM@m/z 200 下分别采集高分辨全扫描一级质谱数据和数据依赖二级质谱数据。 离子源条件： 离子化模式：正离子 ESI 离子源： HESI-II 鞘气流速： 45 单位 N2 辅助气流速： 10 单位 N2 喷雾电压（KV）： +3.5 毛细管柱温度（℃）： 320 S-lens RF 水平： 50.0 加热器温度（℃）： 400 Q Exactive Focus 方法参数： AGC 目标（全扫描）： 3e6 AGC 目标（MS/MS）： 1e5 碰撞能量： 30， 35% 阶梯变化 扫描范围（全扫描 MS）： 180 到 1200 amu 结果与讨论 I. 高分辨率全扫描 -HCD MS/MS 鉴定杂质 采集得到奥美
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简化复杂的 GC-MS/MS 农药多残留分析方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
关键词 农药分析，三重四极杆 GC/MS， AutoSRM, SRM, MRM 概述 使农药多残留分析方法的实现变得简单 无论起点如何， 创建基于三重四极杆 GC/MS 的农药分析方法这一任务都有可能令人望而生畏。 可能您是初次接触基于 GC-MS 系统的农药分析， 您也许需要获得尽可能多的帮助。 或许您已经进行了一些农药分析， 现在希望扩展目标化合物列表； 又或许您已经在单四极杆仪器上通过多次运行来分析大量的农药， 如今希望将这些分析整合到单次的 SRM 分析当中。 也可能您已经有了一个比较全面的 SRM 方法， 现在想转移到 Thermo ScientificTM TSQTM 8000 三重四极杆 GC-MS/MS 系统中， 以享受该系统的高性能和不卸真空更换的离子源， 和通过 AutoSRM 添加新目标农药的易用性等特性带来的好处。 无论您基础如何， 当使用新技术来解决复杂的分析问题时， 您需要能帮您迅速解决问题的工具。 我们将牢记您的需求和任务，为您开发出了Thermo Scientific TSQ 8000 农药分析仪 ( 图 1)。 全套分析仪包含了您建立复杂农药分析方法时所需的所有工具， 无论您起点如何。 所有在 TSQ 8000 GC-MS/MS 系统上初次接触农药分析的人都会感受到系统内置的已优化离子对列表带来的好处。 同样， 拥有了易于掌握的的 AutoSRM 软件创建新化合物离子对的方法的分步说明， 您会发现能轻而易举地向质谱方法中添加新农药成为了您实验室的竞争优势所在。 为了更好的满足需要更多支持的用户， TSQ 8000 农药分析仪还包含了一个完整的仪器方法， 该方法是在系统自带的柱子上开发的， 并提供了化合物保留时间和 SRM 参数， 这将为用户节省数天甚至数周的方法开发耗时。 除了简化的方法开发， 使用 TSQ8000 农药分析仪的另一优势在于它使用了 Timed-SRM （智能定时扫描） 技术， 能够支持便于使用的， 容纳大量分析物的方法。 Timed-SRM（智能定时扫描） 的易用性和扫描效率源于 TSQ 8000 仪器的高扫速， 使得用上千个离子对同时分析数百种农药不但成为可能
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pGlyco: a pipeline for the identification of intact N-glycopeptides
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
pGlyco: a pipeline for the identification of intact N-glycopeptides by using HCDand CID-MS/MS and MS3 Wen-Feng Zeng1,2,*, Ming-Qi Liu3,*, Yang Zhang3,*, Jian-Qiang Wu1,2,*, Pan Fang3, Chao Peng4, Aiying Nie5, Guoquan Yan3, Weiqian Cao3, Chao Confident characterization of the microheterogeneity of protein glycosylation through identification of intact glycopeptides remains one of the toughest analytical challenges for glycoproteomics.Recently proposed mass spectrometry (MS)-based methods still have some defects such as lack of the false discovery rate (FDR) analysis for the glycan identification and lack of sufficient fragmentation information for the peptide identification. Here we proposed pGlyco, a novel pipeline for the identification of intact glycopeptides by using complementary MS techniques: 1) HCD-MS/MS followed by product-dependent CID-MS/MS was used to provide complementary fragments to identify the glycans, and a novel target-decoy method was developed to estimate the false discovery rate of the glycan identification; 2) data-dependent acquisition of MS3 for some most intense peaks of HCD-MS/MS was used to provide fragments to identify the peptide backbones. By integrating HCD-MS/MS, CID-MS/MS and MS3, intact glycopeptides could be confidently identified. With pGlyco, a standard glycoprotein mixture was analyzed in the Orbitrap Fusion, and 309 non-redundant intact glycopeptides were identified with detailed spectral information of both glycans and peptides. Confident characterization of the microheterogeneity of protein glycosylation remains one of the toug
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CICC《微生物新菌种名称英解汉译检索表》
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
近年来，微生物系统分类学研究迅猛发展，许多微生物的分类学地位发生变化和迁移，每年也会出现大量新的菌种分类单元。我们在1999年版《细菌名称英解汉译词典》与2011年版《细菌名称双解及分类词典》的基础上，收集自2010年3月之后合格发表的细菌与真菌名称，参照以往的汉译规范，给出中文名称，以《微生物新菌种名称英解汉译检索表》形式陆续发表，以方便广大微生物研究与应用工作者使用规范的微生物汉语名称。 1) Sphingomonas morindae (Liu et al. IJSEM. 2015, 65: 2817; Type strain: NBD5 = CICC 10879) N.L. masc. adj. morindae pertaining to Morinda citrifolia (Noni), is a plant variety used in the production of healthy food, from which the type strain was isolated. 诺丽鞘氨醇单胞菌 2) Paenibacillus zeae (Liu et al. IJSEM. 2015, 65: 4533; Type strain: 6R2 = CICC 23860) L. gen. n. zeae, of spelt, of Zea mays, referring to its isolation from corn (Zea mays L.). 玉米类芽胞杆菌 3) Brachybacterium hainanense (Liu et al. IJSEM. 2015, 65: 4196; Type strain: NR2 = CICC 10874) N.L. neut. adj. hainanense of Hainan, China, from where the type strain was isolated. 海南小短杆菌 4) Paenibacillus hunanensis (Liu et al. IJSEM. 2010, 60: 1266; Type strain: FeL05 = CICC 10489) N.L. masc. adj. hunanensis of Hunan, a province in China, from where the first strains were isolated. 湖南类芽胞杆菌 5) Luteimonas huabeiensis (Wu et al. IJSEM. 2013, 63: 3352; Type strain: HB2 = CICC 11005s) N.L. fem. adj. huabeiensis of or belonging to Huabei, China, from where the type strain was isolated. 华北藤黄色单胞菌 6) Thermoactinomyces daqus (Yao et al. IJSEM. 2014, 64: 206; Type strain: H-18 = CICC10681) N.L. masc. adj. daqus pertainin
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氧化物纳米材料的用途
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
由于不同各类的氧化物对光、电、磁、力声、气、温度、湿度等物理量具有某一特殊的电学特性，使得这些材料常用作结构陶瓷和各种电子功能陶瓷。对于氧化物纳米材料而言，由于其表面效应、量子尺寸效应、小尺寸效应和宏观量子隧道效应等使得它们呈现出常规材料不具备的特性，从而在陶瓷增韧、磁性 材料、催化材料、光学材料和其他方面有非常广泛的应用前景。 一、陶瓷增韧 纳米陶瓷是指陶瓷材料的显微结构中晶粒、晶界以及它们之间的结合都处在纳米水平，纳米陶瓷晶粒的细化晶界数量大幅度增加，可使材料的强度、韧性和超塑性大为提高，并对材料的电学、热学、光学和磁学等性能产生重要的影响。纳米陶瓷具有高韧性的特点可解决普通陶瓷“易碎品”形象的存在。 二、磁力性能 磁性纳米材料由于尺寸小，具有单磁畴结构、矫顽力很高的特性，用它制成的磁记录材料可以提高信噪比，改善图像质量。 三、催化性能 纳米微粒由于尺寸小，表面所占体积分数大，表面的价态和电子态与颗粒内部不同，表面原子配位不全等导致了表面的活性位置增加，这就使它具备了作为催化剂的基本条件。并且，随着粒径的减小，纳米微粒表面光滑程度变差，形成了凹凸不平的原子台阶，这就增加了化学反应的接触面。 四、光学性质 纳米微粒由于小尺寸效应使它具有常规大块材料不具备的光学特性。研究表明，利用纳米微粒特殊的光学特性制备的各种光学材料装饰在日常生活和高技术领域得到广泛的应用。如优异的光吸收材料，红外吸收材料和隐身材料。 五、其它性质 由于纳米微粒具有大的比表面积，高的表面活性，使得它与气体相互作用强，对周围环境十分敏感。例如对、气体、湿度等环境敏感，因此可用作各种传感器。还有如晶体加工，静电屏蔽性能的纳米涂料。
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溶氧速率是如何影响发酵的
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
1.溶氧目的 ①使发酵液充分混合，以便形成均匀的微生物悬浮液，促使底物从发酵液向菌体内及代谢产物从菌体内向发酵液的传递。 ②供给微生物生长和代谢所需的氧气。 临界氧浓度：微生物的耗氧速率受发酵液浓度的影响，各种微生物对发酵液中溶氧浓度有一个最低要求这一溶氧浓度叫做“临界氧浓度” 2.比生长速率和氧浓度的关系： u=um*c/(K02+c) 3.影响微生物需氧量（BOD）的因素: 菌种的生理特性、培养基组成、溶氧浓度和发酵工艺条件 4.溶氧对发酵的影响： 为了正确控制溶解氧浓度，有必要考察每一种发酵产物的（临界溶氧浓度）和（最适溶氧浓度），并使发酵过程保持在最适溶氧浓度。最适溶氧浓度的高低与（菌种特性）和（产物合成的途径）有关。 需氧发酵并不是溶氧愈高愈好。适当高的溶氧水平有利于菌体生长和产物合成；但溶氧太高有时反而抑制产物的形成。 5.在发酵过程中引起溶氧异常下降可能有下列原因： ①污染好气性杂菌，大量的溶氧被消耗掉，使溶氧在较短时间内下降到零附近，如果杂菌本身耗氧能力不强，溶氧变化就可能不明显； ②菌体代谢发生异常现象，需氧要求增加，使溶氧下降； ③某些设备或工艺控制发生故障或变化，也能引起溶氧下降，如搅拌功率消耗变小或搅拌速度变慢，影响供氧能力，使溶氧降低。又如消沫油因自动加油器失灵或人为加量过多，也会引起溶氧迅速下降。其他影响供氧的工艺操作，如停搅拌、闷罐（关闭排气阀）等．都会使溶氧发生异常变化。 6.在发酵过程中引起溶氧异常升高可能有下列原因： 在供氧条件没有发生变化的情况下，耗氧量的显著减少将导致溶氧异常升高。如： 1、菌体代谢出现异常，耗氧能力下降，使溶氧上升。 2、污染烈性噬菌体，影响最为明显，产生菌尚未裂解前，呼吸已受到抑制，溶氧就明显上升，菌体破裂后完全失去呼吸能力，溶氧就直线上升。 7.影响传氧速率的因素: (1)搅拌: 搅拌能把大的空气气泡打成微小气泡，增加了接触面积，而且小气泡的上升的速度要比大
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创新数据非依赖性采集用于复杂基质目标蛋白质的定量分析
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
张伟1 Reiko Kiyonami2 江峥*1 陈伟1 1(赛默飞世尔科技(中国)有限公司,上海201206) 2(ThermoFisher Scientific, San Jose, CA, USA) 摘要 数据非依赖性采集(DIA)是随着定量蛋白质组学而建立的质谱扫描技术。DIA 能够获得扫描范围内所有母离子及二级子离子信息,不会造成低丰度离子信息的丢失,同时突破了高分辨质谱二级定量的通量限制。本研究基于静电场轨道阱Q-qIT-OT 三合一质谱,发展了经典DIA 方法以及WiSIM-DIA 和Full MS-DIA两种全新DIA 方法,并对Hela 细胞全蛋白中添加的10 条低浓度肽段进行定量分析,考察方法的线性、重现性和灵敏度。结果表明,3 种方法的定量限均低至amol (14 ~435 amol),并展示出良好的线性和定性确证可靠性。其中,WiSIM-DIA 基于超高分辨一级监测定量,与经典DIA 优势互补;Full MS-DIA 的选择窗口仅3 amu,能够直接进行搜库鉴定,实现了数据依赖性采集(DDA)和DIA 的统一,摆脱了DIA 依赖于DDA 建立谱图库的局限性。 关键词 静电场轨道阱; 数据非依赖性采集; 蛋白质组学; 绝对定量 1引言 数据依赖性采集(Data dependent acquisition, DDA)是串联质谱非目标化合物分析的主要手段。蛋白质组学的经典策略-鸟枪法(Shotgun)即基于DDA 发展而来,利用一级全扫描检测肽段母离子,然后按信号强度排列,将前若干位的母离子依次选择、碎裂,并扫描二级碎片离子。同时,动态排除、价态排除、中性丢失/ 诊断离子触发等技术,使DDA 尽可能多地采集有效肽段谱图,实现鉴定结果最大化[1] 。基于鸟枪法,蛋白质组学已经实现酵母蛋白质组接近完全覆盖,人类蛋白质组也已达到50% 以上的基因组覆盖和7 个数量级的动态范围[2,3] 。然而,DDA 的局限性也逐渐显现:(1) 先强后弱的采集方式易造成低丰度肽段信息丢失;(2) 母离子选择有一定的随机性,造成重现性不佳;(3) 每个循环获得的谱图数量不一,造成扫描点数不均匀,影响定量分析准确性。 目标蛋白质组学针对目标蛋白/ 肽段离子实时监测和采集,避免了DDA 的信息丢失和重现性问题
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膀胱癌研究体内外模型综述
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
膀胱癌是泌尿生殖系统最常见的恶性肿瘤之一，在我国其发病率及病死率均列泌尿生殖系统肿瘤的首位。 2015年全国新确诊为膀胱癌的患者人数超过8万，导致的死亡人数超过3万，约70%以上首诊时是浅表性癌。膀胱癌的高复发率和**后期的并发症是临床**的两大难题。深入研究膀胱癌的发病机制、发展过程及转移规律，是实现膀胱癌临床早诊早治、提高靶向**治愈率的基础。 针对膀胱癌的研究少不了细胞和动物模型的加持。怎么选择这些工具能够帮助我们更好的进行研究，获得阳性数据，发表论文，申请基金，登上人生巅峰，你有了解吗？今天就给大家聊一聊膀胱癌研究中，体内外模型的选择，以及病毒工具的应用。且听在下慢慢道来。 一、我需要哪种细胞模型？是否易于操作？ 俗话说，实验要想做好，细胞必不可少。细胞模型有三个优点：周期短，背景干净，易出结果，所以一般都作为所有研究的第一步。膀胱癌中，移行细胞癌约占患者总数的90%以上，因此也是基础研究的重点。下面总结了一些常用膀胱癌细胞的特性： *更多更全的预实验信息，可咨询当地业务员 二、细胞实验效果不错，那动物实验怎么做？ 做完体外的细胞实验，要想发高分文章，必须要有体内部分的数据来证明。膀胱癌研究中，最常用的动物模型当属皮下移植瘤模型，该模型操作简单、成瘤率较高，已广泛应用于肿瘤基础性研究和抗肿瘤药物研发中。另外，原位模型因为其在膀胱上直接成瘤，能够较好地再现人膀胱癌疾病，也在临床研究上发挥日益重要的作用。 原位膀胱癌模型的建立方法有两种：诱导法、肿瘤细胞移植法。诱导法由于时间跨度过大，限制了其发展应用，目前实验中多采用肿瘤细胞移植法。今天给大家介绍的是通过手术方法将癌细胞直接注入小鼠膀胱建立原位移植瘤动物模型，如以下文献： 三、体内外模型选好了，那么我的实验需要使用哪种方法对基因进行操作呢？ 由于细胞和动物模型的不同特点，常常导致基因操作的难易程度不一样。慢病毒是一种非常高效的基因操作工具
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定量蛋白质组学质谱采集技术进展
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
张伟* (赛默飞世尔科技(中国)有限公司, 上海201206) 摘要 质谱是定量蛋白组学的主要工具。近年来随着定量蛋白质组学研究的深入,传统质谱定量技术面临着复杂基质干扰、分析通量限制等诸多问题。而最近一系列质谱新技术的发展,包括同步母离子选择(SPS)、质量亏损标记、平行反应监测(PRM)、多重累积(MSX)和多种全新数据非依赖性采集(DIA)等,为解决目前蛋白质组学在相对定量和绝对定量分析方面的局限提供了有效途径。本文对定量蛋白质组学目前遇到的瓶颈问题进行了分析,总结了质谱定量采集技术的最新进展,并评述了这些新技术的特点以及在定量蛋白质组学应用中的优势。 关键词 定量蛋白质组学; 同步母离子选择; 平行反应监测; 数据非依赖性采集; 综述 1引言 当今蛋白质组学的关注焦点和研究趋势已经逐渐从定性分析转向定量分析。定量蛋白质组学是对细胞、组织乃至完整生物体的蛋白质表达进行定量分析,对生物过程机理的探索和临床诊断标志物的发现与验证具有重要意义[1,2] 。定量蛋白质组学分为相对定量与绝对定量[3] 。相对定量即差异比较,通过质谱大规模、高通量地对两种或多种不同生理、病理条件下的样本进行定量分析,获得蛋白质表达量的精确差异,主要方法有稳定同位素标记和非标记两种技术手段[4,5] 。绝对定量即获得蛋白的具体表达量,利用质谱监测目标蛋白的专一性肽段(Unique Peptide)获得色谱-质谱峰面积,并与已知量的标准肽段(外标法)或稳定同位素标记的重标肽段(内标法)比较确定具体量,实现绝对定量。主要质谱方法是对专一性肽段进行选择反应监测或称多反应监测(Selected/ Multiple reaction monitoring, SRM/ MRM)[6] 。 稳定同位素标记技术是蛋白质组学相对定量的经典方法。样本在稳定同位素标记后、质谱分析前混合,一次分析实现差异定量,有效消除了色谱和质谱分离分析过程中的不稳定性,最大程度减小了定量误差。常见方法有基于代谢标记的SILAC[7] 、基于酶解标记的18 O 标记[8] 和基于化学标记的二甲基化
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