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藻类光合生理研究技术方案
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
藻类光合生理研究技术方案：FL双调制高灵敏度、高时间分辨率叶绿素荧光测量，光合放氧测量，光合热释光测量 AlgaTech®藻类在线监测技术方案：叶绿素荧光监测，溶解氧、pH与温度监测、多参数营养盐监测 手持式藻类光合生理测量技术：叶绿素荧光测量、光谱测量、溶解氧测量，藻类光合生理测量研究尽在掌握中！ 77K、叶绿素荧光光谱测量技术方案： 参考文献：R.Kana. Application of spectrally resolved fluorescence induction to study light-induced nonphotochemical quenching in algae. Photosynthetica, 2018; Spectral characteristic of fluorescence induction in a model cyanobacterium Synechococcus sp.(PCC 7942). Biochimica et Biophysica Acta, 2009.
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AlgaTech®藻类光谱成像分析全面技术方案
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
易科泰生态技术公司提供藻类光谱成像分析全面技术方案： 叶绿素荧光成像技术、多光谱荧光成像技术 高光谱成像与高光谱荧光成像技术 藻类高通量表型成像分析平台 配套藻类培养与在线监测 AlgaTech®高通量藻类表型分析平台在海洋大学安装运行：该平台由易科泰研发设计，集双轨式自动升降控制、高精度移动扫描平台、多光谱光源系统，高光谱成像、叶绿素荧光成像、多光谱荧光成像、RGB成像分析，可为藻类表型和生理生态研究提供全面、一站式解决方案。左图为平台安装测试，右图为海带光高光谱成像分析。 自左到右：.土壤小球藻环境毒理学研究（引自：Sun-Hwa Nam etc. Quantitative assessment of photosynthetic activity of Chlorella (Class Trebouxiophyceae) adsorbed onto soil by using fluorescence imaging, Environmental Pollution, 2019）；微拟球藻叶绿素荧光成像（Fo）（引自：Giorgio Perin etc. Generation of random mutants to improve light-use efficiency of Nannochloropsis gaditana cultures for biofuel production, Biotechnology Biofuels, 2015）；莱茵衣藻生长曲线与非光化荧光淬灭NPQ（引自：Silvia Berteotti etc. Increased biomass productivity in green algae by tuning non- photochemical quenching, Nature Scientific Report, 2016） 左图：高光谱成像技术分析藻类生长（Pauliina Salmi etc. Rapid Quantification of Microalgae Growth with Hyperspectral Camera and Vegetation Indices, Plants, 2021）；右图：栅藻脂质含量（Xiaoli Li etc. In situ and non-destructive detection of lipid concentration of Scenedesmus obliquus using hyperspectral imaging technique, Algal Research, 2020）
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猪等孢球虫通用PCR检测试剂盒使用说明书
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
猪等孢球虫通用PCR检测试剂盒说明书 本产品是即用型PCR试剂盒的改良产品， 含有Taq DNA 聚合酶、dNTPs、MgCl2、反应缓冲液、PCR 增强剂、上样染料等所有PCR 所需要的成分，用户只需加入模板和引物即可进行PCR 反应，具有广泛的用途。 . 方便，用户只需准备模板和引物既可以进行PCR 实验。 2. 快捷，操作步骤已经限度地简化，能减少污染，降低实验误差。 3. 本产品A 型含电泳染料，PCR 反应液可直接上样电泳，进一步简化了操作。 4. 由于各成分的浓度和比例都经过精心优化，反应的灵敏度高，特异性强。能扩增各种常见的DNA 样品。 5. 产物可直接用于T 载体克隆，不需要额外的加A 反应。 使用及效果：将本产品5 μL 与用户自备的模板，引物和水共5 μL 混合后，直接进行PCR反应（PCR 参数由用户自己确定），反应结束后直接取0 μL 电泳检查扩增结果。 技术特点： 、准确可靠，临床双盲对照试验＞000例，结果与金标准测序法比对，结果一致性大于99%。 2、高灵敏：可检测低至0ng的人基因组DNA。 3、快速：整个检测流程只需3小时。 4、简便：试剂盒提供预混好的试剂，使体系配置操作简便。 5、防污染 6、高特异性：双重特异性组成，保证检测结果的特异性和准确性引物与DNA互补链结合必需完全配对，才能延伸。探针特异性与所检测基因的PCR产物配对，在延伸中产生荧光。 组成及试剂配制: 、 酶标板：一块（96孔） 2、 标准品（冻干品）： 2瓶，请临用前5分钟内配制。每瓶以样品稀释液稀释至0.5ml，盖好后室温静置大约0分钟，同时反复颠倒/搓动以助溶解，其浓度为200 U/L，然后做系列倍比稀释（注：不要直接在板中进行倍比稀释），分别配制成200 U/L，00 U/L，50 U/L，25 U/L，2.5 U/L，6.25 U/L，3.2 U/L，样品稀释液直接作为空白孔 0 U/L。如配制00 U/L标准品：取0.3ml （不要少于0.3ml ）200 U/L的上述标准品加入含有0.3ml样品稀释液的Eppendorf管中，混匀即可，其余浓度以此类推。 3、 样品稀释液：×20ml。 4、 检测稀释液A：×0
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SCID小鼠（重度联合免疫缺陷小鼠）
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
SCID小鼠，即重度联合免疫缺陷（server combined immune-deficiency，SCID）小鼠，最早在1980年由Dr. Bosma及其团队在C.B-17/Icr小鼠中发现（这个品系后被命名为C.B-17 SCID小鼠）。SCID小鼠具有16号染色体上的隐性基因突变（PrkdcSCID）。Prkdc基因编码了DNA依赖性蛋白激酶的催化亚基（DNA-PKcs）。该蛋白参与了T、B 细胞的 T 细胞抗原受体（TCR）、B 细胞抗原受体（BCR）基因的V（D）J重排（图1）。因此， SCID小鼠缺乏有功效的T、B淋巴细胞。大多数纯合子体内缺乏可检测水平的IgM，IgG1，IgG2a，IgG2b，IgG3或IgA，且其胸腺，淋巴结和脾滤泡几乎没有淋巴细胞。 但随着年龄的增长，部分SCID小鼠会出现免疫泄露（Leakiness）--小鼠体内产生少量有功能的T、B细胞和免疫球蛋白（immunoglobulin, Ig）。这种现象在non-SPF条件下饲养的SCID小鼠中发生率更高。目前，SCID小鼠产生免疫泄露的分子机制仍不明确，且没有一个明确的判定标准（Jax公司认为血清Ig含量>1 ug/ml 的SCID小鼠属于“leaky”）。并且，这种免疫泄露在不同遗传背景的SCID小鼠中的发生率不同：一般来说，SCID小鼠在C57BL/6J 和BALB/c 背景上的泄漏率高；在C3H背景上较低；而在NOD背景上极低。 图1. V（D）J重排[1] 此外，SCID小鼠对辐照敏感。已知辐照会造成DNA双链断裂，而DNA-PK参与了DNA双链断裂的修复（图2）。因此，含有PrkdcSCID突变的细胞由于无法有效修复其受损DNA，会导致细胞损伤和死亡。 图2. DNA PKcs参与了DNA双链断裂的修复[2] 相对于只有T细胞缺陷的裸鼠，SCID小鼠免疫缺陷程度更高，在成瘤所需肿瘤细胞接种量以及成瘤速度上都有一定优势，可以更有效地进行异种移植，包括人源肿瘤细胞系异种移植(cell derived xenograft, CDX)和人源肿瘤组织异种移植（Patient-derived tumor xenograft, PDX）等。此外，通过将PrkdcSCID突变引入不同遗传背景的小鼠品系中，可以得到各具特点的SCID小鼠（表1）。 表1. 不同SCID小鼠的特点比较[3-
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基于非靶向的体内微生物代谢谱识别食品基质中的病原菌
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
发表期刊：Food Research International 影响因子：5.339 平台：SPME/GC × GC- QTOF-MS 研究对象：微生物发酵液、空白发酵液、含菌食品（虾、牛肉、猪肉和牛奶）、空白食品。 1.研究背景 目前，食源性病原菌是影响食品安全的首要因素，建立一种操作方便，有效实用的食源性病原体检测方法显得尤为重要。微生物挥发性有机物（MVOCs）检测已经成为揭示食品中病原菌腐败和污染的一种新颖且有效的手段，但是，MVOCs种类繁多，受微生物种类、生长基质、环境条件等多种因素影响，导致了MVOCs浓度差异巨大。 本文采用的新型的全二维色谱技术和疏水-亲水平衡固相微萃取（SPME）探针技术具有物质分离效果好，捕获代谢物范围广的优点。旨在通过对不同菌种的MVOCs检测，寻找到不同微生物挥发性代谢标志物。从而建立一种食源性致病菌识别新方法。 2.研究思路 3.研究结果 1. 质谱方法优化 本文的适用性验证基于聚合物复合萃取探针，将该探针与三个商用萃取探针相比较，包括DVB /CAR/ PDMS(50/30μm), PDMS / DVB(65μm)和PDMS(75μm)。从提取的Shigella sonnei MVOCs的总峰面积来看1-1，新型SPME探针具有较大的峰面积，提取效果**。结合定性比较结果，PDMS或CAR/PDMS对双极性化合物(如醇和酮)的灵敏度较低。与DVB/CAR/ PDMS相比，新型SPME探针具有更高的保留能力，更适合于提取不同理化性质的MVOCs。因此，新型的SPME探针有助于提供更全面的MVOCs谱，为我们后续的实验提供了有力的工具。考察了气相炉升温速率和萃取时间对萃取效果的影响。优化结果如图1-2，1-3所示。在初始温度不变的条件下，以5℃ /min的加热速率从50 ℃~ 230℃，对MVOCs的检测灵敏度优于其他加热方案。同样，为了获得更好的提取效果，根据图1-3中总峰面积随提取时间的延长而增加的结果，选择60 min作为最佳条件。 图1 1-1SPME探针纤维（左）；1-2温度程序（中）；1-3提取时间（右） 2. MVOCs的鉴定与分析 优化后，将所建立的方法应用于5种食源性致病菌体
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科研用细胞系鉴定的6大要求
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
一种新细胞系，不论是从原代培养衍生或是从已有的细胞系衍生，很难估计它未来的价值。通常要经过一段时间的应用、传播以后，该细胞系真正的重要性才体现出来。这时，需要有关其起源的详细信息，然而已经为时太晚，无法回顾性的收集信息。因此，从组织分离或得到一种新的细胞系开始，充分记录有关细胞系的起源和处理的详细资料，是至关重要的。这些记录形成该细胞系的“身世”，记录越详细，价值越大。 随着细胞系通过细胞库和私人联系广泛传播到已远离其起源的各研究室及商业公司，细胞培养工作中细胞系起源方面的问题也变得尤其重要，特别是当研究需要使用成分明确的细胞时，细胞的真实性即成为关键。在获得细胞时就应鉴定其真实性，并在使用观察中定期鉴定，而且这些鉴定的结果要与现有的数据一致，并补充到已有的“身世”记录中。 鉴定细胞系主要有6个方面的要求： （1）证实没有交叉污染 （2）确定其来源的物种。 （3）与来源组织的关系，包括下列特性： a.确定细胞所属谱系； b.谱系中细胞所处的位置（即干细胞阶段、前体细胞阶段或分化阶段）。 （4）确定细胞系转化与否： a.该细胞系是有限细胞系还是连续细胞系； b.细胞系是否表达恶性特征。 （5）是否有迹象表明细胞系有遗传不稳定和表型多样性的倾向。 （6）确定一组起源相同的细胞中的特定细胞系，以及选出的细胞株或杂交细胞系，都需要证明该种细胞系或细胞株的独特特征。 细胞系的鉴定是至关重要的，不仅决定其功能，而且也证明其真实性。我们应当特别注意细胞系被已有的连续细胞系污染的可能性，或由于标记错误、处理混乱而错认。
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癌症驱动的髓系细胞功能异常
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
免疫稳态通过髓系和淋巴系反应的充分平衡来维持。包括癌症在内的慢性炎症状态中，这种平衡被破坏，原因是髓系细胞的快速扩增，无法成熟为功能性炎症细胞（中性粒细胞、巨噬细胞、树突细胞），从而导致抗肿瘤淋巴样反应的下降。 癌症相关炎症伴随造血生长因子和细胞因子的产生，招募和激活髓系前体细胞，导致持续的慢性炎症。病理性的慢性炎症会改变髓系细胞的代谢，再加上肿瘤细胞竞争必需的营养物质，以及缺氧诱导的代谢重编程，可以加剧这种代谢变化。 病理性髓系细胞生成 （pathologic myelopoiesis） 髓细胞生成增强被认为是驱动炎症性疾病，包括癌症的主要因素，其特征是髓系祖细胞分化异常，具有抑制功能的功能障碍的髓系细胞积累，包括髓系抑制细胞(MDSCs)、耐受性树突细胞(tolerogenic dendritic cells，tDCs)和肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)。 造血干细胞(HSCs)在癌症慢性炎症刺激下持续激活，或在急性感染或者败血症情况下过度激活，以牺牲淋巴细胞生成为代价，导致不成熟和功能失调的髓系细胞扩张，包围和耗尽抗肿瘤免疫，从而导致局部和系统性宿主免疫抑制。这种病理性的髓系细胞生成导致促疾病表型。 这是一个悖论，髓系细胞生成是机体抗肿瘤，抗感染的有生力量，但是异常的病理性的髓系细胞生成，却是促进疾病，促进肿瘤的。 代谢-肿瘤相关炎症-髓系细胞-免疫** 肥胖和脂肪组织巨噬细胞通过释放各种炎症性细胞因子和脂肪因子，激活转录因子（PARs、RORC1/RORγ和C/EBPβ），激活影响HSC的增殖和分化，来促进髓系细胞的扩张。 肿瘤细胞可以促进髓系细胞的扩张，主要是通过释放一系列的因子（CSFs, IL-1, IL-17, 和PGE2），上调转录因子（p50NF-κB、STAT3和PU-1）。 癌细胞产生腺苷、VEGF和IL-10可诱导iDc的肿瘤促进表型(IL-10高/IL-12低)。然后将新出现的髓系细胞招募到肿瘤部位，获得抑制剂表型（TAM、TAN、MDSC和iDC），并建立免疫抑制的肿瘤微环境(TME)。 肿瘤微环
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平衡透析法测定血浆蛋白结合率原理
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
平衡透析法测定血浆蛋白结合率原理 药物血浆蛋白结合率（Plasma Protein Binding, PPB）即血液中与蛋白结合的药物占总药量的百分数，可以反映药物与血浆蛋白结合的程度。药物血浆蛋白结合率是药物在动物体内重要的药理学参数之一，影响着药物体内游离浓度进而影响药物的分布与排泄。药物在进入血液后与血浆蛋白会有不同程度结合，血液中游离药物的比例会影响其在体内吸收、分布、代谢和排泄的过程，与血浆蛋白结合的药物可能会有更长的半衰期和清除速率，因此测定血浆蛋白结合率对于理解化合物的活性以及组织分布有很重要的参考意义。 1 结合蛋白类型 血浆蛋白主要作为载体负责各类外源性和内源性分子在循环系统内的转运。其中参与小分子药物结合的主要有白蛋白、α-1-酸性糖蛋白（AAG）、球蛋白和脂蛋白，主要以白蛋白和α-1-酸性糖蛋白（AAG）为主。药物与蛋白的结合强弱主要与药物-蛋白亲和力、蛋白丰度相关。 2 血浆蛋白结合率常用测定方法 目前常用于药物血浆蛋白结合率测定的常用方法包括平衡透析法（Equilibrium Dialysis），超滤法（Utrafiltration Method），超速离心法（Ultracentrifugation Method），凝胶过滤法（Gel filtration）等。 其中，平衡透析法是基于药物结合的平衡原理来测定药物游离浓度最常用的方法，也是研究药物血浆蛋白结合率的经典方法。超滤法使用滤膜分立自由的药物和结合蛋白的药物，时间短，但确定点是药物容易结合到超滤过程使用的器械上，从而影响检测结果。平衡透析法虽然比超滤法耗时多一些，但它使用teflon镀层的平衡装置，能大大减少药物的非特异性结合，得到更精确的结果。目前，平衡透析法已有96孔板的高通量测试形式，可以实现同时测试大量候选药物的蛋白结合率。 平衡透析法 常用血浆：大鼠血浆，小鼠血浆，比格犬血浆，猴血浆，人血浆 分析方法：LC-MS/MS，GC-MS等 各种药物以一定的比率与血浆蛋白结合之后，在血浆中会同时存在结合型与游离型两种类型，游离性药物具有
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成年大小鼠心肌细胞分离操作方法的技术改进历程汇总
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
近年来，随着心脏电生理研究的不断深入和细胞分子生物学在心血管研究领域的不断普及，成年大小鼠心肌细胞已广泛用于成熟心肌细胞离子通道、蛋白免疫化学、心肌病及心肌梗塞等模型的实验研究中。成熟心肌细胞不仅在结构和功能上更接近在体细胞，并且成熟心肌细胞的体外培养模型可以排除成纤维细胞对实验结果的干扰。 图1.心脏结构图 心脏由心肌细胞和间质细胞组成。心肌细胞占心脏总体积的75%,但细胞数仅占心脏细胞总数的1/3。出生后心肌细胞丧失增值能力，是高度分化的终末细胞，主司收缩功能。间质细胞由成纤维细胞、血管平滑肌细胞、神经细胞及巨噬细胞等组成。成纤维细胞占间质细胞90%以上，成纤维细胞具有分泌功能，合成和分泌生物活性物质，调节自身胶原的产生及周围心肌细胞的形态结构和生理功能。 图2.心脏细胞组成 心肌细胞按生理功能分为两类:一类为工作细胞,包括心房肌及心室肌,胞浆内含有大量肌原纤维,因而具有收缩功能,主要起机械收缩作用。除此以外,还具有兴奋性、传导性而无自律性。另一类为特殊分化的心肌细胞,包括分布在窦房结、房间束与结间束、房室交界、房室束和普肯耶纤维中的一些特殊分化的心肌细胞,胞浆中没有或很少有肌原纤维,因而无收缩功能,主要具有自律性,有自动产生节律的能力,同时具有兴奋性、传导性。无论工作细胞还是自律细胞,其电生理特性都与细胞上的离子通道活动有关,跨膜离子流决定静息膜电位和动作电位的形成。 图3成年大鼠心肌细胞（来源：齐氏生物） 1969年Kono和Powell等先后应用酶解法对成年大鼠心肌细胞进行分离，1977年Jacobson成功进行了成年大鼠心肌细胞的培养。龙西林等于1991年率先在国内分离出成年大鼠心肌细胞。成年大小鼠心肌细胞的分离与培养难度较大，酶解法用于成年鼠心肌细胞的分离已有近五十年的历史，但至今仍无统一方法可循。目前
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徕卡课堂|即刻乳腺重建术：GLOW800增强现实技术的优势和受益
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
Dr. Harold Chatel访谈 Dr. Harold Chatel是一名整形重建外科医生，现就职于法国巴黎的一家著名医院。他的专长之一是肿瘤后重建和即刻乳房重建。他就职的医院在Newsweek 2021排名当中获选为世界著名肿瘤医院之一，该排名同时也是对医院尖端设备和高级医学人才的一种认可。 在即刻乳腺重建手术中Dr. Harold Chatel使用GLOW800来检查吻合后的游离皮瓣血管化情况 肿瘤重建手术如即刻乳腺重建等，在很大程度上都要依赖于游离皮瓣技术。精细的显微外科技术和高质量的可视化是实现较好手术效果和优化患者康复的关键。 GLOW800是为支持外科医生工作而开发并申请专利的新型血管荧光成像技术。该产品能够以自然解剖颜色观察解剖结构并通过实时观察血管流动和组织灌注来获得全术野的观察。利用GLOW800增强现实荧光技术，外科医生可在肿瘤重建手术期间做出较有把握的决策。 访谈中的关键亮点 Dr. Chatel认为，内置于手术显微镜的GLOW800增强现实荧光技术“让游离皮瓣技术在精益求精的道路上再迈进了一步”。 在即刻乳腺重建当中，该技术可帮助外科医生： 通过吲哚菁绿（ICG）确认皮瓣存活性 拟定乳房切除术，确定可存活的皮肤和不可存活的皮肤 提高皮瓣分层的精度 避免脂肪坏死等并发症 因此术后恢复期往往时间更短，让医生和患者都享受到较大受益。 此外，GLOW800增强现实荧光在手术室（OR）中操控也非常便捷： 图像可在高清4K显示器上显示 无需关灯，无需改变手术环境 该技术增强了教育培训的效果，允许手术室中的每个人在显示器的2D或3D图像上轻松跟进手术的每一步 了解更多：徕卡显微
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抗体依赖增强作用ADE免疫学基础和抗体疫苗开发的提示
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
去年8月份的一篇老文章，最近ADE又吵的火热了，再发给大家看看。 抗体依赖的增强作用（Antibody- dependent enhancement，ADE) 是病毒感染后（疫苗接种类似），产生的抗体为非中和或弱中和作用，此类抗体促进病毒进入和感染宿主细胞，导致传染性和毒力增强。 1973年Halstead等科学家在登革热感染中描述了ADE，认为主要机理是结合病毒的抗体，其IgG Fc段和细胞表面FcγRs交联，形成多聚体，并通过胞吞内化，病毒借机进入细胞内，复制，增殖，产生感染。 FcγR及其功能 FcγR分类及免疫细胞表达 其中FcγRIIb、胞内段为ITIM（immunoreceptor tyrosine inhibitory motif，免疫受体酪氨酸抑制基序），FcγRIIIb不含胞内段。其余FcγR均为ITAM（immunoreceptor tyrosine activating motif，免疫受体酪氨酸激活基序）。 B细胞只表达FcγRIIb（参与生发中心高亲和力抗体产生)，T细胞不表达 FcγR。 FcγR信号通路 ①FcγR被IgG免疫复合物交联 ②ITAM磷酸化，激酶SYKSRCPKC激活 ③钙离子内流 ④Actin重排，吞噬IgG免疫复合物 ⑤转录激活 ⑥细胞因子和趋化因子释放 功能 脱颗粒 颗粒细胞（中性粒，碱性粒细胞，酸性粒细胞）在活化后，产生活性氧（reactive oxygen species，ROS）活性氮（reactive nitrogen species，RNS），产生细胞毒性，抗微生物感染。另外，钙离子内流，也会出发脱颗粒（ 丝氨酸蛋白酶，白三烯，抗菌活性蛋白质，如溶菌酶和乳铁蛋白，以及抗菌肽，如α防御素等）。 NK细胞也类似，激活后，释放穿孔素和颗粒酶等，产生抗病毒活性。 吞噬及抗原递呈 FcγR被交联激活后，DC细胞，单核细胞，巨噬细胞诱导IgG调理素作用，吞噬病毒和感染的细胞（病毒在其中复制），称之为抗体依赖的细胞胞吞作用（ antibody- dependent cellular phagocytosis. ADCP）。 ADE 一些研究显示：体内非中和抗体，可能会导致ADE。 登革热ADE ADE最早的报道来自于登革热
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Prkdc基因及其在NHEJ中的作用
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
想调整研究方向，获得学术研究突破口？想获得论文选题思路，提高发文命中率？你需要了解学科发展态势和未来走向！赛业生物专栏《Gene of the Week》每周会根据热点研究领域介绍一个基因，详细为您介绍基因基本信息、研究概况和应用背景等，助您保持学术研究敏锐度，提高科学研究效率，期待您的持续关注哦。今天我们要讲的主角是编码了NHEJ通路中关键蛋白DNA-PKcs的Prkdc基因。 基因基本信息 备注：标有√的意为赛业红鼠资源库有该种保存状态的小鼠 Prkdc编码的DNA-PKcs DNA依赖性蛋白激酶（DNA-dependent protein kinase, DNA-PK）是一个由DNA激活的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，大量表达在几乎所有哺乳动物的细胞中。DNA-PK是DNA修复的关键蛋白激酶，参与了非同源末端连接(non-homologous end joining，NHEJ)。此外，DNA-PK也参与了基因的转录调控等过程[1]。DNA-PK由3个亚基组成：Ku80、Ku70和DNK-PKcs（图1）。其中，XRCC5基因编码了Ku80，XRCC6基因编码了Ku70，而Prkdc基因编码了DNK-PK的催化亚基（DNA-PKcs）。DNA-PKcs 能被分为三个大型结构单位：一个N端螺旋结构域（N-terminal arm），一个含有多种HEAT（Huntingtin, Elongation Factor 3, PP2A和TOR1）重复序列和大量保守的磷酸化簇的圆形摇篮结构域（circular cradle），以及一个含有高度保守的激酶结构域（kinase）的C端结构域（C-terminal head）。 图1. DNA-PK的结构[2] A）Ku80显示为黄色，Ku70显示为绿色，DNA-PKcs显示为彩色。Ku70和Ku80的核心（core）形成与DNA结合的Ku异二聚体，如图B所示。Ku80CTR和Ku70CTR代表了两个蛋白的C端区域（C-terminal regions，CTR）。与DNA-PKcs互相作用的C端区域显示为黑色。 B）上图：与DNA结合的Ku70/80的晶体结构(PDB code: 1JEY) 。下图：Ku80CTR球状结构域（globular domain）的核磁共振结构(PDB code: 1Q2Z) 。 C) DNA-PKcs的晶体结构(PDB code: 5LUQ)，着色方案与图A对应。Head包括FAT (FRAP, ATM, TRRAP)
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无菌鼠的饲养方法与应用
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
无菌小鼠及肠道微生物移植小鼠模型是研究肠道微生物-宿主间相互作用非常重要且有效的实验工具。在基因修饰小鼠的基础上，构建相应无菌化小鼠可实现对特定基因与肠道微生物相互作用机制进行研究。而且，通过移植人肠道微生物建立的人源化小鼠模型可以再现独特人肠道微生物组成。这类小鼠模型的建立为阐明肠道微生物在人相关疾病形成过程中的因果/影响作用提供了强有力的工具。 那么什么是无菌小鼠？培养无菌小鼠需要哪些条件？无菌小鼠有哪些应用呢？赛业生物无菌鼠服务业务主管张征针对这些问题进行了主题为“无菌小鼠养成记”的线上课程。 为什么要研究人肠道微生物组？什么是无菌小鼠及其特征？如何构建肠道微生物小鼠模型？肠道微生物人源化小鼠在代谢、肿瘤、神经和肝脏等相关疾病研究中的如何应用？赛业生物高级科学家俞晓峰博士围绕以上问题进行了主题为“无菌小鼠在肠道微生物组学研究中的应用”的线上课程。 针对无菌鼠课程答疑环节大家提出的问题，我们进行了收集整理，下文为赛业生物无菌鼠服务业务主管张征针对答疑环节提出的代表性问题给出的详细解答。 一、关于无菌孕鼠的喂养 无菌孕鼠饲养于无菌隔离器内，属于无菌级实验动物。饲养无菌孕鼠的所有操作需严格按照隔离包物品进出流程，保证隔离包内环境始终处于无菌状态。此外，我们还需要从以下几个方面关注无菌孕鼠的日常照料问题： 1. 关注孕鼠的健康情况：大周龄的繁殖对需及时淘汰，孕鼠周龄太大，可能会发生难产现象； 2. 确保营养充足：母鼠在妊娠期或哺乳期对于蛋白质、维生素、脂肪等营养物质需求比较高，可以添加瓜子以求母鼠有足够的营养哺育下一代； 3. 分娩和生产后避免打扰：母鼠在分娩过程中或哺乳期受较大噪音、惊吓等刺激以及频频观察有可能导致母鼠吃仔；另外，补充食物和水时动作需轻柔，因为此时的母鼠既虚弱又神经质； 4. 尽量避免混入陌生气味：尽量产后一周内不换笼；换笼后可以从旧笼盒中取少量垫料和粪便放入新笼
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KO细胞中目的蛋白残留问题及解决方案
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
在我们鉴定基因敲除（KO）细胞是否建立成功时，除了基因水平的测序、PCR等方法外，蛋白水平的Western Blot验证也是一个重要的方法。特别是对于文章发表中结果的呈现，Western Blot图尤为重要。但在实际实验的过程中，偶尔也会出现测序鉴定为KO纯合子但WB实验却有条带的情况，即蛋白残留。那么基因敲除细胞时蛋白残留是如何产生的呢？ 1 由于目的基因的多转录本引起的蛋白残留 基因一般含有多个不同的转录本，在选择敲除位点时，有时会很难保证覆盖所有的转录本，而未被影响到的转录本就有可能正常转录翻译从而表达出具有部分功能域的蛋白。因此，我们在设计KO细胞方案时，应综合考虑数据库基因信息、文献，甚至通过预实验，从而尽可能地覆盖多个转录本，当然，这就对方案设计的人员有较高的技术和经验要求。 2 由于基因的可变剪切引起的蛋白残留 可变剪切指当某个外显子被破坏或缺失时，其转录的mRNA前体通过不同的剪接方式产生不同的mRNA剪接异构体的过程，是调节基因表达和产生蛋白质多样性的重要机制。当我们构建KO细胞时，敲除位点处外显子被切割后，包含在内含子中的RNA剪接规则同时被破坏，在一定情况下，缺失的外显子序列在RNA剪切阶段被略过，直接将其上游的外显子与下游的外显子相连，形成一种全新的mRNA，从而继续蛋白的翻译。 可变剪切发生机制 3 外因——Western Blot抗体的选择 Western Blot检测技术是基于抗原抗体的特异性结合的原理，且抗体并不是识别整个目的蛋白，而是识别某段特定氨基酸序列或其中某部分功能结构域，即抗体的特异性。因此，在采用Western Blot检测KO细胞是否存在蛋白残留表达时，如果选择的敲除位点相对靠后，而抗体与蛋白的结合区域若存在于敲除位点之前，便可能会出现抗体与N端残留蛋白的结合，从而导致Western Blot检测条带的出现。不过对于这种情况，目的蛋白的功能很可能已经丧失。 我们该如何规避蛋白残留风险？ 首先，也是最重要的，就是gRNA的设计！gRNA
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参与心肌梗死后组织修复的重要分子
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
深圳大学医学部刘杰教授领导的研究团队最近发现，缺氧诱导有丝分裂因子（HIMF）可促进巨噬细胞向M1表型转化而加重心肌梗死损伤，表明HIMF可能是**心肌梗死的一个新靶点。这项成果于近日发表在《Basic Research in Cardiology》杂志上。 在心肌梗死（MI）发生后，炎症反应会促进受损组织的清除，在左心室的重塑中发挥积极作用。然而，炎症反应过度会导致心肌梗死面积增大并影响伤口修复，造成长期心力衰竭。心肌梗死的主要浸润免疫细胞是巨噬细胞，它们通过分化为不同的促炎性（Ly6Chigh, M1样）或促愈（Ly6Clow, M2样）亚群来协调炎症反应。因此，调节巨噬细胞的极化功能是一种有潜力的**策略，有助于在心肌梗死后进行组织修复。不过，目前尚不清楚调节M1/M2表型转化的机制。 缺氧诱导有丝分裂因子（HIMF）属于富含半胱氨酸的抵抗素样分子（RELM）家族，在哺乳动物中高度保守。HIMF可在免疫细胞中经刺激产生，特别是在巨噬细胞中，可被Th2细胞因子高度诱导。不过，它在巨噬细胞中的功能还不清楚。研究人员在此想了解HIMF是否参与巨噬细胞转化，以及在心肌梗死后的组织修复中发挥何种作用。 HIMF在心肌梗死后上调 研究人员通过冠状动脉结扎诱导Himf−/−和WT小鼠心肌梗死。他们发现在心肌梗死3天后，WT小鼠左心室梗死区中的HIMF蛋白水平显著升高，7天后边缘区中的HIMF蛋白水平显著升高，表明HIMF在心肌梗死后上调。同时，Himf−/−小鼠在心肌梗死后的心脏射血分数和缩短分数显著高于野生型小鼠，这表明Himf缺失改善了心肌梗死心脏的收缩功能。 HIMF促进巨噬细胞M1型极化 通过免疫染色分析，研究人员发现，HIMF主要是由巨噬细胞产生的。与WT小鼠相比，Himf−/−小鼠左心室边缘区和梗死区中M1型炎性细胞因子（包括IL-6、TNFα、IL-1β和NOS2酶）的mRNA水平升高程度较低。同时，M2型修复基因则显示出不同的表达模式。例如，Himf−/−小鼠左心室梗死区中Arg1酶的表达则明显高于WT小鼠（图1）。这些数据表明，HIMF敲除
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