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临床代谢组学研究常见问题（一）
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
分享一些我们举办完第一期微信公开课——临床代谢组学研究策略后，所收集到的常见问题，供大家学习和参考。 Q：如何设置验证集和测试集？ A：按我理解你想问的问题是：training set训练集和test set测试集的设置问题。我们做分析化学、生物化学或者分子生物学的初学者通常会混淆这几个数据集概念，通常是我们中文翻译产生的歧义。 机器学习中，数据通常分为三类：Training Set训练集，Validation Set验证集，和Test Set测试集。B.D. Ripley在他的‘Pattern Recognition and Neural Networks’ Cambridge University Press, 1996, ISBN 0-521-46086-7 书中做了如下定义和分类。 训练集Training Set: A set of examples used for learning, which is to fit the parameters [i.e., weights] of the classifier. 训练模型或模型参数调试 验证集Validation Set: A set of examples used to tune the parameters [i.e., architecture, not weights] of a classifier, for example to choose the number of hidden units in a neural network. 模型或参数的优化及确定 测试集Test Set: A set of examples used only to assess the performance [generalization] of a fully specified classifier. 纯粹测试已建立模型的预测能力 那么比较理想的分类的百分比是，我建议大人群的队列研究（样本量比较大，如 >100以上） 推荐1 推荐2 训练集Training Set ≥50 60 验证集Validation Set 25 20 测试集Test Set 25 20 现实情况一般受样本量大小限制，从而演变成这样 数据集 推荐1 推荐2 推荐3 训练集+验证集Training Set+ Validation Set 60 70 80 测试集Test Set 40 30 20 而代谢组学研究中，样本量极少的实验，如细胞实验、动物实验的代谢组学数据，也会看到不严谨的做法（往往也被接受）是： 数据集 训练
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DNA条形码技术那点事
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
DNA条形码技术是通过DNA序列对物种进行快速、准确识别的技术。该技术为研究物种的进化 规律 、遗传变异、系统发育以及生物多样性等提供理论依据。由于该技术具有利用生物种群中的某些遗传保守性很强的DNA片段进行物种鉴定和亲缘关系的定位，了解其分支来源，甚至可以预知其进化方向等，使其成为近年来生物分类学家关注的热点。 1、工作流程 DNA条形码技术所应用的分子生物学技术并不复杂，主要工作流程包括样品采集、DNA提取、设计和合成通用引物、选引物，优化反应条件进行PCR扩增、PCR产物的纯化、序列测定和分析。简单来说，即通过对一组来自不同生物个体的短的同源DNA序列(约800 bp )进行PCR扩增和测序，随后对测得的序列进行多重序列比对和聚类分析，从而将某个体精确定位到某个分类群中。 序列数据分析是DNA条形码探索的最重要环节，首先进行序列比对和人工校正，通过MEGA 或PAUP 计算 种内和种间的K2P距离，用于表示不同分类阶元之间的序列变异程度，比较种、属和科 3 个水平上的序列差异， 然后根据计算结果建立NJ 树(neighbourjoining tree)，最后依据DNA条形码遗传距离就能对未知标本进行分类和鉴定。 2技术特点 (1)不受发育阶段的影响。同种生物的DNA序列信息在不同的生命周期是相同的，所以该技术检测对象可以是生物生命过程中的每一时期。 (2)不受个体形态特征的影响。对于被子植物来说，根据缺少花果的标本，很难正确鉴定。应用DNA条形码技术分类即使当样本受损也不会影响识别结果，而且还能准确地辨别形态相似性很高的物种。 (3)不受物种的限制。一个标准DNA条形码数据库一但建立，可使各种物种的鉴定成为可能，不限于濒危物种、土著物种或入侵种等。 (4)可以鉴定出许多群体中普遍存在的隐存分类单元。 (5)获取信息量大。可通过建立DNA条形码数据库，一次快速鉴定大量样本。 (6)精确性高。DNA条形码技术利用碱基ACTG组成的序列使物种鉴别数字化。这种技术相对于表形标记鉴定方法，具有更加准确
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二氧化碳培养箱应用技术浅谈
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
二氧化碳培养箱是通过在培养箱箱体内模拟形成一个类似细胞/组织在生物体内的生长环境，如稳定的温度（37°C）、稳定的CO2水平（5%）、恒定的酸碱度（pH值：7.2-7.4）、较高的相对饱和湿度（95%），来对细胞/组织进行体外培养的一种装置。 应用范围 其广泛应用于细胞、组织培养和某些特殊微生物的培养，常见于细胞动力学研究、哺乳动物细胞分泌物的收集、各种物理、化学因素的致癌或毒理效应、抗原的研究和生产、培养杂交瘤细胞生产抗体、体外授精（IVF）、干细胞、组织工程、药物筛选等研究领域。 用户要求 用户对二氧化碳培养箱都有两条最基本的要求： 一是要求二氧化碳培养箱能够对温度、二氧化碳浓度提供最精确稳定的控制，以便于其研究工作的进展； 二是要求二氧化碳培养箱能够对培养箱内的微生物污染进行有效的防范，并且能够定期消除污染，以保护研究成果，防止样品损失。 微处理控制系统 微处理控制系统是维持培养箱内温度、湿度和CO2 浓度稳态的操作系统。微处理控制系统和其它各种功能附件（如高低温自动调节和警报装置、CO2警报装置、密码保护设置等）的运用，使得二氧化碳培养箱的操作和控制都非常的简便。 如：带有LCD液晶屏显示 的PID 微处理器触摸屏控制系统，它能严格控制气体的浓度并将其损耗降至极低水平，以保证培养环境恒定不变，且能保证长期培养过程中箱内温度精确，液晶显示，可以做到图形化过程监控、干预事件记录等。此外报警系统也是不可少，它能让你及时知道培养箱出现的情况，并做出反应，从而限度地降低了损失，保证实验的连续性。有些培养箱有声/光报警装置，温度变化达±0.5℃，或CO2 浓度变化达±5%时，即会自动报警；有些具有CO2 浓度异常报警显示功能；有些具有低压、断电报警功能。这些装置都是为了方便使用者，以减少繁琐枯燥的实验过程而设计的。 加热方式 气套式加热和水套式加热，两种加热系统都是精确和可靠的，同时它们都有着各自的优点和缺点。 水套式加热是通过一个独
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小鼠前列腺素F(PGF)ELISA试剂盒操作说明
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
小鼠前列腺素F(PGF)ELISA试剂盒操作说明 本试剂盒用于体外定量检测血清、血浆、组织、细胞上清及相关液体样本中小鼠前列腺素F(PGF)的含量。 有效期：6个月 保存条件：2-8℃ 小鼠前列腺素F(PGF)ELISA试剂盒实验原理 试剂盒采用双抗体一步夹心法酶联免疫吸附试验（ELISA）。往预先包被小鼠前列腺素F(PGF)捕获抗体的包被微孔中，依次加入标本、标准品、HRP标记的检测抗体，经过温育并彻底洗涤。用底物TMB显色，TMB在过氧化物酶的催化下转化成蓝色，并在酸的作用下转化成最终的黄色。颜色的深浅和样品中的小鼠前列腺素F(PGF)呈正相关。用酶标仪在450nm 波长下测定吸光度（OD 值），计算样品浓度。 小鼠前列腺素F(PGF)ELISA试剂盒样本处理及要求 1. 血清：全血标本请于室温放置2小时或4℃过夜后于1000g离心20分钟，取上清即可检测，或将标本放于-20℃或-80℃保存，但应避免反复冻融。 2. 血浆：可用EDTA或肝素作为抗凝剂，标本采集后30分钟内于2 - 8°C 1000g离心20分钟，或将标本放于-20℃或-80℃保存，但应避免反复冻融。 3. 细胞培养物上清或其它生物标本：1000g离心20分钟，取上清即可检测，或将标本放于-20℃或-80℃保存，但应避免反复冻融。 注：标本溶血会影响最后检测结果，因此溶血标本不宜进行此项检测。 需要而未提供的试剂和器材 酶标仪（450nm） 高精度加样器及枪头：0.5-10uL、2-20uL、20-200uL、200-1000uL 37℃恒温箱 蒸馏水或去离子水 注意事项 严格按照规定的时间和温度进行温育以保证准确结果。所有试剂都必须在使用前达到室温20-25℃。使用后立即冷藏保存试剂。 洗板不正确可以导致不准确的结果。在加入底物前确保尽量吸干孔内液体。温育过程中不要让微孔干燥掉。 消除板底残留的液体和手指印，否则影响OD值。 底物显色液应呈无色或很浅的颜色，已经变蓝的底物液不能使用。 避免试剂和标本的交叉污染以免造成错误结果。 在储存和温育时避免强光直接照射。 平衡至室温后再打开密封袋以防水滴凝聚在冷板
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小鼠丙二醇(SDA)ELISA试剂盒操作说明
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
小鼠丙二醇(SDA)ELISA试剂盒操作说明 本试剂盒用于体外定量检测血清、血浆、组织、细胞上清及相关液体样本中小鼠前列腺素F(PGF)的含量。 有效期：6个月 保存条件：2-8℃ 小鼠丙二醇(SDA)ELISA试剂盒实验原理 试剂盒采用双抗体一步夹心法酶联免疫吸附试验（ELISA）。往预先包被小鼠前列腺素F(PGF)捕获抗体的包被微孔中，依次加入标本、标准品、HRP标记的检测抗体，经过温育并彻底洗涤。用底物TMB显色，TMB在过氧化物酶的催化下转化成蓝色，并在酸的作用下转化成最终的黄色。颜色的深浅和样品中的小鼠前列腺素F(PGF)呈正相关。用酶标仪在450nm 波长下测定吸光度（OD 值），计算样品浓度。 小鼠丙二醇(SDA)ELISA试剂盒样本处理及要求 1. 血清：全血标本请于室温放置2小时或4℃过夜后于1000g离心20分钟，取上清即可检测，或将标本放于-20℃或-80℃保存，但应避免反复冻融。 2. 血浆：可用EDTA或肝素作为抗凝剂，标本采集后30分钟内于2 - 8°C 1000g离心20分钟，或将标本放于-20℃或-80℃保存，但应避免反复冻融。 3. 细胞培养物上清或其它生物标本：1000g离心20分钟，取上清即可检测，或将标本放于-20℃或-80℃保存，但应避免反复冻融。 注：标本溶血会影响最后检测结果，因此溶血标本不宜进行此项检测。 需要而未提供的试剂和器材 酶标仪（450nm） 高精度加样器及枪头：0.5-10uL、2-20uL、20-200uL、200-1000uL 37℃恒温箱 蒸馏水或去离子水 注意事项 严格按照规定的时间和温度进行温育以保证准确结果。所有试剂都必须在使用前达到室温20-25℃。使用后立即冷藏保存试剂。 洗板不正确可以导致不准确的结果。在加入底物前确保尽量吸干孔内液体。温育过程中不要让微孔干燥掉。 消除板底残留的液体和手指印，否则影响OD值。 底物显色液应呈无色或很浅的颜色，已经变蓝的底物液不能使用。 避免试剂和标本的交叉污染以免造成错误结果。 在储存和温育时避免强光直接照射。 平衡至室温后再打开密封袋以防水滴凝聚在冷板条上。 任
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PCR原理及常见问题解答
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
PCR (Polymerase Chain Reaction)，中文翻译为聚合酶链式反应，是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术，它可看作是生物体外的特殊DNA复制。 由1983年美国Mullis首先提出设想，1985年由其发明了聚合酶链反应，即简易DNA扩增法，意味着PCR技术的真正诞生。到如今，PCR技术已广泛应用于生命科学、医学研究、遗传工程、法医学、考古学、人类学等领域。 PCR原理 PCR技术的基本原理类似于DNA的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成：①模板DNA的变性：模板DNA经加热至93℃左右一定时间后，双链DNA解离，成为单链；②模板DNA与引物的退火（复性）：模板DNA经加热变性成单链后，温度降至55℃左右，引物与模板DNA单链的互补序列配对结合；③引物的延伸：DNA模板--引物结合物在72℃、DNA聚合酶（如TaqDNA聚合酶）的作用下，以dNTP为反应原料，靶序列为模板，按碱基互补配对原则，合成一条新的与模板DNA链互补的半保留复制链，重复此过程就可获得更多的“半保留复制链”。 PCR引物设计基本原则 ①引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。 ②引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C 过多易出现非特异条带。 ③两个引物之间不应存在互补序列，尤其是避免3'端的互补重叠。 ④引物与非特异扩增区的序列的同源性不要超过70%，引物3′末端连续8个碱基在待扩增区以外不能有完全互补序列，否则易导致非特异性扩增。 ⑤引物的5'端可以修饰。如附加限制酶位点，引入突变位点，用生物素、荧光物质、地高辛标记，加入其它短序列，包括起始密码子、终止密码子等。 PCR反应特点 特异性强 简便灵敏 纯度要求低 常见问题与解答 1、Q: 不出现扩增条带？ A: 在酶和引物质量好时，不出现扩增带，极有可能是标本的消化处理，模板核酸提取过程出了毛病。例如，模板中含有杂蛋白质，在提取制备模板时丢失过多，或吸入酚。因而要配制有效而稳定的消化处理液，其程序亦
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GB5009.34—2016食品中二氧化硫的测定方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
GB5009.34—2016食品中二氧化硫的测定 食品中二氧化硫快速测试仪 型号：KSO2-GB（GB5009.34标准蒸馏方法仪器） 产品介绍： 对样品进行快速蒸馏2-5分钟完成，同时具有安全保护功能，性价比高，省时省力。 中华人民共和国国家标准 GB5009.34—2016 食品安全国家标准 2016-08-31发布2017-03-01实施 中华人民共和国 国家卫生和计划生育委员会发布 GB5009.34—2016 前 言 本标准代替GB/T5009.34—2003《食品中亚硫酸盐的测定》。 本标准与GB/T5009.34—2003相比,主要修改如下: ———标准名称修改为“食品安全国家标准 食品中二氧化硫的测定”; ———删除第一法和附录A; ———原第二法蒸馏法改为滴定法。 GB5009.34—2016 1 食品安全国家标准 食品中二氧化硫的测定 1 范围 本标准规定了果脯、干菜、米粉类、粉条、砂糖、食用菌和葡萄酒等食品中总二氧化硫的测定方法。 本标准适用于果脯、干菜、米粉类、粉条、砂糖、食用菌和葡萄酒等食品中总二氧化硫的测定。 2 原理 在密闭容器中对样品进行酸化、蒸馏,蒸馏物用乙酸铅溶液吸收。吸收后的溶液用盐酸酸化,碘标 准溶液滴定,根据所消耗的碘标准溶液量计算出样品中的二氧化硫含量。 3 试剂和材料 除非另有说明,本方法所用试剂均为分析纯,水为GB/T6682规定的三级水。 3.1 试剂 3.1.1 盐酸(HCl)。 3.1.2 硫酸(H2SO4)。 3.1.3 可溶性淀粉[(C6H10O5)n]。 3.1.4 氢氧化钠(NaOH)。 3.1.5 碳酸钠(Na2CO3)。 3.1.6 乙酸铅(C4H6O4Pb)。 3.1.7 硫代硫酸钠(Na2S2O3·5H2O)或无水硫代硫酸钠(Na2S2O3)。 3.1.8 碘(I2)。 3.1.9 碘化钾(KI)。 3.2 试剂配制 3.2.1 盐酸溶液(1+1):量取50mL盐酸,缓缓倾入50mL水中,边加边搅拌。 3.2.2 硫酸溶液(1+9):量取10mL硫酸,缓缓倾入90mL水中,边加边搅拌。 3.2.3 淀粉指示液(10g/L):称取1g可溶性淀粉,用少许水调成糊状,缓缓倾入100mL沸水中,边加 边搅拌,煮沸2min,放冷备用,临用现配。 3.2.4 乙酸铅溶液(20g/L):称取2g乙酸铅,溶于少
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如何测定明胶的凝胶强度？
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
明胶是一种非常重要的天然生物高分子材料，是由动物的皮骨及结缔组织中的胶原部分降解成的。在食品、化妆品和制药工业被广泛使用。明胶一加热即成为液体，遇冷则变成弹性固体凝胶块。胶体的溶液-凝胶互相转换是明胶特有的现象。因此，形成凝胶的能力是明胶一项很重要的性能。很早就有人试图通过测算，用数字表示凝胶强度。 最早的评估凝胶强度的方法是完全依靠人的“指测”。“指测”方法是用手指简单按压一下明胶表面，再与已知标准明胶的抗力进行对比。这种方法虽然迅速，但是数据可靠性远远不及科学测量。再加上人体感官器官的灵敏性不够。很难通过指测进行精确、客观的评估。 国标GB6783-2013 中有关于凝胶强度的测定方法。配置指定浓度的明胶溶液，经过静置、水浴加热搅拌溶解、冷水浴等样品溶液制备过程后，取放于特定的样品杯内。选用特定的凝胶测试探头，对样品杯中心点进行穿刺测试。从而测得凝胶强度数值。 欧洲药典EP8.0中也采用相同的方法进行测定。具体方法如下： 柱形探头：12.7±0.1 mm 样品：明胶溶液浓度为6.67%，10℃下 样品瓶规格：59±1 mm（内径）* 85 mm（高度） 测试中速度：0.5 mm/s 刺入深度：4 mm 测试结果：达4 mm时得到的力值即为凝胶强度。 测试方法： 取7.5 g待测样品放入样品瓶内，加入105 ml的水，加盖静止1-4 h后，在65±2℃水浴加热15 min ，水浴加热过程中搅拌。室温下冷却15 min，加胶塞将样品瓶于10.0 ±0.1℃下冰浴17±1 h。擦干样品瓶外壁的水后进行凝胶强度测定，测定点为样品表面的中心点。取两组的平均值作为报告值。 上海保圣供应TA.Touch多功能凝胶测试仪，除了进行中国国标和欧洲药典EP 8.0中关于明胶的凝胶强度测试的实验。针对明胶，卡拉胶，刺槐胶。复合胶的强度测试，可以根据实验需求，自行设定测试前速度、测试中速度、测试后速度、触发模式和触发值、目标模式和目标值等。同时配套国标要求的凝胶测试探头和凝胶测试瓶。 上海保圣专注于物性研究十余年，致力打造以应用
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肉嫩度的检测方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
·肉嫩度：通过标准测试方法（中国农行业标准 NY/T 1180-2006)，使用测定仪器记录刀具切割肉样时的用力情况，并把测定的剪切力峰值作为肉样嫩度值。其中所使用的具体测定仪器就是肉嫩度仪。 肉嫩度仪包括几个组成部分：配有WBS(Warner-Bratzler Shear)刀具的相关剪切力测定仪（质构仪、国产质构仪），圆形钻孔取样器，恒温水浴锅，热电偶测温仪和真空包装机。 测定仪器准确度应使用国家法定计量单位认可的标准砝码测试校正，测定仪器的测定值与检测标准砝码的准确值的误差范围应在±0.1%以内，测定仪器具有校正能力 力量感应元的选择：仪器最大量程≥49N，最低作用力感应值≤0.0098N，仪器精度≤0.02% 刀具厚度：3.0mm±0.2mm，刃口内角度是60°，内三角切口高度≥35mm，钻床口宽4.0mm±0.2mm 剪切速度：1mm/s 仪器空载运行所受到的最大剪切力应≤0.147N 将孔样（肉品取出的）置于仪器的刀槽上，使肌纤维与刀口走向垂直，启动仪器剪切肉样，测得刀具切割这一用力过程中的最大剪切力值（峰值），为孔样剪切的测定值 肉嫩度计算：记录所有的测定数据，取各个孔样剪切力的测定值的平均值扣除空载运行的最大剪切力，计算肉样的嫩度值 上海保圣科技 http://www.shbosin.com/ 微信号：保圣科技仪器 手机：18117403825 电话：021-61769285 邮箱：bsen001@163.com
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关于食品物性学，你了解多少？
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
食品物性学是指以食品的物理学性质为基本内容的一门学科。一般主要研究食品的力学性质、光学性质、热学性质和电学性质及流变特性等。是研究食品品质特征与加工特性的理论基础，对于研制新产品，进行产品质量评定，质量控制及确定产品最佳工艺条件等有极大的帮助。 与国外相比我国在食品物性学的研究方面起步较晚，直至80年代初，我国才初步建立起了食品物性学的相关体系，近年来越来越多的高校开始将食品物性学列为研究生学位课或必修课，对物性学教材、相关资料的建设、物性学实验的建设等也有了长足的进步。 人们对食品的要求不仅表现在营养价值上 ，而且对于感观也有了更多的要求 。对于食品的选择，酥、脆、嫩、形态、色泽等口感 、视觉特质往往成了人们头号关心的对象。这些都属于食品的质构特性 ，是食品物性基本的研究范畴之一。 一般使用质构仪来测定食品的质构特性。 当样品受静态或动态力时，会伴随着压力或形变力而变化。质构仪可以精确地测定力、距离、时间的变化。再根据三者变量之间的关系进行数据分析，得到物性指标。 质构仪能避免人类感官品评的局限性，得到准确、稳定、重复性好的物性参数。常用来测定食品的硬度、坚实度、弹性、韧性、酥脆性、咀嚼度、胶着性和粘着性等。 食品物性学作为食品加工研究的重要基础课程之一，同时也是一门牵涉多学科领域的科学。学习时不但要求要掌握一定的物理学、物理化学、食品生化、高分子化学及食品工程原理等知识。同时也应涉及生物学、生理学、心理学等学科内容，所以我们在研究时应注意综合运用各个学科的知识。 为适应不同消费者对物性的不同嗜好，开发出满足市场需求的新产品，各高校应重视不断完善食品物性学的教学体系，不断加强教材建设，为社会多培养高质量食品人才，以满足社会对专业人才的需求。 上海保圣科技 http://www.shbosin.com/ 手机：18117403825电话：021-61769285 邮箱：bsen001@163.com
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如何让基因敲除效率提升3倍，价格降低一半？——记赛业生物的技术创新之路
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
CRISPR/Cas9基因编辑技术以它效率高、操作简便、成本低等特点被广泛应用于基因敲除小鼠实验中，但是在将RNAs注入受精卵的环节中，传统的显微注射技术需要借助显微操作系统人工逐个进行受精卵注射，十分耗时。同时，想要提高基因敲除的成功率，需要获得更多受精卵，再加上人工设计基因打靶方案耗时费力，这些因素都在不同程度上增加了基因敲除小鼠的研发时间和成本。 为了给客户提供更快捷高效的服务，赛业设立让“基因敲除效率提升三倍，价格降低一半”的目标，从方案设计、受精卵注射、超排卵技术等环节进行改进。首先从注射受精卵的环节入手，用电转受精卵技术代替传统显微注射法，在CRISPR/Cas9技术的基础上创新性研发出CRISPR-Pro基因编辑技术。该技术采用一款最适用于动物受精卵电转的系统和配套体系，将发育到特殊阶段的小鼠受精卵进行特殊处理后，放入电场中进行电击处理，可实现大量的受精卵电转操作。CRISPR-Pro技术突破了注射环节的效率瓶颈，使得高通量生产成为可能。2015年下半年，赛业生物应用CRISPR-Pro高通量电转受精卵方式，首批测试了100个基因敲除小鼠项目，得到电转受精卵存活并发育成两细胞阶段的比率是96-98%，比显微注射方法的30-35%要高近三倍。此外，赛业生物联合知名生物试剂公司共同进行促排卵试剂的研发，经过一系列优化，最终使得供卵小鼠的供卵数量提高了2-3倍，大幅减少了小鼠的使用，增加了动物福利，节约了成本，提高了制备效率。其他各项数据也表明CRISPR-Pro电转受精卵和促排卵技术大幅度提高了项目的成功率。 其次，赛业生物对基因敲除设计方案环节进行优化，并取得重大突破。赛业生物历经十一年发展，其独特优势就是拥有一个由国际顶尖生物技术专家、生物信息学专家和IT技术专家组成的一流团队，该团队已成功研发出全球首款基因载体智慧设计平台VectorBuilder (www.vectorbuilder.com)，且已服务全球数万实验室。针对人工设计基因打靶方案耗时费力的问题，赛业生物研发一款智
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浅析液相色谱仪色谱柱填料的种类与选择原则
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
在现代高效液相色谱仪分析中，分离效果好坏很大程度上取决于色谱填料的选择。但是色谱填料的选择范围很宽，要做合适的选择，首先必须对此有一定的认识和了解。液相色谱仪填料可以是陶瓷性质的无机物基质，也可以是有机聚合物基质。无机物基质刚性大，在溶剂中不容易膨胀。有机物基质主要是硅胶和氧化铝。液相色谱仪填料中有机聚合物基质主要有交联苯乙烯-二乙烯苯、聚甲基丙烯酸酯。有机聚合物基质刚性小、易压缩，溶剂或溶质容易渗入有机基质中，导致填料颗粒膨胀，结果减少传质，最终使柱效降低。 以下鲁创分析仪器公司工程师简单介绍在液相色谱仪检测中应用最为广泛的三种基质的性质。 1）硅胶基质 硅胶基质是HPLC填料中最普遍的基质。除具有高强度外，还提供一个表面，可以通过成熟的硅烷化技术键合上各种配基，制成反相、离子交换、疏水作用、亲水作用或分子排阻色谱用填料。硅胶基质填料适用于广泛的极性和非极性溶剂。缺点是在碱性水溶性流动相中不稳定。通常，硅胶基质的填料推荐的常规分析pH范围为2~8。 2）氧化铝基质 氧化铝基质具有与硅胶相同的良好物理性质，也能耐较大的pH范围。它也是刚性的，不会在溶剂中收缩或膨胀。但与硅胶不同的是，氧化铝键合相在水性流动相中不稳定。不过现在已经出现了在水相中稳定的氧化铝键合相，并显示出优秀的pH稳定性。 3）聚合物基质 聚合物基质以高交联度的苯乙烯-二乙烯苯或聚甲基丙烯酸酯为基质的填料是用于普通压力下的HPLC，它们的压力限度比无机填料低。苯乙烯-二乙烯苯基质疏水性强。使用任何流动相，在整个pH范围内稳定，可以用NaOH或强碱来清洗色谱柱。甲基丙烯酸酯基质本质上比苯乙烯-二乙烯苯疏水性更强，但它可以通过适当的功能基修饰变成亲水性的。这种基质不如苯乙烯-二乙烯苯那样耐酸碱，但也可以承受在pH13下反复冲洗。 所有聚合物基质在流动相发生变化时都会出现膨胀或收缩。用于HPLC的高交联度聚合物填料，其膨胀和收缩要有限制。溶剂或小分子
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lnc-mg为**骨骼肌减少症提供新靶点
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
骨骼肌减少症(Sarcopenia)是一种增龄性肌肉退行性疾病，表现为骨骼肌萎缩、肌力和机体运动功能下降。提高骨骼肌再生能力是对抗骨骼肌减少的主要策略。近期，来自暨南大学的王晓刚副研究员课题组在《Nature Communications》(IF= 12.124)上发表了题为Lnc-mg is a long non-coding RNA that promotes myogenesis的研究论文。该研究以骨骼肌再生为切入点，率先筛选了在骨骼肌干细胞分化过程中差异表达的长链非编码RNA分子(lncRNA)，并发现了可促进骨骼肌干细胞分化和骨骼肌再生的lncRNA分子，命名为lnc-mg，该分子的发现及机制研究有望为骨骼肌减少症的**提供新的药物靶点，本研究中使用的转基因小鼠来自赛业生物。 为筛选和肌细胞生成相关的lncRNA，研究人员运用lncRNA芯片对原始MuSCs和分化后的细胞进行了检测。在进行芯片筛选以及lnc-mg相关的mRNA功能富集实验后，研究人员找到了与肌细胞生成相关的lncRNA，命名为lnc-mg。 为探究lnc-mg在肌细胞生成过程中的角色，研究人员对lnc-mg进行功能分析，首先进行了lnc-mg的敲降和过表达。结果显示，敲降后，MuSCs的分化受到抑制，其分子标志MyHC表达降低，肌小管数量减少；过表达后，MuSCs分化加强，肌小管数目增加。 此外，研究人员构建了lnc-mg敲除小鼠模型和转基因TG模型（模型来自赛业生物），分别检测腓肠肌（GAS），比目鱼肌（SOL），伸缩肌（EDL）和胫骨前肌的形状变化，检测发现lnc-mg敲除小鼠的肌肉重量变轻，体积变小，而TG小鼠的肌肉组织变重变大；此外，两种肌肉的僵直机能和运动能力也完全相反。这些体外和体内实验验证了lnc-mg是影响肌生成的重要lncRNA。 那么lnc-mg是通过什么调控机制影响肌细胞生成呢？研究人员首先对lnc-mg进行细胞定位，FISH实验结果发现lnc-mg在胞质和核内都有，但是在分化的成肌细胞中主要定位在细胞质中。因此，研究人员想到了ceRNA调控机制，为验证这个假设，研究人员通过芯片检测了过表达和敲降细胞的mi
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液相色谱仪常见六个故障的解决方法说明
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
一、液相色谱仪峰分叉怎么回事? 造成这种情况的原因一般是色谱柱被污染，或柱头填料塌陷导致的。 对于第一种情况，先用纯水反向冲洗柱子，然后换成甲醇冲洗，接着用甲醇+异丙醇(4+6)冲洗柱子(冲洗时间的长短由样品污染的情况而定)，再换成甲醇冲洗，然后用纯水冲洗，最后甲醇冲洗正向冲洗柱子30分钟以上。如冲洗后依然出峰不佳，则考虑第二种情况。 对于第二种情况，拧开柱头，检查柱填料是否硬结或塌陷。去除硬结部分(污染的填料)，装入新填料，滴一滴甲醇，填料下陷，再填，用与柱内径相同的顶端平滑的不锈钢杆压紧，再填平，滴甲醇，再压紧反复几次，直至装满填平。柱头用甲醇冲洗干净，擦净柱外壁的填料，拧紧柱头，用纯甲醇冲洗30分钟以上。 二、如何排除液相色谱仪气泡溢出的故障? 流动相内产生都无法清除不断产生的气泡，主要是因为过滤器长期沉浸于乙酸铵等缓冲液内，过滤器内部由于霉菌的生长繁殖，形成菌团，阻塞了过滤器，缓冲液难以流畅地通过过滤器，空气在泵的压力作用下经过滤器进入流动相。 过滤器浸泡于5%硝酸溶液中，超声清洗几分钟即可;亦可将过滤器浸泡于5%硝酸溶液中12～36小时，轻轻震荡几次，再将过滤器用纯水清洗几次，打开泄压阀，打开purge键清洗脱气，如仍有气泡不断从过滤器冒出，继续将过滤器浸泡于5%硝酸溶液中，如没有气泡不断从过滤器中冒出，说明过滤器内部的霉菌菌团已被硝酸破坏，流动相可以流畅地通过过滤器。打开泄压阀，打开泵，流速调至1.0～3.0ml/min，纯水冲洗过滤器1小时左右。即可将过滤器清洗干净。关闭泄压阀，纯甲醇冲洗半小时即可。 三、自检时，为什么有时会出现“钨灯能量低”的错误? 一般来说，原因是系统中有挡光物，光路偏离，钨灯电源系统或钨灯灯泡已坏。这时首先要检查光度室是否有挡光物;打开检测器光源室盖，检查氘灯是否点亮;如果氘灯不亮，则关机，更换新氘灯，换时，需注意型号;检查氘灯保险丝，看是否松动、氧化、烧断;如果故障，应立即更换;再
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不容错过的SSR分析技术
作者：德尔塔 日期：2022-04-21
微卫星标记（microsatellite），又称为短串联重复序列(short tandem repeats，STR)或简单重复序列（simple sequence repeats，SSR），是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列，由2~6个核苷酸的串联重复片段构成。由于重复单位的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富，因此微卫星标记的应用非常广泛。微卫星位点通常通过PCR扩增，扩增产物通过电泳分析，并根据大小分离等位基因进行检测。 由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这一多态性称为简单序列重复长度多态性(SSLP)，每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。由于SSR重复数目变化很大，所以SSR标记能揭示比RFLP（限制性内切酶片段长度多态性）高得多的多态性，这就是SSR标记的原理。 技术特点 （1）数量丰富，覆盖整个基因组，揭示的多态性高； （2）具有多等位基因的特性，提供的信息量高； （3）以孟德尔方式遗传，呈共显性（如果双亲的性状同时在F1个体上表现出来，即一对等位基因的两个成员在杂合体中都表达的遗传现象称为共显性），可鉴定出纯合子和杂合子； （4）实验重复性好，结果可靠。每个位点由设计的引物顺序决定，便于不同的实验室相互交流合作开发引物。 应用范围 遗传杂交育种 绘制染色体遗传图谱 DNA指纹和品种鉴定 种质资源保存和利用 基因组关联分析 经典案例 案例一 题目：SSR linkage map construction and QTL identification for plant height and ear height in Maize（玉米SSR连锁图谱构建与株高及穗位高QTL定位） 主要技术：SSR分型 技术流程： 文章摘要：用玉米自交系组合R15×掖478的F2群体构建连锁图谱，并通过1年2点随机区组试验设计，考察玉米229个F2：4家系成株期的株高和穗位高。所建连锁图谱上共拟合146个SSR标记位点，覆盖基因组1666cM，标记间平均距离为11．4cM。用复合区间作图法进行QTL分析，共检测到8个控制株高的QTL，分别位于第2、3
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