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通过蛋白质组学技术对营养胁迫中泛素化修饰变化情况的分析与解读
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
吃货们，为了健康，少吃点吧！ 小编知道一名资深的吃货，无论什么都阻挡不了美食的诱惑。但我忍不住要阻止：“吃货们！为了健康，少吃点吧！” 为什么要让热爱美食的你们做出如此痛苦的选择呢？看看下面这篇文献解读你就知道了。 Cell Death and Disease IF=5.965 Liver ubiquitome uncovers nutrient-stress-mediated trafficking and secretion of complement C3 研究背景 脊椎动物肝脏作为生物代谢的重要器官，在营养胁迫应答中发挥重要作用。在营养不足和营养过量时肝细胞会发生营养应激调控。肝细胞的营养应激会引发多种翻译后修饰变化，其中就包括泛素化修饰。本文通过蛋白质组学技术对营养胁迫中泛素化修饰变化情况进行了深入的分析与解读。 样本来源 小鼠肝脏 技术路线 Label-free泛素化修饰蛋白组学 研究结果 1、作者首先构建了饥饿/再投喂小鼠模型（fasting–refeeding），之后通过两种富集方法【Tandem Ubiquitin-Binding Entities 1 (TUBEs 1) 和 UbiQapture】富集其肝脏中泛素化修饰蛋白，酶解后利用LC-MS/MS进行蛋白组学分析，共鉴定到1641个假定的蛋白质组。 Figure 1 Identification of the ubiquitin-modified proteome in response to nutrient stress in the liver. 2、通过label free定量蛋白质组学分析，作者发现饥饿处理中26个蛋白的泛素化增加，在投喂后有91个蛋白泛素化增加；为了进一步验证蛋白的泛素化，作者在HEK293T细胞和小鼠原代肝细胞中对7个代谢相关蛋白泛素化修饰情况进行了检测，验证了组学的数据。 Figure 2 Fasting–feeding alters ubiqitylation patterns in the liver. 3、GO功能分析发现：这些差异修饰蛋白主要对位于线粒体，核糖体以及内质网中，主要参与代谢通路的功能；此外，在再投喂组差异修饰蛋白中还有16%位分泌蛋白，分布在ER的膜上和内部，而饥饿组差异修饰蛋白主要定位于胞液，线粒体和细胞核内。 Figure 3 Liver ubiquitome identifies ER-resi
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人膜联蛋白A2抗体（Anxa2 Ab）酶联免疫检测试剂盒使用说明书
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
人膜联蛋白A2抗体（Anxa2 Ab）酶联免疫检测 试剂盒使用说明书 AE91118Hu 使用前仔细阅读本说明书。本酶联免疫试剂盒是基于双抗体夹心技术原理，来检测人膜联蛋白A2抗体（Anxa2 Ab），只能用于研究用途，不得用于医学诊断。 用 途：用于人血清、血浆及相关液体样本中膜联蛋白A2抗体（Anxa2 Ab） 测定。 工作原理： 本试剂盒采用的是生物素双抗体夹心酶联免疫吸附法（ELISA）测定样品中人膜联蛋白A2抗体（Anxa2 Ab）水平。向预先包被了膜联蛋白A2抗体（Anxa2 Ab）克隆抗体的酶标孔中加入膜联蛋白A2抗体（Anxa2 Ab），温育；温育后，加入生物素标记的抗ANXA2 AB抗体。再与链霉亲和素-HRP结合，形成免疫复合物，再经过温育和洗涤，去除未结合的酶，然后加入底物A、B，产生蓝色，并在酸的作用下转化成最终的黄色。颜色的深浅与样品中膜联蛋白A2抗体（Anxa2 Ab）的浓度呈正相关。 试剂盒组成 试剂盒组成 48孔配置 96孔配置 保存 说明书 1份 1份 封板膜 2片（48） 2片（96） 密封袋 1个 1个 酶标包被板 1×48 1×96 2-8℃保存 标准品：720μg/L 0.5ml×1瓶 0.5ml×1瓶 2-8℃保存 标准品稀释液 3ml×1瓶 6ml×1瓶 2-8℃保存 链霉亲和素-HRP 3 ml×1瓶 6 ml×1瓶 2-8℃保存 生物素标记的抗ANXA2 AB抗体 0.5ml×1瓶 1 ml×1瓶 2-8℃保存
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NAT NEUROSCI：转录组+蛋白组联合，揭示microRNA调控靶点与功能机制
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
基因水平的研究发现miR-137与多种神经精神疾病存在相关性。同时，miR-137在正常的神经发生与神经发育过程中也具有重要作用。但是，miR-137的体内功能与作用机制仍然不清楚。为了揭示miR-137的功能，该研究构建了miR-137 KO动物，并对KO动物的突触可塑性、学习能力等多种神经功能的损伤进行了评价。借助于转录组+蛋白组联合分析，研究者进一步鉴定出phosphodiesterase 10a(Pde10a)是miR-137的重要调控靶点。 文献小笔记 Partial loss of psychiatric risk gene Mir137 in mice causes repetitive behavior and impairs sociability and learning via increased Pde10a Nature Neuroscience IF=19.912 原文链接：https://www.onacademic.com/detail/journal_1000040907544310_8357.html 研究材料与方法 Mir137-knockout mice （1）评价miR-137KO后神经功能受到的影响： ● 突触可塑性：免疫组化，spinedensities，dendritic length，等 ● 学习记忆能力：Morriswater maze test，Barnes maze test，long-termpotentiation (LTP)，等 ● 重复行为与社交能力：marbleburyingtest，social interaction test，thethree-chamber test，等 （2）蛋白组分析： ● 技术：TMT定量 ● 样本：皮层组织 ● 组别与重复：Mir137+/+,Mir137+/–, and Mir137–/–，每组两个生物学重复（来自于两窝） （3）转录组分析： 样本同蛋白质组 （4）转录组+蛋白组联合分析寻找miR-137直接调控靶点： Sylamer算法比对UTR匹配富集结果与蛋白差异表达的相关性，以及进一步比对mRNA差异表达水平 （5）验证miR-137直接靶点： luciferase reporter assay，UTR突变 研究内容与结果 1．突触蛋白免疫组化、树突长度等分析，揭示miR-137 KO可导致神经可塑性受损。 Fig. 2 |Loss of miR-137 in the nervous system leads to synaptic overgrowth and impaireddendritic growth in vivo 2．多种行为测试揭示miR-137 KO可导致学习记忆功能
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靶向干细胞**研究新方法：3D打印微型运输机器人“智能”孵育干细胞
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
一项对靶向干细胞**的新研究表明，一架可远程控制的微型机器人细胞运输器能够在生物物理和生物化学上重新组织干细胞巢，以指导干细胞的定向谱系分化。在《先进功能材料》（Advanced Function Materials）发表的一篇文章中，讨论了该微型机器人在开发具有嵌入式功能的活性微载体，用于控制和精确靶向**细胞输送方面的性质和潜力。 干细胞的自发转化 干细胞具有修复组织缺陷的固有能力，在静止状态下，这些细胞位于被称为干细胞巢的特定解剖位置，在那里它们被严格地调控如何参与组织再生。一些因素，包括细胞与细胞和细胞与基质相互作用、微环境的机械特性和可溶性因素，共同协调了干细胞在干细胞巢内的命运调节。 当遇到组织损伤，干细胞就会被引导进入受损部位，激活它的固有功能。造血干细胞和间充质干细胞（MSCs）是临床前和临床阶段使用最多的干细胞。但是，由于保留率低、植入不良以及不理想的细胞-细胞和细胞-基质相互作用等影响，经常导致细胞死亡和远远偏离预期效果。 另一个值得关注的问题是，如果干细胞没有被准确输送到一个类似的干细胞巢，它们可能会经历自发的恶性转化（spontaneous malignant transformation）。物理封装是解决这些挑战的一种方法，其作为免疫隔离层，保护细胞免受潜在的宿主免疫攻击和清除。对于微创手术来说，单细胞水平上的规划也是更具吸引力的策略，此外，传递途径和精确定位对干细胞的体内**效果有着深远的影响。 此前有人提出过一种用于**的细胞磁控制递送微型机器人的方法，但是由于缺乏奉养干细胞所需生物和物理信号的细胞容许性微环境，这一系列研究主要卡在了微型机器人对特定细胞的主动迁移率问题上。 为了解决这些难题，Max Planck智能系统研究所物理智能系的Hakan Ceylan博士和Metin Sitti博士等人设计并展示了一个3D打印的磁共振微型机器人细胞运输器（microrobotic cell transporter，MCT）。干细胞巢的生化、物理和细胞方面在MCT内形成模式，为M
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“少年杀手”骨肉瘤的新细胞起源以及STK11/LKB1对骨癌的发病影响
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
【背景】 成骨肿瘤（osteogenic tumor）是骨组织最常见的原发性肿瘤，包括良性骨形成肿瘤、骨瘤、成骨细胞瘤和恶性肿瘤（又称为成骨源性肉瘤或骨肉瘤）。骨肉瘤主要在儿童和青少年人群中高发，老年人位列第二发病率高峰。由于传统化疗生存效益不理想，因此预后较差，当前迫切需要更多针对性和个性化的**骨肉瘤的方法。 越来越多证据表明，小鼠模型可以概括人类骨肉瘤的基本方面，并提供靶向**目标。利用转基因小鼠或基因敲除小鼠模拟人类癌症已经被证明可以显著地加深我们对肿瘤形成的确切细胞来源以及信号通路的理解。 以往的研究表明，p53和/或Rb基因突变以及其他成员参与鼠模型和人类骨肉瘤患者起源，破坏间充质祖细胞（Prx1-cre）、成骨细胞前体细胞（Osx-Cre）和成骨细胞定向细胞（Col1a1-Cre和OCN-Cre）的p53/Rb，可以导致骨肉瘤，间接证明间充质起源和成骨谱系细胞对成骨肿瘤的形成负责，另外，定向成骨细胞（Col1a1-Cre）的NOTCH激活足以诱导骨肉瘤说明定向成骨细胞可能是成骨肿瘤的一个潜在来源。然而，对不同亚型的基因突变的确切细胞起源仍有待描述。 LKB1，由Stk11编码，主要通过mTORC1途径控制关联能量动态平衡和细胞生长的丝氨酸/苏氨酸激酶。缺失LKB1可引起增生和肿瘤。LKB1失活的癌症往往表现出侵袭性，对**的敏感性与LKB1未失活的癌症不同。LKB1可能与骨癌有关。最近的一项研究表明，41%骨肉瘤患者LKB1蛋白表达下降，大多数患者的mTORC1激活。虽然认为LKB1丢失与成骨肿瘤有关，但相关的细胞类型和潜在途径尚不清楚。 组织蛋白酶K（Cathepsin K，Ctsk）是一种由破骨细胞分泌的半胱氨酸蛋白酶，对骨吸收过程中的基质胶原的降解至关重要。Ctsk启动子仅对破骨细胞有活性，Ctsk-Cre小鼠被广泛用于破骨细胞功能研究，最近一项研究指出，当删除Ctsk-Cre细胞的Ptpn11，Ctsk-Cre可以是软骨细胞祖细胞，通过激活Hedgehog信号导致混合性软骨瘤病。删除软骨细胞Lkb1（Col2a1-Cre）导致骨骼生长
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结直肠癌化疗抵抗新机制
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
氟尿嘧啶（Fluorouracil，Fu）是最常用的尿嘧啶抗代谢药，在肿瘤内科**中占有重要地位。然而因药物抗性，极大限制了其**结直肠癌的疗效。2019年3月发表于国际期刊《Nature Communications》的一篇文章介绍了，结直肠癌对FU药物敏感性的关键，主要完成单位为陆军军医大学第一附属医院（重庆西南医院）肿瘤科，主要作者包括李建军教授和梁后杰教授等人。 根据美国结直肠癌流行病统计，近20年美国的发病率和死亡率持续下降，而据中国国家癌症中心公布的数据，我国结直肠癌发病率和死亡率却在不断攀升。20世纪90年代初以来，单独或联合使用一种类似尿嘧啶的药物氟尿嘧啶（Fu）一直是**结直肠癌患者的主要化疗方案。虽然临床上被广泛使用，但其耐药性严重限制了疗效。因此，迫切需要新的抵抗耐药性的策略，而了解癌细胞对Fu产生耐药性的机制是预防或克服耐药性的重要步骤。 巨自噬（macroautophagy）是一种细胞分解代谢过程，自噬有潜力为附近所有代谢途径供能，为细胞提供巨大的代谢可塑性。在化疗、放疗和靶向药物的挑战下，自噬能提高细胞生存率和**抗性。代谢重编程和代谢酶的异常活跃被认为是恶性肿瘤的特征之一。陆军军医大学重庆西南医院肿瘤科致力于肿瘤化疗抵抗研究，他们此前发现，脂代谢相关基因ABHD5在结直肠癌中起着重要的肿瘤抑制作用。 人类结直肠癌患者的ABHD5表达显著降低，2016年他们在《Autophagy》发文证明ABHD5通过调节自噬在维持染色体稳定性和保护基因组完整性方面发挥着关键作用。这些发现促使研究人员探索ABHD5在调控结直肠癌化疗反应中的潜在作用。 本文报告，尽管ABHD5在结直肠癌的发展中起着肿瘤抑制作用，但它通过促进RNASET2介导的自噬尿嘧啶生产，意外地虚弱了结直肠癌细胞对FU的敏感性。该研究提示了ABHD5状态对基于FU辅助化疗预后的重要见解。 文中他们采用Cyagen Biosciences Inc（赛业生物）提供的人结直肠癌细胞系（SW480等）首先测试了敲除ABHD5后注射入小鼠腹腔与
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双剑合璧 | sumo化与磷酸化修饰联合分析赢高分文章
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
随着质谱技术的不断进步，大规模修饰组学的方法也越来越成熟，PTM作为生物体内非常重要的生理现象也逐步被揭示出参与各项生命活动。今天我们就一起来学习一篇运用质谱技术对磷酸化修饰和类泛素化修饰鉴定，找出两种修饰联合作用对在DNA复制损伤压力时的响应。该篇文献来自哥本哈根大学的研究人员于2017年10月发表在“cell report”杂志上的 Proteomics Reveals Global Regulation of Protein SUMOylation by ATMand ATR Kinases during Replication Stress文献， 目的是通过质谱技术分析sumo化修饰和磷酸化修饰在细胞面对DNA复制压力时的信号传递、相互影响和关联的机制。 IF 8.282 课题背景 真核生物DNA复制是耗时且非常具有挑战性的过程，DNA复制的正常进行是维持正常细胞活动的基础，所以需要精准的保护机制来应对内外环境的波动，一旦保护机制失调导致基因组紊乱，甚至癌症的发生。大量报道显示，精密准确的翻译后修饰通过DNA损伤应答机制DDR（DNA damage response）为DNA复制保驾护航，其中依赖于磷酸化修饰的信号应答转过程的重要作用多为熟知。最近也陆续发现SUMO化修饰在该过程中也同样起到非常重要的作用。然而整体水平两种修饰在DNA复制损伤时的应答反应是否有相互影响，相互关联还鲜为人知。本文章的主题带着这样的疑问对两种大规模组学相互作用及关联展开了深入研究，探讨DNA损伤应答中两种组学的关系。 实验结论 分别对MMC刺激处理的稳转细胞进行SUMO化修饰和磷酸化修饰进行蛋白或者肽段富集，进行定性定量分析，后通过分析磷酸化修饰蛋白，SUMO修饰蛋白在表达量一致性，修饰蛋白种类重叠性，GO功能相似性放面的对比发现，发现在DDR发生过程中一些关键蛋白UIMC1，BRCA1等即发生SUMO化也发生了磷酸化。并通过大规模组学实验labelfree实验进行进一步对两种修饰的蛋白分析，发现在DNA损伤修复时，通过两种修饰的响应调控，形成相互作用的网络，共同应对外界损伤。 最后，通过DDR,RS响应的关键激酶ATR，
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食品防腐剂的检测方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
食品防腐剂的检测方法 防腐剂作为食品添加剂的一种，一直是食品检测行业的重点关注对象，防腐剂种类繁多，检测方法也是多种多样，每种检测方法都有哪些优缺点呢?咱们就一起说说吧! 食品防腐剂是用于防止食品因微生物引起的变质，提高食品保存性能，延长食品保质期而使用的食品添加剂。由于防腐剂能延长食品保质期，我国《食品卫生法》规定，允许食品加入适量的防腐剂。 防腐剂种类 常用食品防腐剂种类繁多，可以分为化学防腐剂和天然防腐剂两大类。化学防腐剂又分为无机防腐剂和有机防腐剂。 有机化学防腐剂主要有苯甲酸(苯甲酸钠)、山梨酸(山梨酸钾)、对羟基苯甲酸脂类、脱氢醋酸、双乙酸钠、柠檬酸和乳酸等; 无机化学防腐剂主要包括亚硫酸(亚硫酸钠)、二氧化硫、硝酸盐及亚硝酸盐类、游离氯及次氯酸盐、磷酸盐等。 饮料中常见防腐剂 苯甲酸又名安息香酸，稍溶于水，溶于乙醇，酸性条件下对多种微生物(酵母、霉菌、细菌)有明显抑菌作用，对产酸菌作用较弱。在直接饮用的饮料内的最大使用量为0.2克/ 斤。因为苯甲酸溶解度低，使用不便，实际生产中大多是使用其钠盐，其钠盐的抗菌作用是转化为苯甲酸后起作用的。 山梨酸，又名花楸酸，微溶于水，易溶于乙醇。对光、对热稳定，长期放置易被氧化着色。对霉菌、酵母菌和好气性细菌均有抑菌作用。山梨酸是酸性防腐剂，适用范围在pH 值5.5以下，而毒性为苯甲酸的1/4，所以从国外发展动向看，有逐步取代苯甲酸及其钠盐的趋势。最大使用量:0.6克/公斤。 食品防腐剂的检测方法 目前使用的大多数防腐剂对人体都有一定的毒性，一旦过量会对健康产生危害。因此，各个国家对防腐剂的用量和残留量都有严格的规定，防腐剂的准确检测对食品卫生安全具有重要意义。 目前食品防腐剂的检测主要有高效液相色谱法、气相色谱法、紫外光分光光度法、薄层色谱法，滴定法等。其中气相色谱法、高效液相色谱法、紫外光分光光度法准确度高，分析快捷，是目前最常用的检测方法。 常用的检测方法 1. 高
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APT文献 | 蛋白质组学揭示植物干旱胁迫的分子机制
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
Significant and unique changes in phosphorylation levels of four leaf phosphoproteins in two apple rootstock genotypes under drought stress. 干旱胁迫对于植物来说，是一个全球普遍存在的问题。会限制植物的生长发育。西北是我国苹果的最大产区，长期的中度干旱是限制苹果产业发展的一个重要因素，然而目前果树方面关于中度干旱胁迫响应的分子机制研究较少。 样本来源 苹果砧木叶片组织，4组样本分别来源于干旱敏感型材料M26（干旱处理、对照）、干旱耐受型材料MBB（干旱处理、对照）。 技术路线 iTRAQ，三个生物学重复 研究结果 1. 中度干旱胁迫响应的生理变化 研究团队测定了4组样本的相对含水量（RWC）、叶面积（LA）、比叶重(LMA)、游离脯氨酸含量(CFP)、可溶性糖含量(CSS)、丙二醛含量 (MDA)。生理实验结果显示，RWC, CFP, CSS以及MDA的变化可能会影响苹果砧木对于中度干旱耐受程度。与M26相比，MBB在中度干旱胁迫下能够产生更多的渗透调节物质。 2. 磷酸化修饰位点以及磷酸化蛋白鉴定 本次共鉴定到595个磷酸化肽段，682个磷酸化修饰位点以及446个磷酸化蛋白。这682个磷酸化修饰位点分别位于丝氨酸（86.95%）、苏氨酸（11.73%）以及酪氨酸（1.32%）。 磷酸化修饰位点分布 3. 差异磷酸化蛋白鉴定及生物信息学分析 通过分别与对照比较，中度干旱胁迫下的M26和MBB中，磷酸化水平显著变化的蛋白分别为5个和35个。其中4个在两个材料中都有，这有可能是两个基因型在响应干旱胁迫的机制方面有一些相似之处。在本次鉴定446个的蛋白中，有26个为蛋白激酶，其中10个为常见的干旱胁迫响应激酶，但在本次研究中，这些激酶几乎都没有表现出显著的表达差异。 在获得差异磷酸化修饰肽段及蛋白信息后，研究团队进行了GO分析。结果表明这些差异磷酸化蛋白与代谢、转录、翻译和蛋白加工等有关。 差异蛋白质的Venn图 差异磷酸化蛋白质的GO功能分析 随后，研究团队利用motif-X对于差异蛋白的磷酸化修饰进行
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肿瘤坏死因子α含量检测方法及操作步骤（犬TNF-α）
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
肿瘤坏死因子α含量检测方法及操作步骤（犬TNF-α） 英文名称：Canine TNF-α ELISA Kit 实验类型：夹心法 检测范围：2.5 pg/mL – 80 pg/mL 最低检测限：0.1 pg/mL 应用范围：血清、血浆、组织匀浆、细胞培养物上清或其它相关液体（本产品仅供实验室科研及非临床用途） 实验原理 试剂盒采用双抗体一步夹心法酶联免疫吸附试验（ELISA）。往预先包被犬肿瘤坏死因子α（TNF-α）捕获抗体的包被微孔中，依次加入标本、标准品、HRP标记的检测抗体，经过温育并彻底洗涤。用底物TMB显色，TMB在过氧化物酶的催化下转化成蓝色，并在酸的作用下转化成最终的黄色。颜色的深浅和样品中的犬肿瘤坏死因子α（TNF-α）呈正相关。用酶标仪在450nm 波长下测定吸光度（OD 值），计算样品浓度。 注意事项 1. 严格按照规定的时间和温度进行温育以保证准确结果。所有试剂都必须在使用前达到室温20-25℃。使用后立即冷藏保存试剂。 2. 洗板不正确可以导致不准确的结果。在加入底物前确保尽量吸干孔内液体。温育过程中不要让微孔干燥掉。 3. 消除板底残留的液体和手指印，否则影响OD值。 4. 底物显色液应呈无色或很浅的颜色，已经变蓝的底物液不能使用。 5. 避免试剂和标本的交叉污染以免造成错误结果。 6. 在储存和温育时避免强光直接照射。 7. 平衡至室温后再打开密封袋以防水滴凝聚在冷板条上。 8. 任何反应试剂不能接触漂白溶剂或漂白溶剂所散发的强烈气体。任何漂白成分都会破坏试剂盒中反应试剂的生物活性。 9. 不能使用过期产品。 10. 如果可能传播疾病，所有的样品都应管理好，按照规定的程序处理样品和检测装置。 实验结果计算 以所测标准品的OD值为横坐标，标准品的浓度值为纵坐标，在坐标纸上或用相关软件绘制标准曲线，并得到直线回归方程，将样品的OD值代入方程，计算出样品的浓度。 （此图仅供参考）
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3月单细胞转录组重要研究文献汇总
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature Communications》上，欧洲生物信息学研究所欧洲分子生物学实验室的研究人员用10x Genomics平台对成年和幼年发育期间小鼠的睾丸进行了单细胞转录组测序和分析[3]。该研究精确分类了生殖细胞发育不同阶段的细胞，包括稀有体细胞和精原细胞。值得一提的是，为精确捕获低转录活性的细胞类型，研究人员应用一种新的统计工具EmptyDrops，识别到了先前研究没有发现的细线期和偶线期精母细胞。此外，通过CUR和RUN实验，研究人员对减数分裂后X染色体重新激活的时间动态模式进行了分析，确定了减数分裂后经历了大量的染色质重塑现象。该研究为理解精子生成过程中的复杂过程及重要事件提供了新的认识。 图1实验设计线路 2.单细胞测序用于免疫研究多点开花 （1）Memory CD4+ T cells研究 适应性免疫是建立在从克隆多样的幼稚前体库中选择和扩展抗原特异性T细胞基础上，但我们对于早期适应性免疫的认识还很有限。本月在《Nature Immunology》上，来自莱顿大学医学中心免疫血液学与输血学系的研究人员，通过流式细胞分选，10x Genomics单细胞转录组和免疫组库分析，鉴定到了胎儿肠道22种CD4+T细胞类型[4]。结果显示，Memory-like CD4+T细胞高表达Ki-67。通路分析揭示了与细胞活化和促炎效应功能相关的分化轨迹。TCR谱系分析表明克隆扩增，不同的谱系特征和Memory-like CD4 + T细胞亚群之间的相互连接。流式细胞成像表明Memory-like CD4 + T细胞与抗原呈递细胞共定位。该研究提供了人胎儿肠道中产生Memory-like CD4 + T细胞的证据。 图2 胎儿肠道CD4 + T细胞的分化轨迹分析 （2）exhausted CD8+ T 细胞亚群差异介导肿瘤控制和免疫检查点阻断响应 T细胞功能障碍是许多
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高质量PyMOL软件作图教程：绘制D715-2441与PB2cap的结合模式图
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
前言 上一期，小编教大家使用殷赋云计算平台（http://cloud.yinfotek.com）重现了一篇2018年文献《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的分子对接计算结果。然而，要发表高质量SCI文章，还需要制作高质量的Figure。本期，我将带大家使用PyMOL软件（搭配Photoshop、MS Powerpoint）绘制D715-2441与PB2cap的结合模式图。 我们先来看一张成品图： 研究背景 根据上期的分析结果，我们获得以下相互作用： 1、化合物D715-2441的芳环夹在氨基酸残基H357和F404之间并形成π-π堆积作用，还与F404形成疏水作用； 2、化合物苯环上的羟基与E361的羧基和K376的N+原子形成氢键作用，另一个羟基与F404的O原子形成氢键作用； 3、化合物吡喃酮环酯基与K339的N+原子和H357的咪唑基形成盐桥作用。 软件工具 制作一张精美的结合模式图需要用到三款软件：PyMOL（及其插件center_of_mass.py）、Photoshop（PS）和MS PowerPoint（PPT）软件。 在微信公众号（殷赋科技）首页回复“pymol”即可获得相关软件、插件的下载链接，PyMOL安装教程请浏览《PyMOL及其插件安装教程》。 操作步骤 PyMOL作图通常是对特定对象进行展示形式、颜色、字体等方面的修饰。PyMOL的精髓在于命令行与鼠标的配合使用，本文高度依赖命令行，请做好心理准备（如果真的很厌倦命令行，请使用殷赋云计算平台的作图工具）。大多数命令格式较为一致，请注意总结归纳。 1. 前期准备工作 下载蛋白-配体复合物文件（rli-D715-2441-1.pdb）：登录平台 -> 进入任务详情页 -> 查看相互作用分析 -> 下载文件。 我们先来看平台上的结合模式图： 平台提供了相当清晰好看的图，只要将鼠标放在图上，右键下载即可。对于一般用户，这样的图已经足够发文章了。今后，我们还将添加更多细节控件，让你在平台上点点鼠标即可轻松完成本篇文章的核心内容，制作一张高质量图片。敬请期待！ 2. PyMOL作图 2.1. 设定工作目录，打开文件 打开PyMOL软件，导入刚才下载的复
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最新外泌体研究miRNA成果：带你揭秘长期运动对心脏的好处
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
文章导读 众所周知，运动可以降低心血管疾病的发生概率。目前已有的研究报道主要集中在肌肉因子方面，因为它具有旁分泌和内分泌作用，能够协调运动的多系统效应。然而，运动对心脏保护作用的潜在机制目前尚未可知。第四军医大学高峰、王立锋科研团队的最新研究成果表明，长期运动衍生的循环外泌体能够传递心脏保护信号，并鉴定出外泌体miR-342-5p是一种新的心脏保护性运动因子，能够对抗大鼠心肌缺血和再灌注（MI/R）引起的损伤。 发表期刊：Circulation Research 影响因子：15.211 实验方法：miRNA测序 实验材料：长期运动的人和大鼠的血浆（实验组），不运动的人和大鼠的血浆（对照组） 文章内容 1.运动对血浆外泌体数量无影响 本篇文章作者首先收集了运动和久坐的大鼠的血浆，从中分离出外泌体，运动大鼠血浆中外泌体为实验组(exe-exo)，久坐大鼠血浆中外泌体为对照组(sed-exo)（图1A），对外泌体进行镜检后（图1B），又检测了两组的外泌体蛋白，结果显示两组间外泌体的量并没有显著差异（图1C），且NTA分析也显示，两组的粒径分布和血浆浓度没有显著性差异（图1D和E）。然后作者用pkh26标记的外泌体和心肌细胞共培养，观察到外泌体在孵育6小时后被心肌细胞内化(图1F)。 图1. 运动和久坐大鼠的外泌体数量无差异；外泌体能被心肌细胞内化 那么问题来了，上述两种情况在人体中是否也存在呢？ 于是作者对人做了相同的检测。运动员血浆外泌体为实验组(Row-exo)和普通人的血浆外泌体为对照组(Con-exo)，结果与大鼠一致(图2K和L)。此外，作者还发现将运动员的外泌体和人的心肌细胞共培养后，可以降低细胞凋亡(图2M)，同时释放血清乳酸脱氢酶LDH(图2O)，并能增加心肌细胞活力(图2N)。 图2. 运动员和普通人的外泌体数量也无差异；外泌体也能被心肌细胞内化 2.运动分泌外泌体（exe-exo）对MI/R损伤有心肌保护作用 首先作者对两组大鼠进行心肌缺血30 分钟，再灌注24小时的损伤破坏，发现与久坐对照组(sed)相比，
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超声波清洗器七种常见故障维护
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
超声波清洗器出现故障无法正常使用时，一般常见的是以下八种情况，针对这八种情况，进行分析和检测： 一、换能器损坏： 分析：可能因长时间处于开机使用状态，温度会逐渐上升导致胶体融化换能器脱落或换能器陶瓷部分断裂。 检测：用摇表测量换能器的绝缘强度，绝缘强度在200MΩ以下已无法使用，须换新的换能器。 换能器的内部陶瓷也会由于长期使用出现断裂，使其不能正常工作。 二、 保险损坏：在开机后如发现无电源显示，无动作，首先要看电源座内保险是否损坏。 分析：有可能是用户接地线与火线或零线混用，并没有接地(本机地线是与机器外壳相连接)，还有可能是机器短路，元器件老化出现短路现象，导致保险损坏。 检测：拿出保险观看，有无断裂，用万用表通断档测量是否断开，更换新器件。 三、功率管损坏： 分析：主板上的功率管会因为机器长时间不间断使用或清洗液体太少长时间使用，使功率管出现短路情况。 检测：当功率管在主板上连接式，用万用表测量功率管两侧管脚的阻值，正常情况下应在22Ω左右。拿下功率管后(与主板断开连接)，测量其各个管脚间应是不通的。 四、电感、隔离变压器的损坏 分析：由于机器长时间工作，电感，变压器属于散热元件，其本身有可能会因温度过高而融化，烧毁，造成短路。 检测：电感、变压器的损坏，大多数情况下直观能看出烧坏的痕迹，更换新器件。 五、桥的损坏(二极管整流电路) 分析：同稳压管状况 检测：同样根据二极管特性(桥本身就是由二极管组成) 六、控制板的损坏(可调超声波清洗器) 分析：长时间连续工作，元器件老化有关，还有和有时会渗入清洗液有关。 检测：在机器不工作情况下，断开控制板与主板的连接。把主板通电，如机器工作，则表示控制板损坏，需要更换。 七、稳压管损坏 分析：稳压管的损坏一般是在功率管阻值小或短路后，开机造成的，其本身是极少损坏的。 检测：根据二极管特性，正向导通，反
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显微镜摄像头使用问题（一）
作者：德尔塔 日期：2022-04-19
摄像头装好驱动后仍然不能打开正常工作？ 答： 硬件检测，更换USB接口以确定是否供电或数据传输不稳定的问题，一般是连接到电脑的后面板，然后按照《用户指南》重装对应的设备驱动; 检查摄像头的数据线是否有问题，可以换一打印机的数据线进行测试; 确定对方是否使用我公司的软件来采集图像，检查驱动和软件是否匹配。 检查电脑问题，换一个电脑重试; 检查摄像头问题，换一个摄像头连接是否能正常工作; 询问客户使用的软件是否兼容以下微软的通用接口：directshow，Twain，WDM接口。在附录里查看我司摄像头是否支持这些微软的通用接口。 询问客户是否使用我们公司的摄像头的SDK开发包来打开客户的软件采集图像。如果是转技术支持。（这也是摄像头与其他软件兼容的一个问题） 部分需要配卡的摄像头(MC55的1394卡、USB3.0的摄像头)出现驱动经常丢失，使用中突然卡死？ 答： 可以初步判断是卡有些接触不良或者损坏了，建议客户找我司更换专用配件卡。 成像不清晰？ 答： 软件参数设置中预览分辨率是否是使用的最高参数，自适应选项有没有选中。 焦距是否调到，微调一下显微镜的微调，前后都调一下看一下是否能清晰一些; 对于一些CMOS摄像头，可以看一下增益是否打得很高导致噪点过高; 适当缩小孔径光阑 打开设备后，图像捕捉窗口一片漆黑？ 答： 如果是拉杆分光显微镜，请拉动拉杆至数码成像设备端; 调解显微镜灯泡亮度; 查看曝光参数和增益设置是否都为最小值，如果是就增大数值； 按照驱动无法正常安装处理。 打开设备后，图像捕捉窗口一片亮白？ 答： 显微镜光源过亮，调低亮度; 软件增益或者曝光时间设置过高，降低数值; USB接口问题，更换一个新的接口。
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