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qPCR性能分析的四大要素-效率、线性动态范围、检测限和精密度
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
MIQE指南中明确提出，进行qPCR实验时必须测定以下检测性能特点：PCR的效率、线性动态范围、LOD和精密度。 1、PCR的效率： 强大和精确的qPCR测定通常具有高效率。在报告目的基因相对于参照基因的mRNA浓度时，PCR效率是非常重要的。ΔΔCq方法是测定样本和用来标准化的单个参照基因之间浓度差异的最常见的方法之一。如果计算出目的基因与参照基因的Cq值的差异(ΔCq)，就可以将不同样本的ΔCq值直接进行比较。值得注意的是，两个基因的比较，必须在相似的扩增效率下进行。然而最常见的方法不一定是最合适的，相反已经开发了更为普通的定量模型用于校正扩增效率的差异[1]和多个参照基因的使用[2]。 PCR扩增效率必须通过校准曲线法建立，因为校准法简单、快速、重现好，保证了PCR的平均反应效率、分析灵敏度和检测方法的稳健性。扩增效率，要通过校准曲线线性部分的斜率计算，具体计算公式为：PCR效率= 10-1/slope-1，即以初始模板浓度的对数为X轴(自变量)，以Cq值为Y轴(因变量)作图。理论上效率的最大值为1.00 (或100%)，此值表明每个循环周期的产物量加倍。理想情况下，所报道的平均PCR效率的CI (可信区间)或SE (误差)值应该通过两次校准曲线法得到。 发表文章时，除了要提交每个定量目标的校准曲线外，还要提供校准曲线的斜率和在Y轴上的截距。PCR效率的差异会产生不同斜率的校准曲线。随着模板量的变化，目的基因和参照基因Cq值的差异并非固定不变，因此，按照固定Cq值计算得到的相对浓度是不准确的，可能会产生误导结果。 大于40的Cq值是可疑的，由于其效率较低，建议不要报道。然而这种随意设定Cq临界值的做法是不科学的，因为这些值可能很低(可消除有效的结果)也可能很高(能增加假阳性结果)。 2、线性动态范围： PCR反应的动态范围应该呈线性，即最高或最低的定量拷贝数应该通过平均校准曲线法得到，提交的文章应该包括线性动态范围。校准曲线的产生依赖于所使用的模板，动态范围应跨越至少3个数量级，**扩大到5或6
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肿瘤微环境：胰腺癌细胞在缺乏能量时分泌神经生长因子 (NGF)
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
胰腺导管腺癌 (PDAC) ，最常见的胰腺癌 (Pancreatic cancer) 类型 ，是最致命的实体肿瘤之一，具有很高的侵袭性。PDAC **的不良预后与其独特而复杂的微环境和代谢可塑性有关。 PDAC 的肿瘤微环境 (TME) 主要成分是细胞外基质 (ECM)、脉管系统、癌症相关的成纤维细胞 (CAFs)。PDAC 的 TME 包括了大量的致密的基质成分，例如 CAFs、胶原沉积、透明质酸等细胞外基质，多种免疫细胞，以及大量可溶性免疫抑制因子等。TME 不仅具有高度的免疫抑制作用，还与细胞分泌紊乱有关，并且与神经相互作用。TME 支持肿瘤生长和促进转移，同时作为药物传递的物理障碍。 图 1. 胰腺癌的肿瘤微环境[2] 目前，TME 中的一些成分或者通路已经纳入 PADC **潜在的靶标，例如基质细胞 CAF 和胰腺星状细胞 (PSC)，基质金属蛋白酶 (MMPs)、透明质酸等。研究人员也在不断探索和挖掘 TME 中的机制和新靶点。 近日，国顶级期刊 Cell 上刊登了一项非常有趣的研究成果，文章题为 Neurons Release Serine to Support mRNA Translation in Pancreatic Cancer，揭示了胰腺癌细胞在缺乏能量时分泌神经生长因子 (NGF)，驱使神经元细胞轴突分泌丝氨酸，为癌细胞提供代谢支持。这是胰腺癌细胞的一条求生之路，也是受“蒙骗”神经元叛变的机密。 图 2. 文章概要 丝氨酸 (Ser) 是多种代谢途径所必需的，因此它可能成为多种肿瘤细胞生长和存活的限速阀。Ser 还用于生成甘氨酸 (Gly)，Gly 可用于合成蛋白质或谷胱甘肽。神经元会释放氨基酸衍生的神经递质，如 Ser 和 Gly。在营养不良的环境中，PDAC 细胞通过其周围神经系统的轴突释放 Ser 和 Gly，增加了神经元可以支持 PDAC 细胞代谢需求的可能性。 PDAC 的肿瘤微环境具有营养不良，结缔组织增生，高度神经支配等特点。已有报道，神经支配支持了 PDAC 的发展。Alec C. Kimmelman 等人发现，外周轴突释放氨基酸，如 Ser，支持外源 Ser 依赖性的 PDAC 细胞代谢。 PDAC 细胞需要 Ser 来进行高效
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BCL6 小分子的类 PROTAC 的功能介绍
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
靶向蛋白降解技术已越来越多的应用于各种疾病靶点，其中最火热的要算 PROTAC 了，我们在《干货丨药界新宠—— LYTAC 与靶向蛋白降解技术》一文中，已给大家介绍了包括 PROTAC、LYTAC 在内的庞大的蛋白降解家族，最近一个平平无奇的小分子，竟然也发挥了类 PROTAC 的诱导蛋白降解作用，是噱头还是事实呢？赶快跟随小编一探究竟吧~~ 图示摘要：来自作者 Jonas Koeppel (Ph. D., Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute) 的 Twitter 杂合双功能降解技术 (PROTAC，靶蛋白配体-Linker-E3 连接酶配体组成的“三体”聚合物) 已被用于多种疾病相关靶点的降解剂开发，包括激酶、核受体和表观遗传酶等 (PROTAC 知多少)。但是，仍有蛋白对 PROTAC 显示出抗性，如 B 细胞淋巴瘤 6 蛋白 (BCL6)。William McCoull 等人在 2018 年发表的研究中阐明，他们开发的 BCL6 的抑制剂以及 PROTAC 小分子尽管可以有效降解 BCL6，但降解不完全，且未能有理想的细胞表型结果。 BCL6 蛋白是多种淋巴瘤 (非霍奇金淋巴瘤，滤泡性淋巴瘤以及弥漫性 B 细胞淋巴瘤 (DLBCL)) **的有效潜在靶点。BCL6 蛋白作为一种转录抑制因子，可促进滤泡生发中心 B 细胞 (滤泡性淋巴瘤的起源) 的快速扩张。在生发中心 B 细胞中，当 BCL6 蛋白高表达时，p53 抑癌基因几乎是缺失的。因此抑制 BCL6 可促进 p53 的表达，从而保护 Ｂ 细胞不受由 DNA 破坏导致的细胞自杀的影响。 近日，MCE 客户美国哈佛大学 Eric S. Fischer 和 Benjamin L. Ebert 团队在 Nature 发表了题为 Small-molecule-induced polymerization triggers degradation of BCL6 的文章，发现小分子 BI-3802 竟起到了类似 PROTAC 的蛋白降解作用，BI-3802 诱导蛋白聚集，通过泛素——蛋白酶体途径实现蛋白降解。 ■ BI-3802 诱导特异性的 BCL6 降解，不改变 mRNA 的表达 BI-3802 在不影响 BCL6 mRNA 水平的情况下，降低蛋白丰度并诱导其降解。该作用是通过靶向 BCL6 蛋
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重组蛋白常见的融合标签整理汇总
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
Q：什么是融合标签？ A：融合标签是指利用 DNA 体外重组技术，在目的蛋白 N 端或 C 端进行融合表达的特定蛋白、多肽或寡肽标签。 Q：融合标签有什么作用？ A：重组蛋白通过融合标签与包被在固相基质上的特异配基结合，使重组蛋白定向固定并得以纯化，大大简化了重组蛋白的检测，同时既能保留天然蛋白的大部分结构，又能实现增加溶解度，防降解，促进分泌，便于纯化等功能。 Q：融合标签的分子量和功能有关吗？ A：蛋白融合标签的分子量越大，对蛋白质本身的功能影响越大，所以大分子融合标签一般只用于检测或蛋白纯化等。常见的小分子量的融合标签，因其具有很多商品化的标签抗体，可以节省使用者制备目的蛋白的单克隆抗体的时间与成本。 Q：是否所有的融合标签都需要切除？ A：融合标签较小，免疫原性也很弱，一般不需要切除，对蛋白质的后续应用和研究不会产生影响。但是有些大标签是需要切除的，例如：Dsb 蛋白、FkpA 蛋白、GST 蛋白、SUMO 标签等。 为了便于将重组蛋白的融合标签去除，在设计构建载体时需要在标签蛋白和目的蛋白之间加上蛋白酶识别位点，常用的蛋白酶位点有：HRV 3C 蛋白酶切位点、TEV 蛋白酶切位点、肠激酶切位点、SUMO 蛋白酶切位点等。 Q：融合标签加在 N 端或 C 端，有什么区别？ A：蛋白融合标签对于 N 端或 C 端的选择性对重组蛋白的结构与特性会造成一定的影响。例如，对于较难表达或较容易降解的蛋白，可将融合标签选择在 5’ 端，可以提高重组蛋白的稳定性，也可减小对重组蛋白的免疫原性。但是重组蛋白为分泌蛋白，在其分泌到高尔基体的过程中，处于 5’ 端的融合标签会随着 5’ 端信号肽的切除而切除，从而失去作用。在目的蛋白结构未知的情况下，可以分别于两端构建标记的表达克隆，以确定哪个更有效。 关于融合标签您还有什么疑问么？欢迎在评论区留言哦~ 相关产品 Tag Peptides 标签多肽，可用于标签蛋白的竞争性洗脱，可作为相关检测
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特异性靶向 HCV 生活周期中病毒蛋白分类和介绍
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
我们都知道 2020 年诺贝尔生理学或医学奖授予了哈维·阿尔特 (Harvey J. Alter)、迈克尔·霍顿 (Michael Houghton) 和查尔斯·M·赖斯 (Charles M. Rice) 三位科学家，理由是发现丙型肝炎病毒。后来者站在了这些“巨人”的肩膀上，战胜了丙型肝炎病毒。 Harvey J. Alter 对输血相关性肝炎的系统研究表明，一种未知病毒是慢性肝炎的常见病因；Michael Houghton 使用了一种未经验证的策略，分离了新病毒丙型肝炎病毒 (Hepatitis C virus) 的基因组；Charles M. Rice 提供了最终的证据，表明仅丙型肝炎病毒就能导致肝炎。他们的发现为设计高度敏感的血液检测提供了支持，从而消除了世界上很多地区输血传播肝炎的风险，也使能够治愈该病的抗病毒药物的开发成为可能。 在此前的推文中，我们也介绍过肝炎病毒 (肝炎病毒是如何诱发肝癌的？)，目前，有五类已知的肝炎病毒：甲、乙、丙、丁、戊型肝炎病毒 (A、B、C、D 和 E 型)。丙型肝炎病毒 (HCV) 是一种有包膜的单链 RNA 病毒，是丙肝的病因，可能会导致肝硬化和肝细胞癌 (HCV 感染细胞过程)。HCV 发现也使得针对丙型肝炎的抗病毒药物得以快速开发，目前丙肝已经可以临床治愈。当然，HCV 能被攻克，DAAs 绝对功不可没，那么这个 DDA 为何物呢？ DDAs (Direct-acting antivirals)：直接抗病毒药物，特异性靶向 HCV 生活周期中病毒蛋白，从而破坏病毒的复制。DAAs 主要包括三大类：抗 NS3/4A 蛋白酶抑制剂 (Protease inhibitors, PIs)，抗 NS5B 和抗 NS5A 抑制剂。自 2011 年以来，多种 DAAs 获 FDA 批准用于** HCV 感染，目前，已证明 DAAs 降低病毒 RNA 水平，在约 95％ 的**患者中达到持续病毒学应答 (SVR)。 HCV 蛋白结构与 DAAs 靶点[4] HCV 基因组大小约为 9.6 kb，编码三个结构蛋白 (Core, E1 和 E2)，七个非结构蛋白 (NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A 和 NS5B)。HCV 的非结构蛋白对于病毒复制是不可或缺的，例如，NS3 能与 NS4A 形成复合物并将 HCV 结构蛋白裂
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如何学习从细胞状态判断与避免污染
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
一、为什么要了解细胞形态 定期检查培养细胞的形态（即形状和外观）对于取得细胞培养实验成功至关重要。每次用眼睛和显微镜检查细胞，除了确认细胞的健康状况，我们还可以及早发现任何污染的迹象，避免污染扩散至实验室其他细胞。 二、细胞形态变化的迹象 细胞核旁颗粒的堆积 细胞质中有空泡 细胞团缩并从平板上脱离 外形变化 三、细胞形态变化原因 培养基改变 细胞污染 细胞老化 有毒物质 四、哺乳动物细胞形态 大多数培养的哺乳动物细胞根据其形态可分为四大类。 成纤维细胞（或成纤维细胞样）：细胞是双极或多极的，狭长型，贴壁细胞； 上皮细胞呈多角形，尺寸更为规则，贴附在基质上呈散斑片状生长； 淋巴细胞，呈球形，通常悬浮生长，不贴附在基质表面； 神经元细胞体（贴壁细胞）。 神经元有多种形状和大小，可以粗略地划分为两个基本形态类别。I型具有很长的轴突，可长距离传递信号，II型则没有轴突。典型的神经元会从胞体部发出具有许多分支的细胞伸展结构，因此被称为树突树。神经元可以是单极或假单极细胞，即：树突和轴突发自同一突起，可以是双极细胞，即：轴突和单个树突发自胞体（有核细胞的中心部分）上相对的两端，也可以是多极细胞，即：细胞具有两个以上的树突。 五、细胞污染 1. 细菌污染 常见的细菌污染有枯草杆菌（Bacillus Subtilis）、大肠杆菌（Escherichia Coli）、假单胞菌（Pseudomonas）、白色葡萄球菌（Staphylococcus Albus）等，其中革兰氏阳性菌较为多见。 图片来源：Bing 细菌污染会导致培养基1~2d出现黄色或白色浑浊、颜色改变以及pH值急剧变化，受污染的贴壁细胞在几天内会逐渐脱壁死亡；有些状况下培养基颜色改变不明显但细胞形态会变异（出现多角，多核）；显微镜观察培养液中有大量圆球形颗粒物漂浮，呈细沙状。 主要来源： 操作不当或器材消毒不严；细胞培养试剂污染细
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来自富含ACE2细胞制备的膜纳米颗粒阻断SARS-CoV-2的感染途径
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
研究背景： 由严重急性呼吸系统综合征冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的2019新冠肺炎(COVID-19)在全球范围内爆发，已感染超8500万人，导致超过180万人死亡，发热、咳嗽、肌痛或疲劳是COVID-19患者的常见症状。一旦病情恶化，急性呼吸窘迫综合征、呼吸衰竭、败血症和急性肾损伤是常见的致命并发症。全球COVID-19大流行的持续发展，需要开发针对SARS-CoV-2的**方法。 2021年3月18日，中国人民解放军陆军军医大学放射损伤及放射复合伤的发病机制与防治研究团队合作在ACS NANO杂志（IF=15.498）发表了题为“Membrane Nanoparticles Derived from ACE2- Rich Cells Block SARS-CoV-2 Infection”的研究论文。 王成副教授，王少博，陈银为第一作者，赵景宏教授、王军平教授为通讯作者，开发出了一种由富含ACE2的细胞膜制成的纳米粒子，可以阻止SARS-CoV-2的刺突，从而阻止感染。 该研究发现了针对2019冠状病毒病(COVID-19)SARS-CoV-2的**方法。病毒致病过程包括细胞联合、膜穿透、内体逃逸、病毒粒子脱壳和基因组复制，致病机理SARS-CoV-2附着在细胞膜上是COVID-19发病的第一步。这一过程可归因于病毒spike (S)蛋白，该蛋白可被蛋白酶降解为S1和S2亚基。S1负责识别宿主受体，S2介导病毒融合进入细胞质。ACE2是SARS-CoV-2 S1的主要受体，介导病毒进入宿主细胞。研究人员发现，从富含ACE2的细胞中制备的纳米膜颗粒(NPs)具有有效阻断SARS-CoV-2感染的能力。以高表达ACE2的人胚肾239t细胞膜为材料，采用挤压法制备NPs。这些被称为ACE2- NPs的纳米材料表面含有265.1 ng/mg ACE2，并以剂量依赖的方式作为诱捕新冠病毒（S1蛋白）的诱饵，导致HK-2人肾小管上皮细胞中病毒配体的招募减少。除了影响受体的识别，S1移位到细胞质中，通过减少视神经萎缩的表达和增加细胞色素c的释放来诱导细胞凋亡，ACE2-NPs也抑制了这一作用。进一步研究表明，ACE2-NPs能有效抑制SARS-CoV-2假病毒进入宿主细胞，并在体内外阻断病毒感染。本研究确定ACE2-NPs
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技术介绍 | 类黄酮广靶代谢组学
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
类黄酮化合物（Flavonoids）主要指具有2-苯基色原酮（2-Phenylchromone）母核结构的一类化合物的总称，是植物在长期自然选择过程中产生的一些次级代谢产物，广泛存在于高等植物的根、茎、叶、花及果实中。黄酮类化合物具有多种重要的生理、生化作用，对人类疾病有着重要防治价值，如减少癌症、抗肿瘤、抗心血管疾病、抗衰老、抗骨质疏松、抗病毒、抗炎症等等。广谱的药理活性已使类黄酮物质成为国内外研究的热点，广泛应用在医药、食品、保健等领域。 类黄酮广靶代谢组学数据库 1.技术优势 自建数据库：自建类黄酮标准品数据库，确保定性结果准确可靠。 定性准：基于标准品开发方法，样本中代谢物二级谱与标准品二级谱逐一核对。 高特异性：优化的类黄酮前处理方法；合适的色谱质谱检测条件；每个项目均进行标准品验证。 高灵敏度：AB SCIEX 6500 Qtrap高灵敏度的质谱系统，实现对极低含量的类黄酮准确鉴定。 2.技术路线 3.技术参数 样本要求 植物组织 鲜样 2g，干样 1g，冻干粉：250 mg 储存和运输 液氮或-80℃保存；足量干冰运输，避免反复冻融。 检测平台 AB Sciex QTRAP®6500+ 4.应用方向 非生物胁迫：抗氧化；延缓衰老。 生物胁迫：植物抗虫；植物抗病。 疾病防治：抗癌；抗菌消炎；心脑血管疾病。 生长发育：种子萌发；营养色泽。 5.案例分析 广泛靶向代谢组学研究两种红豆杉中黄酮类化合物的代谢变化 研究对象：红豆杉 期刊：Molecules 影响因子：3.267 时间：2019年 研究背景： 红豆杉是世界上公认的濒临灭绝的天然珍稀抗癌植物。黄酮类化合物具有多种生物学功能，参与植物生长发育过程中的防御和抗性反应、改善营养元素的利用与花粉萌发的关系，也显示出广泛药理活性包括抗氧化、抗肿瘤、抗白血病、抗炎和免疫调节的影响，但在红豆杉中作为主要生物活性成分的研究尚未广泛开展。 结果展示： 两种红豆杉中的总黄酮检测发
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拟南芥中生长素代谢如何调控代谢组学的特异性分析
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
生长素作为一个形态发生器，调节植物关键的生长和发育过程，研究者们认为生长素几乎影响植物生长发育的各个方面；有丰富的遗传学证据表明，生长素的合成和降解存在多种途径，而这些代谢途径的复杂性使得我们很难清楚地了解在发育过程中特定代谢途径的相对重要性，吲哚-3-乙酸水平是如何通过多重降解和可逆或不可逆共轭途径调控的，我们知道的也很少。能够精确定量各代谢途径上关键物质对于了解植物生长发育过程起着关键作用。今天给大家分享一篇发表在The Plant Journal（IF= 6.141）上的关于生长素的文章：Tissue-specific profiling of the Arabidopsis thaliana auxin metabolome。 生长素通常是在细胞质中合成，而且是经由色氨酸代谢产生，公认的拟南芥中生长素合成和降解通路如下图1： 图1 公认的拟南芥中生长素合成和降解通路 吲哚-3-乙酸代谢物的化学差异性过大，一些方法只能测定很少的代谢产物，作者采用SPE一步纯化方法与灵敏度高、选择性好的液相色谱-多反应监测-质谱(LC-MRM-MS)相结合，能够精确测量21种化合物。 1.方法开发过程 1. 实验部分 稳定性 作者测试了吲哚-3-乙酸代谢产物在不同溶液中的稳定性，最终得出大部分IAA代谢物或者结合物在比较宽的PH范围条件下都比较稳定，吲哚-3-丙酮酸、吲哚乙醛肟极不稳定，同时作者还测试了不同的浓缩方法：真空浓缩、氮气吹干，最后得出在真空条件下色氨酸和吲哚-3-乙醛会降低10%-30%。各物质稳定性结果如下图2： 图2 各物质稳定性结果 衍生 对于容易降解的两个物质吲哚-3-乙醛、吲哚-3-丙酮酸，作者采用了衍生的方法，使用衍生试剂巯基乙胺，此衍生剂的衍生产物对比其他衍生产物灵敏度更高；作者在一半的提取液中加入3ml，0.25M的巯基乙胺（PH=8），常温反应1h，然后过SPE柱，纯化。反应原理及子离子图如下图3： 图3 吲哚-3-乙醛、吲哚-3-丙酮酸衍生原理 提取试剂 作者测试了四种不同的提取液：80%甲醇溶液
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多组学揭示了雌雄异株植物——康定柳的性别二态性和生殖投资成本
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
发表期刊：Horticulture Research 发表时间：2021.6 影响因子：5.404/农林科学一区 合作客户：中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所 百趣生物提供服务：GC-MS非靶标代谢组学（可点击了解产品详情） 1.研究背景 康定柳（Salix paraplesia Schneid.）作为高山生态系统保护的先锋树种，广泛分布于青藏高原东部，属于典型的雌雄异株植物。雌雄异株植物占被子植物的约6%左右，雌雄个体间通常存在性别二态性，其中包括了成熟个体在开花期的生殖投资成本差异和花器官的表型差异。然而，在授粉前的开花阶段，雌雄个体的生殖投资成本差异如何并不清楚。 近日，百趣生物协助四川大学生命科学学院张胜教授团队在Horticulture Research在线发表了题为Sex-biased genes and metabolites explain morphologically sexual dimorphism and reproductive cost in Salix paraplesia catkins的关于多组学揭示了雌雄异株植物——康定柳的性别二态性和生殖投资成本的论文。 2.实验分组 花期早期：5株雄性花朵和5株雌性花朵（2018.3.9） 花期盛花期：5株雄性花朵和5株雌性花朵（2018.3.29） 花期晚期：5株雄性花朵和5株雌性花朵（2018.4.18） 3.实验方法 本研究利用表型和营养分析、代谢组学（n=5、GC-TOF-MS）和转录组学（n=3）等分析手段，于授粉前开花三个阶段(早期、盛花期和晚期)，对康定柳雌雄花序的性别差异进行了比较分析。 4.实验结果 1. 柳树雄花雌花的形态和营养水平的二态性 与雌花相比，柳树雄花在三个花期均有较长的柔荑花序和较大的投影面积(图1和图2a, b)。此外，我们还发现三个花期的柔荑干重存在显著的性别差异(图2c)。有趣的是，随着花的发育，生物量积累存在性别差异。与雌花不同，雄花的生物量在花期和花期之间没有显著差异，说明雄花的繁殖投资可能是为了消耗能量而不是积累生物量。通过对养分浓度和花生物量的综合分析表明，授粉前，雄株可能比雌株向花中投入更多的
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光谱成像技术应用于岩画数字化及文博保护与鉴定
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
岩画、壁画是人类历史上最早的绘画形式之一。人类祖先利用不同的颜料在岩穴、石崖壁面上描绘记录人类的生活，以及他们的想象和愿望，不仅构成了文字发明以前原始人类最早的"文献"，同时还作为人类的精神产品，以艺术语言打动人心，是先民们留给后人的珍贵的文化遗产。 由于岩画、壁画大多存在于天然洞穴或岩石上，任何外界条件均有可能导致其消失或恶化，如地质地貌变化引起的滑坡坍塌、水蚀风化、细菌真菌等生物危害。因此，岩画、壁画的保护、复刻及数字化等环节都至关重要。西班牙的研究学者们利用高光谱成像技术对埃尔卡斯蒂略洞穴中的壁画进行了研究，该洞穴壁画中包含大量的动物形象，如野牛、山羊、鹿、马等，于2008年被联合国教科文组织宣布为世界遗产。 经过数字化光谱识别与分析，有一个体型巨大、面向右侧的动物图案，头部、背部清晰可见；在它的右下方有一些向左排列的四足动物的黑色腿；在更右侧稍低的位置，还有一个驯鹿图形的前半部分，胡须和角明显可见；在其内部还有其他一些动物形状可见（参见上图）。 光谱成像技术可以高效、无损、准确、非接触、高通量地记录和研究分析岩画、壁画、雕塑等的表面信息，实现物质文化遗产研究和保护的数字化。对于露地如岩画、石碑、雕塑等文化遗产，表层生物侵蚀如藻类、地衣侵蚀危害评估和防治，是文物保护的重要环节，对此可采用叶绿素荧光成像等技术进行研究监测分析。 易科泰光谱成像与无人机遥感技术研究中心（西安）提供岩画、壁画、石碑等文博保护研究和检测鉴定等SpectrAPP光谱成像创新技术方案，光谱成像实验室可提供技术服务和实验合作。
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离子通道的分类、筛选方法、检测和服务
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
您说“万事皆可卷”，小编说“万事皆可筛”。您说新药开发像大海捞针？那是因为还不会“筛”啊！MCE 提供“开挂”服务，专治“不会筛” 在郑重介绍离子通道之前，小编要大声说出我们目的：助力中国科研！ 好嘛，实际行动不就又来了：上线离子通道筛选平台，提供形式多样的高表达细胞系的离子通道检测及新药临床前离子通道作用评价服务。 离子通道 离子通道 （Ion Channel） 是一类跨膜的大分子孔道蛋白，可允许特定类型离子在电化学梯度驱动下穿过细胞膜，从而完成信号传导、细胞兴奋性调节等生理功能，已成为当前药物研发中仅次于蛋白激酶、G 蛋白偶联受体 （GPCRs） 的第三大类药物靶点。此外，离子通道在评估药物安全性方面也至关重要。例如，hERG （Kv11.1） 编码的钾通道介导一种延迟整流钾电流 （IKr），IKr 抑制是药物导致 QT 间期延长的重要机制。 图 1. 离子通道 hERG Channel Block → Action Potential → Prolonged QT Interval → Torsades de Pointes MCE 综合虚拟筛选与实验筛选，更有 600 万+现货化合物，致力于为药物高通量筛选提供一站式解决方案，加速新药发现。全新上线的离子通道筛选平台，同时具有手动膜片钳系统、高通量自动化膜片钳系统、基于荧光的高通量离子通道检测系统，可以提供形式多样的高表达细胞系的离子通道检测及新药临床前离子通道作用评价服务 推荐阅读： 氟芬那酸 Flufenamic acid 离子通道分类 离子通道的开放和关闭，称为门控 （Gating）。根据其激活机制，离子通道可分为配体门控 （Ligand-gated）、机械门控 （Mechanically-gated） 和电压门控 （Voltage-gated） 等。 配体门控离子通道因与配体结合而开启，以受体名称命名。机械门控通道是一类感受细胞膜表面应力变化，实现胞外机械信号向胞内转导的通道。电压门控离子通道因膜电位变化而开启或关闭，以最容易通过的离子命名，如钾通道、钠通道、钙通道、氯通
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m6A在农业生物研究方面的应用汇总
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
目前m6A修饰的文献已达3000+篇，并且每年呈指数上涨，证明目前m6A修饰研究火热程度。其中大部分研究是在人和大鼠小鼠中，其他动物中发表出来的文献还较少，留有非常广泛的研究空间。Pubmed上文献搜索结果显示，目前m6A农口文章中，非洲爪蟾文章4篇，鸡13篇，牛5篇，猪31篇，其中，云序生物提供测序服务助力发表的文章物种涵盖了非洲爪蟾、鸡、牛。我们为大家汇总了5篇云序客户发表的农口文章，均是仅通过测序数据分析，发表了m6A修饰谱学文章。其中的文章3和4，一次m6A全转录组测序数据,发表了lncRNA和circRNA两篇文章，真正体现了一次测序数据，多个研究成果，也为如何在3-6个月内短、平、快发表5分左右文章提供借鉴。 文章1:非洲爪蟾睾丸组织m6A修饰谱 发表期刊：Chemosphere 影响因子：5.778 发表时间：2020.4 客户单位：山东第一医科大学 文章链接：Distinct m6A methylome profiles in poly(A) RNA from Xenopus laevis testis and that treated with atrazine 本研究通过云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服务，检测了阿特拉津(AZ)处理和未处理的非洲爪蟾(Xenopus laevis, X. laevis)睾丸组织（3v3）的m6A转录组谱。结果表明，m6A是X. laevis中一个高度保守的mRNA修饰。与哺乳动物不同，X. laevisis中的m6A富集于结束密码子和开始密码子附近，如植物中报道的那样。通过m6A测序，研究了AZ暴露下 X. laevis睾丸中m6A的差异表达，并与对照组的X. laevis进行了比较。结果表明，AZ导致1380个m6A修饰位点表达谱的改变(696个上调，684个下调)。KEGG通路分析表明，“nod样受体”、“紧密连接”、“过氧化物酶体增殖物激活受体”、“粘附连接”、“甘油磷脂代谢”和“脂肪酸生物合成”信号通路可能与受AZ影响的X. laevis睾丸发育异常有关。分析结果显示，m6A修饰与mRNA丰度呈正相关，提示m6A在两栖基因表达中起调控作用。本文报道了两栖动物X. laevis的转录组图谱，为揭示可能影响/控制两栖动物睾丸发育的m6A功能提供了基础。
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实操技巧｜光纤记录实验数据处理操作方法
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
你在进行光纤记录实验时，是否有如下烦脑： ◆ 记录好的数据看着很杂乱，不知如何整理？ ◆ 数据处理包含哪些步骤？ ◆ 如何确定数据分析的baseline ◆ ΔF/F指的是什么？ ◆ 信号出现了“漂白效应”怎么办？ 无需困惑，对以上问题，我们最近总结了一份实操步骤，这份操作指南可帮你迅速上手数据处理 常见光纤记录数据处理过程 让我们来看一张原始数据案例图，下图显示数据整体波动过于密集，其中410nm对照通道数据不够稳定；对应事件标记（线条标记处）的peak也不是很突出，针对这种数据情况，我们立刻开始数据处理吧。 （▲本文实操分析案例图） （*以下分析过程以瑞沃德双色多通道光纤记录系统操作界面为主要示例） 01.第 一步 我们将数据根据需要分析的时间段进行裁剪，此步骤也可跳过。 02.第二步 数据预处理。常见数据预处理过程包含平滑处理，基线矫正，运动矫正。平滑处理可以将数据中的过多杂信号去除，最大限度的突出目标peak。如下图所示，原始数据经平滑处理后目标peak更加突出，更容易观察分析。 基线矫正多数针对的是荧光信号因长时间记录导致漂白信号逐步下降，或者光纤的自发荧光在长期记录下逐步被漂白基线逐步下降等情况。此情形的数据因为整体呈现下降趋势，不利于后续数据作图分析，所以需要进行基线矫正。如下图所示，基线矫正可以直接将下降趋势的数据通过算法拟合后恢复成平整状态。 运动矫正用于采用410nm对照通道的数据，410nm数据可以用于反应背景噪音信号，运动矫正即将410nm数据与470nm数据进行拟合，通过算法从470数据中去除410nm数据的波动，得到真实的荧光数据。当不选择运动矫正功能或者实验未记录410nm的数据，可以选择一定时间范围内的信号作为对照进行算法处理。 03.第三步 数据预处理后即可得到整体数据的ΔF/F或者Z-score，用于反应数据的波动幅度。二者采用了不同的算法，数据的呈现结果略有不同。 ΔF/F=（F-F1）/F0： （1）当数据进行基线
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全能女神-MSC
作者：德尔塔 日期：2022-04-14
干细胞，一种多元多功能的细胞，具有“自我更新”与“多向分化”的潜能（下图1）；在不久的未来，我们的生活中可能到处都充满干细胞的影子噢！ 觉得惊讶吗？ 那么到底是哪种干细胞这么厉害呢？就让BI-MSC课堂好好来介绍一下，细胞界颜值最能打的女主角：间充质干细胞（Mesenchymal Stem Cell） ▲ 图1：间充质干细胞具有“自我更新”与“多向分化”的潜能。（EUROSTEMCELL WEBSITE） 一、发现历程 最早 由德国科学家Friedenstein在骨髓中发现。 1991年 美国科学家Caplan将其命名为“间充质干细胞”。 1999年 科学家Pittenger首次证明其具有多向分化能力（能分化为脂肪、成骨、软骨等细胞）。 2002年 发现她有强大的免疫抑制能力。 由于MSC实在是太红了，国际细胞**协会（ISCT）特别在2006年统一对“间充质干细胞”的定义（所有研究间充质干细胞的辨识金标准）： （1） 有贴壁性，能附着于塑胶培养容器。 （2） 细胞表面表达特定抗原：CD105、CD73、CD90等。 （3）具有体外培养分化能力，可分化为成为硬骨、软骨与脂肪细胞（下图2）。 ▲ 图2：间充质干细胞除了能分化成硬骨、脂肪与软骨细胞，还能分化成其它不同细胞，如肌肉细胞、神经细胞等。（CHAN, IMPROVED EXPANSION OF MSC WITHOUT LOSS OF DIFFERENTIATIONPOTENTIAL, www.RnDSystems.com） 二、为什么间充质干细胞这么火？ 间充质干细胞属于“多能干细胞”的一员（下图3），有分化成特定细胞或组织的能力；而多变的她，同时也属于“成体干细胞”，一类广泛存在骨髓、脐带、脂肪等部位的干细胞，所以较其他类干细胞容易取得；因为她的多变潜能及容易取得，让“间充质干细胞”在细胞生物学研究舞台上越来越被注意。 一个学生有能力做3种以上的课题， 又总是随传随到。 你说， 老师会不会爱她？ ▲图3：干细胞分化潜能分类 现今间充质干细胞已被应用在多种临床应用上，可简单分成四大类： 组织损伤修复 协调并唤醒各组织的前驱细胞(Progenitor Cells)去修复受伤组织的能力，
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