如何快速查找LncRNA序列
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查找LncRNA序列的网站有很多,包括Genebank,Ensembl,RefSeq,UCSC数据库等。今天,小编就给大家讲讲如何通过LncRNA ID号查找LncRNA的序列。 一.根据LncRNA来源数据库,进入相应链接。 1. Genebank:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 2. Ensembl:http://asia.ensembl.org/index.html 3. RefSeq:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/ 4. UCSC:http://genome.ucsc.edu/ 二.根据“gene_id”查看LncRNA在所属数据库的ID号。 1. Genbank:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 红框内输入gene_id号,点击search。假设gene_id为AK009210。 点击FASTA键,复制获取序列。 2. Ensmbl:http://asia.ensembl.org/index.html 选择物种类别,详见Report-Sequence_Results-Supplementary(可选项)。红框内输入gene_id号,点击GO。假设gene_id为ENSMUSG00000099021。 转到Genbank,复制获取序列。 3. RefSeq:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/ 红框内输入gene_id号,点击search。假设gene_id为C630043F03Rik。 点击FASTA,获取序列信息。 4. UCSC:http://genome.ucsc.edu/ Genomes下拉菜单选择参考基因组,一般人类选择hg19,鼠选择mm10。 红框内输入gene_id号,点击search。假设gene_id为Ivns1abp,点击go。 点击下图的红框。 点击下图的红框。 选择mRNA,复制获取序列信息。 云序相关产品推荐: m6A RNA全转录组甲基化测序 m5C RNA全转录组甲基化测序 m1A RNA全转录组甲基化测序 超微量RNA甲基化测序 比色法检测整体甲基化水平 RIP RNA Pull Down Me-DIP测序 往期精彩回顾: 看表观新修饰-6mA如何助力IF飙升! 10分以上m6A RNA甲基化测序文章----云序生物助力 不得了,大牛告诉你lncRNA甲基化如何研究 RNA甲基化进入超微量时代 小白必看!RNA甲基化整体水平鉴定的方法汇总 20分文章中的RNA甲基化,热度与实力并存 云序生物最新m6A“RNA甲基化”研究汇总—非编码RNA篇 云序生物最新“RNA 甲基化”研究汇总-拟南芥篇 云序生物最新m6A“RNA甲基化”研究汇总—病毒篇 Plant Cell:拟南芥发现全新m6A RNA去甲基化修饰酶 云序客户12分顶级文章,教你如何巧用RIP测序玩转分子机制! 2018年Nature杂志重磅级突破性研究成果--m5C RNA甲基化 云序生物 Nature突破性研究—RNA甲基化新修饰m1A 云序生物 Hepatology:m6A RNA甲基化酶METTL3促肝癌发展新玄机 上海云序生物科技有限公司 Shanghai Cloud-seq Biotech Co., Ltd. 地址:上海市松江区莘砖公路518号20号楼3楼 电话:021-64878766 传真:021-64878766 网址:www.cloud-seq.com.cn 邮箱:market@cloud-seq.com.cn