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STR是什么意思？ STR（Short Tandem Repeats，短串联重复序列）分析已被国际细胞系鉴定协会（ICLAC：International Cell Line Authentication Committee )、ATCC、NIST（美国国家标准局）等权威机构作为金标准应用于细胞鉴定。由于目前使用错误细胞情况非常严重，越来越多的杂志要求在投稿时提供细胞STR鉴定报告。 今天就来分享STR的鉴定报告如何解读？ 1.STR检测流程 首先了解下STR检测流程，先提取细胞DNA, 然后进行PCR扩增及测序，最后进行结果分析。详细检测流程请看下图：  ▲图1 STR检测流程 * Dr.Cell 采用的细胞STR鉴定方法完全符合美国国家标准局（NIST）颁布的细胞鉴定标准-ANSI/ATCC ASN-0002-2011, 并且在中国CMA认证与司法鉴定许可的实验室进行检测。 2.STR位点基因分型结果 完整的细胞STR检测报告请查阅（STR Report-Sample），报告上会列出受检细胞系STR基因分型结果附表（图2），表格中将列出所有实际检测位点信息。第2列“Sample”为样本检测得到的STR位点信息, 该结果是根据实际PCR扩增后检测到的片段长度得到的数据信息。第3列为ATCC、DSMZ等数据库中标准细胞STR位点信息。数据库中常规提供9个位点信息，即 Amelogenin, CSF1PO, D13S317, D16S539, D5S818, D7S820, THO1, TPOX, vWA。 ▲图2 STR基因分型结果 STR位点基因分型结果峰图： 在报告中会给出受检细胞系的STR检测结果峰图（图3），该峰图是实际PCR扩增后检测到的片段长度和分型信息。位点信息与表1（图2）相同。 ▲图3 STR基因分型结果峰图 *STR: 短串联重复序列（short tandem repeats，STR）也称微卫星DNA（microsatellite DNA）, 通常是基因组中由1~6个碱基单元组成的一段DNA重复序列，由于核心单位重复数目在个体间呈高度变异性并且数量丰富，构成了STR基因座的遗传多态性。 ▲图4 STR 短串联重复序列 * 纯合子：Homozygote，指同源染色体在同一基因位点上的两个等位基因相同。即显示单个峰。 * 杂合子：Heterozygote，指同源染色体在同一基因位点上的两个等位基因不相同。即显示2个峰。 ▲图5 STR位点峰图 人源正常组织细胞其STR图谱，一个基因位点仅出现一个或2个峰（更多信息请查阅短串联重复序列 (STR, short tandem repeats) ）。如发生细胞交叉污染现象，基因位点会出现多等位基因，即一个基因位点出现3或4个峰（图6）。当然，也不能排除可能为三倍体等多倍体突变现象。 ▲图6 多等位基因峰图 3.STR位点基因分型结果比对 根据鉴定得到的细胞STR位点信息在ATCC、DSMZ等数据库中进行比对，进入ATCC STR数据库页面（https://www.atcc.org/en/STR_Database.aspx ）输入检测细胞的9个STR位点信息，与ATCC数据库进行对比。 ▲图7 ATCC 数据库比对 输入信息后给出比对结果（图8） ▲图8 ATCC数据库比对结果 同样在DMSZ数据库进行数据比对，得到匹配结果。 ▲图9 DSMZ数据库比对结果 比对结果中"%Match"（ATCC, 图8）及 "EV" （DSMZ, 图9）列是受检细胞的9个STR位点基因分型数据与数据库中细胞的匹配度。 人源细胞STR鉴定结果判定标准： 受检细胞STR位点的基因分型数据与其对应的标准细胞系（其原始组织或衍生细胞系）STR基因分型数据进行比对： 1）若两者的匹配度≥80%，则判定受检细胞系为标准细胞系或为标准细胞系的衍生细胞系。 2）若两者的匹配度在56%-80%之间，建议结合细胞系形态、细胞系特异性标记物等辅助分析进行综合判断。 3）若两者的匹配度≤56%，则判定受检细胞样本与其对应的标准细胞系不相关。   参考文献： 1. American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup,A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6):p. 441-8. 2. Reid Y, Storts D, Riss T, Minor L. Authentication of Human Cell Lines by STR DNA Profiling Analysis. Assay Guidance Manual [Internet]. Bethesda (MD): Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences; 2004-.2013 May 1. （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK144066/）