常见的蛋白质组学技术流程汇编
【产品介绍】:
非靶向蛋白质组学 1. iTRAQ/TMT 标记定量蛋白质组学 iTRAQ 和 TMT 技术采用多种同位素标记,可与氨基反应实现连接,实现多个样本蛋白组的定性与定量。 技术流程: 寄样要求: 动物及临床组织标本 100 mg/sample 血清、血浆 200 µL/sample 细胞、微生物 1x107 cells/sample 植物嫩叶、嫩芽 500 mg/sample 植物种子、果实 100 mg/sample 液氮或者 -80℃ 保存 足量干冰运输,避免反复冻融 试剂盒种类: 技术优点: 适用范围广、高通量、结果可靠 灵敏度高 分离能力强 自动化程度高 2. Label Free 非标记定量蛋白质组学 Label Free 技术不依赖同位素标记,可通过液质联用对蛋白质酶解肽段进行分析,分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据,对被检测到的离子峰强度进行积分,以积分面积进行相对定量。 技术流程: 技术优点: 无需标记,最da程度的保留样本的真实性 可以区分“有”、“无”蛋白 不受标签数量的限制,多个样本可以同时进行蛋白定量分析 不同物种和不同的样本类型可以同时开展蛋白定量分析 处理步骤简单,成本低 技术缺点: 低通量 定量准确度有限 对质谱的稳定性和重现性有很高的要求 3. DIA 定量蛋白质组学 数据非依赖性采集(DIA)是一种显著提升蛋白质组学研究通量和可重复性的技术。 经典的 DIA 流程通常依赖于 DDA 谱图库的构建,需要消耗大量的样品,且周期长,成本高。 越来越多的不依赖于 DDA 建库的分析方法相继诞生,例如 DIA-Umpire、PECAN 和 encyclope DIA 等。encyclope DIA 系列技术采用气态在线分离(GPF)。 GPF-DIA 技术流程: 常规 DIA 流程: 技术优点: 采集所有离子及碎片图谱,重现性好 基于碎片离子定量,选择性好,可媲美 SPM/MRM 循环时间固定,扫描点数均匀,定量准确度高 高通量,能同时监测所有目标蛋白 4. 定性鉴定蛋白质组学 利用液相色谱质谱联用技术(LC-MS/MS)结合数据库检索的方法,对样本中的混合蛋白进行定性鉴定分析。 技术流程: 寄样要求: 胶条样本 考马斯亮蓝染色 SDS-PAGE 凝胶,条带清晰可见 条带切取操作过程中佩戴手套,防止角蛋白污染 条带置于 EP 管中,-20℃ 保存,冰袋运输 蛋白溶液 需要提供缓冲液体系以及蛋白浓度数据 蛋白溶液样本中不要加入 loading buffer 液氮或 -80℃ 保存 足量干冰运输,避免反复冻融 5. 多肽组学 多肽组学是以机体内源性多肽和低分子量蛋白质为研究对象,研究多肽组的结构、功能、变化规律及其相关关系。 技术流程: 技术优点: 高效 高通量 高特异性 破坏度小 高灵敏度 靶向蛋白质组学 (PRM 靶向定量蛋白组) 平行反应监测(PRM)是一种靶向检测方法,能够对目标蛋白、目标肽段进行选择性检测,从而实现对目标蛋白/肽段进行相对(绝对)定量。 技术流程: 技术优点: 不依赖抗体 特异性 结果准确、可靠 高通量 修饰蛋白质组学 利用 LC-MS/MS 结合数据库检索的方法,在搜库时设置修饰搜库参数,实现对目标所有已知的修饰位点磷酸化、乙酰化、糖基化和泛素化进行鉴定。 技术流程: 蛋白代谢互作组 代谢物-蛋白质相互作用控制着多种细胞过程,从而在维持细胞稳态中发挥重要作用。MetPro 技术是一种化学蛋白质组学方法,将蛋白质水解(Lip)和质谱(MS)结合起来。用于进行代谢物-蛋白质相互作用的研究,筛选与代谢物具有相互作用的蛋白质。 技术流程: 蛋白组生信分析 1. 基础分析 数据预处理 差异表达蛋白筛选 2. 常规数据分析 主成分分析 火山图分析 层次聚类分析 3.功能分析 COG 注释分析 亚细胞定位分析 GO 注释富集分析 KEGG 注释富集分析 PPI 网络构建分析 4.修饰蛋白特有分析 Motif 分析 激酶(kinase)预测分析