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研究小组给无菌小鼠引入15种不同细菌，创建人工模拟肠道菌群。虽然它们只是人类全套微生物菌群的一小部分，但这个简化的微生物群落为探索它们的聚集方式提供了一个窗口。 我们用彩色探针标记不同细菌，以便确定细菌彼此之间以及细菌对宿主组织结构的喜好关系。 基于肠道菌群和口腔微生物（特指牙斑形成）的前期研究，研究人员原本期望看到比较显著的菌落结构。 我们在口腔中观察到了高度结构化的微生物群落，它们就像多细胞器官一样。它们由不同类型的细菌细胞以高度结构化的方式组合而成，就像人体器官一般。 然而，在肠道中研究人员观察到了一团极度混合的微生物，但并非完全同质的混合物。可看作一个生物反应器，细菌被搅拌得到处都是，混合得相当均匀。 即使这是一个缺乏组织化的“肠道菌群”结构，研究人员仍然发现了一些“微小”的受细菌喜爱的栖息地——包括肠内壁组织衬里（被粘液包裹的上皮细胞），*空间（富含食物和粘液的腔）。这些地点的微生物种群与整体组成有所不同，即不同细菌的相对比例可能会发生波动。但是，总的来说这些地方的细菌分布并没有明显差异。研究人员未发现某个物种只特异性地聚集在某个空间内。 我们猜测正是这种混合效应使宿主和微生物之间保持了稳定的共生关系。 这是一项有想法的研究，它主要依托于化学标记、先进成像、组织切片光学显微镜、三维标本制备、生物图像重建软件分析等。2016年，Borisy和同事*了这个研究生物体内菌斑微生物分布的技术平台。 这类微生物研究还处于起步阶段，但是深入了解和开发微生物功能却很必要。打个比方，现有的研究结论就好比给你一个本，里面记录着波士顿市所有居民的，你除了一个个给它们打以外，能对波士顿市真正了解多少呢？ 可视化是生物学领域一个很基础、但很重要的问题。