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三篇15分文章揭秘：当外泌体遇上环状RNA
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
文章导读 外泌体是细胞分泌的大小为30-200nm的盘状囊泡，它在人体体液中分布广 泛。2013年，科学家通过研究外泌体细胞囊泡调控机制获得诺贝尔奖，这使外泌体开始被广 泛关注，随着研究的深入，人们发现外泌体可作为细胞间信息交流的桥梁，在细胞间往来穿梭进行信息传递。另外，外泌体与疾病的发生尤其是在肿 瘤中起到十分关键的作用，因此，外泌体也成为了研究疾病以及靶向治 疗的切入点。 尽管外泌体的研究十分火热，但前期研究主要集中在外泌体的信息传递以及外泌体中microRNA的作用机制等方面，关于外泌体中环状RNA的研究仍方兴未艾，今 天小编就近日新发表的三篇外泌体环状RNA高 分文章进行解析，希望能够使大家对外泌体中的环状RNA的研究有一些新的认识。 文章展示 1.肝ai细胞来源的外泌体circUHRF诱导自然杀伤细胞的衰竭，影响抗PD1治 疗的耐药性 发表期刊：Molecular Cancer 影响因子：15.302 发表时间：2020.6.27 文章链接：Cancer cell-derived exosomal circUHRF1 induces natural killer cell exhaustion and may cause resistance to anti-PD1 therapy in hepatocellular carcinoma 2020年6月27日，Molecular Cancer（IF=15.302）杂志上发表了一篇题为“Cancer cell-derived exosomal circUHRF1 induces natural killer cell exhaustion and may cause resistance to anti-PD1 therapy in hepatocellular carcinoma”的文章，文中对肝ai（HCC）细胞分泌的外泌体中circUHRF1的研究发现，circUHRF1可以通过与miR-449c-5p形成海绵机制从而影响其下游基因TIM-3的表达，结果显 示抑 制自然杀伤细胞（NK）功能并提高了抗PD1免疫疗法的耐药性。 （1）circUHRF1在肝ai组织中表达上调 通过环状RNA测序数据分析得到UHRF1在肝ai组织中表达上调，并在其病理过程中起重要作用。后通过qPCR技术检测HCC中的标志基因UHRF1来源的14个circRNA，发现hsa_cic_0048677(circUHRF1)是肝ai组织中表达量第 一高的环状RNA。并且在HCC组织
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再登Nature Genetics-ecDNA与致ai基因扩增及多种ai症不良预后相关
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
文章导读 研究发现，许多扩增的原ai基因，并不只是位于染色体，而且还能变成游离的染色体外DNA（ecDNA），并出现大量拷贝，而且相当高比例的ecDNA是以环状DNA分子的形式存在，即eccDNA（染色体外环状DNA）。由于ecDNA不存在着丝粒，所以在细胞有丝分裂时，无法被均等地分配到两个母细胞中，这就导致ecDNA的拷贝数会随着细胞代数的增加而呈现巨大的异质性，从而驱动肿 瘤演化过程，但是关于ecDNA发生频率和临床影响尚不清楚。 2020年8月17日发表在Nature genetic（IF=27.603）上的一篇题为《Extrachromosomal DNA is associated with oncogene amplification and poor outcome across multiple cancers》的文章揭示了ecDNA与致ai基因扩增及多种ai症的不良预后间的相关性。通过对3212名ai症患者的全基因组测序数据的分析，研究人员发现ecDNA扩增通常发生在大多数ai症类型中；与线性DNA相比，ecDNA扩增而引起的ai基因转录水平更高，同时染色质的可及性得到增强，能够更频繁地与转录本融合；携带ecDNA的ai症患者的生存期也明显短于非ecDNAai基因扩增引起的ai症患者。此次研究结果表明，基于ecDNA的ai基因扩增在ai症中普遍存在，并导致许多ai症类型的患者预后不良。 发表期刊：Nature Genetics 影响因子：27.603 实验方法：Circle-Seq，全基因组测序，ATAC-seq 文章链接：《Extrachromosomal DNA is associated with oncogene amplification and poor outcome across multiple cancers》 研究内容 1.eccDNA扩增广 泛存在于各类ai症类型中 ai基因扩增是ai细胞中常见的功能获得性改变，使肿 瘤细胞能够规避体内平衡期间的制约和平衡，从而驱动肿 瘤生长。基于ecDNA的扩增一直被认为是细胞增加特定基因拷贝数(CN)的一种方法，但它们的发生频率尚不清楚。全基因组测序(WGS)数据的计算分析和新的环状DNA文库富集方法表明，在中枢 神经系统的肿 瘤中ecDNA的频率相对较高。 研究人员应用AmpliconArchitect基于
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Nature重磅新星-eccDNA的物种发现史
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
文章导读 随着高通量测序技术的发展，人类基因组中的神秘面纱被一层层的揭开。eccDNA(extrachromosomal circular DNAs，eccDNAs)作为染色体外的环状DNA的研究也随着国际顶 级学术期刊中《Nature》和《Cell》相继发表的关于eccDNA在肿 瘤的发生和发展中具有重要功能的报道成为了基因组学研究中的一个爆点。那么对于eccDNA在不同物种中的研究程度也成了众多科研工作者关注的内容。今 天小编将带大家了解一下eccDNA在不同物种中“现身”的历史。 众所周知，eccDNA是染色体外的一种特殊的环状DNA，从它的出现到人们发现它在肿 瘤中有巨大作用时，已长达55年，在此期间人们发现环状DNA是自然界普遍存在的一种DNA分子形式，例如细菌或酵母等微生物的基因组DNA、细菌质粒、线粒体DNA等等都是环状DNA分子。真核生物中还有一类特殊的环状DNA分子，它们从正常基因组中分离或脱落下来，游离于染色体基因组之外，以特殊的方式参与生理或病理过程。由于它们是在染色体之外独立存在的DNA分子，因此统称为染色体外DNA，又因为是环状结构，因此称其为染色体外环状DNA，简称eccDNA。它在很多物种中均存在，包括酵母、线虫、果蝇、哺乳动物、植物等等。今 天我们将探究一下科研界新星eccDNA在不同物种中的研究历史。 文章展示 1.来自儿童恶性肿 瘤细胞中的双微体 发表期刊：The Lancet 影响因子：59.102 发表时间：1965.7.10 文章链接：MINUTE CHROMATIN BODIES IN MALIGNANT TUMOURS OF CHILDHOOD 1965年David和Catherine等在检查6例来自人类肿 瘤染色体的过程中，遇到了一个从未发现过的异常现象：除了肿 瘤细胞中结构完整的染色体组以外，有非常小的双染色质体的存在。Cox, D.等报道从人的肿 瘤标本细胞中发现的染色体外的DNA分子经常是成对出现的，因此当时称其为双微体（double-minutes）。作者首先考虑了双染色质体是外来起源的可能性。从形态上看，它们中的一些很容易让人联想到某些双球菌，但经过多次探究认为它们并不是来自于细菌的
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8月m6A RNA甲基化影响因子10+文章集锦
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
今 天小编为大家准备近1个月新发表的m6A研究相关文献，共计发表45篇，其中10分以上文章9篇。今 天我们来快速回顾这些高 分m6A文章的精彩之处。 高 分文章 1. m6A指导组蛋白H3K9me2去甲基化 文章链接：N6-Methyladenosine co-transcriptionally directs the demethylation of histone H3K9me2. 发表杂志：Nature Genetics 发表日期：2020.8.10 影响因子：27.603 摘要：本研究发现抑 制性组蛋白标记H3K9me2被m6A修饰的转录物特异性地去除。研究证明甲基转移酶METTL3/METTL14调节H3K9me2修饰。本实验观察到m6A与H3K9me2脱甲基酶KDM3B的占有率之间的全基因组相关性，发现m6A读取器YTHDC1与m6A相关染色质区域发生物理相互作用并招募KDM3B，促进H3K9me2去甲基化和基因表达。本研究建立了m6A和动态染色质修饰之间的直接联系，并为RNA修饰和组蛋白修饰之间的共转录相互作用提供了机制性的见解 2. 乳腺ai干细胞样细胞中ai基因AURKA增强的m6A修饰提高DROSHA mRNA稳定性进而反式激 活STC1 文章链接：Oncogenic AURKA-enhanced N6-methyladenosine modification increases DROSHA mRNA stability to transactivate STC1 in breast cancer stem-like cells. 发表杂志：Cell Research 发表日期：2020.8.28 影响因子：20.507 摘要：RNase Ⅲ DROSHA在多种ai症中上调，并通过迄今尚不清楚的机制参与肿 瘤的进展。本研究证明DROSHA与β-Catenin相互作用，以非RNA切割的方式反式激 活STC1，影响乳腺ai干细胞样细胞（BCSC）的特性。在BCSCs中，AURKA激 活的N6甲基腺苷（m6A）修饰增强了DROSHA mRNA的稳定性。AURKA通过抑 制METTL14泛素化和降解来促进DROSHA mRNA甲基化来稳定METTL14。此外，AURKA与DROSHA转录本的结合进一步加强了m6A读取器IGF2BP2的结合，以稳定m6A修饰的DROSHA。野生型DROSHA，而不是m6A甲基化缺陷突变体，能增强BCSC的茎干维持，而抑 制DROSHA m6A修饰则减弱BCSC的性状。我们的研究揭示了AURKA诱导的ai基因m6A修饰是DROSHA
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ac4C荣登Nature-RNA修饰研究大有可为
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
RNA修饰是表观遗传学中调控转录后基因表达的关键过程，目前对m6A RNA修饰的研究已进行的如火如荼，但除了m6A以外仍有多种RNA修饰类型参与调控转录后的基因表达，其中包括m1A、m5C、m7G、2’-O-甲基化修饰以及ac4C乙酰化修饰，在这些领域的研究中也不断有高 分文章的出现（如表1）。2020年6月17日，美国国立卫生研究院的Schraga Schwartz研究团队在《Nature》上发表了关于ac4C的研究成果，发现定量交叉进化图谱揭示了乙酰化修饰在RNA中的动态变化。今 天我们将着重介绍该项研究以及新发表在《Cell Host &Microbe》上的关于ac4C乙酰化修饰的文章，从而带大家把握这一领域的新进展。 表1：近期RNA修饰文章列表 文章展示 ac4C——定量交叉进化图谱揭示乙酰化修饰在RNA中的动态变化 发表期刊：Nature 影响因子：42.778 发表时间：2020.06.17 实验方法：Nucleotide-resolution ac4C sequencing 文章链接：Dynamic RNA acetylation revealed by quantitative cross-evolutionary mapping ac4C是一种古老且高度保守的RNA修饰，存在于tRNA和rRNA上，近期在真核生物mRNA也有相应的研究。然而胞苷乙酰化的分布、动力学和功能还有待进一步阐明。2020年6月17日，美国国立卫生研究院的研究团队在《Nature》发表了题为“Dynamic RNA acetylation revealed by quantitative cross-evolutionary mapping .”的研究成果，文章中使用N4-乙酰胞苷（ac4C）-seq，这种化学基因组学方法在单核苷酸分辨率下对ac4C进行全转录组范围的定量。揭示了ac4C乙酰化研究的新进展，为阐明这种修饰在生物学和疾病中的作用提供了技术基础和理论依据。 (1) ac4C单核苷酸分辨率测序 为了定量研究转录组中的胞苷乙酰化，作者开发了一种能够灵敏检测ac4C的化学方法在单核苷酸分辨率上对ac4C进行全转录组范围的定量。在前面研究的基础上，作者发现ac4C和氰基硼氢化钠(NaCNBH3)在酸性条件下反应形成还原的N4-乙酰四氢胞苷。与ac4C相比，这种核酸碱基结构的改变导致逆
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m5C RNA修饰表达谱文章教您如何另辟蹊径快速发文
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
文章导读 随着RNA修饰在生物领域的持续火热，关于m6A修饰的研究已经广 泛开展并发表，至今已觉不新鲜；5-甲基胞嘧啶RNA甲基化（m5C）是一类新的修饰方式，参与调控细胞应激、发育和基因表达等方面，目前m5C研究正处 方兴未艾之际，大量的科学研究工作也亟待开展，非常适合有探索性和新颖性需求的老师。这里我们收集整理了4篇云序生物提供服务的m5C甲基化研究的文章，通过展示m5C甲基化的表达分析过程，带领大家掌握常规性表达谱分析思路，给想短时间内发表5分左右文章的老师提供一条康庄大道。 云序项目文章1 系统性红斑狼疮CD4+ T细胞mRNA m5C甲基化与疾病活动性相关的改变 发表杂志：Frontiers in Cell and Developmental Biology 影响因子：5.201 发表日期：2020.06.05 研究方法：LC-MS/MS，m5C-Bis-Seq，RNA-Seq，RT-qPCR 文章链接：Disease Activity-Associated Alteration of mRNA m5C Methylation in CD4+ T Cells of Systemic Lupus Erythematosus 表观遗传过程与系统性红斑狼疮（SLE）的遗传风险相关。本文旨在探索SLE患者CD4+ T细胞中5-甲基胞嘧啶(m5C)的表达异常以及受影响的mRNA在SLE发病机制中的潜在功能。首先采用质谱分析表明SLE患者CD4+ T细胞的mRNA甲基化呈现高度活性。随后在27例SLE患者和28例HCs患者的CD4+ T细胞中验证了mRNA甲基转移酶NSUN2的表达。采用由云序生物提供的m5C-bis-seq与RNA-seq联合分析NSUN2敲低的HeLa细胞和SLE患者CD4+ T细胞的低甲基化mRNA表达谱，与HCs患者相比，SLE患者CD4+ T细胞中m5C水平下降，但含有m5C的mRNA数量增加。同时，mRNA转录物中的m5C位点分布高度保守，并且富含mRNA翻译起始位点。注释结果表明SLE中的高甲基化m5C及明显上调基因参与了免疫相关和炎性途径，包括免疫系统细胞因子信号传导途径和干扰素信号传导。低甲基化m5C基因则揭示了真核翻译延长和终止与mRNA代谢之间的联系。这些数据为未来研究SLE中mRNA m5C修饰的多功能性和转录后意义提供了有价值的视角。
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云序客户成果揭秘：三个月内搞定5分m6A甲基化谱文章？
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
关于m6A修饰的研究在生物领域持续火热，近年国自然立项和文章发表数目保持指数增长趋势，2020年pubmed收录文章已经高达652篇。云序生物在m6A修饰测序领域具有丰富的经验，近期云序客户又连发了5篇m6A甲基化测序研究的文章，下面小编就带大家一起来分析下这几篇发表文章的研究思路，给想短时间内发表5分左右文章的老师提供一些借鉴。 文章1.Mettl3影响脑动静脉畸形表型 发表杂志：Journal of Biomedical Science 影响因子：5.762 发表时间：20200509 文章链接：N6-methyladenosine methyltransferase METTL3 affects the phenotype of cerebral arteriovenous malformation via modulating Notch signaling pathway 文章摘要：脑动静脉畸形（AVM）是一种严重危及生命的先天性脑血管病。特定的解剖特征，如病灶大小、位置和静脉引流，已经被证实会影响治 疗结果。直到近期，与解剖特征和治 疗结果相关的分子生物学标志物和相应的分子机制仍然是未知的。本研究通过RNA-seq发现了甲基转移酶METTL3在不同病变大小组中差异表达，通过导管形成和伤口愈合实验，研究METTL3对血管生成的影响。此外，应用m6A-MeRIP-seq筛选内皮细胞METTL3的下游靶点，充分阐明影响脑AVM表型的分子机制。 文章2.中药调节m6A修饰影响非酒精性脂肪肝 发表杂志：Biomedicine & Pharmacotherapy 影响因子：4.545 发表时间：20200601 文章链接：Ling-gui-zhu-gan decoction alleviates hepatic steatosis through SOCS2 modification by N6-methyladenosine 文章摘要：苓桂术甘(LGZG) 汤是中医经典方药，近期被证明对高脂饮食（HFD）引起的肝脂肪变性有抑 制作用。然而，这种治 疗作用的机制仍不清楚。本研究对普通饮食、HFD喂养和HFD+LGZG喂养的三组大鼠的肝脏组织和血液样本，测定了肝脏脂肪变性和血脂、转氨酶等，用比色法检测了N6甲基腺苷（m6A）水平，通过甲基化RNA免疫沉淀测序（m6A-MeRIP-seq）检测和分析m6A甲基化，应用qPCR和WB验证差异甲基化
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阿尔茨海默病致病基因之APOE的研究概况
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
基因是很多人类疾病的内在因素，对疾病相关基因的研究是生命医学研究领域的主流，如何快速了解研究疾病相关的基因以及这些基因的概况？一篇篇去读文献搜集筛选实在耗时耗力，赛业生物专栏《Gene of the Week》每周二为您介绍一个基因，让您每周快速了解一个基因，期待您的持续关注哦。今天我们要讲的主角是APOE基因。 基因基本信息 备注：标有√的意为赛业红鼠库有该种保存状态的小鼠 图1. APOE的三种亚型，即APOE2，APOE3和APOE4。它们的区别在于APOE基因水平上两个位点的改变，反应到蛋白层面就是这两个位点（第112个氨基酸和第158个氨基酸）究竟是半胱氨酸还是精氨酸，如果一条染色体上编码得到的APOE两个位点都是Cys，这条染色体就是APOE2型，如果第112号位是Cys，而第158号位是Arg，那么这个载脂蛋白就是APOE3，两个都是Arg，那就是APOE4。 APOE基因研究概况 该基因编码载脂蛋白E，负责运输乳糜微粒。它其特定的肝脏和外周细胞受体结合，对富含甘油三酯的脂蛋白成分的正常分解代谢至关重要。该基因的突变会导致家族性脂蛋白血症，或III型高血脂蛋白血症(HLP III)。而动脉粥样硬化和阿尔茨海默症也与该基因的多态性密切相关。 图2. APOE多态性在人群中的分布。APOE3/E3占比最高，几乎占人群总数的2/3，携带一个APOE4以上的占1/4，剩余的占10%。 图3. APOE多态性对AD发病率的影响。APOE3纯合人群的AD发病率设为基准，含有APOE4人群的AD发病率均高于APOE3纯合人群的，两种杂合含E4/E2和E4/E3患病概率分别是APOE3纯合的2.6和3.6倍；而纯的E4/E4的AD发病率则猛增到15.5倍。E2则能降低AD的发病概率。 图4. 不同APOE的生理特征。除了AD以外，APOE既与多发性硬化症，血管性痴呆，帕金森综合征等神经疾病相关，也与II型糖尿病，缺血性脑卒中，心血管疾病以及III型高脂蛋白血症相关。 APOE基因在人体组织的表达 图5. 人和小鼠APOE基因mRNA相对表达量。肝脏是表达量最高的器官，肾脏、肾上腺、脑和脾脏
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核酸定量哪家强？荧光探针VS分光光度法
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
DNA编码所有的遗传信息，是创造所有生物生命的蓝图。它充当允许遗传物质在世代之间传递的存储设备。而RNA充当读取DNA中存储信息的读卡器。DNA中存储的遗传信息由RNA携带，同时RNA充当核糖体的信使，并在核糖体中合成蛋白质。分子生物学这整个过程称为“中心法则”。 基于核酸的检测的范围继续扩大，关于选择核酸检测方法有很多。 目前常用的是分光光度法，分光光度法利用了核酸的紫外吸收特性。核酸，包括DNA和RNA，均由脱氧核糖或核糖、磷酸基及含氮碱基构成。其中，由于碱基含有芳香环结构，因此具有紫外吸收的特性。通过测定260nm处的吸光度，对DNA和RNA进行定量。与此同时，还能通过计算OD260/OD280估计核酸的纯度。由于此法不具有选择性，无法区分DNA、RNA或蛋白质。检测数值极易受到其他污染物(如游离核苷酸、盐和有机化合物)和碱基组成差异的影响。 今天给大家介绍荧光染料法，AAT开发的多款荧光染料可以特异地与双链DNA、单链DNA、RNA相结合，并在特定波长光源的激发下，发出荧光，这一系统不会检测到样本中可能存在的其他杂质分子，荧光强度与样品中的靶分子浓度相对应。 DNA和RNA定量试剂 Helixyte Green dsDNA定量试剂（17597）和StrandBrite Green RNA定量试剂（17611）分别对双链DNA和单链RNA进行了优化。它们对核酸有很高的亲和力，对结合核酸有极大的荧光增强作用，使得在几分钟内直接检测复杂溶液中微量核酸成为可能，而且一般不会受到其他生物分子的干扰。 图1.小牛胸腺DNA中使用Helixyte 绿色和PicoGreen进行DNA定量。由图看出Helixyte 绿色和PicoGreen 具有几乎相同的性能。 Helixyte Green是一种出色的核酸定量试剂，与dsDNA结合后可显著增强荧光。它具有与PicoGreen®相同的光谱特性，因此是PicoGreen®的绝佳替代品（PicoGreen®是Invitrogen的商标）。它是可用于定量溶液中DNA的最敏感的染色剂之一。使用Helixyte Green，您可以在ssDNA，RNA和游离核苷酸存在的情况下选择
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大小鼠主动脉弓缩窄（TAC）致心肌肥厚和慢性心衰模型
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
主动脉弓缩窄（TAC）是一个慢性心室肥大的最为常用疾病模型，可用于模拟高血压或室内压增高而引起的肥厚性心肌病，在临床前药物研究或基础医学、生物学研究中广泛应用。TAC手术后即刻诱发/启动心室肥厚的进程，根据不同的小鼠品系和手术缩窄程度（如27G、28G缩窄），一般来说1周（28G缩窄）或2周（27G缩窄）即可发展为显著性的心室肥厚，并可于2~3周（28G缩窄）或4~6周（27G缩窄）发展为心力衰竭。 ● 模型制备-手术方法 一般采用雄性小鼠，根据实验目的不同，鼠龄可以在9～10周之间，缩窄程度可选用中度缩窄（27G）或重度缩窄（28G）。在主动脉弓部用线结扎法形成一精确的定量缩窄，达到限制血流增加室内压的目的。TAC诱发心室肥大或心衰的方法最早由Rockman等于1991年正式建立，之后成为广泛应用的心室肥大、心衰模型。 图1. 主动脉弓部缩窄及心重体重比、血流动力学变化，参见 PNAS. 1991; 88(18):8277-81。 ● 术后评价-超声心功能 心脏超声检测心功能动物麻醉状态下的心功能是下降的，故本公司要求超声时心率为500-550次/分，甚至需要测量清醒状态下的超声，尽可能反应动物真实的心功能。 图2. 正常小鼠心脏超声（C57BL/6J 小鼠）。 图3. TAC术后4周超声（左心室心肌代偿性增厚）。 图4. TAC术后12-14周超声（心衰指标为EF-射血分数、FS-短轴缩窄分数）。 ● 主动脉弓缩窄（TAC）模型精品课程 赛业生物张荣利博士用实际案例为您全面剖析： 1) TAC手术方法。 2）小鼠手术难在哪。 3）TAC模型评价方法。 4）TAC手术应用案例。 点击观看->>
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小鼠破骨细胞分化方案升级版
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
破骨细胞是高度分化的多核巨细胞，主要来源于单核/巨噬细胞造血干细胞系，是一种具有骨吸收功能，在骨代谢方面起着关键性作用的细胞，因而机体对于破骨细胞的调控非常严格，在破骨细胞分化成熟的过程中，RANK /RANKL/OPG系统起着分化调控枢纽的作用，是调节破骨细胞分化成熟的关键信号途径。核因子κB 受体活化因子配体（Receptor Activator for Nuclear Factor-κB Ligand ，RANKL）被认为是促进破骨细胞最为分化成熟及其功能活性最重要的因子，M-CSF可诱导RANK在破骨细胞前体的细胞膜上表达，进而使表达RANK的破骨前体细胞和RANKL结合并产生效应，诱导破骨细胞分化。因此在体外诱导破骨细胞分化过程中RANKL和M-CSF两种细胞因子缺一不可。 然而有不少科研工作者在诱导分化破骨细胞（尤其是小鼠破骨细胞）时会遇到诱导不稳定，诱导效率低等问题，PeproTech技术部门通过实验总结以及查阅文献对诱导失败原因进行了分析： ▼ 破骨细胞的诱导是通过破骨前体细胞融合形成多核巨细胞，因此细胞的密度对融合很关键，人的破骨细胞体外分化通常由单核细胞进行分化诱导，由于是分选的细胞，纯度很高，在诱导分化过程中细胞不会增殖，因此细胞密度可控，诱导成功率高；而小鼠的破骨细胞体外诱导分化是选择骨髓细胞来进行诱导，骨髓细胞里面虽然有很多破骨前体细胞，但是在诱导分化过程中其它杂细胞会影响细胞之间的融合，此外在前期扩增过程中，细胞生长速度的差异最终会引起细胞密度的不可控，最终也会影响细胞的融合，导致诱导分化的失败。 为了给客户解决这一问题，PeproTech技术部门通过实验操作验证总结了一个新的小鼠破骨细胞诱导诱导方案，供大家参考！ 1. 小鼠骨髓细胞的获得 1.1 小鼠(6~8周)颈椎脱臼法处死，将处死的小鼠放于含有酒精的小烧杯中浸泡2 min，消毒灭菌，在超净台中手术取出所有的胫骨和股骨，并用剪刀和镊子将骨周围的肌肉组织尽量去除干净； 1.2 将取好的骨头转
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铝合金中的高浓度和低浓度添加元素检测方案
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
如何准确测定铝合金中的高浓度和低浓度添加元素？ 金属铝（Al）以其独有的特性广泛应用于众多各领域。将Al与硅（Si）、铁（Fe）、铜（Cu）和锌（Zn）等元素结合制成铝合金，通常非铝添加元素占总合金重量的15％。与纯铝相比，铝合金的物理特性得到明显增强，如具有更好的强度，更优异的导电性和焊接性等；也可添加不同的量的其它元素，得到具有特殊性质的铝合金。 铝的大多数工业应用为铝合金，鉴于铝合金应用广泛和组分多样，伦敦金属交易所（LME）列出了四种铝合金组成规格，主要用于欧洲、亚洲和北美。在所列规格中，主要添加组分是Si、Cu、Zn和Fe，占组成重量的百分比通常大于1％。因此，必须以比其它元素更高的精度来测定这四种元素。 珀金埃尔默Avio® 系列 ICP-OES是进行铝合金检测实验室的理想选择，可根据伦敦金属交易所的高水平和低水平铝合金规格要求测量铝合金中的添加元素。使用电荷耦合检测器（CCD），可同时提供背景和分析物测量；对于铝合金中的主要成分（高浓度添加元素）通过使用较长读取时间和线性插入法校准，可以获得±2%以内的准确度；对于次要成分（低浓度添加元素）通过使用较短的读取时间和线性法校准，可以获得±5%以内的准确度。 本文使用Avio 200 ICP-OES测定LME规格要求的铝合金中的添加组分。 欲详细了解Avio 200 ICP-OES是如何根据LME规格要求在测定金属铝锭中的杂质元素中体现其优越性，扫描下方二维码即刻获取《按照伦敦金属交易所指南使用Avio 200 ICP-OES分析铝合金中的添加元素》和《Avio 200 电感耦合等离子体发射光谱仪》产品手册。
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快速高内涵荧光成像系统如何加快**性抗体药物研发
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
抗体药物在免疫、肿瘤**等多种应用中发挥越来越重要的作用，研究机构预测到2025年抗体药物市场规模将达到3000亿美元[1]，下图中红色代表2018年使用量最多的10种抗体药物。 图1 时间轴显示从1975年开始研发成功的**性抗体及应用 虽然抗体药物市场巨大，但是每年通过FDA审核并成功上市的**性抗体依然非常少，从下图可以看出，上市药物少的很大原因是**性抗体药物研发存在流程复杂、体外和体内药效验证困难等原因。 图2 **性抗体药物临床前研究路线 下图可以看出传统药物筛选流程中没有影像学方法，整个研发数据单一，必须拿到上一步的结果方可进行下一步的研究。而影像学方法可以进行高通量筛选，允许同时评估多个抗体分子的效力和毒性，最关键一点是影像学方法在药物筛选早期就可以拿到药物有无毒性作用，可以预测药物在人体的毒副作用，为更好的进行临床研究提供数据支持[2]。 图3 药物序列筛选和并行筛选 Leica THUNDER 3D极速高内涵活细胞培养成像系统是Leica全新研发的宽场快速高分辨荧光成像系统，拥有成像速度快、分辨率高、应用范围广、光毒性低和Navigator高通量采集与自动化处理数据等优点。 优势一 成像速度快 适合高通量快速筛选，视频中使用THUNDER拍摄96孔板，每孔三色荧光成像加10层 Z stack，最终3.5分钟即可全部采集完成。 视频1 THUNDER快速多通道荧光数据采集 视频2 THUNDER自定义采集参数和随机性设置 高速多通道采集只是获取数据的第一步，自动化分析数据才能高效的获取结果。THUNDER可在Navigator流程中添加自动分析步骤，让数据采集完成自动进入分析流程，最终将结果直接呈现出来， 图4 Navigator高通量采集后自动进入分析模块 优势二 高分辨率 传统宽场成像虽然可以快速采集数据，但是由于固有的光学结构无法有效滤除非焦信号造成的信号模糊、信噪比差，而点扫描共聚焦又受限于成像速度慢无法满足高通量筛选的需求。THUNDER快速高分辨荧光成像系统，基于宽场成像一次拍
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深蓝云qPCR知识小课堂-SYBR Green染料法
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
TaqMan探针法因其良好的特异性以及可多重检测而受到实验人员的青睐，其实除了探针法外，还有很多好的实验方法也被实验人员广泛认可，这次就介绍一下另一个应用广泛的方法：SYBR Green染料法，它又是因为哪些优点获得实验人员的青睐呢？ 染料法原理 染料法一般使用的是SYBR Green I染料，这是一种可以与双链DNA小沟结合的荧光染料，其不会与单链DNA结合，且在游离状态下几乎无荧光，只有与双链DNA结合才会发出荧光，因此将PCR扩增产生的双链DNA数量与荧光强度直接关联，产生实时监测的效果。 SYBR Green染料法优点 ☑ 通用性好，适合进行大多数类型的定量反应，可以进行熔解曲线的分析。 ☑ 无需设计探针，引物设计相对简单，不用考虑基团选择，易于上手；成本低，无需合成探针。 ☑ 无需PCR后处理，减少分析工作量并节省材料成本。 SYBR Green染料法缺点 SYBR Green染料法也有其缺点，SYBR Green染料法一个反应只能检测一个基因，无法进行二重甚至多重的实验。同样的相对于TaqMan探针法其特异性较差，当引物存在二聚体或者非特异性扩增时，染料同样可以结合并发出荧光，影响定量结果。因此对于SYBR Green染料法而言，设计一套好用的引物是重中之重。 深蓝云生物为您提供Gene-π网站在线设计引物，可为您快速设计引物并进行评估，复制链接可进行查询：https://www.gene-pi.com/item/primers-and-probes-2/ 设计好引物后，我们该怎么进行实验呢？ 1.实验条件的优化 我们需要对设计的引物扩增效果进行分析，使用阳性模板进行扩增，确定扩增产物为单一条带，且大小符合设计预期，如有条件可以对扩增产物进行测序，保证准确性。当引物无问题后，进行反应条件的探索，对退火温度进行温度梯度检测，找到合适的退火温度，即PCR扩增效果**，阴性模板无扩增，条带单一，熔解曲线单峰等。 2.预实验 设计好引物并探索好实验条件后，对样本进行一次预实验，预实验将样本进行梯度稀释用以制作标准曲线，分析内
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速率区带离心法 |你的分离纯化方法选对了吗？
作者：德尔塔 日期：2022-04-15
密度梯度离心（isodensity centrifugation method）又称为区带离心。 该方法的优点是可以同时使样品中几种或全部组分分离，具有良好的分辨率，分离效果好，可一次获得较纯组分。 缺点是离心时间较长，需制备梯度液，操作要求高。 按照离心分离原理，密度梯度离心又可分为速率区带离心法（rate zonal centrifugation method，R-Z）和等密度离心法 (isopycnic centrifugation method)。 速率区带离心也可称为等区密度离心，是根据样品中不同组分粒子所具有的不同的体积大小和不同的沉降系数将混合样品进行离心分离提纯。 离心时将需要分离的样品溶液置于由密度梯度材料（如蔗糖、氯化铯 (CsCI)、溴化钠等）形成的梯度液柱上面，样品粒子的密度必须大于梯度液柱中任一点的密度，否则无法得到理想的区带离心效果。离心时，混合样品中不同的组分将在梯度液柱的不同位置分别形成各自的区带，选择适合的转速和时间进行离心，当各组分区带距离拉得远时，结束离心，然后将区带取出。这样只需通过一次离心就可以把混合样品中的各组分分离提纯，其纯度和回收率均可满足要求。 优点是一次分离纯化，组分的沉降系数相差 20% 以上的即可选用此法，分辨力高，操作熟练可以将组分沉降系数相差 5%～10% 的样品很好的分离。 缺点是材料的条件限制，样品液浓度不能太高，否则操作条件很难控制，同时此法与差速离心法相比，处理样品的量要小的多。 图 1 速率区带离心 速率区带离心的时间必须严格控制，不能太短，否则样品区带不清，时间也不能太长，否则待分离组分可能沉底。需要分离的样品颗粒的沉降速度取决于颗粒形状、大小、密度及离心力等因素。离心前后样品的状态如图 1 所示。 速率区带离心经典的应用就是通过蔗糖密度梯度离心，进行各种亚细胞器（核糖体、线粒体、Exosome 等）和病毒颗粒（病毒载体、疫苗等）的纯化。例如，我们在上一期中得到的 70S 核糖体沉淀，经过水解后，可利用蔗糖密度梯度离心，进一步分离纯化
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