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数据非依赖采集DIA 解决方案
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
一、数据非依赖采集(DIA) 随着生命科学的快速发展,蛋白质组学的关注焦点和研究趋势已经逐渐从定性转向定量。定量蛋白质组学是对细胞、组织乃至完整生物体的蛋白质表达量及差异进行分析,对于生物过程机理的探索和临床诊断标志物的发现与验证具有重要意义。 基于静电场轨道阱 Orbitrap 的数据非依赖采集(Data Independent Acquisition, DIA)是赛默飞为用户带来的一项全新的、全息式的质谱技术。DIA 将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口,高速、循环地对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂、检测,从而无遗漏、无差异地获得样本中所有离子的全部碎片信息(图 1)。 图 1. DIA 与经典 Shotgun、SRM/MRM 的原理比较 与传统蛋白质组学“鸟枪法”(Shotgun)相比,DIA:(1) 无歧视地获得所有肽段的信息,不会造成低丰度蛋白信息的丢失,(2)循环时间固定,扫描点数均匀,定量准确度高,(3) 肽段的选择没有随机性,数据可以回溯,对于复杂蛋白样本,特别是低丰度蛋白具有更优异的重现性。与传统质谱定量“金标准”选择反应监测/ 多反应监测(SRM/MRM)相比,DIA:(1) 无需提前指定目标肽段,适用于未知蛋白分析;(2) 无需优化方法,获得数据后再基于谱图库实现定性确证和定量离子筛选;(3) 通量无上限,适合大规模蛋白定量分析。 形象地说,Shotgun 就像机枪扫射,高效率地打击尽可能多的目标;SRM/MRM 就像精准狙击,准确无误地打击特定目标;而DIA 就像地毯式轰炸,无遗漏地打击全部目标(图 2)。 图 2. Shotgun、DIA 和 SRM/MRM 的特点比较 DIA 有效结合了 Shotgun 和 SRM/MRM 的优势和特点,为用户带来全新的质谱分析体验,和强大的蛋白质组学定量策略。在临床研究中,高度的复杂性、庞大的样本量、样本的不稳定性是分析的难点,而 DIA 提供条件统一、无差别的质谱采集方法,能够在样本信息“完全未知”的情况下,对样本进行高通量、高速度采集,获得数据之后再进行深入解析和挖掘,是临床蛋白质组学实验
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烟草中农残检测的整体解决方案及方法包介绍
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
烟草中农残检测的整体解决方案及方法包介绍 赛默飞世尔科技三重四极杆串接气质 一. 方法包简介 方法包是赛默飞世尔科技色谱质谱部应用部门针对客户需求提出的简易仪器使用流程,方法包内所涉及的化合物均为常见的能在 GC/MS 上检测的化合物,如农药残留、多环芳烃、多氯联苯、多溴联苯和多溴联苯醚、邻苯二甲酸酯等。方法包的作用就是能使客户更快更简便地使用仪器,尽快上手。 方法包包括进样方法、数据处理方法(TraceFinder 方法文件夹)、相关应用文章、相关标准、色谱柱信息、前处理方法、数据文件等,客户可以直接调用进样方法和数据处理方法完成化合物的定性定量分析。 由于 TSQ 8000 Evo 采用 T-SRM 进样方法而不是分时间段的扫描方法,原来的进样的方法可以直接调用,即使保留时间会有微小的偏差,也不会影响最终的结果。另外,TraceFinder 软件自带的数据库可以直接编辑数据处理方法,数据库里包括化合物的名称、离子对、碰撞能量、定量离子、定性离子、CAS 号等信息。同时,TraceFinder 软件可以根据数据处理方法自动关联生成 TSQ 8000 Evo 的方法文件。这样应用 TraceFinder 就可以直接生成数据处理方法和部分进样方法。整个过程都是自动化的,几乎不需要操作者手动输入任何操作信息。 方法包(Method Kit) 二. 仪器简介 TSQ 8000 Evo 三重四极杆串接气质联用仪 秉承着在气相色谱三重四极杆质谱中技术的一贯领先优势,Thermo Fisher Scientific 在推出 TSQ 8000 之后再次创新,推出了更新的一款气相串接质谱仪 TSQ 8000 Evo,该款高效的 GC/MS/MS 提供了永不停机的生产率,其出色的灵敏度,超快的扫描速度,简便的 MSMS 功能,满足最苛刻的定量定性分析要求,为食品安全、环境分析、法医和制药应用分析提供基础。 TSQ 8000 Evo 主要特点: • AutoSRM 功能自动优化二级离子对信息; • 定时保留时间 SRM 功能(T-SRM)和定时保留时间 SIM 功能(T-SIM)使高通量检测成为可能,并且优
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TSQ Quantiva 出色灵敏度提升复杂基质中目标肽段定量能力
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
李静 赛默飞世尔科技(中国)有限公司 关键词 TSQ Quantiva;肽段定量;灵敏度 前言 生物标志物的研究包括发现(Discovery),验证(Verification),确认(Validation) 阶段, 最后进入临床检验(Clinical Utilization)等更深入的阶段。在研究生物标志物的过程中,主要的挑战在于如何在成分复杂的生物样品中发现中等丰度或低丰度的蛋白质,这就对仪器性能提出了很高的要求,即仪器必须具备高灵敏度,以保证低丰度蛋白质的检出。 TSQ Quantiva 是赛默飞世尔科技在2013 年ASMS 上推出的全新一代三重四极杆质谱仪。TSQ Quantiva 采用主动离子管控技术(Active Ion Management,AIM)(图1)技术优化离子生成及从离子源至检测器的传输,使这款仪器能够以最优异的灵敏度定量分析最复杂和最具挑战性的样品。本实验旨在考查TSQ Quantiva 在复杂基质中针对目标肽段定量的灵敏度。 图1. 主动离子管控技术(AIM)示意图 实验条件 材料与方法 PIERCE Peptide Retention Time Calibration Mixture(货号: 88320),内含15 条不同疏水系数(Hydrophobicity Factor, HF)的重标肽段。采用5ng/μL E.coli 酶解产物进行逐级稀释,获得浓度为0.0005 fmol/ μL, 0.0025 fmol/ μL, 0.005 fmol/ μL, 0.05 fmol/μL, 0.5 fmol/ μL, 5 fmol/ μL, 50 fmol/ μL 的样品。实验中通过Pinpoint 1.3 软件进行离子对的选择(图2),每个母离子选择4 个子离子,其中1 个子离子作为定量离子,3 个子离子作为定性离子。最终建立了15 条目标肽段,共计60个离子对的SRM 方法,其中加粗部分为定量离子(表1)。 图2. Pinpoint 1.3 软件进行离子对的选择 表1. 15 条肽段信息 高效液相色谱分离 高效液相色谱仪: Thermo Scientific EASY-nLC 1000 预柱:Dionex PepMap C18 色谱柱(2cm, ID75μm, 3μm) 分析柱:Dionex PepMap C18 色谱柱(15cm, ID75μm, 3μm) 流动相:A,含0.1% 甲酸的水溶液;B,含0.1% 甲酸的乙腈溶液 梯度: 2%-5% B 2
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双压线性离子阱质谱用于单克隆抗体分子量测定
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
张晓夕 赛默飞世尔科技(中国)有限公司 前言 目前,在对包括癌症在内的各种疾病的诊断和**中,单克隆抗体(mAbs)起到了越来越重要的作用,其相关研究发展也十分迅速。不同于传统的小分子药物,单克隆抗体的结构十分复杂,存在多种异构现象,故单克隆抗体结构表征就显得尤为重要。由于生物质谱所具有的“软电离”模式和高灵敏度、高质量精度和宽动态范围等优点,在单克隆抗体分子量测定、蛋白序列测定、翻译后修饰分析及杂质分析等方面,质谱正在起到越来越重要的作用。 离子阱质谱经常被用于未知物的结构解析,以及常规的蛋白序列测定、翻译后修饰和糖链结构解析等。已有实验结果表明,使用LTQ Velos 离子阱质谱可以对小的完整蛋白(16kDa)进行top down 解析[1];然而,使用离子阱质谱对150kDa 的完整单克隆抗体进行完整分子量测定尚未见报道。 在本文的研究中我们使用Velos Pro 双压线性离子阱质谱,对完整单克隆抗体及其轻重链分别进行了分子量测定。实验结果表明,离子阱质谱也能对150kDa 的完整单克隆抗体进行分子量测定,且不同糖型可得到分辨。 实验部分 样品信息 本次实验使用完整单克隆抗体样品,样品浓度2μg/μL;取部分样品上样至常规液相色谱,经在线脱盐后质谱测定其分子量;另取部分完整单克隆抗体样品经二硫苏糖醇(DTT)对二硫键还原烷基化后上样至LC-MS 系统,分别测定轻、重链分子量。 常规液相色谱方法 色谱仪:Thermo Scientific Accela 600 色谱柱:Thermo BioBasic 8 HPLC(5μm, 2.1mm, 100mm) 上样量:4μL(8μg) 流动相:A: 0.1% 甲酸水溶液,B: 0.1% 甲酸乙腈溶液梯度如下,其中前四分钟为在线除盐过程: 质谱方法 质谱仪:Velos Pro 线性离子阱质谱仪 喷雾电压:3.8 kV 毛细管温度:275 ℃ S-lens:66.8% Scan Rate:Normal m/z range:800-3500 In source CID:75eV AGC target:3e5 数据分析 数据使用ProMass 软件进行去卷积分析。 结果与讨论 Velos Pro 线性离子阱质谱
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巴西蜂胶化学成分的Obitrap Elite 高分辨质谱分析
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
刘国强 赛默飞世尔科技(中国)有限公司 关键词 巴西蜂胶;液相色谱;质谱;异戍二烯基肉桂酸衍生物 摘要 建立了同时测定巴西蜂胶中27 种活性化合物的反相高效液相色谱- 离子阱静电场轨道阱高分辨质谱(HPLC-MS)的分析方法。实验结果表明乙醇:水(8:2)比乙酸乙酯:甲基叔丁基醚(1:1)和甲基叔丁基醚:甲醇(9:1)提取出更多的酚酸类成分。通过Orbitrap Elite 获得的多级质谱,从巴西蜂胶中共鉴定出27 个成分,包含11 个黄酮类化合物,15 个酚酸类化合物,和1 个有机酸类化合物。其中异戍二烯基肉桂酸衍生物,为巴西蜂胶中的一类重要的生理活性成分,本实验中鉴别出的阿体匹林C (Artepillin C)和Drupanin 可作为巴西蜂胶质量控制方面的标记物。此分析方法可以用于蜂胶的化学成分的分析和商业上的巴西蜂胶制品的质量鉴定。 引言 蜂胶是蜜蜂采集胶源性植物的树脂掺和其上腭腺及蜡腺分泌物,经蜜蜂反复加工涂到蜂巢入口、内壁,以保持巢内相对无菌状态的胶状物质,是一种稀有的、珍贵的蜂产品。蜂胶具有诸多的活性作用,如抗菌 ,抗炎镇痛,降胆固醇,抗肿瘤等 。蜂胶中主要的有效成份是黄酮类化合物和酚酸类化合物,此外还含有脂肪酸、氨基酸、萜烯类化合物、矿物质、维生素、胰蛋白酶等化学成分。 巴西蜂胶 (Brazilian Bee Propolis) 是指产于巴西的蜂胶,其外观与成分等与世界其他地区的蜂胶有较大差别。 巴西东南部蜂胶中异戊二烯苯丙类含量丰富,在巴西蜂胶中具有药理活性的是异戊二烯基肉桂酸衍生物,其中四个是带有异戊二烯杂环的苯并吡喃,巴西蜂胶因含有一种“阿特匹林C”的特殊成分,被世界蜂胶业追捧,素有“世界蜂胶看巴西”的说法。 随着蜂胶产业的迅速发展,蜂胶被广泛地应用于医药、食品、化妆品等领域,蜂胶中阿魏酸、咖啡酸苯乙酯等主要活性物质的含量多少也直接影响到蜂胶的生理活性。仅用黄酮类化合物的含量来控制蜂胶质量已不能满足要求。因此,对蜂胶的化学成分进行综合全面的分析对建
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临床医生怎么发10分以上的SCI
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
医生是一个又要看病,做手术又要熬夜看文献写标书的苦逼职业。Dr.S深感同情,为了帮助将有限的精力主要放在临床上的广大医生同志们能更好的做科研,Dr.S将会陆续的为大家分享一系列近年发表的高分SCI文章,解析其中的思路和套路,看一下优秀的临床科研是怎么做的,今天先从国内发病量第一的肺癌说起。 今天分享的这篇文章是2017年刚发表的一篇Journal of the National Cancer Institute文章,题目是Association of Uba6-Specific-E2 (USE1) With Lung Tumorigenesis好简单粗暴,真可谓艺高人胆大,因为没有完整的故事和大量的数据是会被审稿人抓小辫子的哟。所以建议各位看官在自己文章写作的时候还是尽量按照“A基因通过B信号通路在C疾病中发挥D功能”的模式来,比较具体,不会被审稿人说题目太宽泛。 首先作者不知道从哪里找了一个基因USE1(Dr.S小贴士:一般这类新功能基因都是是样本出发高通量筛选出来的或者通过数据库挖掘出来的),发现这个基因的蛋白表达水平在肺癌组织中相对于正常组织显著升高。而且它还有几种突变型蛋白,也是癌组织里显著升高的。但是mRNA水平却变化不大,说明可能有转录后调控参与。 既然这个基因在肺癌里有临床相关性,那这个基因有没有功能呢? 把它干扰后细胞的体外增殖和转移能力下降,且体内成瘤能力也下降了。 再把它给过表达后发现结果完全逆转了,充分说明这个基因在体内外水平都是一个原癌基因。(Dr.S小贴士:其实干扰和过表达都能得到阳性结果还是比较困难的,可能需要多次重复实验不断摸索最佳条件,不过为了发表高分文章还是建议双向验证基因功能) 如果没有追求的话做到这一步咱也能发文章了,但再咬牙努把力就能发10分的文章了,是不是心动了,那我们下面咋做呢?找互作蛋白啊! 通过质谱我们发现了什么——CDC20和CDH1啊,明星基因有木有,而且CDC20和CDH1还能够形成APC/C复合物来降解带有D-box的蛋白,巧了,USE1就有D-box结构域。 一个有趣的故事就这么出现了。
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质谱技术在蛋白质组研究中的分析方法介绍
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
2003年人类基因组精细图绘制完成,是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥?因为中心法则告诉我们,基因的产物——蛋白质,是生命活动的最终执行者。与基因组类比,研究生物体内全套蛋白质的科学,就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年,人类蛋白质组计划启动,令人激动的是,2014年人类蛋白质组的草图也完成了。而蛋白质组学能够飞速发展的最大功臣非质谱莫属。质谱的应用范围非常广泛,但这里只讨论蛋白质组学中的质谱。 简单地说,质谱法(mass spectrometry)就是对肽段离子的重量(质荷比,m/z)进行测量的分析方法。样品经质谱仪(mass spectrometer)检测得到质谱图(mass spectrum),通过对质谱图的分析就可以对样品中的蛋白进行鉴定、定量。亲,图1的这种典型的蛋白质组学流程都很熟悉吧。蛋白首先都要被特异性的酶(通常为Trypsin)切割为肽段,再进行后续分析,这在蛋白质组学中被称为“自下而上”的研究策略(Bottom-up proteomics)。我们平时见到的质谱分析基本都是这种类型。提到蛋白质组,即会联想到一系列高大上的名词,iTRAQ、SWATH、SILAC、Shotgun、Label-free等等。很多概念容易弄混淆,下面我们就来理理清楚。 图1. 典型的蛋白质组学流程 大体上,质谱研究蛋白主要是鉴定和定量。通过二级质谱图(MS2或者MS/MS)进行数据库搜索匹配鉴定蛋白。通过各种标记或非标记的手段对不同样品中的蛋白进行比较就是定量。蛋白定量比较是质谱最重要的用途,图2是对定量方法的一个简单总结。非标定量(Label-free)不需要标记,不同样品分别处理、分别进质谱检测;优点是处理简单、无需标记、价格便宜、可以比较很多组样品,缺点是对操作步骤、LC、质谱稳定性要求严格。SILAC是在细胞培养基中加入稳定同位素标记的氨基酸,在代谢水平标记蛋白,一级质谱图进行定量,可以做到三组样品混合后进行比较,定量准确,但是不能标记组织样本,养细胞成本也较贵。双
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蛋白质组学技术的功能介绍
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
“读”,在字典里的意思是识取、读取,放在蛋白研究中可以理解为对生物样本中未知单一蛋白或复杂蛋白的筛选、鉴定或者定量检测。 自2003年4月14日人类基因组计划(HGP)宣告完成以来,基因组研究取得了举世瞩目的成就。基因组学虽然在基因活性和疾病的相关性方面为人类提供了有力证据,但实际上绝大多数疾病并不是因为基因序列改变所造成。并且,基因的表达方式错综复杂,同样的基因在不同条件下、不同生理期可能发挥着完全不同的功能,许多生物学问题仅从基因组水平来研究远远不够,需要对生命活动的直接执行者——蛋白质进行更深入的研究。 蛋白质组(proteome)一词是澳大利亚科学家Williams和Wilkins于1994年首先提出的,它是指基因组表达的所有相应蛋白质的集合,即细胞、组织或机体全部蛋白质的存在及其活动方式。相比较基因组,蛋白质组是一个动态的概念,其更容易受到环境因素的影响而发生动态变化。因此,通过监测蛋白质组的变化更容易找到与疾病状态和细胞生理病理过程相关的分子机理或可诊断疾病的分子标志物。 蛋白质组学是指利用各种技术手段来研究蛋白质组的一门新学科,本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征,包括蛋白质的表达水平、翻译后的修饰、蛋白与蛋白相互作用等,由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生、细胞代谢等过程的整体且全面的认识。 随着LC-MS-MS技术的迅猛发展,一篇2014年发表在nature上的文章展示了人类第一个蛋白质组草图,拥有17,294个蛋白,这也代表蛋白质组学在人体高通量的研究一个里程碑式的进展。但是,目前仅仅是初步鉴定了这些蛋白,至于其功能等细致性工作仅仅是冰山一角,要“读懂”蛋白质,我们还有很长的路要走。 目前,利用蛋白质组学技术,我们可以解决如下问题: 单一蛋白鉴定 单个蛋白质身份鉴定是生物化学领域常见的问题,目前有两大方法论:Edman降解法和质谱法。质谱法又细分为两类:MALDI-TOF和LC-MS/MS,主流文献中的方法都是LC-MS/MS,LC-M
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我们为什么要进行蛋白质研究?
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
蛋白质作为生命活动的直接执行者,参与生命的几乎所有过程,如遗传、发育、繁殖、物质和能量的代谢、应激等等。揭示生物体内成千上万种蛋白质的具体功能机制等是蛋白质研究的核心内容,也是后基因组时代生命科学研究极富挑战的领域之一。 蛋白研究贯穿科学研究的各个领域,至关重要,并且存在巨大的研究空间。以转化医学的诊断和生物**为例: 在诊断领域,通过检测血清中AFP、CEA、GP73、HE4的含量可以较早地预测各种癌症的出现,目前已经商业化用于诊断的蛋白指标仅有数十种,与已经研究定义的蛋白数量一万七千余种来说只是冰山一角。随着蛋白质组学技术日新月异的积累,通过大量病人和正常人的体液样本研究,特别是针对具有不同年龄段、不同疾病、不同病程的病人体液样本的研究将会产生越来越有价值的诊断检测蛋白标志物,这些指标的发现大大提高了肿瘤的早期发现率。 在生物**领域,基于PD-1和PD-L1的人源化抗体和基于CD19、CD20、CD138等的白血病CarT细胞疗法,其靶点都是细胞表面的蛋白质。科研界也在投入大量的经费用于肿瘤发生和进展过程中肿瘤细胞和免疫细胞的表面蛋白变化研究,以期寻找到特异性的**用于蛋白靶点。 以上提到的诊断和**的靶点,其实更多是一个“果”,到底什么原因造成了果,找到了他们形成的原因对于我们预防疾病和**疾病具有更大的价值,这就需要我们对于蛋白整个的信号通路进行研究。 目前,我们已经有了很多蛋白研究的方法和工具,也有越来越多的人加入到蛋白研究的行列当中。但是,设备的不齐全、样品的难获取、操作的复杂性等难题,成为了蛋白研究过程中的拦路虎。金开瑞关注蛋白整体研究思路,建立起蛋白质组、检测分析、病毒包装、基因服务、蛋白表达、抗体制备六大服务平台,提供从蛋白筛选鉴定、蛋白上游研究、目标蛋白制备到互作蛋白发现的一系列蛋白研究技术服务,致力为广大蛋白研究工作者提供最专业、最优质的服务。 “读”——是指对生物样本中未知单一蛋白或者复杂蛋
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脂质组 LC/MS自动化鉴定及相对定量
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
Thermo Scientific LipidSearch 软件为脂质组学量身定制的工作流程 脂质组 LC/MS自动化鉴定及相对定量 脂质组学的前景 脂质组学作为一门新兴的研究学科,其成果对于科学家深入理解细胞生理和病理过程十分重要。脂质轮廓分析在疾病表型研究中的应用正成为转化医学中蓬勃发展的一个方向。通过特异性脂质生物标记物的鉴定,我们有希望区分健康人群与患病风险人群,进行疾病早期诊断、并推动个性化医疗的建立。 液质联用(LC/MS)是脂质组学分析中广泛使用的分析技术。对生物样品中的脂类进行鉴定、相对和绝对定量需要先进的软件及全面完备的数据库。Thermo ScientificTM LipidSearchTM 软件提供 LC/MS 数据精确的脂类鉴定,并自动整合复杂数据输出精简的总结报告。软件操作界面采用网页型设计,简便易用,大大减少了数据分析所需时间。 简便易用的网络浏览器型界面,支持可靠的自动鉴定 LipidSearch 软件实现脂质自动鉴定和相对定量分析 LipidSearch 软件由 Ryo Taguchi 教授和 MKI(日本东京) 联合开发。该软件功能强大,能够对 nano-infusion 或LC/MS 实验中采集到的大量数据进行分析,实现脂质分子的自动鉴定和相对定量。业界领先的高分辨、精确质量质谱仪 Thermo Scientific Orbitrap 与独家 LipidSearch 软件强强联手,令最准确可靠的脂质轮廓分析和鉴定结果唾手可得。 • 兼容 Thermo ScientificTM 三重串联四极杆、离子阱和 Orbitrap 质谱仪采集的实验数据 • 配有最大的脂质组数据库,包含超过一百七十万个脂质离子及其预测碎片离子的信息 • 提供子离子、前体离子和中性丢失扫描等不同的脂质鉴定算法 • 能够关联多个 LC/MS 和 MSn 实验中获得的脂质数据 • 能够对 LC/MS 或直接进样实验中鉴定脂质的前体离子进行相对定量 数据库中包含确定的分子结构,并覆盖了超过一百七十万个脂质离子及其预测的碎片离子信息。离子碎裂模式的计算和优化基于实验结果和专业经验进行。数据库中包括了脂质加合物离子
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PM2.5 的整体解决方案以及方法包介绍
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
PM2.5 的整体解决方案以及方法包介绍 赛默飞世尔科技三重四极杆串接气质 一、 方法包简介 方法包是赛默飞世尔科技色谱质谱部应用部门针对客户需求提出的简易仪器使用流程,方法包内所涉及的化合物均为常见的能在 GC/MS 上检测的化合物,如农药残留、多环芳烃、多氯联苯、多溴联苯和多溴联苯醚、邻苯二甲酸酯等。方法包的作用就是能使客户更快更简地使用仪器,尽快上手。 方法包包括进样方法、数据处理方法(TraceFinder 方法文件夹)、相关应用文章、相关标准、色谱柱信息、前处理方法、数据文件等,客户可以直接调用进样方法和数据处理方法完成化合物的定性定量分析。 由于TSQ 8000 Evo 采用 T-SRM 进样方法而不是分时间段的扫描方法,原来的进样的方法可以直接调用,即使保留时间会有微小的偏差,也不会影响最终的结果。另外,TraceFinder 软件自带的数据库可以直接编辑数据处理方法,数据库里包括化合物的名称、离子对、碰撞能量、定量离子、定性离子、CAS 号等信息。同时,TraceFinder 软件可以根据数据处理方法自动关联生成 TSQ 8000 Evo 的方法文件。这样应用 TraceFinder 就可以直接生成数据处理方法和部分进样方法。整个过程都是自动化的,几乎不需要操作者手动输入任何操作信息。 方法包(Method Kit) 对于常用分析化合物,我们可以提供方法包。包括:邻苯二甲酸酯、PCB、PAH、PBDE、农残筛查、GB2763、烟草中农残、PM2.5、香港规管方案、亚硝胺、二恶英等。目的:上手方便,直接使用。 二.仪器简介 TSQ 8000 Evo 三重四极杆串接气质联用仪 秉承着在气相色谱三重四极杆质谱中技术的一贯领先优势,Thermo Fisher Scientific 在推出TSQ 8000 之后再次创新,推出了更新的一款气相串接质谱仪 TSQ 8000 Evo,该款高效的 GC/MS/MS 提供了永不停机的生产率,其出色的灵敏度,超快的扫描速度,简便的 MSMS 功能,满足最苛刻的定量定性分析要求,为食品安全、环境分析、法医和制药应用分析提供
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细胞膜的主要功能介绍
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
细胞膜的主要功能:细胞膜对于细胞整个结构的完整性以及细胞的正常生命活动都是至关重要的。其功能概括起来有以下几个方面。 (1)细胞的界膜,这是细胞膜最重要的功能。无论是真核细胞还是原核细胞,都必定有一个由一定膜结构形成的界膜,不然的话就不会有细胞存在。细胞膜的出现使生命起源到了细胞的形式,也保证了细胞生命活动的正常进行。细胞膜的出现使各种生物大分子集中到一个相对稳定的微环境中,这样有利于细胞的物质和能量代谢,也有利于细胞的生长发育。 (2)物质的跨膜运输膜的存在使细胞成为一个相对独立的系统,但细胞不是一个封闭的系统,细胞的生存、生长和发育依赖于细胞内外的物质交流。膜对于物质的运输具有选择性,只有在需要时,物质才会被运转。物质既可以从浓度高的一侧转运到浓度低的一侧,也可以从浓度低的一侧转运到浓度高的一侧。前者属被动运输,不需要细胞提供代谢能量;后者属主动运输,需要细胞提供代谢能量。对于大分子的运输,细胞采用的是内吞与外排的方式,通过将物质包裹在囊泡中进行转运。 (3)信号转导膜上的某些蛋白属于信号受体蛋白,这些蛋白与胞外信号分子相结合被激活,然后将信号转入胞内,再通过胞内信号转导分子沿信号通路传递,最终产生特定的生物学效应。例如,某些信号分子激活细胞膜上的受体后,可促进细胞增殖。 (4)胞间连接与通讯多细胞生物体内,细胞通过细胞膜进行细胞间的多种相互作用。动物细胞间有多种连接方式,概括起来为:紧密连接、锚定连接和间隙连接,植物细胞间主要是通过细胞壁连接在一起。有些细胞连接方式主要是为细胞间的通讯提供结构基础,如动物细胞的间隙连接,在相邻细胞间形成孔道结构;植物细胞间的胞间连丝,也成为细胞间物质转运和信息交流的通道。 (5)胞间的识别,识别是指细胞对同种或异种细胞、同源或异源细胞以及对自己或异己分子的认识和鉴别。通过细胞表面受体与胞外信号分子的选择性相互作用,导致一系列的生理生化反应,从而实现信
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药物杂质分析解决方案--离子阱多级液质
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
多级质谱技术深入剖析化合物结构 药物杂质分析解决方案--离子阱多级液质 序言 药物杂质因其可能对药品质量、安全性和有效性产生影响,目前成为国内外药品监管机构的重点关注内容之一。随着我国医药产品出口规模的扩大,了解国外法规市场的药物杂质控制要求、加强对药物杂质的分析与控制已成为国内药品生产企业共同关注的话题。 任何影响药物纯度的物质统称为杂质,人用药物注册技术要求国际协调会(简称ICH)对杂质的定义为药物中存在的,化学结构与该药物不一致的任何成分。药物中含有杂质会降低疗效,影响药物的稳定性,有的甚至对人体健康有害或产生其他毒副作用。因此,检测有关物质,控制纯度对确保用药安全有效,对保证药物质量非常重要。 杂质谱分析是指研究药物中存在的已知和未知的杂质的分布情况,分析药物中杂质的来源和去向,通过杂质谱的研究,可以全面的评估药物的安全性。对于药物生产阶段,杂质谱研究可以在工艺过程中建立完整可靠的杂质分析方法,对工艺的关键步骤监控杂质的变化情况,验证杂质分析方法并转移到QA/QC,对于药物研发阶段,需要对艺研发过程中的杂质进行鉴定和表征并进一步确认杂质的来源,研发人员根据分析结果可以评价药物的安全性和与原研药的一致性,并根据杂质来源进一步优化工艺,降低或消除杂质的产生。 有机杂质主要起源于起始原料及其本身所含杂质、生产过程中带入的合成中间体与副反应产物、成品在储存过程中产生的降解产物,辅料带入的杂质或辅料相互作用降解产生的杂质,及药物与包材相互作用产生的杂质。有机杂质在成品药物中含量通常很低,制备纯化需要消耗大量人力物力,常规分析方法难以应对多组分、低含量的杂质结构解析工作。离子阱质谱仪,因其灵敏的MSn 能力,复杂样品的高通量常规分析,高质量的结构信息,快速正负离子切换技术,快速正负离子切换技术,稳定、可靠、便于操作,被广泛的应用于药物杂质研究,临床和法医鉴定,天然化合物鉴定,代谢物鉴定
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了解代谢组学研究的影响因素与降低生物化学和化学噪音的策略
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
关键词 Q Exactive Focus;SIEVE 软件;生物标记物;药物发现;代谢组学 目的 为代谢组学生物标记物的发现开发一套全新的自动化工作流程和仪器分析方法。 前言 在制药行业中,代谢组学用于研究潜在候选药物的药理学 响应所产生的生化变化,其识别毒性 / 药效标记物的能力可以显著加速药物研发的进程并帮助制定合适的临床计划。来自于 液相色谱 - 质谱联用技术(LC-MS)的代谢轮廓实验数据,包含大量的化学噪音,常常干扰生物标记物的发现。本文采用全新的质谱技术和数据处理软件来降低动物实验中的化学背景,进而研究药物诱导的变化与动物年龄和营养的关系。 常规 LC-MS 代谢组学研究存在很多冗余的(一种组分有多个离子)和不相关的(化学噪音)数据。同时影响代谢轮廓的外部因素(年龄、营养)增加了生物多变性。由于许多化学物质是未知的,因此,在进行结构鉴定前过滤掉假阳性结果尤 为重要。超高分辨率仪器结合超高效液相色谱(UHPLC)的分离可以提供足够的分辨率将代谢物与化学背景区分开,解决了化学噪音和数据冗余的问题。准确质量数能确保识别相关信号所需要的精细数据处理。此技术可大大减少数据量,并改进目标代谢物的定量。生物因素对代谢轮廓有着深远的影响,即使细小的代谢变化也会掩盖药物诱导的代谢效应。了解大鼠的正常代谢变化能使“生物噪音”降到最低,并提供更为可靠的药物相关的代谢变化信息。 实验部分 样品前处理 抽取各组雄性大鼠(饱食,急慢性禁食,不同年龄)的 血液样品并进行 LC-MS 分析。取 50 µL 血清样品,加入 100 µL 含 0.1% 甲酸的冷甲醇溶液以除去蛋白质。干燥样品,加入 200 µL10%甲醇水溶液复溶。每份样品中加入N-苯甲酰基-D5甘氨酸(tR = 4.27 min, m/z 185.0969)作为内标。 液相色谱 采用Thermo ScientificTM Open AccelaTM 1250 UHPLC 系统 和 Thermo ScientificTM Hypersil GOLDTM aQ 色谱柱(150 × 2.1 mm, 1.9 µm粒径)进行色谱分离。进样量为3 µL。色谱
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液相色谱法测定茶叶中黄曲霉毒素B1
作者:德尔塔 日期:2022-04-21
1.适用范围 本方法适用于出口茶叶中黄曲霉毒素B1含量的检验。 2.原理概要 样品用三氯甲烷提取,提取液经硅胶柱净化,净化后的提取液用三氟乙酸衍生,用配有荧光检测器的液相色谱仪测定,外标法定量。 3.主要试剂和仪器 3.1.主要试剂 三氯甲烷; 正己烷; 苯; 甲醇:紫外光谱级; 乙腈:紫外光谱级; 三氟乙酸; 乙腈-水溶液(1+1); 三氯甲烷-甲醇溶液(95+5); 苯-乙腈溶液(98+2); 黄曲霉毒素B1标准品:纯度≥99%; 黄曲霉毒素B1标准溶液:准确称取适量的黄曲霉毒素B1标准品,以苯-乙腈溶液于棕色容量瓶中,配成浓度为10μg/mL标准贮备液。根据需要,再配成适当浓度的标准工作溶液。 3.2.仪器 液相色谱仪,配有荧光检测器; 硅胶小柱:Waters Sep-pak Silica前处理小柱或相当的硅胶前处理小柱; 振荡器; 旋转蒸发器,配有100mL具尾管的圆底烧瓶; 微量注射器; 离心管:5mL具塞磨口; 粉碎机; 滤膜:有机系用,0.45μm; 微孔滤膜过滤器:有机系用,0.5μm。 4.试样的抽取与制备 4.1.检验批 以不超过2000件为一检验批。 同一检验批的商品应具有相同的特征,如包装、标记、产地、规格、等级等。 4.2.抽样数量 批量,件 最低抽样数,件 1~5 1 6~50 2 51~500 11 501~1000 16 1001~1500 19 1501~2000 20 4.3.抽样方法 从整批产品堆垛的上下不同部位随机抽取2.2规定的件数,逐件开启。分别倒出全部茶叶于塑料布上,用取样铲从每件中各取出有代表性的样品约500g。将所取样品充分混匀,用四分法或分样器逐步缩分出500g,装入洁净密封的样品筒内,加封后,标明标记,及时送实验室。 4.4.试样制备 将所取回样品全部磨碎,通过20目筛,混匀,均分成两份试样,装入洁净容器内,密封,标明标记。 4.5.试样保存 将试样于室温下保存。 注:在抽样和制样的操作过程中,必须防止样品受到污染或发生残留物含量的变化。 5.过程简述 5.1.提取 称取试样5.0g(精确到0.1g)置于100mL具塞锥形烧瓶中,加入15mL三氯